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(1.上海海洋大學(xué)食品學(xué)院,上海 201306;2.農(nóng)業(yè)部水產(chǎn)品貯藏保鮮質(zhì)量安全風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估實(shí)驗(yàn)室,上海 201306;3.上海水產(chǎn)品加工及貯藏工程技術(shù)研究中心,上海 201306;4.上海海洋大學(xué)食品熱加工工程技術(shù)研究中心,上海 201306)
聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase Chain Reaction,PCR)是最早由Mullis等[1]發(fā)明的體外模擬核酸擴(kuò)增的基因拷貝技術(shù),因核酸呈幾何級(jí)數(shù)暴增,進(jìn)而使得微觀分子達(dá)到宏觀可視化效果。隨著科技發(fā)展,生物科學(xué)等對(duì)于PCR技術(shù)也提出了更高要求,熒光定量PCR(Fluorescent quantitative PCR)應(yīng)運(yùn)而生,也因其特異、高效、快速等優(yōu)異的特點(diǎn)被廣泛應(yīng)用于生物科學(xué)、農(nóng)業(yè)科學(xué)、醫(yī)藥衛(wèi)生、政治法律等領(lǐng)域[2-5]。
20世紀(jì)80年代初,Ross等首次提出了“微生物預(yù)測(cè)技術(shù)”。從此預(yù)測(cè)微生物學(xué)運(yùn)應(yīng)而生,正式拉開了預(yù)測(cè)微生物研究的序幕[6-7]。1990年,歐盟等一些國(guó)家對(duì)微生物預(yù)測(cè)技術(shù)進(jìn)行大量研究,建立了相應(yīng)的微生物數(shù)據(jù)庫(kù),后來(lái),英國(guó)、美國(guó)、澳大利亞等,開始致力于微生物預(yù)測(cè)軟件的開發(fā)與研究。直到現(xiàn)在,世界上最大的微生物預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)Combase已經(jīng)被建立起來(lái),并持續(xù)更新數(shù)據(jù)庫(kù)。預(yù)測(cè)微生物學(xué)對(duì)企業(yè)的生產(chǎn)、人們生活等各個(gè)方面都具極大作用,以危害分析的臨界控制點(diǎn)(Hazard Analysis and Critical Control Point,HACCP)和定量微生物風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估(Quantitative Microbiological Risk Assessment,QMRA)表現(xiàn)尤為顯著[8-9]。
本文主要綜述了熒光定量PCR技術(shù)和預(yù)測(cè)微生物學(xué)的發(fā)展史以及熒光定量PCR在預(yù)測(cè)微生物學(xué)中應(yīng)用的國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀,以期推動(dòng)熒光定量PCR技術(shù)在預(yù)測(cè)微生物學(xué)領(lǐng)域應(yīng)用,進(jìn)而推動(dòng)預(yù)測(cè)微生物學(xué)的發(fā)展。
傳統(tǒng)的微生物定量檢測(cè)原理是微生物在特定的培養(yǎng)基上產(chǎn)生相應(yīng)的代謝產(chǎn)物從而進(jìn)行計(jì)數(shù),整個(gè)檢測(cè)過程需要培養(yǎng)基制備、平板培養(yǎng)、菌落計(jì)數(shù)、生化鑒定等步驟,極其復(fù)雜、耗時(shí)、耗力[10-12]。實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù),即在反應(yīng)體系中加入熒光基團(tuán),通過熒光信號(hào)的實(shí)時(shí)積累進(jìn)而監(jiān)測(cè)整個(gè)PCR進(jìn)程,最后通過已知標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知模板進(jìn)行定量分析的方法。一般常用的定量PCR,包括熒光染料法和水解探針法。
