豬BMPR1B基因的生物信息學分析

王君巖， 張 涵， 劉哲熹， 白珂瑞， 王德鵬， 吳克亮

(中國農(nóng)業(yè)大學動物科學技術學院動物遺傳資源與分子育種實驗室，北京 100193)

骨形態(tài)發(fā)生蛋白受體1B(bone morphogenetic protein receptor 1B，BMPR1B)，也稱為CDw293，是一種由BMPR1B基因編碼的蛋白質(zhì)[1-2]，它作為生長轉(zhuǎn)化因子和骨形態(tài)發(fā)生蛋白(bone morphogenetic proteins，BMPs)受體家族的Ⅰ型受體，在生物體各組織中廣泛表達[3-7]，主要參與經(jīng)典的轉(zhuǎn)化生長因子β(transforming growth factor-β，TGF-β)通路[8-9]，調(diào)控骨的形成分化、神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育[10]以及排卵[11]及卵泡發(fā)育[12-13]等多種生命活動。目前，在人[14]、綿羊[3-6]、山羊[15]、家兔[6]、小鼠[16]等物種均有關于BMPR1B基因的報道。BMPR1B蛋白是BMPs實現(xiàn)信號傳導所必需的受體[17]，通過BMPR的2種受體(Ⅰ型受體和Ⅱ型受體)之間的復雜效應來發(fā)揮生物學功能[8]。

研究人員在美利奴羊中首次發(fā)現(xiàn)BMPR1B基因與動物繁殖性狀高度相關[3，18]，攜帶FecB突變的美利奴羊的排卵數(shù)和產(chǎn)羔數(shù)明顯增加[3]。此后，BMPR1B基因備受研究者的關注。有試驗通過患者激素測定、大數(shù)據(jù)分析、表達和亞細胞定位以及功能驗證，發(fā)現(xiàn)BMPR1B是原發(fā)性卵巢功能不全(POI)的致病基因之一[19]。還有試驗以發(fā)情期的大鼠卵巢為試驗對象，發(fā)現(xiàn)在卵泡發(fā)生、排卵和黃體生成溶解的發(fā)育過程中BMPR1B基因的表達有劇烈的空間和時間變化，在動物發(fā)情中有重要作用[20]。BMPR1B基因有缺陷的小鼠發(fā)情周期會不規(guī)則且有不正常的假妊娠反應，進一步證實了BMPR1B和黃體功能之間的聯(lián)系[21]。各類研究提示，BMPR1B在卵巢內(nèi)控制機制起重要作用，協(xié)調(diào)卵泡從原始階段到排卵和黃體形成的整個過程[22]。BMPR1B基因已經(jīng)可以被認定為一個和繁殖性狀高度相關的基因。

豬的BMPR1B基因(GeneID：658)位于8號染色體，全長為499 194堿基對(bp)，包含27個外顯子，編碼502個氨基酸[23]，主要表達于與豬繁殖有關的器官和組織中，如卵巢、睪丸、子宮和前列腺，在其他各組織中也有表達。研究者通過QTL分析發(fā)現(xiàn)位于豬的8號染色體上的BMPR1B基因可能是一個和繁殖相關的候選基因[24]。有研究表明，太湖豬中的第一內(nèi)含子中存在1個A/G基因突變，在萊蕪黑豬和蘇太豬中存在該突變的個體產(chǎn)活仔數(shù)顯著增高[25-27]。對母豬BMPR1B基因的非編碼區(qū)的369 bp進行多態(tài)性分析，發(fā)現(xiàn)了1個C/T位點突變，該位點與產(chǎn)仔數(shù)相關，BMPR1B基因?qū)ωi的產(chǎn)仔數(shù)有較大的影響[5]。通過研究不同發(fā)育階段豬卵巢中BMP受體的時空表達，發(fā)現(xiàn)BMPR1B在卵巢和卵泡的顆粒細胞層、卵母細胞、黃體和子宮內(nèi)膜上皮細胞中高表達，它與卵泡形成有關，參與調(diào)節(jié)豬卵巢卵泡的生長[28-29]。

