微衛星標記多態性與番鴨體尺性狀的關系

俞永裕，曾 濤，陳曉青，姜柏芳，毛濟敖，田 勇，沈軍達，陶爭榮，盧立志

(1.浙江省余姚市畜牧獸醫局，浙江 余姚 315499;2.浙江省農業科學院 畜牧獸醫研究所，浙江 杭州 310021;3.南京農業大學，江蘇 南京 210095;4.余姚市舜豐畜禽養殖有限公司，浙江 余姚 315499)

余姚番鴨 (又名瘤頭鴨、呆頭鴨)是一種瘦肉型肉用鴨。余姚番鴨按羽色分為白羽、花羽和灰色條紋羽3個類群，灰色條紋羽現較少。余姚番鴨具有生長速度快，屠宰率高等特點，許多地方引種飼養。

微衛星又稱為簡單重復序列 (SSR)，一般以1～6個堿基為核心序列，首尾相連的串聯重復序列。微衛星標記與其他分子標記相比，具有在基因組中數量分布廣而均勻、多態性豐富、等顯性遺傳以及分析方法簡便、快捷等優點。因此，微衛星標記目前已被廣泛應用于群體遺傳結構、遺傳多樣檢測的研究中［1-10］。在過去的幾年里，已經從鴨類基因組中分離到了很多多態性豐富的微衛星遺傳標記［11-12］，為鴨類的微衛星遺傳標記和生產性狀關系的研究打下了良好的基礎。本研究分析了16個微衛星標記與余姚番鴨體尺性狀間的相關性，為余姚番鴨的選育提供依據。

1 材料與方法

1.1 試驗材料

本研究采用30只余姚番鴨，公母各半。編號采集血樣樣本，測量體重和體尺，測量指標包括體重、體斜長、龍骨長、脛長、脛圍、胸寬、胸深和骨盆寬。

1.2 血液基因組DNA的提取

采用常規酚-氯仿抽提法，具體操作步驟參照《分子克隆》(第3版)，稍加修改。

1.3 微衛星位點及PCR條件

根據GenBank和文獻上提供的50對微衛星引物進行篩選，選擇了16對微衛星引物 (表1)。

反應體系 (25.0 μL):50 ng·μL-1DNA 1 μL，上下游引物各為 0.4 μL，10 mmol·L-1dNTP混合物 1.5 μL，10 × 緩沖液 1.5 μL，rTaq 酶0.25 μL。

反應程序:95℃預變性5 min;94℃變性30 s，44～65℃ (具體溫度依引物而定，表1)復性30 s，72℃延伸40 s，35個循環;最后72℃延伸10 min。擴增產物用12%的非變性聚丙烯酰胺進行電泳，電泳結束后用硝酸銀染色，成像后分析結果。

1.4 數據統計及相關公式

統計各等位基因組成，計算個微衛星座位的等位基因頻率 (Pi)、遺傳雜合度 (He)、多態信息含量 (PIC)和有效等位基因數 (Ne)。用SPSS軟件分析微衛星基因座各基因型與體尺性狀間的相關性。

表1 16個微衛星引物序列和退火溫度

式中:pi為第 i個等位基因的頻率;i為純合復等位基因;ij1，ij2，…，ijn為與 i共顯的第1到第n個等位基因。

2 結果和分析

2.1 遺傳多態性的指標

用16對微衛星引物對余姚番鴨進行檢測，結果共檢測到72個等位基因，各座位等位基因數位2～7個，由表2可知，16個微衛星標記所檢測到群體平均雜合度為0.681。多態信息含量最高的微衛星座位是 AY493314(0.832)，最低的是AY587043(0.374)，平均多態信息含量為0.644。

2.2 遺傳多態性與體尺性狀的相關性

用SPSS(16.0)中GLM過程對各個不同微衛星位點的不同基因型間性狀的差異進行最小二乘分析，結果見表3。微衛星AY493314與脛圍呈極顯著相關，AJ272582與脛圍和龍骨長呈顯著相關;微衛星AY493282，APL515883與脛長呈顯著相關;AY493255，AY493342與半潛水長呈顯著相關;AY493322與胸寬呈顯著相關。其余位點微衛星與體重、體尺性狀之間的相關性均不顯著。

表2 16個微衛星基因座的多態參數

表3 微衛星位點的組分方差分析統計系數值 (F值)

3 討論

3.1 微衛星標記的多態性

微衛星應用研究中，PIC是衡量片段多態性的指標。按Bostein等提出的衡量基因變異程度高低的多態信息含量指標，當PIC＞0.5的位點為高度多態信息含量指標，0.25＜PIC＜0.5時為中度多態位點，當PIC＜0.25時，為低度多態位點。本研究中16個微衛星位點中，除 AY493285、AY587043和APL515883為中度多態外，其余13個微衛星位點均呈現高度多態。

群體雜合度反應了被檢測位點上群體的雜合子的頻率，是群體遺傳變異的一個適宜參數。群體平均雜合度的高低反映了群體的遺傳一致性程度。群體的雜合度越高，說明群體內一致性差，群體變異大。本實驗結果表明，余姚番鴨的平均遺傳雜合度He為0.681，說明有著較高的遺傳多樣性。

3.2 微衛星位點與體尺性狀的相關性

本實驗結果顯示，AY493314，AJ272582，AY493282和APL515883等標記與特定性狀可能存在相關關系。這種相關性的發現對于選種、選配是有利的。實踐中選擇具有與優良性狀相關標記的個體留種，可以提高選種的準確性，這也是標記輔助選擇的主要目的之一。對這些微衛星標記間的連鎖分析研究，以及更加精確地進行QTL定位，還需要進一步擴大試驗鴨種范圍。如果一個群體的性狀差異顯著，或2個群體的差異很大，就可以通過標記與性狀的相關分析，找出性狀與一個或多個標記的遺傳相關，一旦發現顯著相關，即可認為存在一個數量性狀位點，從而實現從表型到基因型選擇育種的轉變。

本實驗研究可為進一步尋找有關番鴨生長性狀的QTLs及定位提供一定的理論數據。

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