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呼吸道微生物組決定機制研究

2022-05-30 10:48:04
科學中國人·下旬刊 2022年10期
關鍵詞:研究

中山大學中山醫學院丁濤教授團隊與田國寶教授團隊合作,揭示了口腔細菌對于肺部菌群和肺部健康的差異化塑造作用。相關成果發表于《先進科學》(Advanced?Science)。肺部曾經一度被認為是無菌的。近年來針對肺部樣本的微生物組研究已經證實了在健康個體的肺部中也存在共生細菌,然而其起源和形成方式目前尚不明確。新研究關注肺部菌群的決定機制和組裝過程,首次闡明了口腔細菌在塑造肺部菌群中的關鍵作用,揭示差異化塑造肺部菌群的具體過程,并探索了肺型和呼吸道健康之間的關聯;研究結論提示了使用口腔微生物作為非侵入性樣本替代肺泡灌洗液(BAL)來評估肺部健康的潛力。

生物質降解菌熱纖梭菌的糖攝取機制研究

中國科學院青島生物能源與過程研究所崔球研究員團隊結合體內和體外實驗,闡明熱纖梭菌中負責纖維寡糖和葡萄糖攝取的轉運蛋白及其結構分子機制。相關成果發表于《m生物》(mBio)。熱纖梭菌是一種高效降解木質纖維素類生物質的嗜熱厭氧細菌,在農林廢棄物生物質的轉化利用中具有應用價值。熱纖梭菌通過分泌一種多酶復合體——纖維小體將木質纖維素中的多糖水解為以纖維寡糖為主的可溶性糖,進而為細胞提供碳源和能量。研究闡明了熱纖梭菌的寡糖和葡萄糖攝取機制,發現了寡糖攝取與纖維小體表達調控的偶聯關系,加深了對熱纖梭菌的生理和代謝機制的認識。

首例單子葉植物NLR抗病毒基因

中國農業大學張永亮、李大偉教授團隊,中國科學院遺傳與發育生物學研究所劉志勇研究員與國內外科學家合作,通過圖位克隆的方法克隆了第一個抗大麥條紋花葉病毒基因BSR1。相關成果發表于《新植物學家》(New?Phytologist)。NLR蛋白作為植物體內普遍存在的一類抗性蛋白,對植物的抗病性具有重要調控作用。BSR1是首個在單子葉植物中克隆的編碼典型NLR蛋白的抗病毒基因。短柄草是一種理想的麥類作物優異基因發掘和功能研究模式植物,也是禾本科作物潛在R基因的來源,可用于作物改良,同時為理解病毒-宿主基因的協同進化和抗性開辟了新的途徑,有助于了解R基因介導的禾本科作物抗病毒病機制。

埃可病毒感染誘導細胞焦亡機制研究

中國科學院武漢病毒研究所/病毒學國家重點實驗室周溪研究員團隊發現埃可病毒通過促進NLRP3炎癥小體的激活誘導細胞焦亡的致病機制。相關成果發表于《公共科學圖書館·病原體》(PLOS?Pathogens)。埃可病毒11型(Echovirus?11,ECHO11)屬于小RNA病毒科腸道病毒屬的B族腸道病毒,是最常見的腸道病毒之一。ECHO11感染可導致廣泛的疾病,如無菌性腦膜炎、上呼吸道感染、心肌炎和肝炎。近年來,ECHO11頻繁暴發,特別在新生兒中引起的嚴重疾病如急性肝炎具有較高的發病率和死亡率。研究確定了ECHO11?2B發揮作用的關鍵氨基酸位點,為理解致病機制及抗ECHO11藥物研發提供了新思路。

EB病毒抑制宿主DNA損傷應答(DDR)的新機制

中國科學院生物物理研究所周政課題組和北京大學徐冬一課題組合作,揭示了EB病毒蛋白BKRF4調控宿主核小體組裝并抑制宿主DDR的分子機制。相關成果發表于《美國科學院院刊》(PNAS)。EB病毒是一種具有雙鏈DNA基因組的γ皰疹病毒,BKRF4是EB病毒的被膜蛋白(BKRF4),DDR是細胞進化出的一套完整的DNA損傷應答(DDR)體系。DNA承載著細胞的遺傳信息,其穩定傳遞和精確復制對于生命體的生存至關重要。此項研究探明了一種新的核小體結合模式,揭示了BKRF4識別DNA損傷、破壞染色質組裝、調控宿主DDR的作用機制。

