特應(yīng)性皮炎差異表達(dá)基因篩選及KLF15對(duì)AD小鼠血清中Th1/Th2型細(xì)胞因子水平的影響

唐情,汪海珍,汪碧瀅,易婷婷,王力,羅菲菲,冉崇軍,羅美俊子,嚴(yán)伊寧,黃盼,彭友華,潘意,周蓉

特應(yīng)性皮炎(atopic dermatitis, AD)是常見(jiàn)的慢性、炎癥性皮膚病,患者常伴有皮膚干燥、劇烈瘙癢,還具有反復(fù)發(fā)病的特點(diǎn)[1]。全球約有15%～30%的兒童和2%～10%的成年患有AD,并受劇烈瘙癢帶來(lái)的困擾,是全球的一大公共問(wèn)題[2]。目前發(fā)現(xiàn),AD發(fā)病可能與遺傳、免疫異常、皮膚屏障功能異常有關(guān),但具體病因尚未十分明確。AD治療上以常規(guī)外用藥為主,必要時(shí)口服藥物或進(jìn)行物理治療,雖然可短暫緩解,但是有反復(fù)發(fā)病的風(fēng)險(xiǎn)[3]。近年來(lái),隨著對(duì)AD發(fā)病機(jī)制的深入了解,小分子靶向精準(zhǔn)治療及生物制劑也逐漸應(yīng)用于臨床,給中、重度患者的治療帶來(lái)希望。因此,本研究擬通過(guò)生物信息學(xué)分析相關(guān)基因芯片篩選AD差異表達(dá)基因,并進(jìn)行功能分析及通路富集。篩選差異最為顯著的基因驗(yàn)證使用度普利尤單抗或環(huán)孢素系統(tǒng)治療后的表達(dá)變化,并進(jìn)一步在動(dòng)物水平驗(yàn)證該差異基因的表達(dá)水平及功能作用,以期為緩解AD疾病提供新的作用靶標(biāo)。

1 材料與方法

1.1生物信息學(xué)分析

1.1.1篩選差異表達(dá)基因 在基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)(gene expression omnibus, GEO)下載AD相關(guān)基因芯片GSE157194(包含57例AD患者皮損組織樣本、54例正常皮膚組織樣本、21例使用度普利尤單抗及8例使用環(huán)孢素系統(tǒng)治療后3個(gè)月的AD患者皮損組織樣本。從GPL21290 Illumina HiSeq 3000 (Homo sapiens)獲取注釋信息,利用R語(yǔ)言包及l(fā)imma工具包對(duì)相關(guān)數(shù)據(jù)芯片數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析,篩選出差異表達(dá)基因(differentially expressed gene, DEGs)(|log2FC|>1,P<0.05)。

1.1.2DEGs的GO功能富集和PPI分析 本研究通過(guò)Metascape在線分析工……