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胡楊AHL基因家族生物信息學分析及逆境脅迫下的表達特征

2023-12-29 00:00:00劉行行,種培芳
草地學報 2023年3期

摘要:AT-hook核定位(AT-hook motif nuclear localized,AHL)蛋白作為一種小型DNA結合蛋白,廣泛存在于植物中,在植物生長發育、逆境脅迫和激素信號應答等方面發揮著重要的作用。為全面了解胡楊(Populus euphratica)AHL基因家族的結構及功能,利用生物信息學方法及qRT-PCR對胡楊AHL家族成員的理化性質、基因結構、亞細胞定位以及逆境脅迫下的表達特征進行分析。理化性質分析表明,胡楊AHL家族共有19個成員,除PeAHL16外,其余PeAHL蛋白均為堿性的不穩定親水蛋白。基因結構分析表明,PeAHL成員全部為內含子缺失型基因。系統進化結果顯示,胡楊AHL家族成員可根據基因類型分為8個亞群。保守基序分析顯示,聚類在同一分支中的PeAHL基因其motif組成及排列順序基本相同。在順式作用元件分析中,響應干旱脅迫的元件其種類和數量最多。實時熒光定量分析表明,PeAHLs的表達受低溫、高溫、NaCl以及PEG的顯著誘導,與對照相比,PeAHLs在PEG處理下表達量最高。本研究結果為胡楊AHL基因家族的深入研究提供理論依據,為進一步解析胡楊AHL基因參與非生物逆境脅迫的分子機制提供參考。

關鍵詞:AHL基因家族;胡楊;生物信息學;qRT-PCR

中圖分類號:Q344+.13文獻標識碼:A文章編號:1007-0435(2023)03-0741-10

Bioinformatics Analysis of the AHL Gene Family in Populus euphratica and its

Expression Characteristics under Stress

LIU Hang-hang, CHONG Pei-fang*

(College of Forestry,Gansu Agricultural University,Lanzhou,Gansu Province 730070,China)

Abstract:AT-hook motif nuclear localized (AHL) protein,a small DNA-binding protein,is widely found in plant and plays an important part in plant growth and development,responses to adversity stress and hormone signaling. In order to comprehensively understand the structure and function of the AHL gene family of Populus euphratica,the physicochemical properties,gene structure,subcellular localization and expression characteristics under stress of the AHL family members of P. euphratica were analyzed by bioinformatics methods and qRT-PCR. It was showed by the physicochemical property analysis that there were 19 members of the AHL family,and all PeAHL proteins are basic and unstable hydrophilic proteins except for PeAHL16. It was showed by the gene structure analysis that all PeAHL members were intron deletion type genes. It was showed by the phylogenetic tree analysis that the members of the PeAHL family could be split into 8 subgroups based on gene types. It was showed by the conservative motif analysis that PeAHL genes clustered in the same branch had essentially the same motif composition and arrangement order. In the analysis of cis-acting elements,the most diverse and abundant elements within the PeAHL genes were found out in response to drought stress. It was showed by the quantitative real-time fluorescence analysis that the expression of PeAHLs was significantly induced by low temperature,high temperature,NaCl as well as PEG,and the expression of PeAHLs was highest under PEG treatment compared with the control-check. The results of this study provide a theoretical basis for the in-depth study of the AHL gene family of P. euphratica and offer a reference to a further analysis on the molecular mechanism of the involvement of PeAHL genes in response to abiotic stresses.

