黃志鏜1928年5月20日生于上海,4歲時被送回母親老家浙江黃巖縣城,跟隨外祖父母生活。年幼的他從此把黃巖作為自己的故鄉,而非祖籍溫州永嘉。
1939年黃志鏜讀完小學,正值日軍侵略活動加劇,縣城地處偏遠,交通不便,雖沒有遭日軍攻占,但已經歷了數次轟炸。在這種情況下,縣立中學初中部4個班于1938年9月遷至黃巖西鄉靈石書院。靈石得名于東晉年間從天而降的一塊隕石。靈石書院藏于群山深處,可以有效地躲避空襲。最顯眼的是大雄寶殿前的一座靈石寺塔。休學半年的黃志鏜于1940年升入初中,進入縣立中學初中部春季一年級讀書,1944年進入高中部春季一年級。
上海淪陷后,一些高校的教師流亡到黃巖,充實了黃巖中學的教師隊伍。其中一位是曾任中央研究院化學研究所助理研究員、交通大學講師的袁積誠先生,他擔任了初高中化學和高中礦物課教師。袁積誠有豐富的教學經驗,化學功底十分深厚,對教材更是倒背如流,尤其能夠從學生感興趣的事情入手,教會學生很多實驗。有袁積誠這樣的老師來任教,那幾屆黃巖中學的學生是非常幸運的。黃志鏜說:“袁積誠先生對我影響最大,可以說是獨一無二的影響。”高中二年級開設化學課,就是從那時起,黃志鏜對化學產生了強烈的興趣,甚至已“醉身于化學之中”。當時他非但閱讀了可以到手的有關化學的書籍,而且在那樣困難的條件下,還盡量做些實驗,以電燈泡來代替燒瓶,到南貨鋪中搜羅藥品。黃志鏜認為:“如果說我對化學的研究有成就的話,應該說是那時袁先生給我打下了堅實的基礎。”
抗戰結束,這批名師返回上海,讀完高二的黃志鏜也到上海投奔母親。母親托人替他在上海的銀行找到一份練習生的差事,這在當時是相當不錯的工作。可是已經癡迷化學的他不顧母親的反對,通過一位同鄉的關系,到化學試劑廠當了學徒。后來一名同學給他弄到一張高中畢業證書,黃志鏜即準備直接投考同濟大學。填報志愿時,他毫不猶豫地選擇化學系,并最終被錄取。