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參考文獻管理工具研究

2009-04-29 00:00:00丁照蕾
現代情報 2009年2期

〔摘 要〕介紹了參考文獻管理的基本方法,對參考文獻管理工具的主要功能進行了對比,最后分析了參考文獻管理的趨勢。

〔關鍵詞〕參考文獻管理;文獻管理軟件;學術書簽網站;Zotero

〔中圖分類號〕G250.76 〔文獻標識碼〕A 〔文章編號〕1008-0821(2009)02-0094-05

Study of Reference Management ToolYu Min1,2 Zhu Jiang1 Ding Zhaolei3

(1.The Chengdu Branch of National Science Library,CAS,Chengdu 610041,China;

2.Graduate University of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049,China;

3.School of Public Administration,Sichuan University,Chengdu 610064,China)

〔Abstract〕Basic approaches of reference management were addressed in this work.By giving a comparison among those reference management tools,summarized the trend of reference management.

〔Key words〕reference management;reference management software;academic bookmark website;Zotero

從文獻的查找、保存到文獻的整理、引用和撰寫,

參考文獻管理一直是貫穿學術研究的重要環節。最初的

參考文獻管理采用的是純粹的人工管理。計算機的普及則使得學術研究迅速向機器平臺轉換,各類文獻管理工具應運而生。從建立小型數據庫來管理文獻,到專業的

參考文獻管理軟件的出現,呈現出了文獻管理自動化的趨勢。而隨著互聯網絡的發展,WEB2.0技術的深入人心,各種基于網絡的

參考文獻管理的方式和工具紛紛出現。傳統的文獻管理軟件也在不斷地調整和擴充自己的功能,以滿足用戶對于

參考文獻管理新的需求。

1 參考文獻管理的基本方法本文所指的

參考文獻管理,主要是指電子文獻的管理。其基本的管理方法,盡管經歷了漫長的時代變遷,卻沒有發生太大的變化。即:采用諸如分類法和主題法的手段來對文獻進行組織并加以利用。同時,從用戶角度出現進行組織的方法,如Folksonomy[1]也出現了,并得到了廣泛的應用。

按照學科類別和主題來分類的方法已經在各類桌面文獻管理軟件中得以利用。桌面文獻管理軟件可謂層出不窮,如目前市場占有率較高的ISI旗下的Endnote軟件。而Folksonomy在文獻管理中的應用,則更多在各類學術書簽網站所體現。典型的學術書簽網站,如Connotea[2],Citeulike[3],2collab[4],Scirus Topic Pages[5]。此外,一類依附于瀏覽器的文獻管理工具,如Zotero[6]也開始得到用戶們的歡迎。

2 參考文獻管理工具簡介

2.1 桌面文獻管理軟件

所謂桌面文獻管理軟件,有別于下文將要提到的基于WEB服務的文獻管理應用。桌面文獻管理軟件事實上是一個功能強大的用于完成文獻的管理和寫作輔助的數據庫管理系統。簡單說來,桌面文獻管理軟件的主要作用就在于幫助用戶組織數量眾多的學術文章、書籍等

參考文獻數據。同時,通過內置的眾多期刊雜志的投稿格式,輔助在字處理軟件中生成特定期刊的投稿格式。

目前市場上有很多桌面文獻管理軟件,常用的國外軟件有Endnote,Reference Manager,ProCite,RefWorks以及Biblioscape等;國產的有NoteExpress,PowerRef,醫學文獻王等。其中,最有人氣的還應該算Thomson ISI ResearchSoft公司的Endnote軟件。該軟件目前已更新至X2版。只不過這類軟件基本上都是收費軟件,需要相關的授權才能使用。

2.2 學術書簽網站

書簽無疑是當今WEB2.0大潮中最時尚的應用之一。從開山之作的美味書簽(del.icio.us)到照片分享網站Flickr,各類書簽網站充分滿足了用戶對于在互聯網環境下進行創造、分享的需求。隨著大量的傳統應用紛紛轉移到WEB平臺,基于WEB服務的各類學術書簽網站也孕育而生。這類網站有,老牌的學術書簽網站Citeulike,NPG(Nature Publishing Group)集體下屬的Connotea,以及Elsevier目前還在推廣中的2collab,Scirus Topic Pages。

