全基因組測序預測深圳市耐多藥結核分枝桿菌的耐藥性分析

季樂財 張樂平 呂建文 李曉定 鄒小飛 樸瑋

耐多藥結核病(multidrug-resistant tuberculosis，MDR-TB)具有病情重、花費高、治愈率低等特點，是全球結核病防治的主要挑戰。2019年我國耐多藥/耐利福平結核病(MDR/RR-TB)報告例數為6.5萬，估算發病率為4.5/10萬[1]。因此，掌握MTB的分子流行病學特征和耐藥譜，對制定結核病防控策略具有重要指導意義。全基因組測序克服了傳統表型藥物敏感性試驗(簡稱“表型藥敏試驗”)及其他分子檢測的局限性，可以快速提供整個目的基因組的詳細序列信息，于2018年獲得了WHO[2]快速診斷耐藥結核病相關技術指南的權威支持。目前，全基因組測序在結核病領域已被廣泛應用[3-5]，檢測MTB耐藥性也較成熟[6]。本研究以該技術為基礎，檢測深圳市MDR-MTB菌株對不同藥品的耐藥基因突變位點，特別是對利奈唑胺和貝達喹啉等抗結核新藥，以掌握本市MDR-MTB的耐藥譜，為相關患者的治療及防控提供科學依據。

材料和方法

一、研究資料

選取2013—2017年存儲于深圳市慢性病防治中心結核病實驗室所有的481株MDR-MTB菌株，排除7株被污染、5株丟失保種管的菌株。對469株有效菌株進行復蘇，獲得420株復蘇成功菌株，復蘇成功率為89.55%(420/469)。提取復蘇后菌株的DNA，對其進行基因測序。

二、 研究方法

1.菌株復蘇：將臨床分離株放入37 ℃培養箱中溶解，使用無菌滴管混勻菌液，吸取0.5 ml菌液轉移至羅氏培養基斜面上，每株臨床分離株培養2管，放入37 ℃恒溫培養箱中培養2～3周后檢查菌落生長情況。

2. DNA提?。河媒臃N環收集生長的細菌并懸在約300 μl的去離子水中，混勻后于95 ℃滅活20 min，10 625×g離心5 min，所得上清液即為所需DNA。……