董 飛,閆秋艷,李 汛,段增強*,邢 鵬
應用T-RFLP技術分析不同土壤溫度和施肥方式下設施土壤細菌群落結構①
董 飛1,2,閆秋艷1,李 汛2,段增強2*,邢 鵬3
(1 山西省農業科學院小麥研究所,山西臨汾 041000;2 土壤與農業可持續發展國家重點實驗室(中國科學院南京土壤研究所),南京 210008;3 中國科學院南京地理與湖泊研究所,南京 210008)
采用末端限制性片段長度多態性分析(T-RFLP)和熒光定量PCR技術,研究了兩種土壤溫度(對照不增溫,10℃± 2℃;增溫,20℃± 2℃)和兩種施肥方式(對照不施肥;雞糞有機肥底肥+尿素追肥)對土壤細菌群落結構及其多樣性和數量特征的影響。結果表明:相同施肥方式下,土壤增溫增加土壤速效養分含量,尤其在施肥時增加幅度更明顯。分析顯示施肥對土壤細菌群落結構的影響在不同土壤溫度條件下表現不同。土壤不增溫條件下,施肥增加細菌Pielou均勻度指數和Shannon-Weiner多樣性指數,Simpson優勢度指數降低;土壤增溫條件下,則效果相反。與不增溫比,增溫使土壤細菌Pielou均勻度指數和Shannon-Weiner多樣性指數降低,但物種個體數和Simpson優勢度指數增加明顯。增溫改變了土壤細菌群落結構,62 bp和93 bp兩種限制性末端片段在土壤增溫條件下優勢度提高,主要包括共生菌和桿菌。
設施土壤;T-RFLP技術;施肥方式;土壤溫度;細菌群落和豐度
土壤微生物群落是土壤中的活性組分,是土壤分解系統的主導者,在推動土壤物質轉換、能量流動和生物地球化學循環中起著重要作用[1]。土壤微生物對供養植物有效養分起著關鍵的作用,主要通過改變土壤物理性質間接影響作物養分吸收[2]。土壤溫度對微生物活性的影響極其明顯。大多數土壤微生物能夠在溫度為10 ~ 45℃ 范圍內生長,最適溫度為30 ℃。在10 ~ 30℃溫度范圍內,溫度越高,微生物活動能力越強,超出這一溫度范圍,則微生物活動受到抑制,從而影響到土壤的腐殖或礦質化過程,影響到各種養分的形態轉化[3]。土壤微生物群落結構組成及其變化在一定程度上反映了土壤的質量及其健全性[4]。
目前對土壤溫度影響微生物群落結構的研究主要側重于氣候變暖或氣溫升高間接引起的土壤溫度升高使微生物群落結構發生改變[5-8]。而對于低氣溫下改變土壤溫度環境條件對細菌群落多樣性和結構的影響報道較少。而且,傳統細菌培養方法主要依賴于細菌分離與培養,只能獲取0.001% ~ 15% 的環境微生物信息,且研究周期長,對種群的動態分析難以進行;另外,人工培養條件對種群的原始結構存在極大的干擾性,降低了結果的可信度[9-10]。
基于聚合酶鏈式反應(PCR)的分子指紋圖譜技術—— 末端限制性片段長度多態性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)是一種全面、分辨率高、重現性良好的分子指紋圖譜技術,自1997年起受到研究者的關注[11-12]。因此,本研究采用基于T-RFLP技術初步研究了設施栽培自然環境條件下,土壤溫度對不同施肥方式下設施菜地土壤細菌群落多樣性和組成的影響,旨在為土壤養分有效性提供解釋,以期為設施土壤施肥、土壤微生物生態環境健康維護和土壤可持續發展提供理論依據。
試驗在江蘇省蘇州市太倉陸渡鎮現代農業園大棚內進行。大棚規格為8連棟大棚,每單棟大棚長40 m、寬8 m、高5 m,種植年限約3 a,以種植小白菜為主。供試土壤為潮土,砂壤土,基本理化性狀為pH 8.31、有機質13.8 g/kg、電導率(EC) 467.33 μS/cm、堿解氮59.5 mg/kg、有效磷35.97 mg/kg、速效鉀104.24 mg/kg。試驗前,整地,30 cm深度耕地。每單棟大棚分為四畦,每半畦為一處理小區,小區面積24 m2(長16 m×寬1.5 m)。采用裂區區組設計,每小區為1個重復,共3個重復。
