應(yīng)用PCR-DGGE技術(shù)分析福州左海湖的細(xì)菌群落組成

呂 新，劉蘭英，陳麗華，李玥仁*，林碧嬌

(1.福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)與檢測(cè)技術(shù)研究所，福建 福州 3500032.精密儀器農(nóng)業(yè)測(cè)試重點(diǎn)公共實(shí)驗(yàn)室，福建 福州 350003)

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應(yīng)用PCR-DGGE技術(shù)分析福州左海湖的細(xì)菌群落組成

呂 新1，2，劉蘭英1，2，陳麗華1，2，李玥仁1，2*，林碧嬌1，2

(1.福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)與檢測(cè)技術(shù)研究所，福建 福州 3500032.精密儀器農(nóng)業(yè)測(cè)試重點(diǎn)公共實(shí)驗(yàn)室，福建 福州 350003)

應(yīng)用PCR-DGGE技術(shù)對(duì)4個(gè)月份(2011年12月、2012年2月、4月、6月)的福州左海湖細(xì)菌群落組成和優(yōu)勢(shì)菌群進(jìn)行分析，研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)相同月份4個(gè)采樣點(diǎn)的DGGE圖譜差異性不大，細(xì)菌群落組成具有較高的相似性；而不同月份4個(gè)采樣點(diǎn)的DGGE條帶的數(shù)目和位置表現(xiàn)出明顯差異，細(xì)菌群落組成差異明顯。對(duì)20條不同位置的DGGE條帶進(jìn)行切膠回收、擴(kuò)增和測(cè)序后，進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析，結(jié)果顯示這20條帶歸屬于4個(gè)細(xì)菌類群，即變形菌門Proteobacteria、擬桿菌門Bacteroidetes、放線菌門Actinobacteria、藍(lán)細(xì)菌門Cyanobacteria。20條序列中有11條鑒定為變形細(xì)菌門Proteobacteria、5條鑒定為擬桿菌門Bacteroidetes、2條鑒定為放線菌門Actinobacteria、其余2條屬于藍(lán)細(xì)菌門Cyanobacteria。研究結(jié)果表明，左海湖細(xì)菌群落組成包括了Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria、Cyanobacteria，其中以Proteobacteria為優(yōu)勢(shì)菌群。

左海湖；細(xì)菌群落組成；16S rRNA；PCR-DGGE

福州左海公園是福州市區(qū)面積最大的公園，位于福州的西北部，東與西湖公園相鄰，西依二環(huán)路，北臨銅盤路，南靠象山。全園面積33.77 hm2，其中湖面面積18.14 hm2，是福州市民主要休閑和娛樂(lè)場(chǎng)所之一。2008年6月初，左海公園湖水中出現(xiàn)了外表半透明果膠狀，形似水母被稱為“左海水怪”的不明生物體?！八帧钡某霈F(xiàn)可能與水生生態(tài)系統(tǒng)中環(huán)境因子的改變有關(guān)，而在水生生態(tài)系統(tǒng)中，微生物是最為敏感并極易受環(huán)境影響因子的生物類群。他們不僅是水生生態(tài)系統(tǒng)中生物量的重要組成部分，而且影響物質(zhì)循環(huán)和營(yíng)養(yǎng)傳遞的過(guò)程。細(xì)菌作為水體微生物的主要類群，是水體中復(fù)雜有機(jī)物和礦質(zhì)元素轉(zhuǎn)化的最重要的貢獻(xiàn)者[1]，因此對(duì)水體中細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的研究，是弄清微生物作用過(guò)程的先決條件。然而，利用分離培養(yǎng)的方法，僅能獲取環(huán)境中不到1%的細(xì)菌類群[2]。大量的細(xì)菌類群在分離培養(yǎng)過(guò)程中被遺失，容易造成對(duì)左海湖水體細(xì)菌類群狀況認(rèn)識(shí)的失真[3]。PCR-DGGE等現(xiàn)代分子生物學(xué)方法不但擺脫了對(duì)傳統(tǒng)培養(yǎng)條件的依賴，而且可以對(duì)生態(tài)群落的結(jié)構(gòu)變化進(jìn)行快速有效地分析，大大提高了人類對(duì)實(shí)際環(huán)境中微生物多樣性認(rèn)識(shí)的全面性。