我國擁有世界最大的生豬存欄量，也是世界最大的豬肉消費國[30]。而母豬繁殖性狀作為豬生產(chǎn)過程中的一項重要的經(jīng)濟性狀，眾多科研工作者希望通過提高母豬的繁殖性能來加快生豬產(chǎn)業(yè)的發(fā)展[31-32]。BMPR1B基因作為影響太湖豬高繁殖力性狀的重要基因[25，33-34]，有關其起源進化的研究未見報道。本研究引入生物信息學方法，通過軟件和網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫，對豬的BMPR1B蛋白的理化性質(zhì)、多級結(jié)構及結(jié)構域、亞細胞定位、N-糖基化、信號肽、GPI蛋白、同源進化、選擇壓力以及分子內(nèi)共進化進行分析，進一步探究豬BMPR1B基因的生物學特征來獲得對其更加全面和深入的認識，為該基因的生物學功能研究提供參考，同時，探索該基因在豬中的進化關系，以期驗證其與豬繁殖力之間的潛在聯(lián)系，為豬種的繁育和生產(chǎn)實踐提供理論指導。

1 材料與方法

1.1 序列來源

本研究所用的試驗材料于2021年收集存放于北京市中國農(nóng)業(yè)大學服務器中，以供后續(xù)分析。所有基因序列和蛋白質(zhì)序列均來自NCBI[35]和Ensembl[36]數(shù)據(jù)庫，包括豬BMPR1B基因參考DNA序列NC_010450.4：c125035841-124536648，CDS序列ENSSSCG00000029621和蛋白質(zhì)序列NP_001034834；以及多個物種BMPR1B基因的CDS序列，分別為牛、羊、馬、漢普夏豬、皮特蘭豬、五指山豬、榮昌豬、金華豬、八眉豬、藏豬、巴克夏豬、USMARC豬、梅山豬、長白豬、大白豬等。具體序列基本情況見表1。

表1 各物種BMPR1B序列基本信息統(tǒng)計

1.2 研究方法

1.2.1 豬BMPR1B的生物信息學預測和分析 運用多種數(shù)據(jù)庫及在線網(wǎng)站對豬BMPR1B的理化性質(zhì)、親疏水性、二/三級蛋白結(jié)構、motif和domain、亞細胞定位、信號肽、N-糖基化位點、GPI錨定蛋白進行了分析，所用軟件如表2所示。

表2 運用生物信息數(shù)據(jù)庫和軟件信息

1.2.2BMPR1B序列的同源性分析和系統(tǒng)進化分析方法 從Ensembl網(wǎng)址選擇16個物種(13個豬種以及馬、羊、牛作為外群)的BMPR1B的CDS序列，利用BioEdit軟件進行序列一致性分析，運用MAFFT對不同物種的氨基酸序列進行比對，采用 IQ-TREE 構建進化樹進行系統(tǒng)進化分析。系統(tǒng)進化樹使用ML法構建，自展值為5 000，F(xiàn)igtree處理美化。所用的物種名和基因名均標記在進化樹上，比例尺顯示遺傳距離。

1.2.3 選擇壓力分析方法 選取基因序列和得到的進化樹，采用EasyCodeML程序中的分支模型(BM)、分支-位點模型(BSM)、位點模型(SM)[37]進行分析，得到BMPR1B蛋白中存在的正選擇位點。

1.2.4 分子內(nèi)共進化分析方法 基于選取的基因序列和得到的進化樹，運用基于Pearson’s相關系數(shù)法、參數(shù)檢驗法和互信息法等的CAPS(coevolution analysis using protein sequences)軟件[38]分析BMPR1B蛋白質(zhì)內(nèi)部的氨基酸共進化關系(網(wǎng)址：http：//caps.tcd.ie/)，得到BMPR1B蛋白中的共進化氨基酸組。參數(shù)設置為步長值(bootstrap value)：0.6，阿爾法閾值(alpha threshold)：0.012。

2 結(jié)果與分析

2.1 豬BMPR1B蛋白的理化性質(zhì)分析

豬BMPR1B蛋白的氨基酸組成利用ProtParam分析，結(jié)果見表3。BMPR1B蛋白由502個氨基酸組成，分子式為C2 510H3 989N695O750S33，相對分子量為56 960.47。其中亮氨酸(Leu)占比最多(10.0%)共有50個，色氨酸(Trp)含量最少(1.4%)。502個氨基酸中有63個正電荷氨基酸殘基(Arg+Lys)和61個負電荷氨基酸殘基(Asp+Glu)。其預測理論等電點為7.78，呈堿性。在水溶液中280 nm波長下消光系數(shù)為66 445 L/(mol·cm)，0.1%的水溶液中吸光度為1.147。在哺乳動物中半衰期為30 h；不穩(wěn)定系數(shù)為54.83，預測表明該蛋白為不穩(wěn)定蛋白(不穩(wěn)定系數(shù)<40時為穩(wěn)定蛋白，≥40則為不穩(wěn)定蛋白)；脂溶指數(shù)為83.09；平均疏水系數(shù)為 -0.362。