試驗設置土壤溫度和肥料處理兩個因素。土壤溫度采用地熱線(寧波市鄞州東海畜牧器械廠生產,長100 m,功率為800 W)加熱的方式,待整地均勻后將地熱線鋪設于5 ~ 25 cm深度,利用定時器和溫控器調節溫度。試驗設對照不增溫(10℃± 2℃)和增溫(20℃ ± 2℃)兩個溫度水平,大棚內氣溫和濕度均為自然狀態。根據當地施肥習慣雞糞有機肥作為底肥,后期進行尿素追肥,設置習慣施肥和不施肥對照兩種施肥模式。施用的商品有機肥雞糞基本理化性質為pH 7.83、EC 3.37 mS/cm、堿解氮486.5 mg/kg、有效磷1.0 g/kg、速效鉀9.1 g/kg,用量30 000 kg/hm2,撒施翻耕于0 ~ 25 cm土層;尿素用量N 360 kg/hm2,其中40% 基施(N 144 kg/hm2),追肥3次,每次追肥72 kg/hm2。所有肥料處理的磷鉀肥用量均相同。磷肥為過磷酸鈣,用量為1 031.25 kg/hm2,鉀肥為硫酸鉀,用量為660 kg/hm2,全部基施。作物定植前15 d施入有機肥,精耕0 ~ 20 cm土層土壤,使肥料與土壤混勻。供試作物黃瓜和辣椒苗分別于2012年10月15日和16日定植。定植一周后開始進行土壤溫度處理。試驗處理設置見表1。

表1 試驗處理
1.3.1 土壤基本理化性狀 于黃瓜和辣椒的生長末期,2013年1月20日采土壤樣品,按照“S”曲線采取耕層0 ~ 20 cm的混合土樣。土壤自然風干,研磨過2 mm篩,參照魯如坤[13]相關方法測定土壤基本理化性狀。
1.3.2 土壤細菌群落結構 采集新鮮土壤樣品,采用PCR 的分子指紋圖譜技術——末端限制性片段長度多態性(T-RFLP)初步研究土壤細菌群落結構多樣性。
1) DNA提取。取新鮮土壤500 mg,利用DNA提取試劑盒(FastDNA ?SPIN Kit for Soil)提取土壤總DNA,具體步驟按照廠家提供的說明書進行。最后得到的基因組DNA保存于–20℃以進行下一步試驗。
2)PCR擴增。采用針對細菌16S rRNA基因特異性引物,上游引物為8f(5′-AGAGTTTGATCC-TGGC TCAG-3′),5′末端帶有Cy5熒光標記;下游引物為926r(5′-CCGTCAATTCCTTTRAGTTT-3′),PCR產物長900 bp。PCR反應體系為25 μl,其組分包括:15.8 μl ddH2O,2.5 μl 2.5 mmol/L dNTP,2.5 μl 10×PCR buffer(不含Mg),2 μl 25 mmol/L MgCl2,上下游引物(10 pmol/L)各0.5 μl,0.2 μl 5 U/μl rTaq酶,0.1 μl模板DNA。PCR反應條件為:95℃預變性5 min,94℃變性30 s,54℃復性45 s,72℃延伸1 min,共30個循環,最后72℃延伸10 min。取5 μl PCR產物用1%的瓊脂糖(質量分數)凝膠電泳檢測。然后用純化試劑盒AxyPrep PCR純化PCR產物。
3) T-RFLP分析。用綠豆酶(Mung bean nuclease,TaKaRa)在30℃下硝化PCR產物35 min,50 μl硝化反應體系包含5 μl 10×綠豆酶 buffer,0.1 μl綠豆酶和45 μl PCR產物;然后用PCR產物純化試劑盒(Axygen)純化硝化后的產物;接著用限制性核酸內切酶HhaⅠ(TaKaRa)酶切硝化純化后產物,37℃酶切硝化3 h,此時10 μl酶切反應體系中包含1 μl 10×buffer、1 μl Hha I、8 μl純化后產物、0.5 μl去離子水。上樣體系劑量及電泳條件見表2。對于細菌,由于相對數量過小的限制性末端片段(T-RFs)不會對群落的特性產生明顯的影響[10],故在本研究中舍去了相對數量<1% 的T-RFs,然后分別計算圖譜中每一個峰的峰面積與所有峰總面積的比值。

表2 T-RFLP上樣體系
4)細菌種群組成及變化的多樣性指數測度。本研究主要采用多樣性方法,包括物種豐富度()、Margalef物種豐富度指數(a)、多樣性指數(Shannon- Weiner)、均勻度指數(Pielou)和優勢度指數(Simpson)。其中Shannon-Weiner指數反映了物種的多樣性,Pielou指數反映了物種的均勻度,Simpson指數反映了物種的優勢度。
5)細菌群落結構相似性分析。采用非加權配對算數平均法(UPGMA)聚類分析不同土壤樣品細菌群落結構的相似性。將T-RFLP數據轉化為由0和1組成的二元矩陣,采用Bray-Crtis算法計算各樣品之間物種群落組成的相似性。
采用Primer 5.0軟件進行多樣性指數分析,采用Excel 2003作圖。
從表3可以看出,施肥使土壤pH升高,EC值大幅增加,同時速效養分及有機質含量均不同程度增加。不施肥處理,土壤增溫比不增溫使土壤速效養分、有機質含量略有增加,但增加不顯著。施肥處理中,土壤增溫明顯增加土壤速效養分含量和EC值,但pH降低。