染料法(SYBR Green Ⅰ)[13]:染料法中以SYBR Green I法的應(yīng)用最為廣泛。一種只與雙鏈DNA小溝結(jié)合的具有綠色激發(fā)波長(zhǎng)的染料,結(jié)合所有DNA雙鏈小溝。反應(yīng)體系中,過量的SYBR染料,結(jié)合時(shí),SYBR特異摻入DNA雙鏈小溝,發(fā)射熒光信號(hào),多余的SYBR不會(huì)發(fā)射任何熒光信號(hào),保證收集的熒光信號(hào)與PCR產(chǎn)物的增加量保持一致。
TaqMan探針法[14-15]:TaqMan探針的基本原理是利用Taq酶的5′核酸外切酶活性,切割與靶序列結(jié)合的寡核苷酸探針。探針由5′端標(biāo)記報(bào)告基團(tuán),3′端標(biāo)記淬滅基團(tuán)構(gòu)成。反應(yīng)前,熒光報(bào)告基團(tuán)和熒光淬滅基團(tuán)形成共振體系,3′淬滅基團(tuán)抑制5′熒光基團(tuán)的熒光發(fā)射。反應(yīng)時(shí),當(dāng)引物延伸至探針結(jié)合位置時(shí),Taq酶可以將其切割成小片段,破壞了探針的完整性,穩(wěn)定的能量傳遞結(jié)構(gòu)瓦解,發(fā)出熒光信號(hào),PCR反應(yīng)一輪,熒光信號(hào)被收集一次,進(jìn)而實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè)反應(yīng)過程。需要特別提出的兩個(gè)概念:熒光閾值和CT(cycle theshold)值,熒光閾值即預(yù)先設(shè)定的閾值,通常以PCR反應(yīng)的第3~15個(gè)循環(huán)的熒光值作為熒光本底信號(hào),同時(shí)以3~15個(gè)循環(huán)的熒光值增加量標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍設(shè)置為熒光閾值。CT值即熒光信號(hào)到達(dá)該閾值時(shí)的循環(huán)次數(shù)。圖1為Taqman探針反應(yīng)原理圖。

圖1 Taqman探針反應(yīng)原理Fig.1 Reaction principle of taqman probe
熒光定量的靶序列由引物和探針雙重保障,確定了其高度特異性,熒光信號(hào)的產(chǎn)生和實(shí)時(shí)收集確定了其高效快速。相比較傳統(tǒng)涂布計(jì)數(shù)法,熒光定量PCR除了快速高效、特異性強(qiáng)、高通量等優(yōu)勢(shì),熒光定量PCR還在以下方面發(fā)揮重要作用:檢測(cè)環(huán)境中VBNC(viable but non-culturable)微生物[16-18],確定微生物群落組成以優(yōu)勢(shì)類群,對(duì)功能微生物類群進(jìn)行量化[19-21]。PCR-DDGE能確定微生物多樣性,Chao等[22]也嘗試用PCR-DDGE技術(shù)定量建模,但是其也只能是半定量,并不能絕對(duì)定量。宏基因組測(cè)序技術(shù)也能確定微生物種類,但是無(wú)法量化[23]。流式細(xì)胞儀也可用于計(jì)數(shù),但儀器昂貴,操作復(fù)雜,進(jìn)樣速度差異,共存雜質(zhì)等對(duì)計(jì)數(shù)結(jié)果的影響都限制了該技術(shù)的應(yīng)用[24]。
熒光定量PCR是基于DNA的擴(kuò)增技術(shù),因此可能出現(xiàn)假陽(yáng)性結(jié)果,最近有研究人員采取RNA反轉(zhuǎn)錄進(jìn)而對(duì)目標(biāo)樣品定量分析[25],新型核酸染料結(jié)合死菌DNA以阻止其隨后的擴(kuò)增[26]。RNA不易提取,且易降解,核酸染料操作簡(jiǎn)單方便,更適合實(shí)驗(yàn)室使用。總之,熒光定量PCR應(yīng)結(jié)合其他新技術(shù)新材料才能獲得更廣闊的應(yīng)用潛力。
