楊琳艷 楊旭 范冬梅 梁志坤 葉倩平 楊學習
中國人群常見的藥物代謝相關基因多態位點及其檢測方法
楊琳艷1楊旭1范冬梅1梁志坤1葉倩平1楊學習2★
藥物代謝個體差異的一個重要來源是遺傳多態性即藥物代謝相關基因的多態性。中國人群中藥物代謝酶基因多態性的系統性分析已發現了很多潛在的功能性多態性位點,因此建立起針對中國人群的藥物代謝酶基因多態性的檢測技術,對常見的藥物代謝相關基因多態位點的檢測以及針對這些多態性位點建立個性化用藥技術具有重要的意義。檢測藥物代謝基因多態性大多采用傳統的聚合酶鏈式反應(PCR)和限制性片段長度多態性(RFLP)等方法,隨著基因診斷的快速發展,高通量、快速準確的基因多態性檢測方法開始發展起來,如基因芯片法、下一代測序技術等。本文對藥物代謝酶基因多態性位點及其檢測方法進行綜述。
藥物代謝;基因多態性;下一代測序技術
藥物在體內的作用過程包括藥物的吸收、生物轉化、分布和排泄等一系列過程。而其中的生物轉化即為藥物代謝,指的是藥物在體內經過吸收、重新分布以后,在藥物酶的作用下其化學結構發生一系列變化的過程。藥物化學結構的變化包括其化學成分分子的縮合、降解以及分子功能團的增減和變換等。經生物轉化后,藥物相應的理化性質隨之發生改變,進而導致其毒理和藥理活性的變化[1?2]。對藥物的代謝過程進行研究可以明確藥物中發揮藥效的活性成分,闡明藥物的科學內涵,促進質量控制和劑型改進,進而指導臨床用藥。因此藥物代謝研究對臨床用藥具有重要的指導意義。
作者單位:1.廣州市達瑞生物技術股份有限公司,廣東,廣州510665
2.南方醫科大學檢驗與生物技術學院,廣東,廣州510515
遺傳因素和環境因素共同影響著藥物代謝酶活性的個體差異。其中與藥物效應密切相關的藥物相關基因即編碼體內關鍵藥物代謝酶的基因發生變化是主要的遺傳影響因素。藥物相關基因發生的諸如單核苷酸多態性、基因缺失或重復等分子結構變異,可能會引起藥物在作用靶點、轉運蛋白和代謝酶等水平上發生遺傳差異,從而引起藥物在體內的藥效和代謝發生變化,對藥物的治療效果產生影響,甚至會出現嚴重的藥物不良反應,進而造成藥物代謝和反應的個體差異[3]。
與藥物效應相關的基因型分布具有較大的種族與地區差異,很多歐美人群的相關數據不能直接應用到中國人群。建立起中國人群藥物代謝酶基因多態性檢測技術,對常見的藥物代謝相關基因多態位點的檢測以及針對這些多態性位點建立個性化用藥技術具有重要的意義。
本文在前人研究的基礎上,對中國人群常見的藥物代謝相關基因的多態位點及其對藥物代謝過程的影響、常用檢測方法特別是下一代測序技術在藥物代謝基因多態性的檢測中的應用進行綜述。
CYP450在還原狀態下可以和一氧化碳相結合,在450 nm的波長處有最大吸收峰,是存在于人體肝臟的具有混合功能的氧化酶。CYP450是藥物代謝的最主要途徑,是最重要的藥物代謝酶系,其負責的藥物代謝超過80%,催化的氧化反應類型極廣,與代謝性藥物的相互作用關系也最為密切[4]。
CYP450的活性存在種族和個體差異,即具有遺傳多態性。用藥情況應根據患者的個體情況而異,這就需要首先確定患者與藥物代謝相關的基因型,接著對其代謝類型做出判斷,進而針對不同的個體確定不同的用藥量,以達到最好的療效。但從臨床用藥的現狀來看,個體化用藥的目標還遠沒有實現,主要原因有:一是CYP450s基因型鑒定技術還不完善;二是CYP450s基因型與表現型的關系研究得還不夠深入[5]。因此,針對這一現狀,發展經濟、高效、準確的CYP450s相關基因型鑒定技術,深入開展CYP450s基因型與表現型關系的研究工作對于降低藥物不良反應、指導個體化臨床用藥具有重要意義。
CYP1A2在人類肝臟中普遍存在,在肝臟的線粒體和內質網中有大量分布,腦、腸道、肺等組織中有少量的分布,約占肝臟CYP450酶總量的13%[6]。CYP1A2主要的突變體為CYP1A2*11,是由CYP1A2基因c.558C>A的突變引起其蛋白質(p.Phe186Leu)的改變,進而導致其酶活性的降低。CYP1A2*7是由于c.1253+1G>A突變引起剪切缺陷(splicing defect)[5]。
占CYP2C亞族26%的CYP2C8酶,在肝臟中的含量較高,占肝酶總量的7%,在肝外其他組織中也有少量的分布,是CYP2C亞族成員中發現最晚的一個[7]。據統計,臨床上約5%的藥物代謝需CYP2C8的參與,另外該酶在血管緊張度和血壓的調節以及一些內源化合物的代謝過程中也發揮著重要作用[8]。