近年來(lái)越來(lái)越多的研究人員利用該技術(shù)，系統(tǒng)研究水生生態(tài)系統(tǒng)中細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)組成與動(dòng)態(tài)變化[4]。迄今為止，有關(guān)福州左海湖細(xì)菌群落組成及優(yōu)勢(shì)菌群方面的研究尚屬空白。本研究利用PCR-DGGE分子生物學(xué)方法對(duì)福州左海湖的細(xì)菌群落組成及優(yōu)勢(shì)菌群進(jìn)行了分析研究，獲得了左海湖的細(xì)菌群落指紋圖譜及群落組成，這將為左海湖的水體環(huán)境保護(hù)和綜合治理提供理論依據(jù)和參考數(shù)據(jù)。

1 材料與方法

1.1 樣品采集

根據(jù)左海湖湖區(qū)分布特點(diǎn)，設(shè)置4個(gè)不同采樣位點(diǎn)，具體采樣位置見(jiàn)圖1，分別于2011年12月、2012年2月、4月、6月取樣分析。使用經(jīng)酸浸泡、清洗干凈的礦泉水瓶，采集上述4個(gè)采樣點(diǎn)水深20 cm左右處水樣800 mL，每點(diǎn)重復(fù)取樣3次。放入帶有冰塊的保溫箱中運(yùn)回實(shí)驗(yàn)室，用于基因組DNA的提取分析。

1.2 水體中細(xì)菌的收集

取500 mL水樣用定性濾紙(8 μm，55 mm，Whatman)過(guò)濾，去除顆粒雜質(zhì)以及真核生物, 濾液再通過(guò)聚碳酸酯膜(0.2 μm，47 mm，Whatman)真空抽濾，然后用無(wú)菌水沖洗兩次．將濾膜取出剪成碎片，裝入1.5 mL的離心管中，-70℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.3 樣品總DNA的提取

將離心管室溫下解凍，加入400 μL 1×TE(pH 8.0)和30 μL 50 mg·mL-1溶菌酶溶液，37℃溫育30 min后，加入40 μL 10% SDS溶液和l0 μL 20 mg·mL-1蛋白酶K，37℃接著溫育30 min。隨后加入70 μL 5 mol·L-1NaCl和56 μL CTAB/NaCl，上下顛倒混勻后，在55℃溫育15 min。吸取上清液置1.5 mL離心管中，加入等體積的酚∶氯仿∶異戊醇(25∶24∶1)，輕輕振蕩混勻。在室溫下12 000 r·min-1離心7 min，取上清液置1.5 mL離心管中，再加入等體積的氯仿∶異戊醇(24∶1)，輕輕振蕩混勻，室溫下12 000 r·min-1離心5 min。取上清液置于新離心管中，加入等體積-20℃預(yù)冷的異丙醇，置-20℃冰箱中放置過(guò)夜，室溫下12 000 r·min-1離心5 min，棄去上清液，用70 %的酒精洗滌沉淀2次，將離心管倒置于吸水紙上晾干。加入50 μL 1×TE(pH 8.0)溶解DNA(TE中含5 μg·μL-1RNaseA)，37℃保溫1 h后，經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后，紫外分光光度計(jì)檢測(cè)DNA的濃度和純度，并稀釋至50 ng·μL-1備用。

1.4 PCR-DGGE分析

使用16S rRNA V3區(qū)通用引物338f (5′-ACT CCT ACG GGA GGC AGC-3′)和530R (5′-GTA TTA CCG CGG CTG CTG-3′)從水樣基因組總DNA中擴(kuò)增16S rRNA V3區(qū)基因片段，為使擴(kuò)增產(chǎn)物能在DGGE上分離得更好，在引物338f 5'端引入一個(gè)39 bp的GC發(fā)卡結(jié)構(gòu)(5′-CGC CCG CCG CGC CCC CGC CCC GGC CCG CCG CCC CCG CCC-3′)。PCR反應(yīng)體系總體積50 μL，各反應(yīng)組分終濃度為：5.0 μL 10×buffer(Mg2+free)，1.5 mmol·L-1MgC12，0.2 mmol·L-1dNTP，0.8 μmol·L-1上下游引物，50 ng 模板DNA，2.0 U Ex-Taq酶(Takara公司)，不足部分由無(wú)菌超純水補(bǔ)足。在PTC-200型PCR儀上(Bio-Rad公司)按以下循環(huán)條件擴(kuò)增：95℃，2 min；95℃，1 min，60℃，1 min，72℃，90 s，35個(gè)循環(huán)；72℃，30 min。反應(yīng)結(jié)束后，取3.0 μL PCR產(chǎn)物于1%瓊脂糖凝膠上，5 V·cm-1電壓電泳30 min后分析拍照，其余置4℃保存?zhèn)溆谩?/p>