預(yù)測(cè)微生物學(xué)(Predictive Microbiology)是基于微生物學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、計(jì)算機(jī)學(xué)和數(shù)學(xué)為基礎(chǔ)而建立起來(lái)的一門新學(xué)科,旨在通過用數(shù)學(xué)的語(yǔ)言來(lái)定量描述或預(yù)測(cè)處在特定的環(huán)境下微生物的生長(zhǎng)和衰亡規(guī)律[27]。預(yù)測(cè)微生物學(xué)模型分類方法很多。依據(jù)描述微生物的生長(zhǎng)衰亡情況,可分為微生物生長(zhǎng)模型和微生物失活模型,依據(jù)生長(zhǎng)模型的建立方式分類,可分為概率模型和動(dòng)力學(xué)模型。概率模型旨在預(yù)測(cè)特定事件發(fā)生的概率,如在給定時(shí)間內(nèi)某類食品中特定的腐敗菌、病原菌或毒素出現(xiàn)或形成的概率,一般用于食品安全性評(píng)估。動(dòng)力學(xué)模型描述不同環(huán)境因子對(duì)微生物生長(zhǎng)的影響,即構(gòu)建相關(guān)微生物的生長(zhǎng)動(dòng)力學(xué)參數(shù)和環(huán)境因子之間關(guān)系的數(shù)學(xué)模型,一般用于食品品質(zhì)預(yù)測(cè)。
一般,基于變量的類型,按照根據(jù)美國(guó)的Buchanan和Whiting等[28]的分類方法可把預(yù)測(cè)微生物學(xué)模型分為一級(jí)模型或初級(jí)模型(Primary Model)、二級(jí)模型或次級(jí)模型(Secondary Model)和三級(jí)模型或?qū)<夷P?Tertiary Model)。一級(jí)模型,即描述微生物量與時(shí)間的函數(shù)關(guān)系,一般為S型曲線,有Gompertz函數(shù)、Logistic模型、Baranyi模型、Huang模型、Stannard方程等。二級(jí)模型,即旨在表征一級(jí)模型的動(dòng)力學(xué)參數(shù)與環(huán)境因子之間作用的函數(shù)關(guān)系,有平方根模型(Square Root Model)或叫Ratkowsky模型、Arrhenius/davery指數(shù)模型和響應(yīng)面方程(Response surface equation)等。三級(jí)模型則是依據(jù)一級(jí)和二級(jí)模型的基礎(chǔ)建立起來(lái)的面向用戶的微生物預(yù)測(cè)軟件或數(shù)據(jù)庫(kù),有PMP(Pathogen Modeling Program)、FSP(Food Spoilage Predictor)、FM(Food Micromodel)、FSLP(Fish Shelf Life Predictor)以及最大的Combase網(wǎng)站等,詳見表1。

表1 預(yù)測(cè)微生物模型的分類及其簡(jiǎn)介[6,27-33]Table 1 Classification of predictive microbiological models and their introduction[6,27-33]
簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō),一級(jí)模型描述在特定環(huán)境下菌量隨時(shí)間的變化,包括生長(zhǎng)模型和失活模型,比較簡(jiǎn)單最常用的有Baranyi模型和Gompertz方程等。二級(jí)模型,描述的是培養(yǎng)過程中的環(huán)境因子對(duì)微生物生長(zhǎng)或存活特性的影響,稍微復(fù)雜。三級(jí)模型是一級(jí)和二級(jí)模型的綜合,一般表現(xiàn)為方便的電腦應(yīng)用程序或者數(shù)據(jù)庫(kù),面向用戶能提供更加有效直接的預(yù)測(cè)工具。