學術書簽網站的利用描述了如下的應用場景:用戶在使用某個學術頁面的時候(可能是某數據庫查詢結果頁面或者是其他的學術來源網頁),可以方便地通過一鍵點擊將該頁面保存到學術書簽網站。并且,由于學術書簽網站往往能自動識別欲保存的學術頁面中的書目數據,因此,保存在學術書簽網站中的“書簽”往往具備了比較完整的

參考文獻書目數據。這使得學術書簽網站成為了在線的

參考文獻管理工具。

2.3 瀏覽器插件類——Zotero

注意到學術研究的主要應用環境已經轉換到網絡環境下這個事實,大量的基于瀏覽器的學術應用程序開發已經受到了人們的重視。由喬治#8226;梅森大學的歷史與新媒體中心(Center for History and New Media)開發的基于Firefox瀏覽器的Zotero插件則完全是為了科研人員在網絡環境下進行學術研究而開發的。

Zotero號稱自己是“下一代研究工具”。當使用安裝了Zotero插件的Firefox瀏覽器訪問學術頁面時,瀏覽器的地址欄右邊將出現一個特殊的Zotero標志,點擊該標志,該頁面的主要書目數據將自動保存在瀏覽器的Zotero文件夾中。

參考文獻管理工具研究Feb.2009Vol.29 No.2

除了能夠很好的捕獲期刊論文和書籍的元數據之外,Zotero所能支持的

參考文獻格式還包括了音頻,視頻,博客,百科全書文章,論壇帖子以及即時消息在內的其余27種格式。而在文獻寫作方面,與Endnote等桌面文獻管理軟件類似,通過安裝相應的插件,就可以方便地進行文獻的輔助寫作和生成投稿格式。

3 參考文獻管理工具的比較分析

3.1

參考文獻書目數據的獲得

3.1.1 桌面文獻管理軟件

桌面文獻管理軟件在

參考文獻數據的獲取方面,主要是3個獲取途徑:①通過各數據網站上提供的導出格式進行文獻數據的批量導入;②利用軟件內置的對各數據庫、搜索引擎以及圖書館的在線檢索功能;③通過手動逐條進行

參考文獻數據的輸入。

各大數據庫網站上一般都內置了特定的輸出格式,諸如RIS格式(一種主流桌面文獻管理軟件的通用格式),Endnote格式或者是RefWorks格式等。從而可以將對應的

參考文獻數據保存到桌面文獻管理軟件中。像Google Scholar提供了查詢結果頁面向桌面文獻管理軟件的直接導出。具體的設置,可以在Google Scholar的Scholar Preferences設置頁面選擇相應的Bibliography Manager。而世界上最大的圖書館聯合目錄Worldcat也默認提供了Endnote以及RefWorks的輸出格式。

此外,桌面文獻管理軟件往往在軟件中集成了在線檢索工具,從而可以直接通過在軟件中對數據庫、搜索引擎以及圖書館目錄進行檢索,選取相應的檢索結果形成個人的

參考文獻庫。手工向桌面文獻管理軟件中進行

參考文獻元數據的輸入也是可以的,只是手工輸入顯得過于繁瑣,使用者往往結合前兩者方法來盡量減少工作量。

3.1.2 學術書簽網站

一般的書簽網站如del.icio.us往往只能自動獲取要保存的網頁的標題和URL。學術書簽網站則走得更遠一些:可以抓取欲保存網頁的書目數據。學術書簽網站在信息的獲取和采集上,大量地采用自動抽取元數據的方法。往往通過在瀏覽器上安裝一個對應的按鈕,在訪問對應的網頁的同時,通過點擊按鈕,就可以實現相應的網頁元數據的自動保存。如果該頁面是學術文章,可能就保存了該文章完整的書目數據,如著者、題名、刊載期刊、出版年份、卷期、頁碼等;而對于其他一些

參考文獻來源,如網頁、BLOG、論壇帖子等,則可能就捕獲了包括創建者、發布時間、標題等在內的元數據內容。在保存的同時,研究者還可以對保存對象加注標簽(Tag)。標簽的給出往往反映出研究者對于