已經報道的CYP2C8突變體有20多種,其分布特點是具有明顯的地區性和種族性。其中,CYP2C8*2的突變頻率為6%~28%,主要見于黑種人中。突變頻率分別為13%和6%左右的CYP2C8*3和CYP2C8*42種突變體主要分布在白種人中[9]。而CYP2C8*5至CYP2C8*14的突變體突變頻率很低(<0.2%),主要見于亞洲人群[10]。
CYP2C9同樣也具有基因多態性,據報道至少存在2種不同的等位基因即CYP2C9*2和*3[11]。作為CYP2C亞家族的主要成員,CYP2C9*3是中國人群中最常見的突變型,占8%~10%,而其他突變型占不到1%[12],CYP2C9具有顯著的地區和種族差異。基因突變后可能會導致酶活力的下降,進而引起代謝能力的降低,CYP2C9*3突變是其酶活性下降的主要原因。
CYP2C9基因編碼區有多處單核苷酸多態存在。第一個被發現的是CYP2C9*2,由于3號外顯子的430位C>T,導致144位Arg變為Cys。CYP2C9*2與CYP2C9*1相比缺少AvaⅡ的識別位點(GGACT),因此可以使用 PCR檢測 P450CYP2C9*2。第二個多態的位點是CYP2C9*3,7號外顯子的1075位A>C,導致359位的Ile變為Leu。CYP2C9*4是一種很少出現的等位基因,只在一位日本病人中發現過,在日本的健康人和其他人種中均未發現過,該基因7號外顯子的1076位T>C,導致359位 Ile變為 Thr[13]。
De Morais等[14]發現弱代謝者產生的主要原因是CYP2C19cDNA的5號外顯子中發生c.681G>A突變,導致了一個新的異常的拼接位點的出現,異常的拼接使位于外顯子5’端的前40 bp的堿基缺失,在之后的轉錄過程中mRNA的閱讀框架也發生改變,進而導致翻譯提前終止,結果生成的蛋白質是無功能的酶蛋白,其結構上缺乏血紅素結合位點。該突變體被稱為CYP2C19*2。該突變存在于約73%~83%的日本人和白種人弱代謝者中[5]。另外,突變頻率較高的突變體有CYP2C19*5、CYP2C19*8和CYP2C19*3等。CYP2C19*5表現為c.1297C>T突變,并導致氨基酸產生p.Arg433Trp的改變。CYP2C19*8表現為c.358T>C突變,導致氨基酸序列產生p.Trp120Arg的改變。而突變體CYP2C19*3則表現為c.991A>G突變,導致氨基酸序列產生p.Ile331Val的變化,以及c.636G>A突變[15],導致氨基酸序列產生p.Trp212X的改變,翻譯提前終止,喪失酶活性,造成弱代謝者的發生[14]。
CYP3A4是人類藥物代謝酶中最主要的異構酶,約占肝臟CYP酶總量的25%[16],腸道中也有大量CYP3A4酶的表達。臨床上約有50%藥物需經CYP3A4代謝[17],該酶的代謝底物類型較多。目前為止,在中國人群中已發現的CYP3A4突變體主要有CYP3A4*3(c.1334T>C)、CYP3A4*4(c.352A>G)[18]、CYP3A4*5(c.653C>G)[19]和CYP3A4*18(c.878T>C)。FK506是常用的免疫抑制藥,主要用來預防腎臟移植后免疫排斥反應。其具有比環孢素更強的免疫抑制作用和肝腎安全性。在口服FK506后,主要利用肝臟和腸道中的CYP3A4和CYP3A5進行代謝,因此推測造成FK506藥物動力學個體差異的主要原因可能是CYP3A4、CYP3A5的基因多態性。在已發現的CYP3A4的數十個SNPs中,IVS10上的CYP3A4*18B(82266G>A)是目前在中國人群中最高發的突變體[20]。與CYP3A4基因相似,CYP3A5基因具有很大的表達差異性,其中最常見的突變體是CYP3A5*3,即IVS3上產生c.219?237A>G突變,進而導致異常剪切的mRNA的形成,編碼形成的蛋白質表現出不穩定的特性,CYP3A5代謝酶在攜帶該突變的患者體內不表達,導致對相應底物的代謝效率下降,因此該突變被認為是影響CYP3A5蛋白表達水平的最主要因素[21]。
CYP2E1的代謝底物較多,其中大部分為前毒物和前致癌物,少部分為藥物。該基因也具有基因多態性。在中國人群中主要發現兩種該基因的突變體,即CYP2E1*2和CYP2E1*3。CYP2E1*2表現為c.227G>A突變,并引起氨基酸p.Arg76His的改變,進而導致其酶活性降低。CYP2E1*3則表現為c.1165G>A突變,并引起氨基酸p.Val389Ile改變的產生,但對酶活性并無明顯影響[22]。
