香豬與可樂豬中拷貝數(shù)變異的鑒定

香豬與可樂豬中拷貝數(shù)變異的鑒定

香豬和可樂豬是兩個(gè)著名的中國地方豬種，具有豐富的遺傳資源及巨大的經(jīng)濟(jì)價(jià)值和科學(xué)價(jià)值。在這兩個(gè)品種中，我們進(jìn)行了一個(gè)全面的基因拷貝數(shù)變異（CNV）分析。CNV是基因組變異的重要形式，且對表型變異有重要影響。在該研究中，來自98頭香豬和22頭可樂豬的SNP60基因分型數(shù)據(jù)被用來鑒定基因拷貝數(shù)變異。總共172個(gè)候選CNV區(qū)域（CNVRs）被鑒定，從3．19 kb到8 175．26 kb，覆蓋80．41 Mb的豬基因組。大約有56．40%（97/172）的CNVRs與7個(gè)以前的研究結(jié)果有所重疊，43．60%（75/172）的CNVRs是新檢測出來的。檢測到的CNVRs，82（47個(gè)重復(fù)，33個(gè)缺失，2個(gè)重復(fù)缺失區(qū)域覆蓋豬基因組的4．58 Mb）個(gè)拷貝數(shù)變異僅在產(chǎn)仔數(shù)多的香豬群體中被檢測到。相比之下，13個(gè)CNVRs（8個(gè)重復(fù)與5個(gè)缺失區(qū)域）只在產(chǎn)仔數(shù)少的香豬中被檢測到，且30個(gè)CNVRs（14個(gè)缺失和16個(gè)重復(fù)區(qū)域）與可樂豬是不同的。CNVRs跨距大約660個(gè)有注釋的野豬基因，且這些基因富含特定的生物功能，如感官知覺、認(rèn)知、繁殖、ATP生物合成的過程和神經(jīng)過程。許多CNVR的相關(guān)基因，特別是與繁殖相關(guān)的基因，在產(chǎn)仔數(shù)多和產(chǎn)仔數(shù)少的香豬中是不同的，由于它們與香豬的繁殖性能相關(guān)，這些基因需要進(jìn)一步的研究。該研究結(jié)果為基因組變異提供了重要信息，這對未來評估香豬與可樂豬基因拷貝數(shù)變異與重要表型的關(guān)聯(lián)分析有重要作用，最終幫助保護(hù)這些稀有地方種豬資源。

（ 編 譯 自：http：//journals．plos．org/plosone/ article？id=10．1371/journal．pone．0148565）