Key words:AHL gene family;Populus euphratica;Bioinformatics;qRT-PCR

AHL蛋白是一種小型的DNA結合蛋白,又稱AT-hook核定位蛋白(AT-hook nuclear localized proteins,AHL),首次在動物的高遷移率族蛋白(High mobility group proteins,HMG)中發現[1-2]。AHL蛋白主要包含兩個保守的結構單元,AT-hook基序和植物與原核生物保守結構域(PPC/DUF296,plants and prokaryotes conserved)[3]。AT-hook基序能夠與富含AT的B型DNA的小凹槽結合,可以用于構建含有TF肽片段的功能DNA結合物,且所得到的二價嵌合體在親和力、穩定性和選擇性方面均顯示出優良的DNA識別特性[4-5],已經在原核生物和真核生物的不同基因家族中被鑒定[6]。PPC結構域長度約為120個氨基酸,主要負責AHL蛋白的核定位[7]。在AT-hook基序中含有高度保守序列精氨酸-甘氨酸-精氨酸-脯氨酸(RGRP)[8],并根據其下游氨基酸序列的不同,可劃分為AT-hook基序I型和II型[9],分別含有保守序列甘氨酸-絲氨酸-賴氨酸-天冬酰胺-賴氨酸(GSKNK)和精氨酸-賴氨酸-酪氨酸(RKY)。在功能上AT-hook基序I型已被證明與DNA結合模塊具有高親和力,而AT-hook基序II型則對DNA具有低親和力[6]。同樣在PPC結構域中也具有I型和II型,其分別含有保守序列亮氨酸-精氨酸-絲氨酸-組氨酸(LRSH)和苯丙氨酸-蘇氨酸-苯丙氨酸-組氨酸(FTPH)[10]。胡楊(Populus euphratica)AHL基因家族可根據AT-hook基序和PPC結構域的組成和數量分成三種類型(I型,II型,III型)。I型AHL基因由AT-hook基序I型(GSKNK)和PPC結構域I型(LRSH)構成;II型AHL基因由AT-hook基序I型(GSKNK)、AT-hook基序II型(RKY)和PPC結構域II型(FTPH)構成;III型AHL基因由AT-hook基序II型(RKY)和PPC結構域II型(FTPH)構成[11]。

AHL蛋白作為轉錄因子家族的重要一員,在植物生長發育、響應逆境脅迫、調節植物激素等方面發揮著至關重要的作用。例如擬南芥(Arabidopsis thaliana)中AtAHL01基因定位于染色體表面,通過AT-hook基序結合到基質結合區(Matrix attachment regions,MAR)上,形成新型的植物MAR結合蛋白,它通過一個AT-hook基序和PPC結構域參與了染色質纖維在細胞核中的定位[7]。赤霉素(Gibberellins,GAs)是影響植物生長發育的重要激素之一,AtAHL25基因可以有效調控擬南芥中赤霉素AtGA3ox1基因的表達從而影響GA3氧化酶的活性[12]。在其他植物中,如長春花(Catharanthus roseus)AHLs也已被證明參與調節AP2轉錄因子的茉莉酸反應[13]。還有研究表明AtAHL20基因參與了植物先天免疫反應的調節[14]。

胡楊屬楊柳科(Salicaceae)楊屬,為高大的喬木,成年樹木可高達15 m ~20 m,并且在荒漠地區可形成小片的森林[15-16]。在中國主要分布于新疆、甘肅、寧夏、青海、山西等海拔800 m~2 400 m的荒漠、戈壁和河流沿岸地區[17]。胡楊不僅喜光、耐熱、耐干旱,適應力強,而且具有抗鹽堿、抗風沙等優點,在維護生態平衡、農畜牧業生產中發揮著重要的作用,素有“大漠英雄樹”的美稱[18-19]。但是隨著時間的推移和全球環境不斷的變化,胡楊林面積因干旱少雨和人類活動等原因銳減[20]。