參考文獻的研究角度和認知,是從用戶角度出發對資源進行組織的一種重要方式。

自動抓取

參考文獻的書目數據顯然是學術書簽網站的優點之一。而缺憾在于,其所支持的網站數量也是有限制的。像Citeulike這類傳統的學術標簽網站,目前只支持大概50多個常用的數據庫以及學術網站[7],而Connotea所能夠自動識別的網站就要少得多,只有16個[8]。2collab,Scirus Topic Pages這二者,則主要是Elsevier為其旗下網站而開發的,在Science Direct等數據庫網站上都可以看到相應的導入到2collab或Scirus Topic Pages的選項。

除了自動抓取元數據外,學術書簽網站都能方便和各主流的文獻管理軟件進行直接的相互導入和導出。像Connotea還可以直接導入Firefox bookmarks。而那些不在可自動抓取元數據的列表之外的網站,如果想要保存其相應的書目數據,則只能手動地進行輸入。或者,如果網頁上有提供相應的DOI(Digital Object Identifier)數據,Connotea等也能夠通過DOI數據來自動識別并獲取到對應的書目數據[9]。

3.1.3 Zotero

在參考文獻數據的獲取方面,Zotero也提供了自動獲取和手動輸入兩種方式。正如圖1所示,如果是Zotero可以自動捕獲元數據的頁面,瀏覽器地址欄的末尾一般將顯示相應的標識,輕輕一點,就可實現

參考文獻數據的自動保存。而Zotero如果不能識別該頁面的元數據,也可以通過界面上預置的“由當前頁新建條目”的功能,直接生成當前網頁的快照并輸入相關的書目數據進行保存。

可以看出,無論是與傳統的文獻管理軟件還是與各類學術書簽網站的保存方法相比,Zotero的做法都更加的自動化和靈活。并且,由于Zotero的開源性質,用戶還可以自主開發各類網站Translator[10],從而使Zotero可以自動識別該網站的元數據。這就使得Zotero可以自動識別的網頁數量存在很大的上升空間。不僅如此,Zotero還允許對保存下來的網頁和文本進行文本的高亮顯示和插入批注,從而可以更好地輔助研究者進行

參考文獻的閱讀和思考。

Zotero也可以與各類桌面文獻管理軟件進行互相導入的操作,但是目前只能通過轉化成RIS的中間格式才能被其他的桌面文獻管理軟件所識別。

3.2 書目數據的組織和利用

3.2.1 桌面文獻管理軟件

桌面文獻管理軟件主要提供了按照主題進行文獻分類的方法。以Endnote X1為例,在Endnote X1中用戶可以根據主題建立一個單獨的library,在每個Library下,又可以根據具體情況劃分不同的Group。這種分類,就是典型的主題分類。另外,諸如Endnote在內的桌面文獻管理軟件往往還實現了

參考文獻數據與實際的

參考文獻內容的一對多關聯的功能。通過點擊對應的右鍵菜單,就可以方便的定位到實際的

參考文獻內容進行相關操作。這類功能也是相當的實用。

在檢索功能的提供上,桌面文獻管理軟件往往能提供大量的檢索入口和高級檢索功能。當用戶建立個人文獻庫的時候,軟件就會自動對各著錄項建立相應的索引。以Endnote X1為例,用戶進行檢索的入口可以包括所有的書目數據著錄項。除了布爾檢索的功能外,該軟件還提供了更為復雜的截詞檢索等功能。

此外,桌面文獻管理軟件一般還提供了復雜的統計和分析功能,如Endnote內置了Refviz文獻分析軟件,該軟件可以對Endnote整理的

參考文獻進行主題詞分析,并以圖形直觀表示出來,通過這些功能,可以有效地幫助進行課題的選擇和分析。

3.2.2 學術書簽網站

學術書簽網站目前在

參考文獻的管理上,主要采用的是主題和標簽相結合的方法。當研究者在使用瀏覽器添加

參考文獻的同時,就被要求對要添加的

參考文獻加注標簽。所謂的標簽就代表著研究者對于

參考文獻所涉及的研究內容、主題、領域等相關內容的認知的語詞表達。同一個

參考文獻,往往被加注了不同的標簽,反映出研究者在研究思路上的差別。學術標簽網站一般也提供諸如My library的定制功能。在My library的界面,用戶可以方便地就感興趣的主題建立群組。群組在某種程度上就是一種主題分類的方式,通過為某研究領域建立群組,就可以在該群組上組織相應的