流感病毒調控干擾素機制研究

暨南大學病原微生物研究院吳建國教授團隊揭示了甲型流感病毒(IAV)感染通過宿主鞘氨醇激酶SPHK2調控Ⅰ型干擾素合成進而影響病毒復制的新機制。相關成果發表于《公共科學圖書館·病原體》(PLOS?Pathogens)。在流感暴發季節,流感病毒因其高致病性、高致死率,給全球帶來了嚴重的生命健康威脅和巨大的經濟損失。在流感病毒與宿主相互作用的過程中,病毒的吸附進入、病毒基因組的組裝及病毒逃避細胞免疫的各個階段涉及多種宿主因子的參與。研究揭示了流感病毒利用宿主因子鞘氨醇激酶SPHK2以非常精巧的機制促進自身復制的機制,拓寬了人類對于流感病毒與宿主相互作用的認知。

醫源性病原細菌細胞行為調控新模式

中國科學院微生物研究所王芳芳與河北大學葛欣等人合作,發現磷酸二酯酶SisP是細菌感知亞鐵離子并控制鞭毛合成的關鍵調控蛋白。相關成果發表于《m生物》(mBio)。嗜麥芽宅食單胞菌是近年來嚴重威脅人民生命健康的醫源性條件致病細菌,ICU病房檢出率高,致死率高,多重耐藥。前期研究表明,環二鳥苷單磷酸(c-di-GMP)是這一細菌調控毒力和細胞感染行為的重要第二信使分子,但精細調控機制不明。新研究發現,當細菌生存于寄主因急性損傷或出血導致的富鐵環境時,亞鐵離子結合SisP,提高了SisP降解c-di-GMP的酶活性。這一過程解除了c-di-GMP對細菌鞭毛合成調控蛋白FsnR的抑制作用。

釀酒酵母合成甲基酮研究

中國科學院天津工業生物技術研究所王欽宏研究員和戴宗杰研究員帶領的進化與代謝工程研究團隊通過代謝工程改造,開發了生產甲基酮的釀酒酵母細胞工廠。相關成果發表于《代謝工程》(Metabolic?Engineering)。甲基酮是一類脂肪酸衍生物,可用作信息素類殺蟲劑,也被用于香精、香料、化學合成中間體及生物燃料調和劑。由于植物提取效率低,甲基酮主要通過烴類的化學氧化合成。在這項研究中,通過增強釀酒酵母固有的過氧化物酶體脂肪酸β-氧化循環、創建全新異源胞質脂肪酸β-氧化途徑,實現了中鏈甲基酮(2-壬酮、2-十一烷酮、2-十三烷酮和2-十五烷酮)的生物合成。

任務沖突對重大科學工程協同創新網絡中參研人員結構嵌入性的作用機制研究

西安交通大學管理學院孫雯、劉人境基于重大科學工程協同創新的特殊語境,從網絡視角出發,從微觀個體層面切入,通過調研329個參研人員樣本數據,對任務沖突影響重大科學工程協同創新網絡中參研人員結構嵌入性的作用機制進行探討。相關成果發表于《科技進步與對策》(Science?&?Technology?Progress?and?Policy)。重大科學工程是我國實施科技強國戰略、突破尖端技術瓶頸的關鍵抓手,是基于中國本土情境協同創新范式研究不可忽視的重要類型。研究發現,任務沖突可通過“任務沖突→群體關注→社會技能→結構嵌入性”鏈式中介路徑顯著影響參研人員網絡結構嵌入性。文章結論可為重大科學工程協同關系網絡治理提供基礎。