表3 豬BMPR1B蛋白質(zhì)的氨基酸組成

利用ProtScale軟件分析，得到豬BMPR1B蛋白各位點的親疏/水性得分，結(jié)果如圖1所示。該蛋白存在1個極高得分的峰區(qū)(Score>2)，位于第125～147位氨基酸之間，其中141位是最高得分的氨基酸(Score=3.889)，該區(qū)段擁有極高的疏水性，在這個區(qū)段上存在一個跨膜區(qū)域。該蛋白有3個低得分區(qū)域(Score<2)，其中第153～155位是最低得分的氨基酸(Score=-3.111)。

整條肽鏈的親水性氨基酸數(shù)量大于疏水性氨基酸數(shù)量。根據(jù)氨基酸分值越高疏水性越強或氨基酸分值越低親水性越強的規(guī)律分析得出，該蛋白總體表現(xiàn)為親水性，提示其為一種跨膜的親水蛋白。

2.2 豬BMPR1B蛋白的二級結(jié)構預測分析

使用SOPMA在線分析網(wǎng)站，對豬BMPR1B蛋白的二級結(jié)構進行分析，結(jié)果見圖2。該蛋白共有181個氨基酸參與構成α-螺旋，占總氨基酸數(shù)目的36.06%，β-折疊由17個氨基酸構成(3.39%)，57個氨基酸構成了延伸鏈(11.35%)，接近半數(shù)氨基酸為無規(guī)則卷曲狀態(tài)(49.20%)。得出豬BMPR1B蛋白的主要結(jié)構為α-螺旋和無規(guī)則卷曲，其總體的二級結(jié)構組成有助于蛋白質(zhì)結(jié)構的穩(wěn)定。

2.3 豬BMPR1B蛋白的三級結(jié)構預測分析

豬BMPR1B蛋白三級結(jié)構模型利用Swiss-Model進行同源建模預測，于50個模板選擇得分最高的模板進行建模。該模板與相應模板的主要重疊區(qū)在第174～502位氨基酸，故構建的三維模型是不完整的。由于序列覆蓋率較低，全局模型質(zhì)量分數(shù)(GMQE)較低，為0.57；但是從不依賴序列覆蓋率的QMEANDisCo的結(jié)果可以發(fā)現(xiàn)其評分較高，為0.76±0.05；QMEAN的數(shù)值為-0.60，大于-4，接近于0。綜合來看，該模型可信度較高，模型質(zhì)量優(yōu)秀(圖3-A)。除了主鏈，還有配體LDN(4-(6-(4-(哌嗪-1-基)苯基)吡唑并[1，5-a]嘧啶-3-基)喹啉)，該配體有16個殘基觸點，其中8個是LND與主鏈的相互作用位點(圖3-B)，7個黃色圈出的是其與主鏈的疏水相互作用位點，紅色圈出的是其與主鏈連接的氫鍵。

運用PROBITY評估程序評估上述三級結(jié)構模型的可靠性。評估結(jié)果顯示，該模型是由理論模型(SWISS-MODEL SERVER)構建，存在1條鏈(包括1條主鏈和1個配體)，共有329個殘基，存在1個雜基，沒有氫原子。利用該軟件為其添加氫原子電子云。通過PROBITY在模型上添加了2 668個氫原子，并調(diào)整了80個氫原子的位置以優(yōu)化氫鍵配置，還原蛋白質(zhì)力場，得到包含氫原子的BMPR1B結(jié)構示意圖(圖4)。

2.4 豬BMPR1B蛋白的motif和domain預測

利用4個軟件SMART、TMHMM、MOTIF Search和HMMER，分別進行motif和domain預測(圖5)，TMHMM結(jié)果顯示蛋白的1～126 aa是細胞外區(qū)域，跨膜螺旋區(qū)域位于127～149 aa，150～502 aa在細胞內(nèi)(圖5-C)，圖5-D所示藍色區(qū)域顯示的也是跨膜螺旋區(qū)。

