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FAM83D 在胰腺癌中的表達及臨床意義

2021-12-26 10:41:46繆宇鋒張有為焦南林
中國醫藥導報 2021年32期
關鍵詞:數據庫功能分析

繆宇鋒 張有為 焦南林

1.浙江省溫嶺市第一人民醫院腫瘤內科,浙江溫嶺 317500;2.江蘇省徐州市中心醫院腫瘤內科,江蘇徐州 221009;3.皖南醫學院附屬弋磯山醫院病理科,安徽蕪湖 241001

胰腺癌是消化系統惡性程度最高的腫瘤,主要病理類型為胰腺腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD),5 年生存率約為5%[1-2]。由于胰腺癌起病隱匿,早期癥狀不典型,大多數患者確診時已屬晚期;并且,進展到晚期的胰腺癌缺乏有效治療手段,導致其發病率與病死率相近,預后極差[3]。PAAD 發病機制尚未明確,家族遺傳性、吸煙、慢性胰腺炎及糖尿病等因素均被證實與之相關[4]。因此,深入探索PAAD 發生發展中的關鍵基因,對于進一步明確其發病機制,提高早期診斷及評估預后具有重要意義。

FAM83D 是FAM83 家族成員,定位于人類20q 染色體,編碼紡錘體相關的蛋白,被認為與有絲分裂密切相關[5-6]。既往研究[7-10]發現,FAM83D 在多種癌癥如卵巢癌、肝癌及肺癌中表達上調,并參與調節癌細胞增殖、侵襲和遷移,可能成為新型腫瘤分子標志物。然而,FAM83D 在胰腺癌發生發展中的作用尚未明確,本研究基于在線數據庫系統性分析FAM83D 基因在PAAD 的表達及預后意義。

1 資料與方法

1.1 一般資料

60 對PAAD 術后組織標本來自2018 年1 月至2019 年12 月皖南醫學院附屬弋磯山醫院病理科的存檔蠟塊,包括癌組織與癌旁組織(距離腫瘤>2 cm 的胰腺組織),所有患者病理學診斷明確,術前均未接受放化療。本研究經醫院倫理委員會批準并取得所有患者知情同意。

1.2 生物信息學分析

基因表達譜動態分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)工具(http://gepia2.cancerpku.cn)在線分析FAM83D 基因在PAAD 的表達及預后,參數設定:Log2FC Cutoff=1,p-value Cutoff=0.01。其中腫瘤組織(n=179)信息來源于TCGA 數據庫,正常組織(n=171)信息源于TCGA 數據庫和GTEx數據庫。驗證數據集來自KMplot 數據庫(http://kmplot.com/analysis/)。

1.3 基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)

采用GSEA 將RNAseq Gene 數據中胰腺癌組織樣本分為FAM83D mRNA 高表達組和低表達組(基于FAM83D mRNA 表達的中位數值作為Cutoff 值),分析預測靶基因可能參與的信號通路。參照基因集為MsigDB 中的c2.all.v5.0.symbols.gmt,將其導入GSEA 4.0.3 軟件中進行通路富集分析,軟件設置按照默認參數,樣本置換檢驗1000 次,FDR<0.05 作為差異顯著性的評價標準。

1.4 免疫組織化學染色(immunohistochemistry,IHC)

調取蠟塊,以4 μm 厚切片,脫蠟水化,3% H2O2消除內源性過氧化物酶室溫10 min,PBS 沖洗,高溫高壓抗原修復,PBS 再沖洗,滴加Anti-FAM83D 一抗(Abcam 中國,1∶100 稀釋),4℃過夜,PBS 沖洗后二抗室溫孵育30 min,PBS 沖洗,DAB 顯色,流水沖洗10 min,蘇木精復染,脫水、透明,中性樹膠封片,光學顯微鏡觀察。FAM83D 陽性染色位于細胞漿,IHC 評分根據染色強度和陽性細胞數來判定,評分標準參照文獻[11]。

1.5 統計學方法

通過對維生素B1缺乏癥的治療以及預防,減少了動物的死亡率,節約了養殖成本,降低了因維生素B1缺乏引起的各種神經及心血管癥狀,能直接提供動物所需的硫胺素,從而達到預防和治療的目的。

2 結果

2.1 FAM83D 在PAAD 中的表達情況

與FAM83D mRNA 低表達組比較,FAM83D mRNA高表達組總生存期、無進展生存期明顯縮短(P<0.01),見圖2A~B;并且在KMplot 數據庫中得到進一步驗證,見圖2C~D。

綜上所述,通過對腦卒中偏癱患者進行呼吸肌反饋訓練,可以有效地改善患者的呼吸功能障礙,呼吸功能的改善促進了患者的吞咽,患者吞咽功能的改善又進一步改善了患者的呼吸功能,呼吸功能改善與吞咽功能改善就形成了一種良性循環。并且該訓練方法簡單有效,可以在臨床推廣應用呼吸肌反饋訓練儀對腦卒中偏癱患者進行呼吸功能的訓練。但本研究也存在局限性,比如樣本量小,訓練時間不夠長,同時未對呼吸功能改善與吞咽障礙功能改善的相關性進行進一步探究。以后的研究中會加大樣本量,延長訓練時間并進一步探究呼吸功能與吞咽功能之間的關系。

