山地虎耳草和棒腺虎耳草轉錄組SSR和SNP分析

李 彥， 焦秀潔，更吉卓瑪，賈留坤，王智華，陳世龍，高慶波,4*

(1 中國科學院 西北高原生物研究所，高山植物適應與進化重點實驗室，西寧 810001；2 中國科學院大學，北京 100039；3中國科學院 西北高原生物研究所，信息與學報編輯部，西寧 810001；4 中國科學院 西北高原生物研究所，青海省作物分子育種重點實驗室，西寧 810001)

近年來，隨著現代分子生物學技術的發展，第二代簡單重復序列標記和第三代單核苷酸多態性標記已逐漸成為動植物遺傳多樣性分析、系統發育和進化研究中使用較為廣泛的遺傳標記，并成為了生命科學研究領域一個不可或缺的工具。簡單重復序列(simple sequence repeats，SSR)，又稱微衛星(microsatellite)，是一類由幾個核苷酸(2～6個)為重復單位組成的長達幾十個核苷酸的重復序列，廣泛分布于真核生物基因組中，約每10～50 kb的序列中就有1個微衛星位點，且具有共顯性、長度短、多態性高、易于檢測和相對保守等特點[1-3]。

單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism，SNP)指染色體基因組中單個核苷酸的變異而引起的DNA序列多態性，形式包括單堿基的缺失、插入、轉換及顛換等[4]。SNP是二等位基因，具有在基因組中分布廣泛、多樣性高及可高通量自動化檢測等特點[5]。

虎耳草屬(SaxifragaL.)是虎耳草科(Saxifragaceae)中最大的屬，大約有450～500種，主要分布在歐洲和亞洲的高山地區[6-7]。中國產約220種虎耳草屬植物，主要分布在青藏高原-喜馬拉雅地區[8]。山地虎耳草(SaxifragasinomontanaJ.T. Pan & Gornall)和棒腺虎耳草(SaxifragaconsanguineaW.W. Smith)均隸屬于虎耳草科虎耳草屬，是多年生草本植物，在中國主要分布于青海、甘肅、四川、云南及西藏等地，其生境多為高海拔地區的高山草甸、灌叢和石隙[8]，是青藏高原地區高寒草甸生態系統的重要組成部分?！?br>