通信作者不當署名行為界定及規則改進

北京師范大學法學院熊皓男開展了論文通信作者署名行為相關研究。研究成果發表于《中國科學院院刊》。通信作者是特殊的署名類型,存在特殊的學術不端行為。通信作者的職責是完成論文通信事宜,其不當署名具體表現為標注不適格、侵犯其他作者署名權、未履行通信作者義務。友好的通信作者制度設計可以有效預防不當署名等學術不端行為,而現有的通信作者制度難以勝任。文章建議應從制定通信作者署名規則、完善通信作者獎勵機制、推行合作作者貢獻聲明3個方面進行完善;通過精細的角色分工、公正的獎勵機制、科學的責任分配等方式,減少糾紛、促進協作。

美國復興制造業政策有效性及中國的應對策略

中國社會科學院工業經濟研究所劉戒驕與西北農林科技大學經濟管理學院王文娜等人合作,構建由作用領域、干預層級、中介目標和戰略意圖4個維度構成的政策矩陣,并利用這個矩陣分析美國制造業政策,檢驗其政策體系對制造業細分行業增加值的影響。相關成果發表于《中國軟科學》(China?Soft?Sciencey)。文章建議汲取特朗普政府保護主義政策失靈的教訓,按自身定力繼續擴大開放和增強市場作用,促進政策協同并強化其實現使命任務的能力,在促進產業公地建設、提升在全球生產網絡中的地位、積極應對貿易保護主義和跨國公司壟斷、提高產業鏈和價值鏈黏性等方面,形成協同互動的政策矩陣。

國家科研資助的成果披露制度研究

中國人民大學沈健、鐘衛與北京師范大學徐洪合作,提出建立科學合理的國家科研資助成果披露制度。相關成果發表于《科學學研究》(Studies?in?Science?of?Science)。國家科研資助過程中,成果披露是解決國家、單位、個人之間信息不對稱的關鍵手段,是維護科技安全、明晰產權歸屬、優化成果管理的重要基礎。但是,現階段我國成果披露的理論研究和制度建設尚不完善。文章基于委托代理理論提出個人-單位、單位-國家雙層道德風險模型。對比中美兩國成果披露制度發現,美國綜合采用激勵機制和約束機制服務國家目標的實現;而我國的國家科研資助盡管有著科學而明晰的政策目標,成果披露制度尚處于探索階段。

國家實驗室研究領域富化機理研究

揚州大學商學院聶繼凱博士梳理和提煉美國勞倫斯伯克利國家實驗室研究領域90年來的發展史,發現國家實驗室研究領域存在由少到多并形成生態群落的富化歷程。相關成果發表于《中國科技論壇》。在時空約束生產要素的前提下,多元化協同參與主體借助相應設施化承載手段,融合持續增值知識,附加政策集成作用,通過培育、發展、鞏固和淘汰4種方式推動國家實驗室研究領域日趨富化。富化結果反作用于時空、主體、手段、知識和政策質態的改變,助力國家實驗室研究領域躍遷入下一輪更高層次的富化過程。研究結果為國家實驗室研究領域生態群落的形成與發展提供了參考。

導師支持、工作滿意度與博士后職業前景研究

陜西師范大學陳玥、張峰銘基于《自然》2020全球博士后調查數據的中介效應分析,揭示博士后職業前景的基本情況,探索導師支持對于博士后職業前景的影響機制。相關成果發表于《中國高教研究》。文章提出博士后職業前景的總體狀況差強人意。導師支持與工作滿意度、博士后職業前景顯著正相關。而工作滿意度能夠顯著預測博士后職業前景,并在導師支持對博士后職業前景的影響中起部分中介作用。為改善博士后未來職業發展,亟須開拓非學術就業市場,促進博士后就業多元化;完善導師支持結構體系,優化支持指導的有效性;構建平等良好的合作伙伴關系,提升博士后工作滿意度。

