布魯氏菌Omp2b蛋白抗原表位的生物信息學分析

李大偉，張峰波，李智偉，江曉明，沙桐，趙驍，陳志強，丁劍冰，

1 新疆醫科大學第五附屬醫院，烏魯木齊830054；2 新疆醫科大學第一附屬醫院；3 新疆醫科大學

布魯氏菌病是由布魯氏菌感染引起的一種人畜共患傳染病，全球每年約有50萬新發病例[1-4]。布魯氏菌病臨床癥狀不典型，極易誤診或漏診，從而造成多系統、多器官慢性損傷，嚴重影響患者生活質量[5-8]。因此，研發針對布魯氏菌的疫苗能夠有效降低布魯氏菌病的發生率，但目前針對布魯氏菌的滅活疫苗和減毒活疫苗還存在諸多不足，如效果不佳、不良反應多[9]。外膜蛋白2b(Omp2b)是布魯氏菌重要的免疫原性蛋白，屬于菌體外膜脂蛋白，存在于已知所有的菌屬中。Omp2b蛋白具有良好的抗原性與免疫原性，可刺激體液免疫，對細胞免疫亦有一定刺激作用。在疫苗研制過程中，Omp2b蛋白被認為是一種較為理想的疫苗分子，近年來受到廣泛關注。但目前關于Omp2b蛋白抗原特異性與表位的研究較少。2017年6月—2019年8月，本研究對布魯氏菌Omp2b蛋白的抗原表位進行了生物信息學分析。現報告如下。

1 材料與方法

1.1 材料 氨基酸序列：羊布魯氏菌Omp2b，GenBank：AMM72579.1，長度362 bp，蛋白氨基酸序列：MNIKSLLLGSAAALVAASGAQAADAIVAPEPEAVEY-VRVCDAYGAGYFYIPGTETCLRVHGYVRYDVKGGD-DVYSGTDRNGWDKGARFALRVSTGSETELGTLKTFT-ELRFNYAANNSGVDGKYGNETSSGTVMEFAYIQLGG-LRVGIDESEFHTFTGYLGDVINDDVISAGSYRTGKIAY-TFTGGNGFSAVIALEQGGDNDGGYTGTTNYHIDGYM-PDVVGGLKYAGGWGSIAGVVAYDSVIEEWAAKVRG-DVNITDQFSVWLQGAYSSAATPDQNYGQWGGDWAV-WGGLKYQATQKAAFNLQAAHDDWGKTAVTANVAY-ELVPGFTVTPEVSYTKFGGEWKNTVAEDNAWGGIV-RFQRSF。生物信息學分析軟件：ProtParam(http：//web.expasy.org/protparam/)，SOMPA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)，DNAStar(http：//www.dnastar.com)，IEDB(http：//tools.immuneepitope.org/mhci/，http：//tools.immuneepitope.org/mhcii/，http：//tools.immuneepitope.org/main/bcell/)，SYFPEITHI(http：//www.syfpeithi.de/)，SWISS-MODEL(https：//swissmodel.expasy.org/interactive/)，RasMol2.7.2.1(http：//www.openrasmol.org/)，所有軟件在線獲取。

1.2 方法

1.2.1 Omp2b蛋白理化性質預測 利用ProtParam軟件分析Omp2b蛋白的氨基酸組成、不穩定系數和疏水性等理化性質。

1.2.2 Omp2b蛋白二級結構分析 利用SOMPA在線軟件分析Omp2b蛋白的二級結構特點，如α螺旋、β折疊、β轉角和無規卷曲。

1.2.3 Omp2b蛋白三級結構分析 將Omp2b蛋白氨基酸序列錄入SWISS-MODEL在線服務器，分析蛋白氨基酸序列并組合模板，構建Omp2b蛋白的三級結構，用RasMol2.7.2.1軟件讀取數據并分析其三級結構，明確Omp2b蛋白的穩定性。……