基于高通量測(cè)序與培養(yǎng)基鑒定法分析不同省份不同養(yǎng)殖模式下小龍蝦菌群的多樣性

范鵬飛，馮 武，肖 瑤，張?jiān)聺崳偶t英，陳加平

（華中農(nóng)業(yè)大學(xué)食品科學(xué)與技術(shù)學(xué)院，湖北武漢 430070）

克氏原螯蝦俗稱小龍蝦（Procambarus clarkii），原產(chǎn)北美地區(qū)，20世紀(jì)80年代起國(guó)內(nèi)將之作為養(yǎng)殖對(duì)象引至各地，現(xiàn)分布在國(guó)內(nèi)十多個(gè)省市[1]。近年來，小龍蝦產(chǎn)業(yè)發(fā)展迅速，2020年全國(guó)小龍蝦養(yǎng)殖總產(chǎn)量達(dá)239.37萬(wàn)噸，主要養(yǎng)殖省份沿長(zhǎng)江分布，包括湖北、江蘇、安徽等[2]。小龍蝦的養(yǎng)殖及食品安全衛(wèi)生問題在這幾年隨之增多，常見情況如養(yǎng)殖細(xì)菌病害[3]和橫紋肌溶解綜合征，2020年廣州市白云區(qū)共發(fā)生25例小龍蝦相關(guān)橫紋肌溶解綜合征[4]。由于小龍蝦的市場(chǎng)逐漸增長(zhǎng)，因此需要對(duì)小龍蝦的養(yǎng)殖質(zhì)量和在保藏運(yùn)輸中的存活與污染投入更多的關(guān)注，而這一過程中重要的影響因素就是小龍蝦所攜帶的菌群情況[5-6]。目前，小龍蝦養(yǎng)殖模式以稻蝦互作為主，2020年稻蝦互作占86.61%，小龍蝦營(yíng)養(yǎng)豐富且主要生活在稻塘水體環(huán)境中[7-8]。鮮活小龍蝦自身攜帶多種微生物，極不耐運(yùn)輸儲(chǔ)藏[9-10]。因此除應(yīng)季小龍蝦外，多以龍蝦制品的形式進(jìn)行運(yùn)輸，包括凍蝦尾[11]、蝦仁[12]和熟制小龍蝦等形式[13-14]。小龍蝦生長(zhǎng)偏好濕熱條件的環(huán)境，不同產(chǎn)地的氣候、水土情況與飼養(yǎng)原料都存在一定差別，小龍蝦出塘后攜帶的微生物也由此存在差別，需要對(duì)多種影響因素進(jìn)行研究[15]。

培養(yǎng)基鑒定法是使用根據(jù)營(yíng)養(yǎng)成分和抑制物質(zhì)表現(xiàn)出選擇性的培養(yǎng)基對(duì)樣品中的微生物進(jìn)行篩選，從而分離出多種細(xì)菌菌株，通過提取和擴(kuò)增細(xì)菌DNA進(jìn)行測(cè)序，使用NCBI Blast查詢并確定細(xì)菌種類[16]。該方法在實(shí)施過程中主觀影響較大，僅憑實(shí)驗(yàn)人員自主挑選菌株，容易出現(xiàn)重復(fù)與漏選的情況，影響菌群豐富度和菌種占比的測(cè)定。此外，存在多種細(xì)菌無(wú)法在培養(yǎng)基上進(jìn)行培養(yǎng)的情況，自然條件下生長(zhǎng)的細(xì)菌可通過培養(yǎng)基篩選的僅占總數(shù)的1%[17]。