利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR代替?zhèn)鹘y(tǒng)平板計(jì)數(shù)法具有極大的優(yōu)勢(shì):快速,高效,節(jié)約人力物力等。能檢測(cè)實(shí)際食品基質(zhì)樣品,對(duì)于檢測(cè)大批量樣品更顯優(yōu)勢(shì)。以qPCR+microbiological為關(guān)鍵詞在web of science核心集合上檢索,共有296篇文獻(xiàn)。近十一年的文獻(xiàn)分布如圖2,從2008年的只有6篇到2011的20篇,直到最近5年(2013~2017年)的年文章數(shù)量平均在40篇左右。足以顯示出熒光定量PCR技術(shù)在科研領(lǐng)域的重要地位。而用qPCR+predictive model為關(guān)鍵詞在web of science核心集合上檢索,則共有164篇文獻(xiàn)。近十一年的文獻(xiàn)分布如圖3。2008年只有6篇2016年達(dá)到29篇,近5年(2013~2017年)的年文章數(shù)量平均也達(dá)到23.4篇。值得提出的是,因?yàn)槭且躁P(guān)鍵字檢索,所以這兩組數(shù)據(jù)(文獻(xiàn))并非實(shí)際研究情況,實(shí)際對(duì)于用qPCR在預(yù)測(cè)微生物學(xué)方面的研究還是比較欠缺。以qPCR 和預(yù)測(cè)微生物模型為關(guān)鍵詞在web of science(所有集合)上檢索一共只有38篇文章,具體見圖4。可知qPCR在預(yù)測(cè)微生物學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用仍有很大潛力。

圖3 以qPCR和預(yù)測(cè)模型為關(guān)鍵詞的近十一年的SCI文章數(shù)Fig.3 SCI paper number based on qPCR and predictive models in recent eleven years

圖4 以qPCR和預(yù)測(cè)微生物模型為關(guān)鍵詞的近十年的文章數(shù)Fig.4 Papers number based on qPCR and predictive microorganism models in recent ten years
我國(guó)國(guó)內(nèi)常見的食源性致病菌有:副溶血性弧菌、沙門氏菌、單增李斯特氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌、大腸埃希氏菌O157等[34]。李苗云等[35]用傳統(tǒng)涂布計(jì)數(shù)法來(lái)建立冷卻豬肉中單增李斯特氏菌生長(zhǎng)動(dòng)力學(xué)模型。胡燕等[36]采用平板涂布計(jì)數(shù)法建立了大腸埃希氏菌在熟肉制品中生長(zhǎng)預(yù)測(cè)模型。于艷艷等[37]利用平板計(jì)數(shù)法構(gòu)建原料乳中金黃色葡萄球菌的預(yù)測(cè)生長(zhǎng)模型。李金春等[38]基于平板計(jì)數(shù)法構(gòu)建了營(yíng)養(yǎng)肉湯中金黃色葡萄球菌的致死模型。國(guó)內(nèi)研究人員基本上以涂布計(jì)數(shù)法為主,構(gòu)建相應(yīng)微生物的生長(zhǎng)衰亡模型,這種方法耗費(fèi)大量人力物力。熒光定量PCR技術(shù)則多用于定性定量檢測(cè)。比如郭川等[39]檢測(cè)了VBNC狀態(tài)的副溶血性弧菌。於穎等[40]用熒光定量PCR結(jié)合核酸染料研究了沙門氏菌和金黃色葡萄球菌等。他們都沒有充分把該技術(shù)運(yùn)用于預(yù)測(cè)微生物模型的構(gòu)建,一般相關(guān)檢測(cè)部門也僅利用該技術(shù)用于樣品的抽查與檢測(cè)。彭織云等[41]率先運(yùn)用熒光定量PCR方法建立副溶血性弧菌在即食蝦中的生長(zhǎng)預(yù)測(cè)模型,該方法省時(shí)省力、特異性好等優(yōu)點(diǎn),并指出該方法建立微生物預(yù)測(cè)模型是未來(lái)預(yù)測(cè)微生物學(xué)領(lǐng)域的一種發(fā)展趨勢(shì)。
