中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物所自主研發(fā)規(guī)模化基因組大數(shù)據(jù)平臺

由中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物所自主開發(fā)的AFSM（基因組隨機(jī)擴(kuò)增序列SNP多態(tài)性及甲基化多態(tài)性）技術(shù)， 結(jié)合大數(shù)據(jù)分析優(yōu)勢， 打造了熱帶作物基因大數(shù)據(jù)平臺， 可大規(guī)模、低成本地構(gòu)建遺傳連鎖圖譜， 開展GWAS分析、演化分析、指紋圖譜以及高通量甲基化分析等， 在建立熱帶特色作物分子標(biāo)記育種平臺方面發(fā)揮了重要作用， 有效提升了中國熱科院在該領(lǐng)域的國際影響力。

據(jù)AFSM技術(shù)研發(fā)者夏志強(qiáng)副研究員介紹， 目前以該平臺為橋梁， 生物所已與美國普渡大學(xué)、 美國加州大學(xué)戴維斯分校、 CIAT、 EMBRAPA、 福建農(nóng)林大學(xué)、 海南大學(xué)等在內(nèi)的10余家國內(nèi)外研究機(jī)構(gòu)、 高校建立合作， 覆蓋木薯、 橡膠樹、 小桐子、 胡椒、 可可、 茶樹、 柱花草、 澳洲堅果、 香蕉、 蘭花、 甘蔗、 土豆、 芭蕉芋、 薏仁、 節(jié)節(jié)麥等多種作物。

近年來， 生物所種質(zhì)與基因資源研究室已在木薯、 橡膠樹、 小桐子等作物上運(yùn)用該技術(shù)并發(fā)表代表性成果。 如對木薯群體展開全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）， 確定了36個農(nóng)藝性狀關(guān)聯(lián)的關(guān)鍵基因;在橡膠連鎖圖譜研究方面， 構(gòu)建了大約6 940個AFSM標(biāo)記遺傳連鎖圖譜與多個重要產(chǎn)膠相關(guān)QTL基因（該物種首個超高密度SNP定位QTL）;開展了小桐子的遺傳連鎖圖譜構(gòu)建和QTL定位研究， 開發(fā)了含有3 422個AFSM標(biāo)記遺傳連鎖圖（該物種首個超高密度圖譜）， 13個果實產(chǎn)量重要QTL等。

僅2018年以來， 夏志強(qiáng)副研究員相關(guān)基因組大數(shù)據(jù)研究成果陸續(xù)發(fā)表在《Nucleic Acids Research》、 《Biotechnology for Biofuels》、 《Industrial Crops & Products》、 《Frontiers in Plant Science》等國際期刊上， 累計影響因子24.585。

（摘自中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院網(wǎng)， http：//www.catas.cn/， 2018-08-21）