1989,蘇軍撤出阿富汗后,“伊斯蘭國”的約旦創始人 Abu Musab al-Zarqawi(扎卡維)抵達巴基斯坦加入圣戰組織組織。
1992 扎卡維回到約旦,立即受到追蹤。
1999 扎卡維離開約旦前往巴基斯坦,重拾幾年前放下的人生。
2000 扎卡維負責在阿富汗與伊朗國境上的阿第三大城市Herat的訓練營。該營地有一個“一神教和圣戰”的標志,后來成了他在伊拉克的組織的名字。
2003年8月7日 “一神教和圣戰”發起對巴格達的約旦大使館的人體炸彈行動,刺殺了伊拉克復興社會黨最高委員會領導人Ayatollah Mohammed Baqir al-Hakim。
2003-2005 扎卡維分子依然是伊拉克武裝分子中的小型勢力。
2006年1月 扎卡維宣布在伊拉克建立圣戰指導委員會。
2006年6月7日 扎卡維受到美國空襲身亡,指導委員會指定埃及人Abu Ayyub al-Masri(另有化名Abu Hamza al-Muhajir)作為繼任者。
2006年10月 Muhajir聲稱他的組織是伊拉克本土的伊斯蘭抵抗運動的一部分,他稱之為伊拉克伊斯蘭國,受到伊拉克人Abu Omar al-Baghdadi(巴格達迪)領導。
2010年4月 Muhajir和巴格達迪被殺。
2010年5月 Abu Bakr al-Baghdadi受命領導ISIS。2011年8月,在齋月期間,巴格達迪(Bakr)派出十余人在敘利亞發展分支,在Jabhat al-Nusra li ahl al-Sham 領導下取得成功(支持敘利亞人民陣線)。
2013年4月 巴格達迪單方面宣布合并陣線和ISI成立伊拉克和黎凡特伊斯蘭國(Isis)。
2014年6月28日 在齋月頭一天,巴格達迪宣布將Isis更名為伊斯蘭國。