不僅植物區系具有獨特性,眾多的山坡也維持著一個復雜多樣的動物區系:魯文佐里山上有不少于37種的地方性鳥類和14種蝴蝶。鳥類包括奇異的紅頭鸚鵡和藍冠蕉鵑,在森林中常能見到它們像一道彩色的閃光那樣飛馳而過。鳥類的天敵很多,如黑雕、隼鷹等,而且隼鷹還能捕食森林中的猴子。
高大的森林也是多種哺乳動物的家,包括象、黑犀牛、小羚羊以及肯尼亞林羚、黑疣猴、白疣猴和叢猴。難以捉摸的霍加披(長頸鹿的親屬)、野豬、野牛在布滿草地和沼澤的較開闊的林間空地覓食。然而,山地森林中最著名的棲居動物是山地大猩猩,它是該環境條件下的特有種。現今尚存的野生山地大猩猩不足400只,這種體形龐大的、謎一般的動物既珍貴又高度瀕危,它們遭受著直接迫害和喪失生態環境的雙重災難。不像其近親黑猩猩,山地大猩猩是一種安詳的動物,除了植物的嫩芽和木髓外不吃其他東西,絕不以任何肉類為補充食物。山地大猩猩約10只一群,由一只雌性或銀背大猩猩為主,帶著幾只雌性和年幼大猩猩。它們取食時極具破壞性一旦食畢,該地區似乎被劫掠一空,滿目瘡痍。但是,在其離開幾個月后,它們喜愛的食物重新生長,且生機盎然。
在烏干達及其鄰近國家里,采伐森林已持續了許多世紀,但這種做法現已日趨減少。近期采伐森林的目的是取得能源和種植經濟作物,如金雞納霜、咖啡、茶和除蟲菊。在烏干達,頗具新意的山地大猩猩計劃是通過組織旅游者觀賞大猩猩來賺錢,從而確保其得到長期保護。