對(duì)上述PCR擴(kuò)增產(chǎn)物在 INGENY phorU-2 system(Ingeny International BV))上進(jìn)行DGGE分離來(lái)研究左海水域微生物群落多樣性。聚丙烯酰胺的變性梯度范圍為35%～60%，凝膠濃度10%，DNA擴(kuò)增產(chǎn)物上樣量約為10～15 μL(200 ng)，1×TAE緩沖液中90 V電壓下電泳14 h。電泳完畢后用Invitrogen SYBR Gold染料(1×TAE，1∶10 000)染色30 min，使用Kodak Gel Logic 2200成像系統(tǒng)來(lái)成像分析。

1.5 細(xì)菌16S rRNA V3區(qū)片段的回收及克隆

從DGGE凝膠上小心切下DGGE條帶，裝入1.5 mL的離心管中。使用聚丙烯酰胺凝膠回收試劑盒(上海生工)純化，以純化產(chǎn)物為模板重新擴(kuò)增，擴(kuò)增方法同1.4所述。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)DGGE確認(rèn)為單一條帶后，使用瓊脂糖凝膠回收試劑盒(上海生工)純化，連接到PMD-18T載體(Takara公司)，轉(zhuǎn)化E.coliJM109感受態(tài)細(xì)胞，在含有x-gal(20 μg·mL-1)、IPTG(24 μg·mL-1)和氨芐青霉素(50 μg·mL-1)的LB培養(yǎng)基上挑取白色的菌落。采用通用M13上下游引物進(jìn)行菌落PCR，PCR產(chǎn)物經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)為陽(yáng)性克隆后，送上海生工生物公司進(jìn)行測(cè)序。

1.6 細(xì)菌DGGE圖譜及群落相似性分析

使用Quantity one軟件(Bio-Rad, USA)對(duì)DGGE電泳圖片進(jìn)行分析，比較各時(shí)期樣品的細(xì)菌DGGE條帶數(shù)目和相對(duì)灰度值；采用非加權(quán)配對(duì)算數(shù)平均法(Unweighted pair group method with arithmetic averages，UPGMA)對(duì)不同月份各點(diǎn)樣品之間進(jìn)行聚類分析，研究不同月份各采樣點(diǎn)間細(xì)菌群落的相似性關(guān)系。

1.7 系統(tǒng)發(fā)育分析

測(cè)序獲得的16S rRNA 序列與BLAST 比對(duì)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)，獲得與每條序列相似性最高的序列。使用CLUSTALX 1.81工具進(jìn)行多序列排列比對(duì)，應(yīng)用MEGA 4.0[5]軟件的鄰位相接法建立系統(tǒng)進(jìn)化樹，進(jìn)化樹的支持率是進(jìn)行1 000次重復(fù)運(yùn)算得到的結(jié)果。

2 結(jié)果與分析

2.1 左海湖細(xì)菌群落DGGE圖譜分析

4個(gè)月份各采樣點(diǎn)DGGE圖譜如圖2所示，條帶的多少反映細(xì)菌群落的多樣性，條帶的明暗反映細(xì)菌群落相對(duì)數(shù)量高低，從而確定各采樣點(diǎn)細(xì)菌群落種類和數(shù)量關(guān)系，得出細(xì)菌群落多樣性信息。從圖2中可以看出，4個(gè)月份各采樣點(diǎn)獲得了18～26條不同位置的DGGE條帶，相同月份各采樣點(diǎn)的DGGE條帶數(shù)量、位置比較相似，而不同月份各采樣點(diǎn)的DGGE條帶數(shù)量、位置則存在明顯差異。4個(gè)月份各采樣點(diǎn)有相同條帶出現(xiàn)(Band-3、Band-8、Band-10、Band-11、Band-14、Band-19)，說(shuō)明左海湖水體中存在共有的細(xì)菌類群，尤其是Band-10在4個(gè)月份亮度均較高，可能為水體中的優(yōu)勢(shì)類群。而非共有條帶僅出現(xiàn)在個(gè)別月份，如Band-1和Band-16僅在12月份和2月份采樣點(diǎn)出現(xiàn)過(guò)，說(shuō)明這些條帶是12月份和2月份水體樣品中特有的細(xì)菌類群。