高通量測(cè)序法不存在受限于人為培養(yǎng)的缺點(diǎn)，作為一種高效且全面的測(cè)定方式，高通量測(cè)序法（二代測(cè)序法）所需時(shí)長(zhǎng)遠(yuǎn)低于傳統(tǒng)培養(yǎng)的時(shí)長(zhǎng)，在較短的時(shí)間內(nèi)能同時(shí)對(duì)上百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行檢測(cè)，由于不需要進(jìn)行培養(yǎng)增菌，無(wú)法培養(yǎng)或豐度較低的微生物同樣會(huì)被檢出，相對(duì)培養(yǎng)基鑒定法更為全面[18]。現(xiàn)在已在分析肉制品和水生生物等的微生物組成有廣泛應(yīng)用，Li等[19]應(yīng)用高通量技術(shù)分析得冷藏后期豬肉中的優(yōu)勢(shì)菌屬為假單胞菌屬、不動(dòng)桿菌屬和發(fā)光桿菌屬。該方法同樣被逐漸應(yīng)用于鑒定水產(chǎn)品攜帶或腐敗微生物方面，如Xing等[20]利用高通量測(cè)序法分析得毛尾魚微生物群落的豐富度和多樣性在冷藏條件下先下降后短暫上升后下降的動(dòng)態(tài)變化。湯純等[15]通過高通量測(cè)序法得浦口小龍蝦攜帶的優(yōu)勢(shì)菌為檸檬酸桿菌和氣單胞菌，太湖東山小龍蝦攜帶優(yōu)勢(shì)菌為蜂房哈夫尼菌。

本研究使用培養(yǎng)基鑒定法和高通量測(cè)序法共同實(shí)驗(yàn)，對(duì)湖北荊州、江蘇盱眙和安徽霍邱三地的小龍蝦的微生物情況進(jìn)行研究，其中荊州兩組樣本分別來自稻蝦互作塘與養(yǎng)殖塘，分析鮮活小龍蝦整體和蝦尾肉部位的菌群組成，同時(shí)研究分析兩種養(yǎng)殖模式下的養(yǎng)殖環(huán)境中的微生物，確認(rèn)小龍蝦攜帶的菌群情況，分析小龍蝦菌群與養(yǎng)殖環(huán)境的關(guān)系，為小龍蝦在流通過程中的微生物防治措施研究提供參考。

1 材料與方法

1.1 材料與儀器

本實(shí)驗(yàn)選取六月份可上市生鮮小龍蝦 在荊州、盱眙和霍邱三個(gè)地區(qū)的當(dāng)?shù)仞B(yǎng)殖塘通過五點(diǎn)取樣法取小龍蝦，每個(gè)取樣點(diǎn)選取大小相近（25±2 g）的5尾小龍蝦冷藏打包，通過快遞送至實(shí)驗(yàn)室備用，其中荊州小龍蝦捕撈自稻蝦塘與養(yǎng)殖池塘兩種養(yǎng)殖模式，盱眙和霍邱小龍蝦均取自養(yǎng)殖池塘。采用同樣方法，使用滅菌封口袋對(duì)荊州稻蝦塘和養(yǎng)殖池塘的土壤和水體進(jìn)行取樣，置于冰盒送至實(shí)驗(yàn)室備用。PCA菌落計(jì)數(shù)培養(yǎng)基、結(jié)晶紫中性紅膽鹽葡萄糖瓊脂（VRBGA）、甘露醇氯化鈉瓊脂（MSA）、乳酸菌瓊脂基礎(chǔ)培養(yǎng)基（MRS）、假單胞菌瓊脂基礎(chǔ)培養(yǎng)基（CN瓊脂）、LB肉湯（LB）、細(xì)菌DNA提取試劑盒山東青島海博生物技術(shù)有限公司。

SW-CJ-1D型無(wú)菌操作臺(tái) 浙江蘇凈凈化有限公司；ME204E電子分析天平 梅特勒-托利多儀器（上海）有限公司；SHP-250型生化培養(yǎng)箱 上海精宏實(shí)驗(yàn)設(shè)備有限公司；Microfuge 20R高速冷凍離心機(jī)德國(guó)Beckman coulter公司；超純水系統(tǒng) 上海和泰儀器有限公司。