參考文獻,再結合標簽的使用,從而可以形成縱向和橫向的信息發現。

研究者在利用學術書簽網站的時候,往往存在瀏覽和檢索兩種不同的信息查找方式。通過瀏覽相關的群組以及熱門標簽、熱門的作者,往往可以發現近期的熱點研究領域或者是重點的研究人員,從而更直接地發現有價值的資源。并且,由于越來越多的研究開始通過網絡首先發布,有效地利用學術書簽網站去發現研究的前沿也成為可能。

在檢索方面,學術標簽網站所提供的檢索途徑盡管不多但非常實用,一般都是集中在標題,作者,文摘,創建者以及標簽等檢索途徑。像Connotea提供了tag,URI,user,my library以及在全部資源中搜索的途徑。而Citeulike則提供了包括title,journal,abstract,username,tag,via Google在內的檢索入口,并且,Citeulike還提供了布爾檢索和截詞檢索等高級功能。

作為一種社會性應用,學術書簽網站還提供了對

參考文獻內容的評價功能。評價較高的

參考文獻,往往具備一定的參考價值。常用的評價方法包括機器的自動評價以及用戶的手工評價。機器的自動評價,主要是指網站通過數據挖掘的算法,就可以在網站的頁面上提供所謂Tag cloud(標簽云)。標簽云通過字體的大小和顏色反映出不同標簽在不同時間的利用度,從而完成機器的自動評價;而用戶的手動評價,主要是通過對特定的資源進行相應的評分來完成,目前流行的評分方式如五星評分制等。用戶在將某個資源加入標簽網站的時候,可以通過加注星級來反映個人對該資源的認可度;而在瀏覽他人收藏的資源的同時,也可以進行相應的Vote(投票),從而完成相應的評價。

3.2.3 Zotero

在參考文獻組織方面,Zotero提供了主題分類的方式,同時也結合標簽的應用。如圖,Zotero的界面分為左中右3個部分,與傳統的文獻管理軟件如Endnote的界面非常相似。界面最左邊,是

參考文獻庫的建立區域,在這里可以對特定研究領域建立文件夾。對應在中間是具體的

參考文獻的書目數據,而最右邊則可以對具體的

參考文獻數據進行相應的修改。

除了按照主題來組織

參考文獻外,Zotero也可以根據標簽來定位相關的

參考文獻。如圖,在最左邊分類框的下方,顯示了個人對

參考文獻所加注的所有標簽。通過點擊相應的標簽,就可以迅速地定位到加注相應標簽的資源。

圖3 TAG界面[11]

由于對幾乎所有的書目數據著錄項進行了索引,Zotero也能提供大量的檢索入口。同時,還提供包括布爾檢索在內的各類高級檢索功能。特別的,Zotero還允許對用戶的文獻閱讀筆記和批注進行檢索。而根據Zotero的開發計劃,也已經把邁入社會化應用作為自身的發展方向,在不久的將來就會有相應的網站應用來支持

參考文獻的組織、共享和發現。

3.3 論文寫作的輔助功能

輔助論文寫作功能是文獻管理應用程序的重要構成內容。傳統的桌面文獻管理軟件之所以大受歡迎,正是因為其內置的強大的寫作輔助功能。以Endnote為例,大概預置了200多個期刊投稿模板以及2 000多個期刊

參考文獻格式。安裝Endnote的同時,將會同時安裝一個Word工具條。在論文寫作的時候,通過該工具條,就可以方便地為論文插入相應的參考文獻。

參考文獻和圖片的說明、格式設置等,都可以通過該工具條輕松地完成。

而學術書簽網站目前并不提供輔助文獻寫作的功能,要引用保存在學術書簽網站中的

參考文獻,只能先導出到諸如Endnote等桌面文獻管理軟件中,然后再由Endnote導出到字處理軟件中。

值得注意的是,各類瀏覽器插件所能完成的功能也越來越強大。以Zotero為例,也具備了向字處理軟件中導入參考文獻的功能。如圖所示,Zotero工具條在外觀上與Endnote的工具條極為類似,但是功能要稍微簡單一些。從左到右,其功能分別是“插入待引用文獻”,“修改引用文獻”,“插入參考文獻格式”,“修改參考文獻格式”,“更新參考文獻”和“參數設置”。作為一個發展中的開源項目,Zotero目前所能支持的投稿格式和參考文獻格式還比較有限,但也正由于它的開源性,其未來的發展空間還是很大。