BMPR1B蛋白主要存在3個結(jié)構域，即Activin-recp(第34～106位氨基酸)、GS(第174～204位氨基酸)和STKc(第204～489位氨基酸)結(jié)構域(圖 5-A、圖5-B、圖5-D)。BMP的I型受體的獨特之處在于它們存在GS結(jié)構域，包含約30個殘基的片段，富含絲氨酸、蘇氨酸和甘氨酸，位于跨膜和激酶結(jié)構域之間。該區(qū)段具有GSGSG的特征序列，因此被稱為GS結(jié)構域。GS結(jié)構域廣泛存在于TGF-β超家族的所有I型受體中，其中的點突變可以改變Ⅰ型受體的信號傳導能力。Activin-recp是激活素受體結(jié)構域，具有識別功能，是BMPR1B發(fā)揮受體功能的結(jié)構域。STKc(又稱PKinases)是絲氨酸/蘇氨酸激酶的催化結(jié)構域，在配體與受體結(jié)合后發(fā)揮作用具有信號傳導功能。總的來說，BMPR1B通過胞外的Activin-recp結(jié)構域接受信號，之后通過STKc結(jié)構域進行胞內(nèi)的信號傳遞。

2.5 豬BMPR1B蛋白的功能預測

2.5.1 豬BMPR1B蛋白的亞細胞定位 亞細胞定位的預測一般通過算法比較查詢序列中所包含的特征參數(shù)與各類相應的亞細胞定位的相似度，然后以概率值的形式作出判斷。利用PSORT Prediction和BUSCA 2個軟件進行亞細胞定位分析。圖6-A表明豬BMPR1B蛋白分布在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的可能性為60.0%，圖6-B表明分布在質(zhì)膜的可能性為88%。由圖6可知，豬BMPR1B蛋白主要存在于細胞膜上，發(fā)揮信號傳遞的生物學作用。

2.5.2 豬BMPR1B蛋白的信號肽預測 信號肽(signal peptide)常指新合成多肽鏈中用于指導蛋白質(zhì)跨膜轉(zhuǎn)移(定位)的N-末端的氨基酸序列。利用Signal軟件，對豬BMPR1B蛋白潛在信號肽剪切位點進行分析預測，結(jié)果如圖7所示。根據(jù)分析預測可知，豬BMPR1B蛋白N端信號肽結(jié)構在氨基酸序列中不存在剪切位點。

2.5.3 豬BMPR1B蛋白的糖基化位點 利用NetNGlyc軟件分析豬BMPR1B潛在N-糖基化位點，共存在5個高置信度的N-糖基化位點(圖8)，分別是：10位的NVGT(69.17%)，45位的NICS(76.84%)，257位的NILG(67.01%)，455位的NRWS(62.71%)，477位的NPAS(63.39%)。說明該蛋白主要修飾方式中存在N-糖基化。

2.5.4 豬BMPR1B蛋白的GPI錨定蛋白分析 GPI錨定蛋白有多種功能，涉及細胞識別、生長、分化和程序性死亡等重要生命過程。而重要的GPI錨定蛋白中有糖基化位點，所以利用GPI-SOM分析豬BMPR1B蛋白，結(jié)果見圖9，帶有十字的方格即代表輸入的蛋白序列，位于大片的藍色方格中，可知豬BMPR1B蛋白不是潛在的GPI蛋白 。

2.6 豬BMPR1B的同源性分析和系統(tǒng)進化分析

2.6.1 BMPR1B的同源性分析 利用R語言代碼統(tǒng)計各序列的長度，可以發(fā)現(xiàn)榮昌豬(115 aa)和金華豬(466 aa)的BMPR1B蛋白長度比其他各序列要小的多(表4)，很可能Ensembl中收錄的榮昌豬和金華豬的BMPR1B不完整， 也有很小的可能這2種豬的BMPR1B本身就缺少大量的氨基酸， 這有待進一步確認。其中金華豬和榮昌豬序列差異較大，故將其序列ID保留。

表4 BMPR1B蛋白長度

利用Bioedit軟件分析序列一致性，結(jié)果見圖10，頻數(shù)分布圖可見絕大多數(shù)序列間一致性均大于80%(圖10-A)，熱圖的橙紅色和更深色的區(qū)域更清晰地表現(xiàn)出了序列間一致性較高的結(jié)果(≥80%)，且有相似度達到100%的序列，僅有榮昌和金華和其他BMPR1B的相似度較低(圖10-B)。豬、牛、羊和馬之間的蛋白質(zhì)同源性很高，這也說明它們的該基因在進化中的親緣關系。