1.2 實(shí)驗(yàn)方法

1.2.1 樣品處理 參考?zogul等[21]的方法并略有改動(dòng)。對(duì)三產(chǎn)地的四組小龍蝦分別做出如下2種處理：a. 稱取75 g鮮活小龍蝦，均質(zhì)破碎混勻后取任意25 g加入225 mL生理鹽水得到小龍蝦整體樣品；b. 無(wú)菌條件下取出不帶蝦線的蝦尾肉碾碎混勻，取25 g加入225 mL生理鹽水均質(zhì)充分得到小龍蝦尾肉（不帶腸）樣品處理液。每組樣品處理3個(gè)平行。對(duì)荊州兩組土樣均質(zhì)后放入-80 ℃冷凍保藏，水樣則用0.22 μm濾膜過濾，在濾膜上得到菌群樣本，將濾膜放入-80 ℃冰箱保存。

1.2.2 菌落計(jì)數(shù)與優(yōu)勢(shì)菌種保藏 根據(jù)GB 4789.2-2016[22]測(cè)定每組樣品整體與蝦尾肉的菌落總數(shù)。將1.2.1節(jié)中的樣品稀釋液通過平板涂布的方式涂布于PCA瓊脂表面培養(yǎng)30 ℃培養(yǎng)24 h后計(jì)數(shù)，同時(shí)涂布在VRBGA、CN瓊脂、MSA和MRS瓊脂平板上，30 ℃培養(yǎng)24 h后挑取菌落。在4種培養(yǎng)基平板上選取不同的菌落，在對(duì)應(yīng)的培養(yǎng)基上進(jìn)行劃線培養(yǎng)直至純化得單菌落，挑取單菌落至10 mL LB肉湯中，30 ℃，120 r/min振蕩培養(yǎng)至菌液混濁（此時(shí)OD600nm=1）時(shí)，取1 mL菌液與0.2 mL無(wú)菌甘油至2 mL無(wú)菌離心管中混勻密封，放入-80 ℃冰箱保存。

1.2.3 樣品總DNA提取 取1.2.1節(jié)中的小龍蝦整體樣品和蝦尾肉均質(zhì)液各50 mL于100 mL無(wú)菌離心管中，4 ℃，2000 r/min條件下離心10 min，取上清液在4 ℃，12000 r/min條件下再次離心10 min，倒掉上清液，取沉淀置于無(wú)菌袋中。挑取少量沉淀使用細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒提取DNA進(jìn)行檢測(cè)，將檢測(cè)合格的沉淀樣品放于-80 ℃下保存。

1.2.4 高通量測(cè)序和數(shù)據(jù)分析 將保存在-80 ℃冰箱中的樣品處理產(chǎn)物置于干冰箱中送至諾禾致源有限公司的Illumina PE100高通量測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行檢測(cè)。使用引物27F（5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’）和1492R（5’-TACGACTTAACCCCAATCGC-3’）對(duì)樣品菌群進(jìn)行擴(kuò)增，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物在16S rDNA V3～V4區(qū)的DNA信息進(jìn)行鑒定[23]。完成后用High Performance Computing平臺(tái)處理數(shù)據(jù)，分析獲取可用序列[24]。以各樣品的序列作為基礎(chǔ)單元，以相似性在98%以上為標(biāo)準(zhǔn)，將各個(gè)單元分類得操作分類單元（Operational Taxonomic Units，OTU）。將各個(gè)OTU比對(duì)High Performance Computing平臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)，獲得相應(yīng)物種信息。Alpha多樣性分析選用Mothur軟件（version 1.31.2）。匯總比較三個(gè)產(chǎn)地四組生鮮小龍蝦攜帶的菌群，統(tǒng)計(jì)微生物群落結(jié)構(gòu)。

1.3 數(shù)據(jù)處理

方差分析使用SPSS 16.0軟件，進(jìn)行顯著性分析。所有實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。