4 總 結

傳統的桌面文獻管理軟件很好地完成了

參考文獻的組織和利用功能,而面對著學術交流活動的網絡化趨勢,各類學術書簽網站,基于瀏覽器的插件程序由于其免費和強大的社會化應用的功能開始得到越來越多的研究人員的利用。這些網站和插件程序直接嵌入在用戶的工作流中,極大地方便了用戶的利用。總體而言,對于參考文獻的管理,呈現出如下的發展特點。

4.1 支持更多類型的

參考文獻從參考文獻管理的對象上來分析,傳統的桌面文獻管理軟件更側重于對于期刊論文、書籍的管理,這是因為期刊論文和書籍類文獻,始終是學術研究的主流研究資源。而學術書簽網站以及Zotero這兩類應用則更加符合網絡環境下對于各類學術資源的利用。這兩類文獻管理應用,為諸如網頁,維基百科,博客,播客,論壇帖子等形式的

參考文獻的組織利用提供了更多的支持,甚至說,這兩類應用本身就是為了管理這些動態變化而又形式多樣的網絡學術資源而開發的。

4.2 嵌入用戶的工作流

從傳統的桌面文獻管理軟件到各類學術書簽網站,乃至基于Firefox的各類瀏覽器插件,

參考文獻管理的發展反映了一個重要的趨勢,就是不脫離用戶的研究環境下對

參考文獻的自動獲取和保存。使用傳統的桌面文獻管理軟件,需要頻繁地在瀏覽器,文獻管理軟件和字處理程序之間切換;而學術書簽網站和Zotero等插件應用則是直接位于瀏覽器端的,并且,學術書簽網站往往還提供了RSS的功能,從而用戶直接在網絡環境下就可以直接完成參考文獻的組織和利用。

4.3 網絡化和社會化

參考文獻管理是科研工作流中極為重要的一環。科研活動的網絡化傾向,要求各類文獻管理工具能夠更好地支持在網絡上的學術研究活動。面對這一趨勢,一些傳統的桌面文獻管理軟件諸如Endnote軟件也推出了Endnote web功能[14]。

同時,由于科研活動本身越發地呈現社會化合作的趨勢,如何對科技文獻等科研資源進行更好地共享和交流也成為當前的熱點。學術書簽網站正是為了滿足研究人員在網絡環境下進行參考文獻組織、共享和發現而誕生的。而在Zotero中目前可以方便地對保存的參考文獻內容(主要是HTML和TXT)進行筆記撰寫和高亮操作,并且在不遠的未來,還將開發出相應的網絡服務使得研究者可以對個人的參考文獻乃至文獻閱讀筆記等進行創建和共享[15]。

參考文獻

[1]Folksonomy[EB/OL].http:∥en.wikipedia.org/wiki/Folksonomy,2008-09-12.

[2]Connotea[EB/OL].http:∥www.connotea.org,2008-09-12.

[3]Citeulike[EB/OL].http:∥www.citeulike.org,2008-09-12.

[4]2collab[EB/OL].www.2collab.com,2008-09-12.

[5]Scirus[EB/OL].http:∥topics.scirus.com,2008-09-12.

[6]Zotero[EB/OL].http:∥www.zotero.org,2008-09-12.

[7]Post an article from a web page[EB/OL].http:∥www.citeulike.org/posturl.adp,2008-09-20.

[8]Automatic Collection of Bibliographic Information[EB/OL].http:∥www.connotea.org/guide#autocollection,2008-10-08.

[9]Adding Articles Directly Using DOIs[EB/OL].http:∥www.connotea.org/guide#doiadd,2008-10-08.

[10]Translators Status[EB/OL].http:∥www.zotero.org/translators-status,2008-10-08.

[11]Quick start guide[EB/OL].http:∥www.zotero.org/documentation/quickstartguide,2008-10-08.

[12]Endnote使用手冊,P37[EB].http:∥www.las.ac.cn/endnote/endnoteManual.pps,2008-10-08.

[13]Microsoft word integration[EB].http:∥www.zotero.org/documentation/microsoftwordintegration,2008-10-08.

[14]Endnoteweb[EB/OL].http:∥www.endnoteweb.com,2008-10-10.

[15]Development roadmap[EB/OL].http:∥www.zotero.org/documentation/developmentroadmap,2008-10-10.

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