2.6.2 豬BMPR1B的系統(tǒng)進化分析 采用13種豬的BMPR1B基因，并以馬、羊、牛3個品種的BMPR1B基因作為外群，共16條序列構建進化樹，結(jié)果見圖11。豬BMPR1B基因類型上可以分為3個組，第一組包含長白豬、大白豬和杜洛克豬；第二組包含漢普夏豬、皮特蘭豬、五指山豬、榮昌豬、金華豬、八眉豬、藏豬、巴克夏豬和USMARC豬。

通過對比產(chǎn)仔數(shù)可以發(fā)現(xiàn)，組1是高繁豬種，組2多是中低繁殖力豬種(表5)。值得注意的是，梅山豬作為獨立的一支被分為一組，這提示BMPR1B基因與太湖豬超高的繁殖力性狀有一定聯(lián)系。

表5 各豬種的產(chǎn)仔數(shù)

2.7 豬BMPR1B選擇壓力分析

利用EasyCodeML檢測豬BMPR1B基因所受的選擇壓力，以不同豬種的BMPR1B為前景枝，選擇BM模型從整體上檢測進化速率差異(表6)。在豬中，前景枝的選擇壓力參數(shù)ω=0.021，背景的壓力ω=0.31，兩者均小于1，說明該基因在豬中整體趨向純化選擇，序列偏向保守。與豬群體內(nèi)部該基因的選擇壓力對比，豬的背景ω較大，負選擇較弱，相對來說比較活躍，認為豬中可能有正選擇位點。

根據(jù)BM模型的結(jié)果，暗示豬BMPR1B中可能有潛在的正選擇現(xiàn)象，故利用BSM模型進一步正選擇的氨基酸位點。由表6可知，似然率檢驗(Likelihood Ratio Test，LRT)值不顯著，認為前景枝進化方式不符合ModelA的假設，沒有找到正選擇位點。

表6 豬BMPR1B基因選擇壓力分析LRT檢驗結(jié)果(BM&BSM)

表6中BM和BSM模型的結(jié)果表示：將豬作為前景枝從馬、羊、牛中獨立出來分析，無法找到正選擇的位點，故假設各位點選擇壓力一致，選用SM模型來進行選擇壓力分析，LRT值極顯著，在M7 vs.M8檢驗中篩選到44個位點，表明BMPR1B基因確實存在正選擇位點(表7)。

表7 豬BMPR1B基因選擇壓力分析LRT檢驗結(jié)果(SM)

2.8 豬BMPR1B的分子內(nèi)共進化分析

利用CAPS對豬BMPR1B氨基酸位點的進化速率之間的相關性進行檢測，共檢測到4組協(xié)同進化，涉及10個氨基酸(表8)。

表8 豬BMPR1B基因分子內(nèi)共進化的氨基酸組

這些位點組成具有共進化關系的氨基酸殘基，進化位點空間位置關系如圖12所示。它們很可能是BMPR1B蛋白與不同蛋白發(fā)生互作，參與不同調(diào)節(jié)機制的關鍵位點，同時很可能與梅山豬的高繁殖性狀相關。

3 討論與結(jié)論

BMPR1B基因產(chǎn)物被稱為BMPR1B蛋白，是一類跨膜受體蛋白，BMPR1B基因的第一內(nèi)含子上存在著1個哺乳動物保守的雌激素受體反應元件，很可能受雌激素受體調(diào)控，進而影響豬的子宮內(nèi)膜腺體數(shù)[27]，因此在哺乳動物的繁殖性能中起著重要的作用[26，29，40]。同時，在模式動物和家畜家禽中BMPs蛋白被廣泛、深入地研究，BMPR1B蛋白作為其重要的Ⅰ型受體是BMPs及其他配體發(fā)揮功能的通道，對BMPR1B遺傳變異的生物信息學分析可以提供其遺傳多樣性信息，因而具有重要的生物學意義[41]，然而目前未見有關于BMPR1B基因的起源進化研究。