2 結(jié)果與分析

2.1 三地區(qū)小龍蝦初始菌落數(shù)分析

圖1為三個(gè)產(chǎn)地四組小龍蝦初始菌落數(shù)。由圖1a可知，荊州稻蝦塘和養(yǎng)殖塘兩種小龍蝦整體樣品相比江蘇盱眙小龍蝦整體樣品、安徽霍邱小龍蝦整體樣品的菌落總數(shù)較少，分別為5.85 lg（CFU/g）和5.75 lg（CFU/g）；而后兩者菌落總數(shù)相近，分別為6.32 lg（CFU/g）和6.35 lg（CFU/g）。由于在捕撈后盱眙和霍邱小龍蝦運(yùn)輸至實(shí)驗(yàn)室所用時(shí)間相近且均高于荊州小龍蝦運(yùn)輸時(shí)間，而同為池塘養(yǎng)殖的荊州小龍蝦樣本菌落總數(shù)顯著低于前兩者，因此推測(cè)可能菌落總數(shù)差別與運(yùn)輸時(shí)間與運(yùn)輸溫度相關(guān)，這也說明活體小龍蝦在運(yùn)輸中仍存在微生物菌群生長(zhǎng)情況[25]。

從圖1b可知，荊州稻蝦塘小龍蝦尾肉的菌落數(shù)為5.27 lg（CFU/g），荊州養(yǎng)殖塘小龍蝦尾肉的菌落數(shù)為5.21 lg（CFU/g），盱眙地區(qū)小龍蝦尾肉菌落數(shù)為5.51 lg（CFU/g），霍邱地區(qū)小龍蝦尾肉菌落數(shù)為5.49 lg（CFU/g）。三地小龍蝦尾肉初始菌落數(shù)均高于5 lg（CFU/g），這可能與小龍蝦整體的菌落數(shù)有關(guān)，同時(shí)受到小龍蝦出塘是在環(huán)境溫度較高的6月的影響[26]。

結(jié)合圖1a與圖1b兩圖可以看出，小龍蝦蝦尾肉的菌落數(shù)相比整體樣品略低。這可能是由于小龍蝦表面的甲殼中含有致密的幾丁質(zhì)，可以減少環(huán)境微生物入侵體內(nèi)，也可能是由于蝦頭與甲殼被去除而導(dǎo)致微生物含量的減少。

圖 1 三地四組小龍蝦整體和蝦尾肉的菌落數(shù)差異Fig.1 Differences in bacterial counts of whole crayfish and tail meat of four groups of crayfish in three places

2.2 優(yōu)勢(shì)攜帶菌的分離與鑒定

挑取特征菌落在同類培養(yǎng)基上進(jìn)行劃線分離得單菌株，共分離209株菌。提取各個(gè)菌株的DNA后通過PCR擴(kuò)增后檢測(cè)產(chǎn)物的質(zhì)量。擴(kuò)增的樣品的特異性條帶在1500 bp附近，對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物使用NCBI Blast進(jìn)行比對(duì)，通過同源性高于98%的已知序列來確定菌株。209株菌株中包括荊州稻蝦塘29種，荊州養(yǎng)殖塘30種，盱眙74種，霍邱76種。其中大多菌株屬于腸桿菌科，包括檸檬酸桿菌、哈夫尼亞菌和粘質(zhì)沙雷氏菌，有22株屬于檸檬酸桿菌科。Pan等[27]從患病鯽魚中提取出致病性弗氏檸檬酸桿菌。Liu等[28]發(fā)現(xiàn)有弗氏檸檬酸桿菌株對(duì)小龍蝦存在高毒性會(huì)造成死亡。因此對(duì)檸檬酸桿菌這類條件致病菌，需要注意防范。

2.3 Alpha多樣性指數(shù)分析

Alpha多樣性指數(shù)（包括Chao1、PD whole tree、observed species及Shannon指數(shù)）分析通過不同指數(shù)的指標(biāo)表現(xiàn)各個(gè)樣品菌群的豐度和均勻度等數(shù)據(jù)。其中Chao1及observed species指數(shù)表現(xiàn)各個(gè)菌群的豐度水平（Species Richness）。而Shannon指數(shù)與菌群多樣性（Species Diversity）呈正相關(guān)，PD whole tree指數(shù)表現(xiàn)各個(gè)樣品對(duì)進(jìn)化歷史的留存差別，如圖2所示。