進(jìn)一步通過(guò)UPGMA聚類方法對(duì)4個(gè)月份各采樣點(diǎn)DGGE圖譜相似性進(jìn)行分析(圖3)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)4個(gè)月份的采樣點(diǎn)中，相同月份的4個(gè)采樣點(diǎn)往往聚在一起，說(shuō)明相同月份采樣點(diǎn)的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)組成相似性較高。其中以采樣點(diǎn)A和B的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)組成最為相似，4個(gè)月份中有3個(gè)月份聚類分析時(shí)緊鄰在一起，且細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)組成相似性在85%以上；而采樣點(diǎn)D相比其他3個(gè)采樣點(diǎn)，其細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)組成與其他3個(gè)采樣點(diǎn)存在一定差異，這在聚類分析時(shí)表現(xiàn)為其距離其他3個(gè)采樣點(diǎn)較遠(yuǎn)。

2.2 16S rRNA序列及系統(tǒng)發(fā)育分析

細(xì)菌16S rRNA V3區(qū)片段經(jīng)DGGE分離、切膠回收，共得到20個(gè)DGGE條帶，編號(hào)：B1-B20 (圖2)，將條帶進(jìn)行克隆測(cè)序，所得序列大小在174～199 bp范圍內(nèi)，序列結(jié)果在GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行BLAST 比對(duì)。結(jié)果顯示，所有序列與數(shù)據(jù)庫(kù)中的16S rRNA序列的相似性在95%～100%，20條相似性序列大多數(shù)來(lái)自于淡水水體環(huán)境[6-7]，其中有18條與之最相似的16S rRNA序列均屬于不可培養(yǎng)的細(xì)菌類型。獲得的20條相似性序列與數(shù)據(jù)庫(kù)中的參考序列一起構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(圖4)，結(jié)果表明20條序列分別歸屬于4個(gè)細(xì)菌類群：變形細(xì)菌門Proteobacteria包括α-、β-和γ-Proteobacteria 3個(gè)亞群、擬桿菌門Bacteroidetes、放線菌門Actinobacteria和藍(lán)細(xì)菌門Cyanobacteria。在20條序列中有11條分別與變形細(xì)菌門中α-Proteobacteria(3條)，β-Proteobacteria(7條)和γ-Proteobacteria(1條)相似，5條與擬桿菌門Bacteroidetes相似，2條與放線菌門Actinobacteria相似，2條與藍(lán)細(xì)菌門Cyanobacteria相似。

2.3 左海湖細(xì)菌群落的組成及優(yōu)勢(shì)菌群分析

通過(guò)Quantity one軟件(Bio-Rad, USA)獲得不同月份左海湖細(xì)菌群落DGGE圖譜中不同條帶峰面積值(Trace Qty)，來(lái)分析左海湖水體中細(xì)菌群落組成和優(yōu)勢(shì)菌群(圖5)。從圖5可以看出，左海湖水體中細(xì)菌群落組成包括了4個(gè)細(xì)菌類群：Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria、Cyanobacteria，4個(gè)細(xì)菌類群在不同月份各采樣點(diǎn)均有不同程度分布。Proteobacteria在2011年12月、2012年2月、4月、6月所占比例分別為54.9%、54.9%、47.0%、59.2%；Bacteroidetes在4個(gè)月份所占比例分別為19.7%、20.6%、19.1%、17.7%；Actinobacteria在4個(gè)月份所占比例分別為9.0%、14.7 %、12.5%、14.2%；Cyanobacteria在4個(gè)月份所占比例分別為16.6%、9.8%、21.4%、9.2%，Proteobacteria在4個(gè)月份采樣點(diǎn)中所占比例均最多，為左海湖水優(yōu)勢(shì)的細(xì)菌類群。

本研究中，Proteobacteria中β-Proteobacteria所占比例遠(yuǎn)高于α-和γ-Proteobacteria 2類細(xì)菌類群，在4個(gè)月份的各采樣點(diǎn)中所占比例均為最多(圖6)，分布最多的為2012年6月的D采樣點(diǎn)(42.9%)，最少的為2012年4月的C采樣點(diǎn)(25.1%)。α-Proteobacteria所占比例僅次于β-Proteobacteria(圖6)，分布在4個(gè)月份的各采樣點(diǎn)中，分布最多的為2012年2月的D采樣點(diǎn)(25.2%)，最少的為2012年4月的C采樣點(diǎn)(14.3%)。γ-Proteobacteria與α-和β-Proteobacteria相比(圖6)，在左海細(xì)菌群落組成中屬于特殊的類群，在4個(gè)月份中所占的比例最少，甚至在2012年4月各采樣點(diǎn)均沒(méi)有檢測(cè)到，而在2月和6月僅分布在這2個(gè)時(shí)期的第4個(gè)采樣點(diǎn)中，分別占3.3%和8.8%，在該采樣點(diǎn)細(xì)菌類群中所占的比例也最少。