隨著科學技術和研究水平的不斷提高,近年來在擬南芥[21]、水稻(Oryza sativa)[8]、大豆(Glycine max L. Merr)[22]、棉花(Gossypium)[23]和玉米(Zea mays L.)[24]等多種植物中均發現AT-hook蛋白。這說明AHL基因家族在陸地植物中高度保守,也暗示了AHL基因家族的生物學重要性。2013年胡楊基因組測序的完成為研究胡楊的抗逆分子機制和改善胡楊的抗逆能力提供數據支撐[25]。本實驗以胡楊AHL基因家族為研究目標,通過基因結構、系統進化、亞細胞定位以及qRT-PCR等方法在基因組水平上對胡楊AHL基因家族的理化性質、基因結構和基因功能進行預測,探究胡楊AHL基因家族在生長發育和逆境脅迫等方面所發揮的作用,為今后胡楊的抗逆研究提供理論參考。

1材料與方法

1.1試驗材料

試驗材料選用來自甘肅省酒泉市金塔縣的1年生胡楊實生幼苗,移栽并緩苗于人工氣候室的光照培養箱中。培養溫度為24℃;培養濕度為70%~80%。待緩苗結束后,試驗材料經低溫(4℃)、高溫(42℃)、鹽(300 mmol·L-1 NaCl)和干旱(25% PEG6000)處理于0 h,2 h,6 h和12 h時進行葉片取樣,用液氮速凍后置于—80℃冰箱保存備用。每個取樣點進行三次生物學重復。

1.2試驗方法

1.2.1胡楊AHL家族成員的鑒定首先從擬南芥數據庫(https://www.arabidopsis.org/)中檢索AHL基因的序列信息,然后將擬南芥AHL基因的蛋白序列輸入NCBI數據庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)[26]中進行Blast比對,找出40個胡楊AHL候選蛋白,再根據AHL基因家族所具有的特定結構域,通過Pfam和SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/)數據庫最終鑒定得出19個胡楊AHL蛋白,并且保存19個基因的基因登錄號、氨基酸數目、編碼序列(Coding sequence,CDS)長度和基因全長等信息。再利用ExPasy網站中ProtParam tool工具(https://web.expasy.org/protparam/)[27]分析得到PeAHL蛋白的分子量、等電點、蛋白質總平均親水性等理化性質。

1.2.2胡楊AHL基因家族基因結構、保守基序和系統進化樹分析使用GSDS 2.0(http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)[28]在線軟件分析篩選胡楊AHL基因家族的基因結構。利用MEME軟件(https://meme-suite.org/meme/)[29]在線分析AHL家族成員的保守基序。將擬南芥的蛋白序列輸入Phytozome v12.1數據庫中,同源搜索得到毛果楊的AHL基因序列信息,結合胡楊與擬南芥AHL基因序列使用MEGA 7.0以及Evolview在線軟件構建系統進化樹,采用最大似然法(Maximum likelihood method),Bootstrap值設置為1 000。

1.2.3胡楊AHL基因家族亞細胞定位和順式作用元件分析利用WoLF PSORT(https://wolfpsort.hgc.jp/)在線分析胡楊AHL基因家族的亞細胞定位;在胡楊基因組數據庫提取PeAHL基因家族成員的啟動子序列(起始密碼子上游2 000 bp的核苷酸序列),利用PlantCARE網站和TBtools軟件進行順式作用元件可視化分析。

1.2.4實時熒光定量(qRT-PCR)分析依據胡楊AHL家族成員所含的順式作用元件類型,篩選含低溫、高溫、NaCl和PEG等逆境脅迫響應相關的元件數量最多的基因,使用Primer 3.0軟件設計特異性引物(表1)并交由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。以UBQ,Actin,EF1α和HIS基因分別作為低溫、高溫、NaCl和干旱的內參基因進行處理分析。樣品RNA提取采用植物總RNA提取試劑盒(RNeasy Plant Mini Kit,Qiagen),cDNA合成采用Prime Script RT reagent Kit(Perfect Real Time)試劑盒(TaKaRa),并參照說明書進行試驗操作。qRT-PCR程序為:95℃ 30 s;95℃ 5 s,60℃ 30 s,95℃ 5 s;60℃ 60 s;50℃ 30 s,共40個循環。試驗進行3次生物學重復。采用2-ΔΔCt法計算基因相對表達量,并使用SPSS 26軟件對其進行差異顯著性分析。