由于Shannon指數(shù)反映出各樣品微生物菌落的均勻度和豐度，受各樣品微生物菌落的多樣性的直接影響，因此本研究通過分析Shannon指數(shù)確認(rèn)各樣品的菌群多樣性[29]。根據(jù)圖2可以看出，荊州兩處小龍蝦整體和蝦肉Shannon指數(shù)的色塊位置相對(duì)低于另外兩組。這表明荊州小龍蝦整體和蝦尾肉的菌群多樣性均較低。而盱眙和霍邱兩處小龍蝦整體Shannon指數(shù)的色塊位置都較高，霍邱樣品的尾肉部分Shannon指數(shù)色塊高于盱眙樣品蝦尾肉部分。這表明盱眙和霍邱的樣品菌群多樣性均高于荊州的兩組樣品，四組樣本蝦尾肉的微生物多樣性又以霍邱的最多，盱眙樣本蝦尾肉相較略低。

而就養(yǎng)殖環(huán)境微生物多樣性而言，荊州稻蝦塘水樣與土樣的Shannon指數(shù)色塊均高于荊州養(yǎng)殖塘對(duì)應(yīng)的Shannon指數(shù)色塊，即稻蝦塘養(yǎng)殖環(huán)境的微生物多樣性高于養(yǎng)殖塘。

2.4 物種組成和聚類分析

分類并歸納各個(gè)OTU的物種所屬信息，對(duì)樣品中的微生物在科和屬兩個(gè)水平進(jìn)行菌株種屬分類。

2.4.1 基于科水平的分析 由圖3可得，三個(gè)產(chǎn)地的四組小龍蝦樣本的攜帶微生物菌落的主要菌株組成屬于氣單胞菌科（Aeromonadaceae）、腸桿菌科（Enterobacteriaceae）、莫拉菌科（Moraxellaceae）和叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）4種菌科，不同產(chǎn)地小龍蝦攜帶菌相有一定差別。氣單胞菌科（Aeromonadaceae）存在于三個(gè)產(chǎn)地小龍蝦菌群中并占據(jù)優(yōu)勢(shì)，但在荊州兩組整蝦樣本中占比接近或低于腸桿菌科（Enterobacteriaceae）。而莫拉菌科（Moraxellaceae）和叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）也是盱眙和霍邱兩組小龍蝦整體的優(yōu)勢(shì)菌群。

圖 2 Alpha多樣性指數(shù)的箱圖Fig.2 The box plots of Alpha diversity indexes

就龍蝦與蝦尾肉的菌相關(guān)系來看，相對(duì)于在小龍蝦整體菌群的占比，蝦尾肉中腸桿菌科（Enterobacteriaceae）占比均較低，叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）的占比則相近或相對(duì)較大。氣單胞菌科（Aeromonadaceae）在小龍蝦和蝦尾肉中均為優(yōu)勢(shì)菌群。莫拉菌科（Moraxellaceae）也在蝦尾肉中占一定比例。

就養(yǎng)殖環(huán)境的菌群來看，荊州稻蝦塘的土壤菌群豐富度明顯高于荊州養(yǎng)殖塘，而水體菌群組成則比較相似，優(yōu)勢(shì)菌占比較為均勻，與小龍蝦和蝦肉的菌群組成差別較大，其中叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）是養(yǎng)殖環(huán)境和小龍蝦都存在的優(yōu)勢(shì)菌種。

