鱷蜥線粒體基因組全序列及其結構分析

摘要：采用PCR擴增方法測定了鱷蜥

關鍵詞： 鱷蜥（Shinisaurus crocodilurus Ahl.）；線粒體基因組；控制區

中圖分類號：Q953.3 文獻標識碼：A 文章編號：0439-8114（2014）04-0925-04

Mitochondrial Genomes of Shinisaurus crocodilurus and Its Structure

QIN Ping-sheng，TAO Chun-rong，SHE Ying，HOU Li-xia，YANG Xiao-wen，WU Zheng-jun，QIN Xin-min

（College of Life Science， Guangxi Normal University/Guangxi Key Laboratory of Rare and Endangered Animal Ecology， Guilin 541004，Guangxi， China）

Abstract：The complete nucleotide sequence of the mitochondrial genome of Shinisaurus crocodilurus was determined by PCR. The complete mtDNA from S. crocodilurus was 16 585 bp in length and contained 13 protein-coding genes， 2 rRNA genes， 22 tRNA genes， and 1 control region（D-loop）. The 22 tRNA genes can be fold in the typical cloverleaf structure except tRNA-Ser（AGY）gene. The average nucleotide composition was 31.99% A， 26.48% T， 27.96% C and 13.57% G. Among 13 protein-coding genes of the S. crocodilurus mitochondrial genome， the common start codon （ATG） could be assigned as the start codon for all protein-coding genes except for COI which started with ATC. Most of the protein-coding genes including ND1，ND2，COI，ATP6，ATP8，ND4L，ND4，ND6，Cytb had TAA， AGA or AGG as termination codon，while COⅡ， COⅢ， ND3 and ND5 had incomplete termination codons TA/T.

Key words： Shinisaurus crocodilurus Ahl.； mitochondrial genome； control region

鱷蜥（Shinisaurus crocodilurus Ahl.）隸屬有鱗目鱷蜥科（Shiniasuridae）鱷蜥屬（Shinisaurus），為獨科獨屬獨種動物，分布于中國廣東、廣西以及越南北部[1]。鱷蜥為第四紀冰川末期殘留下來的古老爬行類動物，有“活化石之稱”，其分類地位非常特殊，因此其在爬行綱動物的起源、演化和分類等方面的研究上，有著重要的學術價值。近年來，由于人為捕捉，棲息環境被污染、破壞，鱷蜥種群數量急劇下降，目前在我國已不足1 000只，已處于極度瀕危的狀況，被國家列為Ⅰ級保護動物，并被列入瀕危物種國際貿易公約（Convention on International Trade in Endangered Species）附錄Ⅱ。

目前，關于鱷蜥的研究主要集中在物種資源調查、生態、行為、生理和繁殖等方面[1-6]。動物線粒體DNA是研究物種系統發育、種群遺傳變異和分化、起源與進化的有效遺傳標記。試驗測定了鱷蜥的線粒體基因組全序列，以期為鱷蜥的遺傳結構、起源進化以及種質資源保護等相關研究提供分子信息。

1 材料與方法

1.1 材料

鱷蜥死亡個體尾部肌肉。

1.2 基因組DNA的提取

基因組DNA的提取參照汪永慶等[7]的方法。

1.3 引物的設計

參考爬行動物通用引物擴增12S rRNA、16S rRNA、ND2、ND3、COI、COIII、ND5、ND6和Cytb基因的部分片段，根據上述片段的測序結果，利用Primer 5.0軟件設計引物，用以擴增短片段之間的長片段序列，所用引物見表1。

1.4 PCR擴增測序

2.2 蛋白質編碼基因

3 小結

目前，國內外有關鱷蜥的研究主要集中在生態、行為、生理、和人工飼養等方面。本研究分析了鱷蜥線粒體基因組全序列，包括了13個蛋白質編碼基因、22個tRNA基因、2個rRNA基因和1個控制區（D-loop）。結果表明，鱷蜥線粒體基因組中基因的組成、順序、編碼鏈的選擇、tRNA的結構都與爬行動物相同或相近。結果可為鱷蜥的分類、進化和系統發育等方面提供分子依據。

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