2結果與分析

2.1胡楊AHL基因家族理化性質分析

通過Pfam和SMART分析軟件對40個候選基因的結構域進行對比,最終保留同時含有AT-hook基序(RGRP)和PPC/DUF結構域的序列作為胡楊AHL基因家族的成員,命名為PeAHL01-PeAHL19(表2)。利用ProtParam tool工具對這19個基因的蛋白序列進行理化性質分析得出:CDS長度在786~1 164 bp之間,氨基酸長度介于261~387 aa。PeAHL01的分子質量最小,為26.1 kD;PeAHL05的分子量最大,為38.9 kD;理論等電點介于7.07~10.01之間。大多數胡楊AHL蛋白不穩定指數大于40;蛋白質總平均親水性為—0.513~—0.175。

2.2胡楊AHL基因家族基因結構分析

為研究胡楊AHL家族成員的基因結構特性,使用GSDS在線網站對其進行基因結構分析(圖1)。結果顯示,19個PeAHL基因均無內含子,并且在PeAHL家族成員中PeAHL01的外顯子長度最短,PeAHL11最長。非編碼區最長是PeAHL14,最短為PeAHL08。

2.3胡楊AHL基因家族保守結構域分析

使用MEME在線軟件對胡楊AHL家族成員進行保守序列分析。結果顯示,胡楊AHL基因家族含有11個保守基序(圖2 A),長度為7~50 aa,19個PeAHL基因均含有數量不等的AT-hook保守基序和PPC結構域。在胡楊AHL基因家族中除PeAHL01基因只含有2個保守基序外,其余成員均含有7個以上的基序。其中motif 3和motif 6是胡楊AHL基因家族的AT-hook保守基序,且motif 6為AT-hook基序I型,motif 3為AT-hook基序II型。motif 4則為PPC結構域。

從序列比對中可以看到(圖2 B),除PeAHL01基因含有PPC結構域I型(LRSH)外,其他基因均為PPC結構域II型(FTPH)。胡楊AHL基因家族中只有PeAHL01基因為I型AHL基因;PeAHL04,PeAHL05,PeAHL06,PeAHL08,PeAHL09,PeAHL10,PeAHL11,PeAHL12,PeAHL13,PeAHL14,PeAHL16共11個基因為II型AHL基因;其他PeAHL02,PeAHL03,PeAHL07,PeAHL15,PeAHL17,PeAHL18,PeAHL19共7個基因為III型AHL基因。

2.4胡楊AHL基因家族的系統進化樹分析

為了探究19個胡楊AHL基因家族的進化關系,使用MEGA 7.0軟件,采用最大似然法,結合檢索得到的18個毛果楊AHL基因和29個擬南芥AHL基因的蛋白序列構建系統進化樹(圖3)。結果顯示,胡楊AHL家族成員按照AHL基因的類型可分為Clade-I,Clade-II和Clade-III三大分支以及8個亞族;Clade-II包含A2,A3,A4和A5亞族,A6,A7,A8亞族屬于Clade-III,Clade-I只包含A1亞族。結果顯示胡楊、毛果楊和擬南芥的AHL家族成員沒有形成單獨聚類的進化分支,表明3個物種的AHL基因家族間存在一定程度的同源性,同時AHL基因家族在進化上出現了很大的分化。

2.5胡楊AHL基因家族亞細胞定位預測

亞細胞定位預測結果顯示(圖4),19個胡楊AHL基因家族成員在細胞核中全部表達;且分別有11個基因和12個基因在葉綠體和細胞膜中有較高程度的表達,而在細胞質、線粒體和液泡中基因表達的數量分別為9個、8個和7個。