2.4.2 基于屬水平的分析 從圖4可以發(fā)現(xiàn)，各樣品微生物多樣性豐富，豐度較高的有氣單胞菌屬（Aeromonas）、乳球菌屬（Lactococcus）、不動(dòng)桿菌屬（Acinetobacter）、金黃桿菌屬（Chryseobacterium）、哈夫尼亞-肥胖桿菌（Hafnia-Obesumbacterium）、檸檬酸桿菌屬（Citrobacter）、卟啉單胞菌屬（Porphyromonas）和志賀氏菌屬（Escherichia-Shigella）等，三產(chǎn)地的四組樣品菌相大體類似，但菌群豐度差異大，其中荊州稻蝦塘小龍蝦整體攜帶菌為氣單胞菌屬、乳球菌屬、檸檬酸桿菌屬和志賀氏菌屬；荊州養(yǎng)殖塘小龍蝦整體攜帶菌主要有氣單胞菌屬、不動(dòng)桿菌屬、哈夫尼亞-肥胖桿菌屬和乳球菌屬；盱眙小龍蝦整體攜帶菌為不動(dòng)桿菌屬、氣單胞菌屬、微小桿菌屬（Exiguobacterium）和檸檬酸桿菌屬；霍邱小龍蝦整體攜帶菌主要有氣單胞菌屬、不動(dòng)桿菌屬、微小桿菌屬和檸檬酸桿菌屬。這些差異主要與養(yǎng)殖所在地區(qū)環(huán)境有關(guān)?？梢钥闯?，不同地區(qū)不同養(yǎng)殖模式下小龍蝦攜帶的優(yōu)勢(shì)菌株較為一致，在菌群占比中存在差異，而菌群中其他菌株的差別可能受養(yǎng)殖環(huán)境和模式的影響存在一定差異，推測(cè)可能與所在水系有關(guān)，荊州兩組小龍蝦均處于長(zhǎng)江干流地區(qū)水域，不同養(yǎng)殖模式導(dǎo)致菌種占比存在差異；而盱眙和霍邱則處于下游的支流淮河水系，因此兩組小龍蝦攜帶菌群相似度更高[30]。

圖 3 基于科水平的菌種組成分析柱狀圖Fig.3 Column chart of bacterial composition analysis based on family level

圖 4 基于屬水平的菌種組成分析柱狀圖Fig.4 Column chart of bacterial composition analysis based on genus level

而小龍蝦尾肉部分，三產(chǎn)地四組樣本的攜帶菌均以氣單胞菌屬、不動(dòng)桿菌屬為主，菌群占比略有差別。其中荊州兩組樣本菌群組成比較接近，含有的微生物有氣單胞菌屬、不動(dòng)桿菌屬、金黃桿菌屬及希瓦氏菌屬（Shewanella），其中蝦尾肉與小龍蝦整體的菌群差別主要在黃金桿菌屬和希瓦氏菌屬的菌群占比上，而這兩種菌屬于小龍蝦的常見腐敗菌和條件致病菌，因此對(duì)蝦尾肉產(chǎn)品，應(yīng)更加注意這兩種菌的防治。而盱眙和霍邱的兩組樣本小龍蝦整體菌相與蝦尾肉菌相相近，蝦尾肉中的氣單胞桿菌屬的占比相對(duì)小龍蝦整體則較高。本實(shí)驗(yàn)結(jié)果驗(yàn)證了湯純等[15]的研究的結(jié)論：淡水小龍蝦的攜帶菌主要包括希瓦氏菌和檸檬酸桿菌等。