研究表明CYP2D6酶參與臨床上20%~25%的常用處方藥的藥物代謝[23],如異喹胍(腎上腺素能阻斷藥物)、司巴丁等。CYP2D6已知的等位基因變異超過了90個,同樣也具有基因多態性,其中某些突變導致弱代謝表型的產生,使代謝能力下降,某些突變導致強代謝表型的產生,使代謝能力增加[24]。
CYP2D6的基因多態性具有種族和地區差異,在高加索人和非洲人群中,CYP2D6*5的突變頻率類似,在東方人群中沒有發現CYP2D6*3和CYP2D6*4突變的存在,因此只有很少的慢代謝者。在中國人群和日本人群中發現了CYP2D6*10突變體,表現為氨基酸p.Pro34Ser突變的產生,這是導致東方人CYP2D6酶活性降低的主要原因[25]。據統計東方人的CYP2D6*10基因突變頻率高達50%,而高加索人僅為5%,這是后者代謝率高于前者的重要原因[24]。
甲硫氨酸合酶還原酶(methionine synthase re?ducta,MTRR)和亞甲基四氫葉酸還原酶(methy?lenetetrahydrofolate reductase,MTHFR)等是葉酸代謝過程中的關鍵酶。葉酸相關代謝酶的編碼基因同樣也存在單核苷酸多態性,例如常見的MTRR基因的c.66A>G、MTHFR基因的c.665C>T突變和c.1286A>C突變,這些突變可能會影響其相應編碼產物的活性,進而影響葉酸的代謝[26]。
綜上所述,細胞色素P450與葉酸代謝關鍵酶都具有遺傳多態現象,其酶的活性存在明顯的種族和個體差異。藥物代謝酶的多態性是藥物作用個體差異的分子基礎,因此,從理論上講,臨床用藥也應該根據其特點因人而異,實行個體化用藥,而這要求我們首先要有簡便、快速、較成熟的藥物代謝酶基因的基因型鑒定技術,進而明確基因型與表型之間的關系,最終推動個體化用藥的發展和實施。
藥物代謝酶特別是細胞色素P450介導的藥物代謝是藥物體內代謝過程的關鍵環節,是機體藥物暴露、潛在毒性以及發揮療效的重要決定因素。加強相關藥物代謝催化活性分析研究,對于揭示藥物的代謝調控機制、生物氧化機理以及新藥篩選評價的新方法和新技術的發展具有十分重要的理論和現實意義。隨著藥物代謝相關基因結構與功能研究的深入,相關的交叉學科和新技術的引入與融合,促進了藥物代謝細胞色素酶催化活性檢測技術研究的快速發展。近年來在藥物代謝產物及其結構分析方面有了長足的發展,氣相色譜法(gas chromatography,GC)、高效液相色譜(high performance liquid chromatography,HPLC)和毛細管電泳法(capillary electrophoresis,CE)都可以用來檢測藥物的代謝產物。如果體內代謝產物的含量較高,首先可以累積制備相應代謝產物,然后借助核磁共振(nuclear magnetic resonance,NMR)的方法對其結構進行分析。目前質譜法藥物分析應用廣泛,特別是色譜與質譜聯用,為藥物代謝產物的分離、鑒定提供了快速、有效的分析手段。
國外所報道的有關藥物代謝相關基因多態性的資料多為西方人群資料,而中國人群相關數據知之甚少。隨著藥物基組學和基因檢測技術的發展,通過對中國人群重要藥物代謝酶基因多態性的系統性分析,發現了很多潛在的功能性多態位點,建立起中國人群藥物代謝酶基因多態性檢測技術,對常見的藥物代謝相關基因多態位點的檢測以及針對這些多態性位點建立個性化用藥技術具有重要的意義。林莉等[27]曾利用實時熒光PCR法檢測DPYD*9等位基因的單核苷酸突變,對PCR產物進行熔解曲線分析以確定基因型,雖然這種方法通用性好而且價格較低,但是從質粒DNA標準品的構建到設計引物再到熒光定量PCR以及Sanger測序驗證,實驗操作復雜。婁瑩等[28]利用直接測序法檢測VKORC1、CYP2C9等6種基因多態性對中國漢族人群華法林穩定劑量的影響,結果發現VKORC1?1639G>A、CYP2C9*3,是影響中國人華法林穩定劑量的最主要的遺傳因素,檢測上述2種基因多態性對指導華法林個體化用藥有一定的臨床意義。
