三疣梭子蟹腸道菌群結構及代謝表型分析

曾廷蘭+葉央芳+母昌考+王凱+李榮華+王春琳

摘 要 建立16S rRNA基因的高通量測序和基于核磁共振（NMR）的代謝組學技術分析三疣梭子蟹腸道菌群結構及代謝物組成的方法。經對梭子蟹腸道樣品提取基因組DNA和16 S rRNA基因的V3V4可變區片段的擴增，產物用于MiSeq測序。經對測序結果進行聚類和注釋分析，發現梭子蟹腸道的細菌群落結構以變形桿菌門、擬桿菌門、梭桿菌門、軟壁菌門和酸桿菌門為主，其中以發光桿菌屬、Paludibacter和產丙酸菌屬的細菌豐度最高。梭子蟹腸道樣品經組織破碎、甲醇水（2∶1， V/V）提取、高速離心和冷凍干燥后，重懸在鈉鉀磷酸鹽緩沖液中，用于NMR分析。采用標準的Noesypr1D脈沖序列采集1H NMR譜，設置90°脈沖寬度約為10 μs，等待時間為2 s，混合時間為100 ms，譜寬為20 ppm， 采樣點數為32 K，自由感應衰減累加次數為64。再利用2D NMR譜對腸道代謝物進行歸屬，共獲得包括氨基酸、有機羧酸和有機胺類等30種代謝產物。本方法可用于系統分析梭子蟹腸道菌群及其代謝物組成。endprint