噬菌體療法的根源要追溯到100多年前,那時噬菌體甚至都還未被發現。1896年,英國細菌學家漢金檢測了印度恒河及其支流亞穆納河的河水。當地人相信,這兩條河的河水能治病。漢金用陶瓷過濾器過濾河水,移除細菌和較大的微生物,剩下了一種能殺死霍亂弧菌的混懸劑。他由此推測,河水中的某種或某些物質在控制當地霍亂疫情方面起了作用。此后幾年中有多份報告說,來自俄羅斯和世界其他地區的天然河水中有類似的抗菌特性。
20年后,另一名英國細菌學家托特在研究微菌球培養物時,發現了一種能殺死細菌的物質。但他不愿猜想它是一種病毒。20世紀10年代,法國-加拿大雙重國籍微生物學家赫雷在檢測感染志賀氏桿菌(痢疾病原體)士兵的糞便濾液時,發現了支持托特的證據。在把糞便樣本添加到志賀氏桿菌培養物中幾天后,赫雷在培養皿中看見了多個殺滅區(病原體被清除的區域)。赫雷猜測,正因為具有相同的殺菌病毒,所以其糞便能在培養物中殺死細菌的士兵很可能痊愈了。他的猜測沒錯。4年后,即1919年,采用分離自痢疾康復患者糞便樣本中的噬菌體,赫雷治愈了感染相同病菌的兒童。他比托特的推測更大膽,他觀察到了能殺死細菌的病毒在起作用,由此他編撰了“噬菌體”(意為“吃細菌者”)這個術語。他在1948年的一篇論文中寫道:“我一下子就明白了:導致培養皿清晰斑點(指殺滅區)的,實際上是一種不可見的微生物,一種過濾性病毒,而且肯定是一種寄生在細菌上的病毒。”
實際上,當時沒有人見過噬菌體。又過了20年,科學家才拍到了最早的噬菌體電子顯微照片。但在這之前,噬菌體療法已在全球被用于治療一系列感染。比利時研究人員報告說,采用分離自多個不同來源的噬菌體,他們“治愈”了由葡萄球菌引起的多種皮膚感染;在印度和法國,通過靜脈輸入噬菌體,分別“治愈”了霍亂和鏈球菌導致的感染;在美國,采用噬菌體療法治療敗血癥和腦膜炎,據說也取得了“很好的”效果。
2011年,有科學家在研究了噬菌體療法歷史后指出,過去這一領域的迅速擴展具有這樣的特征:人們熱情似火,但常常對療效夸大其詞;與此同時,人們對噬菌體的病毒本質或噬菌體療法的作用及缺陷了解很少。盡管一些制藥公司從20世紀20年代就開始營銷標準化的噬菌體藥物,美國食品及藥物管理局(FDA)卻并未監管過這些藥物的研發,而這些藥物中也沒有幾種接受過嚴格的臨床試驗。

當務之急,是要找到對抗病菌的更好辦法。
1934年,美國醫學會的一份報告對噬菌體療法作出首次客觀評價。該報告的多位作者在分析了超過100項噬菌體研究后得出結論:只有對某些葡萄球菌感染來說,噬菌體療法的療效才是可靠的。在缺乏雙盲實驗(這種實驗方法用于防止研究結果被安慰劑效應或者觀察者偏好影響。在實驗中使一個人盲,就是不告知其實驗過程的信息。按照使參與者盲的程度,這種實驗被分為單盲、雙盲或三盲實驗)和臨床研究來測試噬菌體療法有效性和安全性的情況下,該療法在發達國家逐漸失去青睞。當抗生素在1928年被發現后,科學家把目光轉向了無論是生產還是標準化都容易得多的抗生素。
近年來,諸如格魯吉亞艾利亞瓦噬菌體研究院和格魯吉亞國立微生物及噬菌體研究院之類的機構,為耐甲氧西林金黃色葡萄球菌感染、大腸桿菌和志賀氏菌屬引起的消化道感染等適應癥提供商業化的噬菌體藥物。艾利亞瓦研究人員還對許多感染采取聯用多種噬菌體的雞尾酒療法。這些療法中采用的噬菌體,分離自和百年前相同的噬菌體來源:陰溝、醫院、河流、湖泊及其他一些噬菌體繁盛地。這些來源的純化分離物被放在實驗室細菌培養物中生長,目的是識別能對抗目標病原體的噬菌體種類。經過多年研究,艾利亞瓦研究院已經創建了一個分類仔細的噬菌體庫,庫中有成百上千只裝著純化分離物的小瓶子。科學家用這些分離物來制備定制的噬菌體雞尾酒藥物。

噬菌體攻擊細菌(電子顯微照)
該研究院表示,他們接診的美國和西歐國家患者數量越來越多。到來之前,患者須先向該院快遞藥簽和培養物等臨床資料。該院首先測試他們已開發的噬菌體藥物是否有效,如果無效,就從噬菌體庫甄別噬菌體,制備并測試最終定制藥物,證實療效很好才會用于患者。這時,患者才會親自來該院接受治療。或者,該院會把噬菌體藥物快遞給患者,讓其自行使用。

據推測,來自艾利亞瓦研究院及其他機構的噬菌體療法成功案例,將推動該療法逐漸進入現代藥典。事實上,對這些機構發表的噬菌體治療成功案例進行的多項回溯性分析,正在幫助研究人員弄清噬菌體療法對哪些感染有效。受這些信息和美國國立過敏及感染性疾病研究院的一份報告(該報告指出了抗生素耐受應對方案)激勵,全球多家藥企正在準備迎接噬菌體藥物的回歸。
但許多問題依然未決。對噬菌體的實驗室研究大多依賴已透徹了解的模型系統,例如大腸桿菌及其噬菌體,而用于治療人體感染的雞尾酒療法中使用的大量噬菌體卻被研究得很少。雖然噬菌體通常被認為對人體細胞無害(部分原因是它們在自然環境中和在人體內幾乎無處不在),但科學家對噬菌體怎樣與人體細胞(例如免疫系統的細胞)互動依然不了解。例如,最近有研究報告說,噬菌體或許能利用人體組織中的黏膜表面來提高它們的捕食活性。