目前在檢測藥物代謝基因多態性方面,人們傾向于采用限制性片段長度多態性和聚合酶鏈式反應的方法。2010年李宗吉等[29]利用該技術對寧夏回族人群CYP3A4*6等位基因多態性進行了研究,證實了在寧夏回族人群中CYP3A4基因的第9號外顯子區有突變存在,其等位基因的突變頻率為0.005。限制性片段長度多態性聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction?restriction fragment length polymorphism,PCR?RFLP)比較成熟,但是由于更多高效的方法被開發,現在僅在一些經濟條件較一般的實驗室應用。該技術的優點是操作簡單、特異性高、重復性好,且能對未知點突變進行分析,但是對于己知序列的點突變而言則操作起來并不是十分簡便,因為并不是所有的突變位點都可以與其鄰近堿基構成酶切位點,而某些內切酶價格特別昂貴也會大大增加檢測成本,現在大多是結合其他方法進行點突變篩查[30]。
在藥物基因組學研究的初期階段,建立快速、高通量、準確的基因多態性檢測和基因分型技術是對大量受試人群進行篩查、對群體樣本進行統計以及對基因功能進行分析的關鍵。基因芯片技術是近年發展起來的一種程序化、自動化、規模化的分析基因結構與研究基因表達的新型技術,可同時進行多位點、多基因的多態性分型檢測,具有靈敏度高、信息容量大等特點,因此在基因分型方面有一定的應用和發展空間。但其缺點是芯片造價成本較為高昂,并不能廣泛使用于臨床檢驗。
DNA測序技術從以Sanger法為代表的第一代測序技術發展到如今的高通量測序(high?through?put sequencing,HTS)技術[31],經歷了曲折而漫長的發展過程。隨著基因診斷技術的迅速發展,對大規模的基因組進行更加精細化的研究成為一種客觀需要,這就要求對基因組進行深度以及重復測序,這時具有低成本、高通量、高自動化程度等特征的下一代測序技術應運而生,該技術在很短的時間內能夠實現對上百億個堿基對進行測序的愿望,一次就可以測定幾十萬到幾百萬條DNA分子的序列,這滿足了極短時間內對基因組進行高分辨率檢測的要求[32]。這種高通量的測序技術不僅可以一次并行測定幾十萬到幾百萬條DNA分子的序列,而且讀長一般較短。該技術極大地促進了胎兒游離DNA(cell free fetal DNA)的實驗室研究,促進了無創性產前基因診斷的發展。目前基于NGS平臺,建立胎兒21、18、13三體綜合征的產前基因診斷技術已應用于臨床,其他如性染色體非整倍體、雙胎妊娠染色體非整倍體、胎兒染色體結構異常疾病、孟德爾單基因病以及妊娠相關疾病的研究也因NGS的出現獲得了顯著的進步。該技術還具有挖掘信息多的特點,因其采用了多通道測序,能反應豐富的物種信息,加之愈發豐富的各種數據庫,能直接反應出代謝情況及信號通路等。楊琳、盧宇藍等[33]為探討阿司匹林藥物相關基因位點在不同種族人群中等位基因頻率差異,采用高通量核苷酸測序技術對人類阿司匹林遺傳多態基因性位點進行全外顯子組測序,檢測數據共涉及38個阿司匹林藥物相關的多態性位點,共33個基因。其中10個變異位點(26%)影響藥物有效性;28個變異位點(74%)影響藥物毒性和(或)不良反應。另外楊琳、董辰等[34]采用全外顯子組測序的方法,對12個基因中27個藥物相關的多態性位點進行檢測,探討了華法林藥動和藥效相關基因位點的人群頻率差異,為華法林藥物基因組學研究提供了基礎數據。由此可見,在藥物代謝基因多態性檢測中應用高通量測序技術是可行的,而且將是一種趨勢。雖然目前該方法在藥物代謝基因多態位點的檢測中還沒有得到廣泛的應用,但是隨著高通量測序技術的發展,它給人類帶來的方便以及福利不斷地展現出來,而且已經成為臨床診斷和科研的熱點,藥物基因組學的快速發展、特別是藥物代謝機理的闡明都需要這樣的技術來推動,相信不久的將來,高通量測序在CYP450等藥物代謝基因多態性的研究中將會占有一席之地。