2.5 樣品菌群多樣性變化的熱圖分析

將表格中數(shù)據(jù)的差異與信息在一張圖中用顏色的不同與深淺進(jìn)行表達(dá)即可得到熱圖，圖5中對(duì)12組樣品數(shù)據(jù)表達(dá)的信息以不同深淺的顏色進(jìn)行呈現(xiàn)，較為直接清晰。圖中共12組樣品以攜帶菌的豐度差異進(jìn)行了劃分與對(duì)比的標(biāo)準(zhǔn)，可以看出，各組小龍蝦樣品攜帶的菌群：荊州稻蝦塘小龍蝦的檸檬酸桿菌屬、乳球菌屬和志賀氏菌屬等豐度較高，而荊州養(yǎng)殖塘小龍蝦樣本的哈夫尼亞菌屬豐度較高。盱眙和霍邱樣品中微小桿菌屬的豐度較荊州地區(qū)樣品高。蝦尾肉的情況，荊州兩組樣品中希瓦氏菌屬的相對(duì)豐度比盱眙和霍邱地區(qū)樣品高。其中希瓦氏菌被驗(yàn)證為是低溫貯藏的大黃魚中的優(yōu)勢(shì)腐敗菌[31]。而腐敗希瓦氏菌會(huì)引起南美白對(duì)蝦黑變及品質(zhì)劣變[32]。李婷婷等[33]發(fā)現(xiàn)哈夫尼亞菌是一種耐寒的腐敗菌。樣品攜帶的菌株的差異可能是水產(chǎn)品的養(yǎng)殖方式、地理環(huán)境和以及運(yùn)輸方式等的因素導(dǎo)致優(yōu)勢(shì)攜帶菌的差異[34]。

圖 5 OTU 及屬水平熱圖Fig.5 OUT and heat map of genus level

3 結(jié)論

對(duì)不同產(chǎn)地不同養(yǎng)殖模式下的小龍蝦進(jìn)行研究，運(yùn)用Illumina二代高通量測(cè)序法研究得出生鮮小龍蝦整體和蝦尾肉樣品及其生長(zhǎng)環(huán)境的菌相構(gòu)成情況。

培養(yǎng)基鑒定法的結(jié)果表明不同來源小龍蝦的主要攜帶菌種均包括檸檬酸桿菌、哈夫尼亞菌和粘質(zhì)沙雷氏菌等。主要菌種多數(shù)為腸桿菌科，其中檸檬酸桿菌作為一類條件致病菌需要注意防范。

宏基因組測(cè)序顯示，四組小龍蝦所攜帶的優(yōu)勢(shì)菌種較為一致，但菌群比例存在一定差異，在科水平上主要屬于氣單胞菌科（Aeromonadaceae）、腸桿菌科（Enterobacteriaceae）、莫拉菌科（Moraxellaceae）和叢毛單胞菌科（Comamonadaceae）4種菌科。在屬水平上，四組小龍蝦攜帶菌中均存在氣單胞菌屬和不動(dòng)桿菌屬等菌屬，具有較高一致性，但也存在一定差異。荊州不同養(yǎng)殖模式的兩組小龍蝦攜帶優(yōu)勢(shì)菌以氣單胞菌屬、乳球菌屬和哈夫尼亞菌屬為主，其中稻蝦塘小龍蝦的優(yōu)勢(shì)菌株占比較高；盱眙和霍邱兩地小龍蝦主要攜帶菌株較為相似，以氣單胞桿菌屬和不動(dòng)桿菌屬為主，出現(xiàn)這些差異可能是養(yǎng)殖模式、地理位置和所在水系等因素造成的。

此外，小龍蝦整體的菌群多樣性高于蝦尾肉，這可能是因?yàn)檎w菌群包括蝦尾肉中的菌群，且在生長(zhǎng)運(yùn)輸過程中受到環(huán)境的影響，因此相對(duì)蝦尾肉菌群更為豐富，而蝦尾肉中優(yōu)勢(shì)菌的占比則更大，四組小龍蝦的蝦尾肉攜帶菌均以氣單胞菌屬和不動(dòng)桿菌屬為主，在蝦尾肉的加工和保鮮中應(yīng)重點(diǎn)關(guān)注。

而不同養(yǎng)殖模式下的小龍蝦的菌群，稻蝦互作模式下，土壤微生物種類更豐富更均衡，養(yǎng)殖塘土壤微生物種類略低，優(yōu)勢(shì)菌占比較為明顯。而兩種模式下水體微生物菌群存在差異較小。

本研究對(duì)不同地區(qū)不同養(yǎng)殖環(huán)境下生鮮小龍蝦及加工品攜帶微生物的進(jìn)行研究，對(duì)攜帶菌的情況進(jìn)行了探索，為攜帶優(yōu)勢(shì)菌種的防治等研究提供理論依據(jù)。