美國擴大出口管制實體清單對中國科技的影響和對策

中國科學技術信息研究所陳峰根據最新的美國對華出口管制實體清單數據,分析其對我國科技的影響,并提出對策,為科技智庫、情報研究與服務等工作提供參考。相關成果發表于《情報雜志》。文章基于最新數據,分析被列入美國出口管制清單的我國機構的11類主要群體分布。研究發現美國擴大出口管制實體清單對中國科技的影響主要體現在5個方面,分別是:1.限制目標實體機構特別是行業龍頭企業的科技發展;2.限制中國特定行業特別是戰略高科技產業發展;3.影響中國若干國家科技戰略的實施和預期效果;4.中國科技發展的基礎、環境和創新能力將受到嚴重影響;5.中國的科技安全風險將日益突出。

簡政放權、創新環境與科技小微企業創新意愿

西北工業大學鄭燁、姜蘊珊等人以國內399家科技小微企業為研究對象,在對相關概念進行界定的基礎上,構建簡政放權、創新環境及企業創新意愿三者間關系模型并進行實證檢驗。相關成果發表于《科研管理》。“簡政”和“放權”都會對創新環境和企業創新意愿產生顯著正向影響,且“放權”的影響作用更強;二者的交互項也顯著正向影響創新環境及企業創新意愿,且對創新意愿的影響更強。創新環境在“簡政”“放權”兩個維度與企業創新意愿的關系之間均起到了部分中介作用,然而其在“簡政”與創新意愿關系間的中介作用更顯著。此外,簡政放權在傳統行政區內的作用效果總體上更顯著。

局域模體結構對系統受擾動后響應行為的影響

復旦大學類腦人工智能科學與技術研究院紀鵬研究員與法蘭克福金融管理學院簡·納格勒(Jan?Nagler)教授合作,給出了信號在局域傳播中與模體間的定量縮放關系,及其在全局傳播中與鏈路模體空間分布間的關聯。相關成果發表于《自然·通訊》(Nature?Communications)。基于一般耦合動力系統,在源節點施加恒定不變的小擾動并線性化系統,表征節點狀態的變化并計算信號傳播時間指標;在局域傳播中,分離本征特性和模體等影響傳播因素,定量傳播時間與拓撲間的標度指數;在全局傳播中,采用高斯迭代法獲得鏈路上相鄰層間的關聯,計算鏈路上模體數目及空間分布對全局傳播時間的影響。

極其微小的隨機干擾對湍流的大尺度影響

上海交通大學廖世俊團隊應用其提出的“精準數值模擬”(Clean?Numerical?Simulation,簡稱CNS),發現極其微小的數值噪音能夠對二維Rayleigh–Bénard熱對流這個可持續湍流的數值模擬結果產生宏觀的影響。相關成果發表于《流體力學學報》(Journal?of?Fluid?Mechanics)。湍流,被稱為經典力學的最后一個難題。湍流與航空、航天、海洋工程等許多領域都密切相關。深入研究湍流的生成和演化機理,具有重要的理論意義和應用價值。由CNS得到的精準模擬結果能夠長期保持典型的旋渦狀對流,但由傳統算法(RKwD)給出的數值模擬卻轉變成剪切對流,其對應的流場變成一種帶狀湍流。

機器人類人靈巧操作方法研究

中國科學院自動化研究所王鵬研究員團隊通過借鑒人與人之間的物體交接方式,提出一種人與仿人五指靈巧手機器人之間的類人物體交接靈巧操作方法,并應用到實際機器人平臺中,實現了人和仿人五指靈巧手機器人之間的多樣性物體類人交接自主靈巧操作。相關成果發表于《IEEE認知與發展系統匯刊》(IEEE?Transactions?on?Cognitive?and?Developmental?Systems)。人與機器人間的物體交接主要以二指平行爪等簡單機構作為機器人的末端執行器,由于結構的差異性,難以實現物體在人和機器人之間的自然和靈巧傳遞。研究借鑒人手的抓握習慣建立學習模型,自動生成物體交接抓取配置策略,使機器人能夠使用類人的抓握方式。