表4顯示了不同土壤溫度和施肥方式下蔬菜結果期土壤細菌多樣性指數的分析結果。可以看出,在種植黃瓜條件下,土壤細菌物種數目()在T4和T3處理中較高,T1和T2處理無差異,物種的個體數之和()大小排列順序為T4>T3>T2>T1,說明增溫增加了土壤細菌物種的種類和數量。物種豐富度()除T4處理最低外,其余處理間差異不大。增溫處理細菌Pielou指數低于對照不加溫處理。Shannon-Weiner指數除T4處理最低外,其余處理間差異不大。增溫使某些細菌的優勢度體現出來,Simpson指數大小排列順序為T4>T3>T1>T2。
在種植辣椒條件下,土壤細菌物種數目大小排列順序為T6>T7>T8>T5。增溫使細菌物種個體數增加明顯,大小排序為T8>T7>T5>T6。物種豐富度大小順序為T6>T7>T8>T5。Pielou指數以T6處理最高,T8處理最低,其余處理間差異不大。Shannon-Weiner指數表現為T6>T7>T5>T8。Simpson指數大小排序為T8>T5>T7>T6。

表3 不同土壤溫度和施肥方式下設施蔬菜生育中期土壤基本理化性狀
注:表中同列數據后不同小寫字母表示同一蔬菜不同處理下差異顯著(<0.05),下表同。

表4 不同土壤溫度和施肥方式下蔬菜結果期土壤細菌的多樣性指數
首先,用Treeflap軟件對處理后的T-RFLP輸出數據進行分析,然后,用Primer 5對土壤細菌群落結構的相似性進行分析和計算,并作出聚類圖,如圖1所示。從圖1A可以看出,T3和T4處理相似度較高,T1和T2處理具有較高的相似性。從圖1B可以看出,T6和T7處理表現較高的相似性,出現差異較大的是T5處理,其次是T8處理。

(A:黃瓜;B:辣椒)
從圖2A可以看出,在黃瓜種植條件下,除T4處理外,其余處理均含有T-RF 61 bp。T3和T4增溫處理出現T-RF 62bp,相對豐度分別為5.37% 和4.34%,T1、T2和T3處理的T-RF 93 bp相對豐度較大,分別為6.84%、5.61% 和8.57%。T-RF 94 bp 只出現在T4處理中,相對豐度5.51%。T-RF 95 bp僅出現在不施肥的T1和T3處理中。96、205、207、213、353、378、382 bp T-RFs在施肥的T2和T4處理中相對豐度較高。T1、T2、T3和T4處理中相對豐度最大出現在93、93、93和94 bpT-RFs。
從圖2B可以看出,在辣椒種植條件下,T5、T6、T7和T8處理主要T-RFs為93 bp和62 bp。93 bp在每個處理中相對豐度值均最大,分別為8.07%、5.26%、8.70% 和11.89%,T-RF 62 bp在T5、T6、T7和T8處理中相對豐度分別為3.53%、4.37%、6.23% 和8.61%。增溫的T7和T8處理中T-RF 93 bp和T-RF 62 bp均高于不增溫的T6和T7處理。T-RF 96 bp僅存在于T6和T7處理中。T-RF 82 bp存在于每個處理中,其中以T8處理中相對豐度值最大。T-RF 220 bp在增溫的T7和T8處理中表現明顯。T-RF 95 bp在T5和T8處理中應特別關注。

(A:黃瓜;B:辣椒)
利用網絡在線服務(http://trflp.limnology.wisc. edu/index.jsp)查詢得知:T-RF 62 bp未找到相似菌類。T-RF 93 bp代表蚜蟲內共生菌M63254,大量的脫磷孤菌AF050100,sp. U52959。T-RF 94 bp代表圓桿菌M62788,大量的食纖維菌屬AB015524、AB015532、AB015587、AB015265,乙酸氧化脫硫單胞菌M26634,黃桿菌AB010952,土地桿菌M11657,鞘氨醇桿菌M58778。T-RF 95 bp代表芽孢桿菌AF064705;大量的硫酸鹽還原菌:脫硫球莖菌屬U85473、脫硫桿菌屬U48244、脫硫管狀菌屬L42613、脫硫弧菌屬AF053751。T-RF 82 bp代表芽單胞菌屬AB024288,長赤細菌M59062,赤單胞菌AB024289,侵蝕侏囊菌M94279,大量的紫桿菌屬KK348 AB033325、KK351 AB033326和鞘氨醇單胞菌屬AB025014、U37524。
