袁新 王锃涵 余祖江
【摘要】 目的: 分析長鏈非編碼RNA(lncRNA) LINC01772及肝細胞肝癌臨床相關指標與預后的相關性,以期為改善肝細胞肝癌患者的臨床結局,延長生存期提供新的思路。 方法: 從癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中下載有關HCC的基因組學數據和研究個體的臨床資料,并利用SPSS軟件比較分析不同LINC01772的表達量以及HCC患者的年齡、性別、TNM分期、血清AFP濃度、病例分級等臨床特性對HCC患者預后情況的影響。 結果: HCC癌組織的TNM分期及LINC01772的表達量與患者的無進展生存期(Progress Free Survival,PFS)存在顯著相關性(P<0.05)。 結論: LINC01772與HCC的發生發展相關,有望成為HCC預測預后的潛在生物學標志物。
【關鍵詞】 長非編碼RNA-LINC01772;肝細胞肝癌;癌癥基因組圖譜;患者預后
【中圖分類號】R730.3 【文獻標識碼】A 【文章編號】2095-6851(2019)05-220-01
肝癌是與癌癥相關的死亡最常見的原因之一[1]。肝細胞肝癌(Hepatocellular Carcinoma,HCC)占所有肝癌病例的70%~90%。雖然我國HCC的發病率和死亡率有明顯下降的趨勢,但是龐大的人口基數和快速的人口增長仍然導致大量新的HCC病例[2]。長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA, lncRNA)是長度超過200個核苷酸的轉錄本,沒有蛋白質編碼能力。長基因間非編碼RNA(lincRNAs)是長非編碼RNA(lncRNA)的亞型,其參與了發育、分化和致癌等多種生物學過程[3]。LINC01772是lincRNA的一種,在HCC中的具體機制和作用尚待闡明。本研究旨在通過TCGA數據庫探究LINC01772與HCC預后的關系,探討其是否可以成為預測肝細胞肝癌無進展生存期的指標。
1 資料與方法
1.1 一般資料
在TCGA數據庫中選取肝細胞肝癌的高通量測序表達譜數據,數據時間截止至2017年7月。運用R軟件對數據進行整理,剔除基因表達情況、一般資料、臨床病理特征或預后情況不完整的個體資料,得到具有完整數據的病例345例(包含30例配對的癌旁組織的數據)。
1.2 方法
1.2.1 數據庫分類
依據研究對象的年齡、性別、TNM分期、血清AFP濃度及病理學分級等資料的不同等級進行分類預處理。根據LINC01772的中位表達量將HCC癌組織分為高表達組和低表達組。
1.2.2 統計分析
使用SPSS23.0軟件對數據進行統計學分析。采用單因素多因素COX回歸模型分析LINC01772表達水平與HCC患者預后的關系。以a=0.05為檢驗水準,P<0.05為差異有統計學意義。
2 結果
LINC01772表達水平與HCC患者預后情況的相關性
取HCC患者的年齡、性別、TNM分期、血清AFP濃度、病理學分級和LINC01772表達水平為協變量進行Kaplan-Meier生存分析。結果顯示,LINC01772高水平表達的HCC患者的PFS顯著低于LINC01772低水平表達者(P<0.05)。采用單變量COX回歸模型和多變量COX回歸模型分析各種臨床參數在生存率中的價值,單因素分析結果顯示TNM分期以及LINC01772的表達與患者PFS顯著相關(P<0.05);此外,取HCC患者的TNM分期和LIN01772表達水平為協變量進行對因素回歸分析,TNM分期與LINC01772表達水平均為HCC的獨立危險因素,詳見表1。
3 討論
肝細胞肝癌(HCC)已成為中國癌癥相關死亡的第二大原因[4]。雖然在診斷和手術治療方面取得了很大進展,但復發率和轉移率仍然很高。此外,HCC患者通常在中晚期階段被初步診斷,HCC晚期疾病患者的預后仍未得到保證[5]。因此,積極探索HCC分子機制,尋找影響肝癌預后的相關因素,對延長患者生存期,進一步制定診療計劃有著重要的作用。
研究表明,長鏈非編碼RNA(lncRNA)是地址代碼的關鍵組成部分,允許將基因、染色體和蛋白質復合物運輸到其目的地,但需要激活或停用[6]。lncRNA與腫瘤發生發展密切相關 ,可作為許多人類惡性腫瘤的潛在診斷和預后生物標志物,包括肺癌[7]、乳腺癌[8]和結腸癌[9]。源自某些基因的基因間區域的lincRNA起著競爭性內源RNA的作用并隔離miRNA,靶向染色質修飾復合物或RNA結合蛋白以改變基因表達。LINC01772是一種新發現的lncRNA,有學者報到了其在肝癌中的表達及臨床意義,但其對HCC的預后影響尚不清楚[10]。
本研究通過挖掘TCGA數據庫中有關LINC01772在HCC和癌旁組織中的信息,推斷LINC01772對HCC患者預后的影響,得出了HCC癌組織的TNM分期及LINC01772的表達量與患者的無進展生存期(Progress Free Survival,PFS)存在顯著相關性(P<0.05)的結論,證實了LINC01772具有判斷肝細胞肝癌預后情況的參考價值。
參考文獻:
[1] Bray F, Ferlay J, Soerjomataram I, Siegel RL, Torre LA, Jemal A. Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J Clin. 2018;68:394–424.
[2] Omata M, Cheng A L, Kokudo N, et al. Asia-Pacific clinical practice guidelines on the management of hepatocellular carcinoma: a 2017 update[J]. Hepatology International, 2017, 11(4):1-54.
[3] Shen P, Pichler M, Chen M, et al. To Wnt or Lose: The Missing Non-Coding Linc in Colorectal Cancer[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2017, 18(9):2003.
[4] Jemal A, Bray F, Center MM, et al. Global cancer statistics.[J]. Ca A Cancer Journal for Clinicians, 2015, 61(2):69-90.
[5] Stefano, Colagrande, Andrea, et al. challenges of advanced hepatocellular carcinoma[J]. 世界胃腸病學雜志:英文版, 2016, 22(34):7645-7659.
[6] Batista P, Chang H. Long Noncoding RNAs: Cellular Address Codes in Development and Disease[J]. Cell, 2013, 152(6):1298-1307.
[7] Redis R S, Sieuwerts A M, Look M P, et al. CCAT2, a novel long non-coding RNA in breast cancer: expression study and clinical correlations[J]. Oncotarget, 2013, 4(10):1748-1762.
[8] Gutschner T, Hmmerle M, Eimann M, et al. The Noncoding RNA MALAT1 Is a Critical Regulator of the Metastasis Phenotype of Lung Cancer Cells[J]. Cancer Research, 2013, 73(3):1180-1189.
[9] Qian Liu, Jianguo Huang, Nanjiang Zhou, et al. LncRNA loc285194 is a p53-regulated tumor suppressor[J]. Nucleic Acids Research, 2013, 41(9):4976-4987.
[10] 張德慧, 嚴雨姮. 長鏈非編碼RNA LINC01772在肝細胞肝癌中的表達及臨床意義[J]. 健康必讀, 2018(36).120.