蛋白質(zhì)序列作為基因的表達產(chǎn)物，對其進行后續(xù)分析更能夠體現(xiàn)所研究基因發(fā)揮的生物學作用，蛋白序列間有25%同源的就具備功能的相似性，但是在DNA水平要達到功能的一致需要40%以上的一致性[42]。本研究通過對豬BMPR1B蛋白進行生物信息學分析，詳細記錄了其氨基酸組成、分子量、氨基酸比例等基礎信息，并通過親疏水性檢驗，預測其帶正電，呈堿性，不穩(wěn)定，是一種跨膜的親水蛋白。蛋白二級結(jié)構中α-螺旋和無規(guī)則卷曲占比較多，與其他物種中的BMPR1B蛋白的二級結(jié)構[43]類似；三級結(jié)構模型穩(wěn)定，構象合理，由1條主鏈和1個配體構成。具有3個結(jié)構域，分別是激活素受體結(jié)構域、絲氨酸/蘇氨酸激酶結(jié)構域和GS結(jié)構域，有跨膜螺旋區(qū)域，是跨膜蛋白，預測其作用模式是通過胞外的激活素受體結(jié)構域接受信號，之后通過絲氨酸/蘇氨酸激酶結(jié)構域進行胞內(nèi)的信號傳遞[44-46]，其他哺乳動物類似的研究結(jié)果[47-48]也能支持這點。定位在細胞膜上，發(fā)揮信號傳遞的生物學作用。另外，蛋白具有5個潛在的N-糖基化位點，已有研究證實BMPR1B蛋白上存在糖基化及磷酸化位點，與繁殖相關激素、卵泡發(fā)育及卵巢功能有關[3，49-50]。此外，蛋白并非信號肽和GPI蛋白。

同源性分析發(fā)現(xiàn)榮昌豬和金華豬序列不完整，很可能Ensembl中收錄的榮昌豬和金華豬的BMPR1B不完整，這有待后續(xù)利用一代測序來做進一步確認；此外，同源性分析顯示豬、牛、羊和馬之間的蛋白質(zhì)同源性很高，這說明它們的該基因在進化中的親緣關系很近。系統(tǒng)進化分析顯示，發(fā)現(xiàn)豬BMPR1B基因與馬牛羊該基因的分子進化距離均很近，但馬與豬該基因的距離最近，表明分類學結(jié)果不能代表物種內(nèi)基因的同源關系，同時反映了BMPR1B在這4個物種中蛋白的穩(wěn)定性和對生物體功能的重要作用[51]，此外豬BMPR1B類型上可以分為3個組，值得注意的是梅山豬作為獨立的一支被分為一組，這提示BMPR1B與太湖豬超高的繁殖力性狀有一定聯(lián)系。選擇壓力分析顯示，豬BMPR1B經(jīng)歷了強烈的凈化選擇，十分保守，但在SM模型下的M7 vs.M8模型中發(fā)現(xiàn)了44個強烈的正選擇位點，表明該基因在進化過程中受到正選擇作用，產(chǎn)生適應性進化，進而發(fā)揮穩(wěn)定的生物學作用。分子層面的共進化指的是，為了維持分子內(nèi)或者分子間的結(jié)構或功能關聯(lián)在序列中的不同位點同步發(fā)生的進化現(xiàn)象[52]。分子共進化顯示，在豬BMPR1B中檢測到4組協(xié)同進化，涉及10個氨基酸。蛋白質(zhì)間相互作用的特異性是由其結(jié)構和理化性質(zhì)決定的。然而，蛋白質(zhì)的序列和結(jié)構受到一定的進化限制，氨基酸必須正確地相互包裝以維持其發(fā)揮功能的關鍵結(jié)構，這樣蛋白質(zhì)才能以正確的方式與正確靶標相互作用。因此，氨基酸殘基和整個蛋白質(zhì)都不是孤立的，而是在氨基酸和蛋白質(zhì)水平上共同進化的[53]。位點突變?yōu)榛虻倪M化提供了可能，得到的這些預測的位點間可能存在直接或間接的相互作用，從而對維持蛋白質(zhì)的結(jié)構和功能有著重要作用，可能與梅山豬的高繁殖力性狀有關[26，29，40]，需要后續(xù)繼續(xù)研究分析。

為了提高預測的準確性和可信度，對本研究選用了不同軟件來對同一指標進行多次分析。由于不同預測程序分析時所依據(jù)的原理和所用的算法有不同的側(cè)重點，設置的參數(shù)也不同，故它們預測結(jié)果中的一致部分具有較高的可信度。本研究通過對豬BMPR1B基因的初步探索，有利于后續(xù)對豬BMPR1B基因和其蛋白質(zhì)的功能進行深入研究，為進一步了解BMPR1B基因?qū)ωi排卵率和產(chǎn)仔數(shù)的作用機理提供理論參考，也為利用BMPR1B基因改良豬繁殖性狀奠定了生物信息學基礎。