2.6胡楊AHL基因家族順式作用元件分析

使用Plant CARE在線分析軟件對19個胡楊AHL基因上游2 kb堿基序列進行順式作用元件分析(圖5)。結果顯示,除PeAHL08,PeAHL13,PeAHL18這三個基因外,其余16個PeAHL基因共發現了35種共126個作用元件。這些元件主要分為非生物脅迫響應、植物激素響應和發育響應3大類。非生物脅迫響應元件具有11種57個順式元件,其中ARE(Anaerobic,厭氧誘導調節元件)、MYB(Myeloblastosis,干旱脅迫應答元件)和MYC(Myelocytomatosis,干旱和ABA應答順式作用元件)分別占非生物脅迫響應元件總個數的30%,23%和14%。植物激素響應元件具有8種共20個順式元件,其中TCA-elment(生長素應答元件)、P-box(赤霉素應答元件)和ERE(乙烯應答元件)分別占植物激素響應元件總個數的25%,20%和15%。發育響應元件具有16種共49個順式元件,其中有43個屬于光響應元件。上述分析表明,胡楊應對逆境脅迫時AHL基因可能發揮著重要的調節作用,特別是在干旱脅迫方面。

2.7PeAHLs在逆境脅迫下的表達模式

依據順式作用元件分析,篩選含逆境響應相關的元件數量最多的PeAHL03,PeAHL04,PeAHL10,PeAHL12,PeAHL14和PeAHL15成員進行qRT-PCR分析(圖6)。所選的6個基因經不同時間的低溫、高溫、NaCl和PEG處理后,表達量與對照(0 h)相比均表現為上調,說明胡楊AHL基因家族受低溫、高溫、NaCl和PEG誘導。PeAHL14和PeAHL15低溫處理下與對照及其它基因相比,表達量顯著上調,分別在6 h和12 h時達到最大值,說明PeAHL14和PeAHL15在胡楊響應低溫脅迫的過程中發揮重要作用。除PeAHL15以外,其余5個基因PeAHL03,PeAHL04,PeAHL10,PeAHL12和PeAHL14在PEG處理下與對照相比表達量均顯著上調,說明胡楊AHL家族成員可能受PEG顯著誘導。結果表明,AHL基因家族在胡楊響應逆境脅迫過程中發揮重要作用,其對干旱脅迫響應尤為顯著。

3討論

近年來,對于AT-hook的研究主要集中在擬南芥[21]、水稻[8]、番茄[10]等多種作物上,對林木植物胡楊AHL基因家族方面的研究相對較少。本研究通過同源搜索的方法,在胡楊全基因組水平上共得到了19個胡楊AHL基因家族成員,在理化性質研究中發現,胡楊AHL蛋白序列之間的差異較小。并且除PeAHL16外,其余PeAHL蛋白均為堿性的不穩定親水蛋白。

在保守基序分析中,19個胡楊AHL基因均含有不等數量的AT-hook保守基序和PPC結構域,且多數基因含有2個AT-hook保守基序,表明PeAHL基因具有高度保守性。并且在11個保守基序中,motif1,motif2,motif3,motif4,motif5和motif6為胡楊AHL家族成員的重要保守基序,除特殊的PeAHL01基因以外,大多數motif出現在其余18個基因中。而且聚類在同一分支中的基因其motif組成及排列順序基本相同?;蚪Y構分析發現,胡楊AHL基因家族全部屬于內含子缺失型基因。內含子缺失型基因在非生物脅迫下能夠有效減少轉錄后的加工過程,可快速轉錄和翻譯[30],推測這可能與胡楊超強的抗逆境脅迫能力有關。系統進化樹分析顯示,Clade-I中I型AHL基因在整個基因家族進化中形成了單獨的一個分支,結合基因結構分析表明I型AHL基因確實為原始無內含子基因。這與玉米[24]和棉花[23]的AHL基因家族所報道的研究結果相一致,II型和III型AHL基因被認為是由I型AHL基因進化而來,并且I型AHL基因是最原始的AHL基因。盡管大約在800~1 400萬年前胡楊和毛果楊開始出現分化[31],但胡楊與毛果楊AHL的基因數目基本相同,在進化樹中胡楊AHL基因數目與毛果楊基本上一一對應,特別是I型AHL基因兩者數量相同,進一步驗證了AHL基因在進化過程中的高度保守性。經亞細胞定位分析發現,胡楊AHL基因家族19個成員全部定位于細胞核中,這與前人研究AT-hook蛋白大多定位于細胞核的結論一致[32],表明PeAHL為核定位蛋白。