表1 FAM83D 蛋白表達與PAAD 臨床病理特征的關系[例(%)]

圖1 FAM83D 在PAAD 中的表達情況

2.2 FAM83D mRNA 表達與PAAD 患者預后的關系

GEPIA 在線分析顯示,與正常組織比較,腫瘤組織中FAM83D mRNA 表達明顯升高(P <0.01),見圖1A。組織標本分析顯示,65.0%(39/60)癌組織中FAM83D 蛋白水平為高表達(IHC 評分≥3 分),而36.7%(22/60)癌旁組織中FAM83D 蛋白水平為高表達;與癌旁組織比較,癌組織IHC 評分顯著增高(P <0.01),見圖1B~C。進一步分析臨床病理參數,PAAD 患者FAM83D 蛋白高表達與淋巴結轉移有關(P <0.05),與性別、年齡、腫瘤位置、腫瘤直徑、分化程度、TNM 分期無關(P >0.05),見表1。

采用SPSS 16.0 軟件進行數據分析,計量資料采用均數±標準差()表示,組間比較采用t 檢驗;計數資料用例數和百分率表示,組間比較采用χ2檢驗;FAM83D表達與患者預后的關系采用Kaplan-Meier生存分析,生存期比較采用Log-rank 檢驗。以P <0.05 為差異有統計學意義。

我國銀行進行信貸業務風險分析時,主要方法還是以客戶自身信用情況分析為主,對企業所屬產業的風險評價重視程度不夠,雖然已經有一些銀行著手將產業風險分析結合到風險管理工作當中,但對其的認識依舊不夠深入,當前的產業風險評價體系還存在著許多問題。

中風屬于常見的急性腦血管疾病,存在起病突然的特點,且發生局部灶性神經功能發生缺失,患病之后合并發生多種并發癥[1] ,其中吞咽功能障礙較為常見。

圖2 FAM83D mRNA 表達與PAAD 患者預后的關系

2.3 FAM83D 基因潛在作用機制

FAM83D 上調與多個基因集呈正相關(P <0.05),如BIDUS_METASTASIS_UP、KEGG_CELL_CYCLE、HALLMARK_GLYCOLYSIS、HALLMARK_DNA_REPAIR、REACTOME_SIGNALING_BY_WNT、JAIN_NFKB_SIGNALING。見圖3。

圖3 GSEA 分析FAM83D 基因潛在作用機制

3 討論

近年來,伴隨著高通量測序技術的廣泛應用以及數據共享機制的不斷成熟,以TCGA 和GEO 為代表的國際公共數據庫中積累了大規模的多組學腫瘤數據,數據驅動型研究逐漸成為腫瘤生物信息學研究的重要模式[12]。本研究以腫瘤公共數據庫和相應的生物信息學技術為基礎,通過數據挖掘發現,與正常組織比較,腫瘤組織中FAM83D mRNA 表達顯著升高;IHC結果顯示癌組織中FAM83D 蛋白呈高表達,且FAM83D蛋白高表達與淋巴結轉移有關。提示FAM83D 可作為PAAD 診斷與預后的潛在分子標志物。

FAM83 基因家族共享一個高度保守的N-末端(DUF1669)[13-14],此結構域不僅具有一定的磷脂酶D 活性以激活表皮生長因子受體(EGFR)[15-16],還可促進c-Raf 激酶的膜轉位激活MAPK 信號通路[17],參與調控上皮細胞的惡性轉變。目前研究[18-21]顯示,FAM83D在不同類型的腫瘤中均存在擴增或過表達,但其作用機制尚未明確。FAM83D 上調通過激活Wnt/β-catenin信號傳導增強細胞增殖和運動能力,與胃癌的預后不良有關[22];FAM83D 通過調節非小細胞肺癌的AKT/mTOR 途徑促進上皮間質轉化,侵襲和順鉑耐藥[23];FAM83D 通過PI3K/AKT/mTOR 途徑抑制自噬并促進卵巢癌細胞的增殖和侵襲[24];敲除FAM83D 通過抑制FBXW7/Notch-1 信號傳導途徑調節結直腸癌的增殖,遷移和侵襲[25]。本研究結果顯示,FAM83D 上調與多個基因集呈正相關,如BIDUS_METASTASIS_UP、KEGG_CELL_CYCLE、HALLMARK_GLYCOLYSIS、HALLMARK_DNA_REPAIR、REACTOME_SIGNALING_BY_WNT、JAIN_NFKB_SIGNALING。提示FAM83D 參與調節細胞轉移、細胞周期、糖酵解、DNA 修復等生物學過程以及WNT、NF-κB 信號通路,具體尚需進一步研究。

綜上所述,本研究基于在線數據庫的深入挖掘,證實FAM83D 基因在PAAD 發生發展中的重要作用,為進一步實驗研究提供了理論依據。

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