從第一代Sanger測序法的問世,到如今各種高通量測序技術被廣泛應用,海量的遺傳奧秘陸續被揭開,而且測序技術一直向著耗資少、速度快、準確率高以及高通量的方向發展。測序技術不斷地給生命科學和生物醫學研究領域帶來新的突破與發現。基因檢測成為臨床診斷和科學研究的熱點,得到了突飛猛進的發展,不斷涌現出越來越多的科研和臨床新成果。而且,基因檢測已經從單一的遺傳疾病范疇擴展到復雜疾病和個體化應用等更加廣闊的領域,其臨床檢測范圍包括遺傳疾病的診斷和基因攜帶的檢測以及基因藥物檢測,應用范圍也不斷擴大,目前可用于指導個體化用藥等諸多方面的研究。隨著藥物基因組學和遺傳藥理學的深入研究與發展,藥物代謝機理和途徑及其相關的遺傳學基礎得以闡明,患者的藥物代謝相關遺傳信息可通過高通量的半導體測序快速、高效的獲得,并被存儲備份由本人保管。在患者就醫過程中,醫生可根據患者攜帶的藥物代謝相關的基因型資料,分析患者的藥物基因多態性,并提供合理的藥物選擇以及給藥劑量,使給藥方案更加合理并具有更強的可實施性。這樣醫生就可以科學地有根據地決定該使用哪種藥物,使用劑量如何,使治療效果達到最佳。與此同時可以不必采取事后補救措施來彌補藥物不良反應帶來的惡果,從根本上預防和降低藥物的不良反應的發生,最大限度地減輕患者的痛苦和經濟負擔。因此藥物相關的基因檢測,將會推動藥物治療向著安全性和有效性的方向發展。需要注意的是應用高通量測序的手段進行藥物代謝相關基因多態性檢測時,必須使測序的反應條件及體系標準化,同時做好質控,避免出現不必要錯誤。
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Common gene?related polymorphisms of drug metabolism in Chinese population and their detection methods
YANG Linyan1,YANG Xu1,FAN Dongmei1,LIANG Zhikun1,YE Qianping1,YANG Xuexi2★
(1.Guangzhou Darui Biotechnology Co.,Ltd.,Guangzhou,Guangdong,China,510665;2.School of Laboratory Medicine and Biotechnology,Southern Medical University,Guangzhou,Guangdong,China,510515)
An important source of individual differences in drug metabolism is genetic polymorphism which relates to polymorphisms of drug metabolizing genes.A systematic analysis for polymorphisms of drug metabolizing enzyme genes in Chinese population has identified many potential functional SNPs.Establishment of an assay for the drug metabolizing enzyme gene polymorphisms in Chinese population is very significant.The methods based on conventional polymerase chain reaction(PCR)and restriction fragment length polymorphism(RFLP)are traditionally used to detect polymorphisms of drug metabolizing genes.With the rapid development of gene diagnosis,high throughput,fast and accurate genetic polymorphism detection methods,such as gene microarray,next generation sequencing,have been developed for it.This review focuses on the drug metabolizing enzyme gene polymorphisms and detection methods and the recent progress is also discussed.
Drug metabolism;Genetic polymorphism;Next generation sequencing
廣州市科技計劃項目(201508020259)
★通訊作者:楊學習,E?mail:yxxzb@sohu.com