自動駕駛系統仿真測試方法

中國科學院軟件研究所吳國全、葉丹、田浩翔等人在自動駕駛系統安全性違規檢測方面取得進展。相關成果發表于《ACM聯合歐洲軟件工程會議和軟件工程基礎研討會2022》(ESEC/FSE?2022)。自動駕駛系統是高度復雜的軟硬件系統,其所處的運行環境高度復雜且多變,會面臨許多無法預見的情況,系統安全性尤為重要。目前的自動駕駛仿真測試方法存在搜索成本高、測試效率低和生成場景挑戰性不足、相似度高等問題。研究提出了基于多目標遺傳算法的自動駕駛系統仿真測試方法,能夠有效生成自動駕駛系統的挑戰場景,暴露自動駕駛系統的安全性缺陷,并支持對自動駕駛系統的連續、長距離測試,提高仿真測試執行效率。

增強過驅動無人機平臺穩定性及安全性研究

北京大學人工智能研究院朱毅鑫課題組開發了一種適用于由四旋翼無人機模塊組成的無人機平臺的控制策略。相關成果發表于《智能機器人與系統國際會議2022》(IROS?2022)。無人機由于其靈巧、簡單的特點,一直備受市場和學術界的關注。機動性和安全性一直是無人機領域的兩大課題,?這一控制策略能夠兼顧無人機之間的氣流沖刷現象和平臺整體的推力效率問題,增加了此類無人機平臺實際使用時的穩定性和安全性。研究人員提出的控制算法巧妙地兼顧了過驅動無人機平臺的氣流沖刷現象和無人機平臺整體的推力效率。研究人員在仿真場景和現實環境中均進行了實驗,實驗結果很好地驗證了控制算法的有效性。

光學元件的局域面形公差和品質評價新方法

清華大學精密儀器系朱鈞課題組開展了光學曲面的局域面形公差和品質評價研究。相關成果發表于《光學》(Optica)。研究團隊計算了一個離軸三反光學系統的三鏡和一個卡塞格林式系統的兩個反射鏡的局域面形公差,并對公差進行了模擬驗證。公差的計算結果顯示出很明顯的局域性。研究人員同時提出一種與成像性能直接相關的光學元件品質的精確評價函數RWE,替代傳統的RMS或PV值來評價光學元件的品質,并對一系列的具有不同面形誤差的元件進行了品質評價。研究提出的局域公差框架將為光學系統的制造,特別是為光刻系統和太空望遠鏡等高精度、大口徑的光學系統制造提供新的技術支撐。

腦機接口信息處理技術研究

中國科學院沈陽自動化研究所唐鳳珍課題組針對頭皮腦電信號的解碼問題開展研究,提出基于對數歐氏度量黎曼幾何的腦信號解碼方法,在保證精度的同時提升腦信號解碼的效率。相關成果發表于《IEEE控制論匯刊》(IEEE?Transactions?on?Cybernetics)。研究人員將腦電信號表征為協方差矩陣的、從平直的歐氏空間轉換到彎曲的對稱正定黎曼空間,利用對數歐式度量,將廣義學習矢量量化方法推廣到黎曼空間,建立基于對數歐氏距離的廣義學習矢量量化方法,實現高效快速的腦電信號解碼;通過引入對數歐氏度量學習方法,學習一個將原流形映射到更具有可分性的黎曼子流形的函數,在保持計算速度的同時,取得了更好的結果。

CPU友好的神經網絡模型新設計

廈門大學信息學院紀榮嶸團隊提出了一種剪枝粒度介于權重剪枝與濾波器剪枝之間的新型剪枝,其基本剪枝單元是相同輸入通道下連續N個輸出核組成的塊,并在剪枝之前對參數進行重排列,以進一步提升剪枝后模型的性能。相關成果發表于《IEEE模式分析與機器智能匯刊》(TPAMI)。深度神經網絡(Deep?Neural?Networks,?DNN)的參數量(Parameters)與浮點計算量(FLOPs)不斷增長,這使得在計算能力有限的邊緣設備上部署DNN成為困難。新模式的剪枝模型能夠被當前的CPU內置的指令所支持實現并行的矢量化運算,可以在現有硬件與計算庫下直接獲得加速效果。

(本欄目責編:黃雪霜)

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