核桃ＥＳＴ－ＳＳＲ信息分析與標記的初步建立

摘要：利用生物信息學方法，從dbEST數據庫用SSRHunter軟件對4 500條核桃EST序列進行搜索，發現462個SSR分布于399條EST序列中，EST—SSR出現頻率10.27％，平均每5.65 kb EST出現一個SSR。核桃二核苷酸重復基元占主導地位，其次為三核苷酸重復基元，分別占總SSR的49.57％和27.27％。核桃二核苷酸EST—SSR的優勢類型為AG，其次為AT，分別占二核苷酸SSR的67.25％和28．38％。核桃三核苷酸EST—SSR的優勢重復基元為AAG，其次為ACC、AAT、AGG，分別占三核苷酸SSR的25.40％、21.43％、16.67％和11.11％。用Primer Primer 5.0軟件設計了11對引物，對核桃屬5個樣品進行PCR擴增，10對引物有擴增產物，引物有效擴增率90.9％，其中7對引物有多態性，多態性引物占可擴增引物的70％。表明，利用核桃EST序列開發EST—SSR標記是可行的。