自從預(yù)測(cè)微生物模型興起以來(lái),國(guó)外就開始以實(shí)際食品基質(zhì)研究各種微生物預(yù)測(cè)模型。早在1988年Gibson等構(gòu)建了溫度、pH和水分活度對(duì)沙門氏菌的影響生長(zhǎng)模型[42]。1995年Sutherland等就建立了大腸桿菌O157∶H7在禽肉產(chǎn)品上生長(zhǎng)的模型[43]。2001年Lindqvist等用煙熏鮭魚和鱒魚為基質(zhì)構(gòu)建了李斯特菌的預(yù)測(cè)模型并評(píng)估了其風(fēng)險(xiǎn)[47],Vialette M等在2003年應(yīng)用建立了在pH、NaCl、溫度的相互作用下水產(chǎn)品中李斯特菌的生長(zhǎng)模型[48],2005年P(guān)arsons D等以家禽肉為培養(yǎng)基質(zhì)研究沙門氏菌預(yù)測(cè)模型[49]。Juneja等在2007年運(yùn)用了Gompertz、Baranyi和Logistic模型研究不同溫度下雞肉中沙門氏菌的生長(zhǎng)情況[50]。2008年Hwang等用soudjouk式發(fā)酵香腸為基質(zhì)研究大腸桿菌O157∶H7、李斯特菌鼠傷寒沙門氏菌失活模型[51]。2009年Valero等構(gòu)建了金黃色葡萄球菌模型研究了溫度、pH和水分活度對(duì)其的影響等(詳見表2)[52]。這些模型大多都基于平板涂布計(jì)數(shù)法來(lái)構(gòu)建,其難度大且耗費(fèi)巨大人力、物力和財(cái)力。

表2 預(yù)測(cè)微生物模型構(gòu)建的部分研究(國(guó)外)Table 2 Some studies of predictive microbial models(international)
直到Reichert等在2009年運(yùn)用平板計(jì)數(shù)和Real time PCR技術(shù)描述了純培養(yǎng)條件下的單增李斯特菌的生長(zhǎng)情況[53],并得出相同結(jié)果。為模型構(gòu)建提供了新的數(shù)據(jù)獲取方式。Ye等在2012年運(yùn)用熒光定量PCR技術(shù)構(gòu)建了豬肉中單增李斯特菌的一級(jí)模型,并提出分子預(yù)測(cè)模型(molecular predictive model)這個(gè)概念[54],肯定了分子預(yù)測(cè)模型意義。2013年Wang等運(yùn)用熒光定量PCR構(gòu)建了電解水處理后的南美白對(duì)蝦的副溶血性弧菌的生長(zhǎng)命運(yùn)[55]。2014年Ye又用該技術(shù)構(gòu)建了單增李斯特菌與乳酸菌的競(jìng)爭(zhēng)抑制模型[56]。2015年Zhang等用熒光定量PCR技術(shù)構(gòu)建副溶血性弧菌與單增李斯特菌兩株在低溫條件下的命運(yùn)[57]。國(guó)外研究人員對(duì)應(yīng)用分子技術(shù)構(gòu)建預(yù)測(cè)模型研究也處于停滯狀態(tài),導(dǎo)致這種局面的原因很大一部分在于PCR技術(shù)都基于DNA的擴(kuò)增,很難排除死菌DNA對(duì)其精確度的影響,為克服這一問題,有研究者[25]對(duì)在死菌中易降解的RNA進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,再進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR,實(shí)現(xiàn)對(duì)微生物濃度的間接測(cè)定。也有研究者[58]采用熒光定量PCR結(jié)合核酸染料特異性結(jié)合死菌DNA來(lái)提高其精確度。
另外,還有研究者采用宏基因組的方法建立微生物預(yù)測(cè)模型。Parveen等[59]運(yùn)用DNA探針技術(shù)構(gòu)建鮮活牡蠣中自然存在的副溶血性弧菌的預(yù)測(cè)微生物模型;Korem等[60]在Science上發(fā)表利用宏基因組學(xué)測(cè)序技術(shù)分析人類腸道菌群的生長(zhǎng)動(dòng)力學(xué),拓展了研究人員構(gòu)建預(yù)測(cè)模型的新方式。預(yù)測(cè)食品微生物學(xué)在發(fā)展過程中需要尋求新的數(shù)據(jù)獲取方法,各種先進(jìn)的分子生物學(xué)技術(shù)需要被應(yīng)用到實(shí)驗(yàn)室和實(shí)際工廠企業(yè),最終服務(wù)于實(shí)際生產(chǎn)。