Cyanobacteria在4個(gè)月份的細(xì)菌群落組成中所占比例變化較大(圖6)，2011年12月(16.6%)和2012年4月(21.4%)所占比例明顯高于2012年2月(9.8%)和6月(9.2%)。

3 討論與結(jié)論

本研究采用PCR-DGGE分子生物學(xué)技術(shù)首次對(duì)福州左海湖水體細(xì)菌群落組成及其優(yōu)勢(shì)菌群進(jìn)行研究。雖然DGGE技術(shù)在分析微生物群落結(jié)構(gòu)組成時(shí)有一定的缺陷[8]，但該技術(shù)仍然是目前微生物群落多樣性研究中普遍采用的方法之一。

有研究表明盡管不同湖泊物理化學(xué)特性各異, 但其水體中主要細(xì)菌類群一般只有少數(shù)的幾種, 其中最主要的為革蘭氏陰性的Proteobacteria (包括α、 β、 γ、δ和ε亞群)和陽(yáng)性的Bacteroidetes[9-10]。本研究表明，左海湖水中的優(yōu)勢(shì)細(xì)菌類群為Proteobacteria，其次為Bacteroidetes，這與淡水生態(tài)系統(tǒng)典型類群一致[1，6]。其中β-Proteobacteria在左海湖水總細(xì)菌中的比例最高，γ-Proteobacteria所占比例最低，而δ和ε在本研究中并沒(méi)有檢測(cè)到，有研究者推測(cè)δ和ε的數(shù)量減少或消失可指示水體的污染程度[11]。Lindstrom等[12]研究指出與酸性水質(zhì)相比，α-Proteobacteria 在中性和堿性介質(zhì)中的分布更豐富。本研究結(jié)果也發(fā)現(xiàn)隨著水體pH的降低，α-Proteobacteria的比例也逐漸減少，例如，α-Proteobacteria在12月份左海水體中的比例是最高的，其水質(zhì)pH為7.95(未發(fā)表數(shù)據(jù))，而到6月份時(shí)，水質(zhì)的pH降為7.15，此時(shí)α-Proteobacteria在該月所占的比例是最低的。這表明，水質(zhì)pH的波動(dòng)對(duì)細(xì)菌群落組成可能會(huì)有直接的影響。有研究表明γ-Proteobacteria多為可培養(yǎng)細(xì)菌，主要分布在湖底沉積物、海洋和超鹽等環(huán)境中[13-17]，本研究發(fā)現(xiàn)γ-Proteobacteria在左海湖水體中僅有少量分布，這與相關(guān)的研究結(jié)論一致。

有研究指出[11-18]，Bacteroidetes和Firmicutes可能和水體極度富營(yíng)養(yǎng)化密切相關(guān)，并且仍占數(shù)量?jī)?yōu)勢(shì)的β-Proteobacteria在營(yíng)養(yǎng)趨富情況下種屬水平上的變化也可能是對(duì)富營(yíng)養(yǎng)化的一種響應(yīng)。我們研究發(fā)現(xiàn)，左海湖水中的數(shù)量比例較高細(xì)菌類群正是β-Proteobacteria和Bacteroidetes，說(shuō)明左海湖水體可能已經(jīng)出現(xiàn)了富營(yíng)養(yǎng)化的情況。

Lan Wu等[19]研究表明Actinobacteria在淡水生態(tài)系統(tǒng)中也是普遍存在的菌群之一。在本研究中Actinobacteria克隆到的序列雖然僅占總序列的10%，但是它在4個(gè)月份所占的比例也不算很低，分別為9.0%、14.7%、12.5% 和14.2%，進(jìn)一步說(shuō)明Actinobacteria也是淡水生態(tài)系統(tǒng)中常見(jiàn)的浮游細(xì)菌。

有研究表明Cyanobacteria群落多樣性與環(huán)境溫度呈顯著性相關(guān)[7，20]。在本研究中發(fā)現(xiàn)冬季(2012年2月)環(huán)境溫度低不利于Cyanobacteria生長(zhǎng)，其所占比例較少。而適宜的環(huán)境溫度Cyanobacteria則生長(zhǎng)活躍，所占比例明顯增加(2011年12月、2012年4月)，但過(guò)高的環(huán)境溫度可能又會(huì)抑制Cyanobacteria生長(zhǎng)(2012年6月)，所占比例減少。

