4種冬蟲夏草總RNA提取方法的比較

陳國梁，賀曉龍，陳宗禮，任桂梅，梁倩男

（延安大學生命科學學院/陜西省區(qū)域生物資源保育與利用工程技術研究中心，716000）

提取純度高、完整性好的RNA是進行基因克隆以及其功能分析的一個重要環(huán)節(jié)，也是進行分子生物學研究首先要解決的問題。目前，雖已建立了多種從各種動、植物組織中提取高質量總RNA的方法[1～3]，以食用菌為材料提取總RNA的方法亦有報道[4～9]，但關于冬蟲夏草總RNA的提取方法卻未見報道。基于此，作者以冬蟲夏草子實體為材料，用4種方法對其總RNA進行提取，以便從中找出一種較適合冬蟲夏草子實體總RNA提取的方法，為其分子生物學及基因工程育種研究的開展奠定基礎。

1 材料與方法

1.1 試驗材料

新鮮冬蟲夏草子實體由延安大學生命科學學院食用菌實驗室提供。

1.2 試驗方法

①RNA的提取 稱取一定量的新鮮冬蟲夏草子實體，分別采用SDS抽提法、TRIzol法、CTAB-Li-Cl法與DEPC水法進行總RNA的抽提。

②RNA質量的檢驗 a.RNA的純度檢驗。RNA的純度檢驗用核酸蛋白檢測儀進行檢測[10]。

b.RNA的完整性。根據所測的濃度，取相同含量的RNA在穩(wěn)壓7.5 V/cm下進行變性瓊脂糖凝膠電泳，EB染色5～10 min，在凝膠成像系統(tǒng)中成像觀察。

2 結果與分析

2.1 總RNA樣品的純度分析

將所提取的總RNA經紫外檢測其230 nm、260 nm、280 nm處的 OD值并計算 OD260/OD230與OD260/OD280。從表1中可以看出，4種方法提取的總RNA 的 OD260/OD280值均在 1.900～2.303，OD260/OD230的值均在1.845～1.965，表明4種方法提取的總RNA純度均較高，能有效地去除多糖等雜質，但仍有蛋白及鹽分的殘留，同時，可能有部分RNA發(fā)生降解導致OD260/OD280的值偏離2.0，這也與電泳結果（圖1）相吻合。從整體數據分析可得出，DEPC水法和SDS法提取的冬蟲夏草子實體總RNA純度高于CTAB-LiCl法和TRIzol法提取的。

2.2 RNA的完整性分析

表1 4種方法抽提的總RNA純度及產量的比較

4種方法提取的總RNA經變性瓊脂糖凝膠電泳（圖1）均出現整齊、較清楚的28S與18S條帶。其中DEPC水法提取的總RNA電泳結果顯 示 ，28S、18S 與5S帶型整齊，無拖尾，且28S帶的亮度約為18S帶的2倍，5S帶很弱，點樣孔中及其附近也未發(fā)現有DNA的污染，可以看出DEPC水法提取得到的總RNA純度高、降解少、完整性好、得率高；SDS法提取的總RNA電泳結果出現了28S、18S兩條完整性好且清晰的條帶，但亮度較DEPC水法的暗，表明SDS法提取的 RNA量較DEPC水法低；TRIzol法、CTAB-LiCl法提取得到的總RNA電泳結果顯示28S、18S兩條條帶較為模糊，表明RNA有不同程度地降解。4種方法的5S帶很弱或沒有則表明所使用的樣品比較新鮮，而且裂解液比例適當，成分也很適合該樣品的提取。

圖1 4種方法抽提的總RNA電泳

3 小結與討論

①本試驗所采用的4種方法均需研磨、抽提、沉淀、洗滌4個步驟。4種方法除研磨和洗滌2個步驟完全相同外，其在抽提過程所用試劑、抽提次數及沉淀過程中所用試劑和沉淀次數均有所不同，所耗費時間也不同，見表2。結合紫外及電泳檢測結果可得出，4種提取方法中DEPC水法提取的總RNA質量最好，SDS抽提法次之，CTAB-LiCl法和TRIzol法效果最差。DEPC水法所用的全部試劑均為常規(guī)試劑，這使得試驗成本大大降低，而且整個提取過程操作非常簡單、易行，耗時較短，不需要特別的儀器設備，所得RNA完整且純度較高，可滿足分子水平試驗的要求，是一種較簡單、高效、經濟的適合食用菌總RNA提取的好方法。

②與動、植物組織相比，冬蟲夏草的組成成分和結構與其有一定的差異，尤其是其高含量的多糖以及糖蛋白會形成難溶的膠狀物等，嚴重影響RNA的提取效率和純度，進一步影響到后續(xù)試驗操作。本試驗針對冬蟲夏草子實體富含多糖的特點，在4種提取方法上，進行了簡單的優(yōu)化，即在抽提的過程中加入1/3體積的5 mol/L（pH=4.8）醋酸鉀溶液以沉淀多糖，結果表明醋酸鉀能夠較好地除去多糖的污染。

表2 4種提取冬蟲夏草總RNA方法的比較

[1]王學仁，張改娜，何濤，等.一種快速有效提取植物和真菌DNA和RNA的簡易方法 [J].基因組學與應用生物學，2009，28（6）：1 183-1 188.

[2]淳俊，鄭彥峰，王勝華，等.一種廣泛適用的RNA提取方法[J].生物化學與生物物理進展，2008，35（5）：591-597.

[3]崔秋紅，羅瑩，祁曉廷.一種簡捷提取植物總RNA的準備和操作方法[J].生物學通報，2009，44（2）：44-45.

[4]周凱松，薛久剛，常寧，等.一種簡單高效的食用真菌總RNA 提取方法[J].遺傳，2003，25（6）：703-704.

[5]淡明，黃海波，郭安平，等.一種簡單高效的真菌總RNA提取方法[J].福建熱作科技，2006，31（4）：19-20.

[6]李迅，裴建軍，邵蔚藍.擔子菌草菇總RNA的快速抽提方法[J].微生物學通報，2004，31（4）：81-84.

[7]錢程，趙敏，孫立娜，等.白囊耙齒菌（Irpex lacteus）總 RNA提取方法的建立[J].哈爾濱工業(yè)大學學報，2006，38（81）：1 389-1 391.

[8]胡文軍.靈芝中總RNA的提取[J].藥物生物技術，2005，12（3）：183-185.

[9]稅丕容，鄭曉冰，林俊芳，等.簡便高質量的食用菌總RNA提取方法[J].食用菌學報，2008，15（1）：35-39.

[10]薩姆布魯克 J，拉塞爾 D W著.黃培堂譯.分子克隆實驗指南.3版[M].北京：科學出版社，2003：582-584.