劉陽,王占友,池志宏,王濤
(1.遼寧醫學院附屬第三醫院醫學檢驗中心,遼寧 錦州 121000;2.中國醫科大學基礎醫學院病理生理學教研室,沈陽 110001;3.東北大學生命健康科學學院神經科學研究所,沈陽 110015)
·論著·
SLC30A8基因rs13266634 C/T單核苷酸多態性與2型糖尿病易感性的相關性研究
劉陽1,2,王占友2,3,池志宏2,王濤3
(1.遼寧醫學院附屬第三醫院醫學檢驗中心,遼寧 錦州 121000;2.中國醫科大學基礎醫學院病理生理學教研室,沈陽 110001;3.東北大學生命健康科學學院神經科學研究所,沈陽 110015)
目的探討SLC30A8基因rs13266634 C/T單核苷酸多態性(SNP)與錦州地區2型糖尿病(T2DM)易感性之間的相關性。方法基于病例-對照分析,采用聚合酶鏈反應(PCR)-高分辨率溶解曲線(HRM)方法對錦州地區136例2型糖尿病患者(T2DM組)和145例健康對照(NC組)SLC30A8基因rs13266634位點的單核苷酸多態性進行檢測。結果CC基因型頻率T2DM組(38.23%)高于NC組(22.07%);C等位基因頻率T2DM組(61.76%)高于NC組(51.03%),差異均具有統計學意義(P<0.05);等位基因C增加了2型糖尿病1.550倍患病風險(OR=1.550,95%CI:1.108~2.169,P<0.05)。結論SLC30A8基因rs13266634 C/T單核苷酸多態性與錦州地區T2DM的發病相關,C是風險等位基因。
SLC30A8基因;單核苷酸多態性;高分辨率溶解曲線;2型糖尿病
2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)具有明顯的遺傳傾向,其遺傳度為31%~69%[1],屬于復雜的多基因遺傳病。基于全基因組關聯研究(genome-wide association study,GWAS),在法國人群中首次發現SLC30A8基因和2型糖尿病相關[2]。隨后,在不同種群開展了其重復研究與薈萃分析[3~6],研究結果顯示,SLC30A8基因的rs13266634是與2型糖尿病最相關的遺傳易感位點。由于種族和地域的差異,所得研究結果也不盡相同[7]。因此,本文基于病例-對照研究,通過聚合酶鏈反應-高分辨率溶解曲線法[8]檢測SLC30A8基因rs13266634 C/T遺傳位點的單核苷酸多態性,旨在探討錦州地區人群中此位點的分布及對2型糖尿病的風險預測。
1.1 研究對象
選取2013年12月至2014年12月遼寧醫學院附屬第三醫院門診就診的T2DM患者(T2DM組)136例,皆為北方地區漢族,并且彼此無任何親緣關系。男65例,女71例,平均年齡(51.42±10.23)歲;排除嚴重的心肝腎疾病患者,患者均符合1999年WHO糖尿病診斷標準。另外,選取同一時期門診就診的健康體檢正常人145例為正常對照(NC組),其中男69例,女76例,平均年齡(52.63±13.21)歲。2組在年齡和性別構成上差異均無統計學意義(P>0.05)。均取得所有研究對象的知情同意。
1.2 方法
1.2.1 試劑與儀器:基因組DNA提取試劑;2×PCR Reaction Mix(上海申能博彩生物科技有限公司)。SYTO?9 green fluorescent nucleic acid stain(InvitrogenTM-MolecularProbesTM,美國);Rotor-Gene熒光定量PCR儀器(Corbett公司),凝膠圖像分析系統(上海天能科技有限公司),凝膠電泳儀(上海天能科技有限公司)。
1.2.2 基因組DNA的提取:采用常規苯酚-氯仿法進行基因組DNA提取作為模板,并對DNA含量進行分析、測定,-80℃保存,備用。
1.2.3 引物設計:根據UCSC genome browser(http:// genome.ucsc.edu/)獲得所需 SLC30A8基因的rs13266634SNPs的資料,基于PRIMER5.0設計高分辨率溶解曲線(high resolution melting,HRM)引物。引物設計原則確保擴增產物片段控制在50~200 bp。
1.2.4 PCR-HRM反應體系建立:根據文獻[8],建立相應的PCR-HRM反應體系。PCR反應體系25 μL,2×PCR的反應MIX 12.5 μL,上下游引物各1.5 μL,5 μmol/L SYTO9熒光染料7.5 μL,DNA模板2 μL。PCR反應參數:94℃預變性10 min,94℃變性30 s,55℃退火60 s,72℃延伸30 s,共40循環,72℃終末延伸5 min。HRM反應參數:94℃變性1 min,40℃復性3 min,HRM 70~90℃,以0.05℃/s的斜率采集溶解曲線,在Rotor-Gene熒光定量PCR儀器基因掃描軟件模塊上進行分析。
1.2.5 HRM的基因分型:利用Tm溫度的差異,直接區分樣本對應的基因型純合子和雜合子;但不足以區分不同純合子之間Tm的差異[9];采用參入法[10]進行區分不同純合子分型,即在純合子基因中摻入已知純合子基因型,若與已知純合子基因型相同表現為純合子型曲線,相反表現為雜合子曲線,以達到區分不同純合子基因型。
1.3 統計學處理
應用Haploview4.0軟件進行Hardy-Weinberg遺傳平衡檢驗,采用SPSS 19.0統計學軟件進行分析。組間基因型及等位基因頻率的分布差異采用χ2檢驗;多態性位點與2型糖尿病易感性的分析采用比值比(odds ratio,OR)及其95%可信區間(CI)表示。所有統計學分析均采用雙尾概率檢測,P<0.05為具有統計學差異。
2.1 SLC30A8基因型rs13266634 SNP的HRM基因分型結果
T2DM組模板DNA經PCR-HRM基因分型后得到3種基因型(雜合子型CT、純合子型CC、純合子型TT),見圖1~4。

