總體平靜但暗流涌動的十年

《宣言》簽署后的10年，事實上只有中國基本遵守了其規定和原則，未采取使爭議擴大化的行動，并且積極推動海上和平合作和共同開發。然而，越、馬、菲等國從一開始就沒有全面和認真地落實《宣言》，不斷對所占據島礁改建和擴建，加強行政管理，加緊油氣資源開采，不時抓扣中國漁民等，這些國家的一個共同指向，就是固化非法侵占所得，否定存在爭議，而不是“擱置爭議”。而這些做法不斷刺激中國國內民眾和輿論的反感情緒，使得他們對南沙問題的關注熱度不減。

其中，越南方面最為活躍。2003年4月，越南舉行“解放南沙”28周年紀念大會，6月與印尼秘密簽訂大陸架劃界協定；2004年4月，首次組織旅游者前往南沙觀光旅游；2005年初，在行政版圖調整中將中國的西沙、南沙群島作為行政縣分別編入越峴港市與慶和省；2006年初，與馬來西亞設立海軍熱線以協調解決南海資源開發、島礁主權爭議問題，4月進一步劃定南沙油氣招標區塊，并宣布與外國企業合作在南沙修建天然氣輸送管道；2007年5月，租用俄勘測船對南海海域進行拉網式地質調查，6月宣布其在南沙占領的部分島礁舉行“國會代表”選舉等。

馬來西亞2003年4月先后派出4個海上作業編隊共11艘勘測船在南通礁海域進行勘探測量活動，5月在彈丸礁附近海域舉行國際海上挑戰賽，并首次批準旅游船只赴榆亞暗沙經營旅游休閑項目；2004年11月發行將部分南沙島礁標入馬版圖的郵票；2008年8月其國防部長率近80名記者登彈丸礁宣示主權。

菲律賓2003年4月在中業島舉行“卡拉延設市25周年”紀念活動；2006年6月啟動中業島機場跑道和其他設施修繕工程；2008年3月在所占島礁設立衛星通信系統等設施。

不過，應當承認的是，在2009年以前，雖然各種摩擦不斷，但南海局勢總體上是可控的，局勢復雜化的轉折大約發生在2009年，這與聯合國大陸架界限委員會關于提交200海里外大陸架界限信息的期限（2009年5月13日）有一定關系，而美國亞太戰略的調整則是一個更大的刺激因素。

2009年1月，奧巴馬政府一履新，即釋放了將對小布什政府對外政策進行糾偏、把戰略重點優先放在亞太地區的信號，這顯然助長了部分爭端方在南海與中國角力的信心。

2009年1、2月間，菲律賓國會參眾兩院通過《領海基線法案》，以國內法形式將中國的黃巖島和南沙群島部分島礁劃為菲領土。5月6日，越南、馬來西亞無視在南海海域劃界存在事實爭議的情況，向聯合國大陸架界限委員會聯合提交200海里外大陸架劃界案。7日，越方又單獨提交南海外大陸架劃界案，聲稱對中國西沙、南沙群島擁有主權。這迫使中國也向聯合國提交了中國關于200海里以外大陸架外部界限的初步信息，以防止自己的權益受到進一步損害。

中美在南海也開始出現摩擦，僅2009年，美國軍艦與中國船只在偵察與反偵察過程中，至少發生了5起對峙摩擦事件。其中，最著名的當數“無瑕號”事件。

進入2010年，美國對南海的政策加快轉變，表現出“選邊站”的傾向。7月23日，美國時任國務卿希拉里·克林頓出席在越南河內召開的東盟地區論壇外長會，就南海問題發表講話，宣稱“自由利用亞洲共享海域”“在南中國海維護國際法”是美國的國家利益，強調各方要遵守國際法，反對使用武力或以武力相脅迫。根據她本人的回憶，“這些都是精心選擇的措辭，是對早先中方聲稱其在本地區擴張性的領土要求屬于‘核心利益的回應。” 此后，希拉里又多次就奧巴馬政府的亞太政策以及南海問題發表針對性言論，而美國軍方則大幅強化了在南海及其周邊的力量存在和軍事演習等動作。

為穩定南海局勢，緩和東盟國家的緊張情緒，中國政府進行了艱苦的外交努力，取得一定進展。2011年7月，在印尼巴厘島舉行的10+1外長會上，中國與東盟國家通過了落實《宣言》指導方針；中菲、中越在雙邊溝通中也曾達成了一定的諒解。但中國的努力未能對沖美國亞太戰略調整帶來的影響，更未能換來菲、越等方的克制。

菲、越等方對所占南沙島礁繼續進行改擴建，與美國在南海周邊頻繁軍演，一些國家出現抱團針對中國的傾向，而且不斷采取完全無視中方關切的做法。2011年3月，菲軍方披露，計劃投入2.3億美元修整在南海島嶼上的軍營和機場。6、7月間，菲、越等國會同域外力量在南海舉行了多場敏感的軍事演習。菲總統阿基諾三世還下令用所謂“西菲律賓海”一詞替換“南中國海”這一國際通用地名，意圖強化菲律賓對相關島礁和海域的主權聲索地位，并獲得美國官方一定的認可。2012年3月，菲越就在南海進行聯合軍演和開展海上邊界共同巡邏達成協議，4月，越南派出僧侶進駐其所占南沙島礁的寺廟。

東盟部分國家和美國的這些動作在中國受到媒體的密切關注，而媒體的廣泛報道也激起公眾的強烈反響。中國的克制政策面臨政策延續性和民意的雙重壓力。