2002年,醫院在全國率先創立新生兒轉運新模式。2008年,納入原上海市衛生局建設危重新生兒救治中心的統一部署,以先進的服務理念和完善的服務流程,率先建立國內領先、符合國際先進理念的“院前評估-院際轉運-急診-新生兒重癥監護室”新生兒救治網絡。依靠“政府部門監管、專業機構質控、醫療機構負責和社會組織參與”的有效聯動機制,該網絡已成為有力保障新生兒健康的“生命之網”。16年來,醫院共轉運危重新生兒近萬余例,承擔上海市9個區的常規轉運工作,并輻射華東地區乃至全國。
醫院于2016年率先成立國內首個診斷不明疾病診治中心,依托分子遺傳診斷中心、精準醫學中心、轉化醫學技術等,使得4500多例兒童疑難罕見病得以確診,還發現膽汁淤積癥等的新的致病基因,達到國際先進水平。醫院自2014年起在全國率先探索兒科醫聯體模式,先后成立由復旦大學10家附屬醫院組建的兒科橫向醫聯體和覆蓋閔行區內所有13家社區衛生服務中心、3家綜合醫院兒科的縱向兒科區域醫聯體。通過“三個平移”(管理平移、技術平移、品牌平移)和“四個統一”(統一的醫療安全和質量要求、統一的醫療服務模式、統一的學科發展規劃、統一的信息化共享系統),推進區域兒科協同發展,引導兒童就近有序就醫。