圖1 SLC30A8-rs13266634-T2DM-HRMFig.1 SLC30A8 rs13266634-T2DM-HRM

圖2 SLC30A8-rs13266634-T2DM-雜合MeltFig.2 SLC30A8 rs13266634-T2DM-heterozygotic Melt

圖3 SLC30A8-rs13266634-T2DM-純合MeltFig.3 SLC30A8rs13266634-T2DM-homozygotic Melt

圖4 SLC30A8-rs13266634-T2DM-純合造雜合HRMFig.4 SLC30A8 rs13266634-T2DM-forged heterozygotic Melt
2.2 Hardy-Weinberg平衡檢驗
采用Hardy-Weinberg平衡法檢驗SLC30A8基因rs13266634 C/T多態性位點均無統計學差異(P>0.05),符合Hardy-Weinberg遺傳平衡定律,證明本研究人群已達到遺傳平衡,具有群體代表性。見表1。
2.3 rs13266634 C/T多態性位點基因型和等位基因型頻率分布比較
如表2所示,CC基因型頻率T2DM組高于NC組,且各基因型分布頻率在2組間存在統計學差異(χ2=8.838,P=0.012)。兩組C等位基因頻率比較,T2DM組高于NC組,并且各等位基因型分布頻率2組間存在統計學差異(χ2=6.566,P=0.010)。

表1 SLC30A8基因rs13266634 C/T多態性位點Hardy-Weinberg平衡檢驗Tab.1 Hardy-Weinberg equilibrium test of the rs13266634 C/T locus in SLC30A8gene

