東海所發布棘頭梅童魚染色體級別基因組圖譜

近日，中國水產科學研究院東海水產研究所宋煒研究員聯合深圳華大海洋科技有限公司完成了棘頭梅童魚染色體水平基因組精細圖譜的繪制和遺傳解析，研究論文《Whole genome sequencing and genome-wide studies of spinyhead croaker(Collichthyslucidus)reveals potential mechanisms for well-developed otoliths in the family Sciaenidae》正式發表在學術期刊FrontiersinGenetics上。

棘頭梅童魚(Collichthyslucidus)主要分布于西太平洋區，包括菲律賓、中國、朝鮮半島西海岸及日本等，是河口及近海生態系統中具有重要生態學與經濟學意義的石首魚科重要成員之一。本研究采用二代測序、三代測序和Hi-C測序，組裝出了含24條染色體、總長度為817 Mb的棘頭梅童魚染色體級別基因組圖譜，scaffold N50達26.58 Mb。基于組裝出的基因組序列，共預測出29 509個基因，其中29 432(占比99.74%)個基因有功能注釋信息。

通過棘頭梅童魚基因組注釋分析，發現許多基因家族顯著擴增，其中一些與“鈣信號通路”和潛在的“內耳功能”有關。利用棘頭梅童魚、大黃魚和斑馬魚等其它魚類的基因組數據，進行多序列比對分析耳石相關的基因，發現棘頭梅童魚和大黃魚等石首魚科魚類與其他魚類相比，oc90、otol1a和sparc均含有突變位點，otop1和sparcl1在石首魚類中發生正選擇。

宋煒研究員多年來對棘頭梅童魚種質資源開發與利用關鍵技術進行了深入研究和持續攻關，明確了棘頭梅童魚主要群體種質特性和遺傳背景，建立了基于基因標記的種質創制技術；攻克了棘頭梅童魚野生臨產親魚采捕和海上人工授精技術難題，突破了人工繁育關鍵技術瓶頸，首創了苗種人工培育的技術方法；在國內率先培育苗種200余萬尾，并且在福建三都澳、長江口等水域開展了苗種的增殖放流。

棘頭梅童魚基因組精細圖譜的完成，為其種質資源保護與改良、進化歷史及石首魚類耳石形成和發育的分子機制研究提供了重要數據基礎。