系統(tǒng)進(jìn)化分析表明，在克隆到的20條DGGE條帶中，只有3條(Band-1、Band-6、Band-9)與GenBank中已有的細(xì)菌同源性低于100%，這說(shuō)明左海湖水大多數(shù)細(xì)菌序列與GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的細(xì)菌序列具有高度的相似性。

綜上所述，本研究首次采用PCR-DGGE技術(shù)對(duì)福州左海湖水體的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)組成進(jìn)行探討，獲得左海湖水細(xì)菌群落組成和優(yōu)勢(shì)菌群情況。研究結(jié)果表明，左海湖水細(xì)菌群落由4個(gè)細(xì)菌類群組成：變形菌門Proteobacteria、擬桿菌門Bacteroidetes、放線菌門Actinobacteria、藍(lán)細(xì)菌門Cyanobacteria。其中Proteobacteria為優(yōu)勢(shì)菌群，但在不同采樣時(shí)期，這些細(xì)菌類群所占的比例是不一樣的。本研究只是初步分析了左海湖水體中細(xì)菌群落組成和優(yōu)勢(shì)菌群情況，對(duì)于細(xì)菌群落組成在不同季節(jié)和不同年份的動(dòng)態(tài)變化情況尚有待進(jìn)一步研究，以期獲得長(zhǎng)期的變化數(shù)據(jù)，從而為左海水環(huán)境的保護(hù)和治理提供必要的科學(xué)依據(jù)。

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(責(zé)任編輯：柯文輝)

Composition of Bacterial Community at Lake Zuohai Determined by PCR-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis

Lü Xin1，2，LIU Lan-ying1，2，CHEN Li-hua1，2，LI Yue-ren1，2*，LIN Bi-jiao1，2

(1.InstituteofAgriculturalQualityStandardsandTestingTechnologyResearch,FujianAcademyofAgriculturalSciences,Fuzhou,Fujian350003,China;2.KeyLaboratoryforPrecisionInstrumentTestsinAgriculturalFields,Fuzhou,Fujian350003,China)

Composition and predominant groups of the bacterial community in Lake Zouhai in the city of Fuzhou were determined and analyzed by using PCR-DGGE. Water samples were collected from 4 sites each time in December 2011, February 2012, April 2012, and June 2012. The results showed that the water samples from the different sites on a same date had a similar bacterial composition, while the numbers and positions of DGGE profiles indicated significant compositional differences on different dates. Twenty DGGE bands with varied phylotypes were excised, cloned, sequenced, and analyzed to show 11 of them having possible affiliations with Proteobacteria, 5 with Bacteroidetes, two with Actinobacteria, and two with Cyanobacteria. Analysis on the bacterial compositions suggested that Proteobacteria was the predominant group existed in the lake.

lake Zuohai; bacterial community composition; 16S rRNA; PCR-DGGE of sampling sites

2016-03-08初稿；2016-06-11修改稿

呂新(1980-)，男，碩士，助理研究員，主要從事微生物生態(tài)學(xué)研究(E-mail: lux_ing@126.com)

并列第一作者：劉蘭英(1987-)，女，研究實(shí)習(xí)員，主要從事微生物生態(tài)學(xué)研究(E-mail: lly87119@126.com)

福建省自然科學(xué)基金項(xiàng)目(2011J01118)；福建省科技計(jì)劃項(xiàng)目——省屬公益類科研院所基本科研專項(xiàng)(2015R1025-1)；福建省財(cái)政專項(xiàng)——福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)建設(shè)項(xiàng)目(2016P1-18)；福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院青年人才創(chuàng)新基金(2014QB-31)

Q 938.8；X 172

A

1008-0384(2016)09-986-07

呂新，劉蘭英，陳麗華，等.應(yīng)用PCR-DGGE技術(shù)分析福州左海湖的細(xì)菌群落組成[J].福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)，2016，31(9)：986-992.

Lü X，LIU L-Y，CHEN L-H，et al.Composition of Bacterial Community at Lake Zuohai Determined by PCR-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis[J].FujianJournalofAgriculturalSciences，2016，31(9)：986-992.

*通訊作者：李玥仁(1966-)，男，博士，研究員，主要從事微生物生態(tài)學(xué)研究(E-mail: yuerenli@yeah.net)