在生物體中,基因啟動子區域位于基因的上游,與轉錄因子結合,稱為順式作用元件,在應激反應下的基因表達生物學調控中起著重要作用[33]。本研究通過順式作用元件分析發現,所有序列共分為3大類型,非生物脅迫響應元件占總數量的45%,植物激素響應元件和發育響應元件各占39%和16%。其中響應干旱脅迫的元件的種類和數量最多,其次為光響應元件,表明胡楊AHL基因家族在抵抗逆境脅迫方面發揮著重要的作用。這與相關研究結果一致,在棉花AHLs啟動子上游2 100 bp區域中,鑒定得出了光響應、MYB和赤霉素響應等順式作用元件,約43.5%的被選基因含有與干旱脅迫響應相關的MYB結合位點[23],并且在葡萄AHL基因家族中,其所鑒定的順式作用元件也主要包括光響應元件、激素響應元件和應激響應元件[34]。qRT-PCR結果分析顯示,胡楊AHL家族成員在不同逆境脅迫下的表達量與對照相比均表現為上調表達,說明AHL基因家族在胡楊生長發育和逆境響應過程中發揮著重要作用。這與李小蘭的研究結果相一致[34],葡萄在PEG、氯化鈉和低溫脅迫下,大多數AHL基因的表達量較對照組顯著增加。同樣木薯中的AHL31基因也會受到低溫、脫落酸(ABA)和赤霉素(GA3)的顯著誘導[35]。除PeAHL15以外,其余5個基因在干旱脅迫下的表達量與對照及其它處理相比上調顯著,故推測AHL基因家族主要參與胡楊對干旱脅迫的響應。這與王敏的研究結果相一致[22],在干旱脅迫條件下,大豆葉片中AHL基因的表達顯著增加,表明AHL基因參與了大豆對干旱脅迫的響應。同時,AHL基因在其他植物中也表現出相同的研究結果,擬南芥的AHL10已被證明通過控制根的伸長來參與對干旱脅迫的響應[36]。在干旱脅迫下,OsAHL1可以大大提高水稻植株的抗旱性,其過表達OsAHL1也可增強水稻植株在幼苗和穗狀發育階段的多重脅迫耐受性[37]。通過對玉米的不同組織和發育階段的轉錄組進行共表達分析發現,干旱反應就是AHL基因共同調控的主要過程之一,并且AHL蛋白在調節其他應激反應過程中同樣發揮著重要的作用[24]。綜合上述結論也進一步印證了順式作用元件的分析結果。

4結論

本研究通過對胡楊AHL家族成員的分布、結構及功能展開了討論分析,共鑒定得出19個PeAHL基因,全部為內含子缺失型基因,且絕大多數PeAHL蛋白為堿性的不穩定親水蛋白。根據保守基序將所有基因分為3種類型,具有相對保守的系統進化樹,并鑒定出多個與激素和非生物脅迫相關的順式作用元件,篩選的PeAHLs在低溫、高溫、NaCl以及PEG處理后均出現不同程度上調表達,且在PEG處理下表達量最高,推測胡楊AHL基因在響應干旱脅迫過程中發揮著重要的作用,為進一步研究和篩選優良抗逆胡楊AHL基因提供理論依據和參考。

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(責任編輯閔芝智)

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