土壤微生物在其生命活動中需要能量和養料,因此它們所處的生存條件,如溫度、濕度、通氣性、外界干擾(施肥等)均會對其生命過程產生影響。本研究結果表明,土壤不增溫條件下,栽培黃瓜和辣椒土壤施肥均比不施肥使細菌多樣性指數增加,但物種優勢度降低。曾希柏等[14]研究表明適量化肥和有機肥配合施用可以顯著增加土壤中細菌的豐度。土壤增溫條件下,細菌多樣性指數在施肥處理中較低,但物種的優勢度提高。這可能是充足的養料供給和適宜的溫度條件,使一部分對溫度敏感的細菌活躍度增加,微生物生物量增加明顯,成為優勢物種[15]。土壤微生物的群體作用在一定程度上對抑制植物土傳病害有積極的作用,土壤微生物群落結構越豐富,物種越均勻,多樣性指數越高,對抗病原菌的綜合能力越強[16-17]。本研究表明,土壤不增溫條件下,辣椒T6處理比T5處理的細菌物種均勻度和多樣性均高,但是T6處理的辣椒植株成活率和產量比T5處理低,因此,病原菌與微生物間的關系尚不明確,也可能是除細菌外的其他微生物活動的結果或者辣椒根系在低溫下活性低導致的植株長勢弱。
土壤增溫比不增溫使兩種施肥條件下栽培黃瓜土壤細菌物種數目增加,物種總個體數增加。增溫使細菌物種均勻度和多樣性指數有所減小,但細菌物種的優勢度提高。T3和T4處理、T1和T2處理種群結構相似度比較高,說明它們的種群結構比較接近,可能是土壤溫度對細菌群落結構改變起主要作用。對生存環境變化較敏感的微生物種群豐度在土壤增溫后發生了顯著變化,其中一部分細菌種群豐度下降甚至消失,如增溫使T4施肥處理微生物群落結構發生變化較大,61 bp和93 bp兩個T-RFs消失,相反另一部分細菌受激發效應,種群豐度上升,T3和T4處理均出現兩個新T-RFs,62 bp和94 bp。增溫比不增溫使兩種施肥條件下栽培辣椒土壤物種個體數均增加。菌種群落結構相似性在T6和T7處理間較高,T8處理次之,說明增溫和施肥均改善了土壤菌群結構。土壤增溫使62 bp和93 bp兩個T-RFs相對豐度增加明顯,且施肥比不施肥處理相對豐度高。368 bp和352 bp兩個T-RFs在低溫土壤中相對豐度較大,而增溫使這兩種片段消失,表明368 bp和352 bp兩個T-RFs代表的細菌可能比較耐受低溫環境。此外,序列長度相同,但堿基排列可能不同,因此長度相同不一定是同一序列[18-19]。本文采用T-RFLP方法已經可以明確反映溫度和施肥方式對設施土壤細菌群落結構的影響。在后續的研究中,可以考慮用克隆建庫的方法做進一步的探索。
土壤溫度變化可能引起土壤微生物群落某些特定種群的生理機能和生長發生改變,原因在于特定微生物種群之間對土壤溫度的耐受力存在差異[20-21]。綜上可以看出,兩種作物栽培下,土壤增溫對細菌群落62 bp作用明顯,62 bp可能代表的是增溫下土壤養分有效性提高的主要有益微生物。由于T-RF 62 bp片段在數據庫中未找到對應的功能細菌類群,因此它們對施肥和土壤溫度的響應機理還有待進一步研究。土壤溫度升高通常提高養分的礦化速率,使土壤養分的有效性增加,為土壤微生物提供更多基質,有利于微生物群落的生長和繁殖,并間接提高土壤酶活性,這些過程和變化可能是同時發生的,并存在相互刺激和反饋作用,從而提高土壤生態系統物質的循環速率[22-23]。Malghani等[24]研究表明土壤微生物生物量碳氮在土壤溫度20℃和施用有機肥的處理中比低土壤溫度(10℃)處理中高。總之,土壤微生物活性受到多因素的影響,施肥、水分和溫度等,這些因素可能共同作用影響微生物活性[26]。
與不增溫相比,土壤增溫促進不施肥和施肥兩種處理土壤速效養分含量增加,這種促進作用在施肥處理下表現更明顯。土壤不增溫條件下,施肥使細菌Pielou均勻度指數和Shannon-Weiner多樣性指數增加,Simpson優勢度指數降低。土壤增溫條件下,施肥使土壤細菌Pielou均勻度和Shannon-Weiner多樣性指數減小,Simpson物種優勢度提高。與不增溫比,增溫使土壤細菌均勻度指數和香濃多樣性指數減低,但物種個體數和優勢度指數增加明顯。62 bp和93 bp兩種T-RFs在土壤增溫條件下優勢度較高,主要代表共生菌和桿菌,其可能是增溫下土壤養分有效性提高的主要有益微生物。
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Study on Bacterial Community Structure in Greenhouse Vegetable Soils Affected by Soil Temperature and Fertilization Pattern using T-RFLP Technology