表2 SLC30A8基因rs13266634 C/T多態性位點基因型和等位基因型頻率分布比較[n(%)]Tab.2 Genotype and allele frequencies of the rs13266634 C/T locus in SLC30A8gene[n(%)]
2.4 SLC30A8 SNP位點基因型和等位基因與2型糖尿病發病風險的預測
SLC30A8基因的rs13266634 C/T多態性遺傳位點的CC基因型與2型糖尿病的聯系強度OR值為1.452(95%CI:1.150~1.833,P<0.05),意味著增加了2型糖尿病1.452倍患病風險。并且等位基因C與2型糖尿病的聯系強度OR值為1.550(95%CI:1.108~2.169,P<0.05),即增加了2型糖尿病1.550倍患病風險。
本研究在錦州地區的人群中初步驗證了文獻報道的SLC30A8的rs13266634 C/T的單核苷酸多態性,并且證實了rs13266634與T2DM易患性相關。本研究結果顯示:不同于印度地區人群[7],錦州地區T2DM組的rs13266634 C/T的CC基因型頻率和C等位基因頻率均高于NC組,這一結果與中國漢族人群相似[3],說明存在地域和種族的差異。與此同時,等位基因C在兩組之間的分布存在統計學差異(P<0.05),等位基因C增加了2型糖尿病1.550倍患病風險。
研究顯示,人類ZnT-8 DNA編碼序列被發現在AC027419重疊區,SLC30A8作為鋅轉運體家族的一員,可定位在人8q24.11染色體上。包含8個外顯子,全長37 kb,編碼368個氨基酸蛋白。特異性的在胰島β細胞高表達,位于胰島素分泌顆粒膜中,能夠促進鋅離子在胰島素分泌囊泡中聚集[11],是參與胰島素儲存、合成、分泌的重要成分。定位于SLC30A8基因第8外顯子的rs13266634多態性屬于非同義突變,是由單個核苷酸改變引起的,即Arg325變異成Trp325(R325W)[7]。這一結果可能發生鋅離子與胰島素分子結合不穩,影響胰島素儲存、合成和分泌,導致胰島素功能改變,增加T2DM的發病概率[12]。而本研究的結果也證實了SLC30A8基因的rs13266634 C/T多態性位點與2型糖尿病易感性相關,統計分析顯示SLC30A8基因的rs13266634 C/T多態性遺傳位點的CC基因型與2型糖尿病的聯系強度OR值為1.452(95%CI:1.150~1.833,P<0.05);并且等位基因C與2型糖尿病的聯系強度OR值為1.550(95%CI:1.108~2.169,P<0.05),可以推測SLC30A8基因的rs13266634 C/T多態性遺傳位點的CC基因型和等位基因C能夠增加2型糖尿病的患病風險。
由于本研究人群量和人群覆蓋地區有限,所得結果驗證了SLC30A8基因的rs13266634 C/T多態性位點在錦州地區人群中的存在;并且與2型糖尿病易感性相關。CC基因型及等位基因C是2型糖尿病的風險因素,但仍需擴大研究樣本進行進一步的驗證。盡管SLC30A8是目前2型糖尿病的GWAS研究中易感基因之一,但是其導致2型糖尿病發病的病理生理機制不明,進一步研究其機制對糖尿病的預防及治療具有重要的臨床意義。
[1]Almgren P,Lehtovirta M,Isomaa B,et al.Heritability and familiality of type 2 diabetes and related quantitative traits in the Botnia Study[J].Diabetologia,2011,54(11):2811-2819.
[2]Sladek R,Rocheleau G,Rung J,et al.A genome-wide association study identifies novel risk loci for type 2 diabetes[J].Nature,2007,445(7130):881-885.
[3]Chang YC,Liu PH,Yu YH,et al.Validation of type 2 diabetes risk variants identified by genome-wide association studies in Han Chinese population:a replication study and meta-analysis[J].PLoS One,2014,9(4):1-8.
[4]Parra EJ,Below JE,Krithika S,et al.Genome-wide association study of type 2 diabetes in a sample from Mexico City and a metaanalysis of a Mexican-American sample from Starr County,Texas[J].Diabetologia,2011,54(8):2038-2046.
[5]Voight BF,Scott LJ,Steinthorsdottir V,et al.Twelve type 2 diabetes susceptibility loci identified through large-scale association analysis[J].Nat Genet,2010,42(7):579-589.
[6]Gamboa-Melendez MA,Huerta-Chagoya A,Moreno-Macias H,et al. Contribution of common genetic variation to the risk of type 2 diabetes in the Mexican Mestizo population[J].Diabetes,2012,61(12):3314-3321.
[7]Kommoju UJ,Maruda J,Kadarkarai S,et al.No detectable association of IGF2BP2 and SLC30A8 genes with type 2 diabetes in the population of Hyderabad,India[J].Meta Gene,2013,1:15-23.
[8]Erali M,Wittwer CT.High resolution melting analysis for gene scanning[J].Methods,2010,50(4):250-261.
[9]Wittwer CT,Reed GH,Gundry CN,et al.High-resolution genotyping by amplicon melting analysis using LCGreen[J].Clin Chem,2003,49(6 Pt 1):853-860.
[10]Liew M,Seipp M,Durtschi J,et al.Closed-tube SNP genotyping without labeled probes/a comparison between unlabeled probe and amplicon melting[J].Am J Clin Pathol,2007,127(3):341-348.
[11]Chimienti F,Devergnas S,Favier A,et al.Identification and cloning of a beta-cell-specific zinc transporter,ZnT-8,localized into insulin secretory granules[J].Diabetes,2004,53(9):2330-2337.
[12]Ng MC,Park KS,Oh B,et al.Implication of genetic variants near TCF7L2,SLC30A8,HHEX,CDKAL1,CDKN2A/B,IGF2BP2,and FTO in type 2 diabetes and obesity in 6,719 Asians[J].Diabetes,2008,57(8):2226-2233.
(編輯武玉欣)
Research on Correlation between rs13266634 C/TSNP of SLC30A8Gene and Susceptibility to
Type 2 Diabetes Mellitus
LIUYang1,2,WANG Zhan-you2,3,CHI Zhi-hong2,WANG Tao3
(1.Center of Medical Laboratory,The Third Hospital Affiliated to Liaoning Medical College,Jinzhou 121000,China;2.Department of Pathophysiology,China Medical University,Shenyang 110001,China;3.The Institute of Neurosciences,College of Life and Health Sciences,Northeastern University,Shenyang 110015,China)
Objective To investigate the correlation between the rs13266634 C/T SNP of SLC30A8and T2DM in Jinzhou.MethodsBased on case-control study,PCR-HRM was used to identify the genotypes of rs13266634 of SLC30A8gene in 136 cases of T2DM patients and 145 cases of healthy control in Jinzhou.ResultsThe CC genotypic frequency and C allele frequency in T2DM(38.23%and 61.76%)were higher than those of healthy control(22.07%and 51.03%).Furthermore,there was significant difference in case-control study from the population in Jinzhou(P<0.05).The odds ratio of allele C for T2DM was 1.550(95%CI:1.108-2.169,P<0.05).ConclusionThe single nucleotide polymorphism of the rs13266634 locusin SLC30A8 gene was correlated with T2DM susceptibility in Jinzhou,and the allele C was a risk allele.
SLC30A8gene;single nucleotide polymorphism;high-resolution melting curve;type 2 diabetes mellitus
R587.1
A
0258-4646(2015)06-0494-04
國家自然科學基金(81170775)
劉陽(1975-),女,主管技師,碩士研究生. E-mail:jykly43@aliyun.com
2015-01-12
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