預(yù)測(cè)微生物學(xué)是一門旨在描述和預(yù)測(cè)微生物的生長(zhǎng)衰亡命運(yùn)的科學(xué),為柵欄技術(shù)(Hurdle Technology)、危害分析的臨界控制點(diǎn)(HACCP)、良好操作規(guī)范(GMP,Good Manufacturing Practices)以及微生物定量風(fēng)險(xiǎn)評(píng)價(jià)(QMRA)中的暴露評(píng)估環(huán)節(jié)都能提供強(qiáng)有力的理論支撐。在繼續(xù)發(fā)展和研究預(yù)測(cè)微生物學(xué)時(shí),下面問題應(yīng)當(dāng)尤其被關(guān)注:a. 更貼近實(shí)際食品的不同培養(yǎng)基質(zhì)的預(yù)測(cè)微生物模型。b. 不同貯藏儲(chǔ)運(yùn)條件下的預(yù)測(cè)微生物學(xué)模型。c. 不同包裝材料作用下的預(yù)測(cè)微生物學(xué)模型。d. 多種微生物間復(fù)雜相互作用的預(yù)測(cè)微生物學(xué)模型。e. 結(jié)合新型分子生物學(xué)技術(shù)以及計(jì)算機(jī)技術(shù)的預(yù)測(cè)微生物學(xué)模型。
總之,預(yù)測(cè)微生物模型沒有最好,只有更好,無(wú)限趨近于最好,就像數(shù)學(xué)概念“極限”,我們永遠(yuǎn)達(dá)不到“極限”,但能無(wú)限趨近于“極限”。正如預(yù)測(cè)微生物模型,不能因其不是真實(shí)情況而否定其巨大作用。因此,各位歷史前輩在無(wú)限趨近于預(yù)測(cè)微生物學(xué)模型的“極限”的研究,才顯得更加有意義。
應(yīng)用熒光定量PCR在預(yù)測(cè)微生物模型中的應(yīng)用時(shí),需要人們摒棄其缺點(diǎn)的同時(shí)逐步考慮到更貼合實(shí)際的實(shí)際樣品情形,也應(yīng)該把所得到的研究結(jié)果結(jié)合現(xiàn)代網(wǎng)絡(luò)技術(shù)以可視化形式呈現(xiàn)。一方面,在研究預(yù)測(cè)微生物學(xué)模型過程中仍需要不斷探索、創(chuàng)新,建立更好更適宜的預(yù)測(cè)模型。對(duì)于實(shí)際食品樣品基質(zhì),以及多種菌株共存的情況,仍然需要基于具體情況對(duì)現(xiàn)有的預(yù)測(cè)模型進(jìn)行修正甚至建立新的且更適合實(shí)際情況的模型。隨著計(jì)算機(jī)和網(wǎng)絡(luò)技術(shù)的發(fā)展,需要人們把各種模型與其結(jié)合,以最終能向人們提供以面向用戶的可視結(jié)果而不是預(yù)測(cè)模型和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的這個(gè)方向努力。另外,面對(duì)傳統(tǒng)獲取數(shù)據(jù)的涂布技術(shù)法,耗時(shí)、耗力、精確度低等缺點(diǎn),熒光定量PCR技術(shù)在國(guó)內(nèi)外雖然使用已經(jīng)很成熟,但是大多都停在檢測(cè)技術(shù)上面,沒有把它作為工具利用起來(lái),以替代傳統(tǒng)涂布計(jì)數(shù)。對(duì)于熒光定量PCR可能出現(xiàn)假陽(yáng)性的情況,建議應(yīng)該用新型核酸染料疊氮碘化丙錠(PMA:propidium monoazide)、疊氮碘化乙錠(EMA:ethidium monoazide)結(jié)合死菌DNA以阻止定量PCR的隨后擴(kuò)增,從而充分發(fā)揮其優(yōu)點(diǎn)。
目前,很少有人把定量PCR技術(shù)與微生物預(yù)測(cè)模型結(jié)合,一定程度上限制了預(yù)測(cè)微生物的發(fā)展。我們倡議研究人員應(yīng)把熒光定量PCR技術(shù)為主的分子生物技術(shù)在擯棄其缺點(diǎn)的同時(shí)加快應(yīng)用到模型構(gòu)建的進(jìn)程中,進(jìn)而推動(dòng)預(yù)測(cè)微生物學(xué)的進(jìn)一步發(fā)展。總之,各種先進(jìn)的分子生物技術(shù)是相互協(xié)調(diào)互補(bǔ),而不是排斥,都應(yīng)充分應(yīng)用于預(yù)測(cè)模型的構(gòu)建,以期提高模型的建立速度,減少研究人員的時(shí)間和精力,并最終服務(wù)于企業(yè)的生產(chǎn)和人們的生活。