DONG Fei1, 2, YAN Qiuyan1, LI Xun2, DUAN Zengqiang2*, XING Peng3
(1 Institute of Wheat Research, Shanxi Academy of Agricultural Sciences, Linfen, Shanxi 041000, China; 2 State Key Laboratory of Soil and Sustainable Agriculture, Institute of Soil Science, Chinese Academy of Sciences, Nanjing 210008, China; 3 Nanjing Institute of Geography and Limnology, Chinese Academy of Sciences, Nanjing 210008, China)
The bacterial community structures in greenhouse vegetable soils were determined under different soil temperatures and fertilization patterns by the techniques of terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) and fluorogenic quantitative PCR. The results showed that soil available nutrients were increased with the increase of soil temperature under the same fertilization form, the increased effect was more obvious under ../../../ThinkPad X240/AppData/Local/youdao/DictBeta/Application/7.5.0.0/resultui/dict/fertilizer treatmen. Fertilization increased Shannon-Weiner and Pielou indexes while decreased Simpson index under the no heating condition, but on the contrary under the heating condition. Compared with the no heating treatment, the heating treatment decreased Shannon-Weiner and Pielou indexes but obviously increased species number and Simpson index. Temperature changed the community structure of soil bacteria and the increase of temperature promoted Simpson indexes of T-RFs of 62 bp and 93 bp, mainly including symbiotic bacteria and bacillus.
Greenhouse vegetable soil; T-RFLP technology; Fertilization; Soil temperature; Bacteria community and abundance
國家科技支撐計劃項目(2014BAD14B04)和土壤與農業可持續發展國家重點實驗室開放課題(Y20160019)資助。
(zqduan@issas.ac.cn)
董飛(1983—),男,山西襄汾人,碩士,助理研究員,主要從事設施栽培及植物營養方面研究。E-mail: sxnkyyqy@163.com
S154.3
A
10.13758/j.cnki.tr.2019.03.011