侵染大豆的花生斑駁病毒公主嶺分離物基因組測序及分析

張春雨 李小宇 王晨 戰(zhàn)笑蕾 劉建青 王永志

摘要

本研究利用小RNA深度測序法在大豆葉片上檢測到1株花生斑駁病毒Peanut mottle virus （PeMoV），根據(jù)小RNA深度測序結(jié)果和GenBank公布的PeMoV基因組序列設計引物克隆了PeMoV公主嶺分離物（PeMoVGongzhuling）的基因組序列。測序結(jié)果經(jīng)拼接后獲得了PeMoVGongzhuling基因組，大小為9 709個核苷酸（GenBank登錄號：MT790744）。該基因組在第123位—第9 422位存在1個大的開放閱讀框（ORF），編碼1個多聚蛋白（分子量351.28 kD）。PeMoVGongzhuling與GenBank中已登錄的其他PeMoV分離物的基因組的核苷酸序列一致性為95.88%～99.53%，氨基酸序列一致性為97.39%～99.84%，其中與韓國分離物GYBU92 （MT603819）在核苷酸和氨基酸水平上的一致性均為最高。

??關鍵詞

花生斑駁病毒;基因組;大豆

中圖分類號：

S435.29

文獻標識碼：A

DOI：10.16688/j.zwbh.2020544

Sequencing and analysis of the genome of Peanut mottle virus （PeMoV） Gongzhuling isolate infecting soybean

ZHANG Chunyu1，LI Xiaoyu1，WANG Chen1，2，ZHAN Xiaolei1，3，LIU Jianqing1，3，WANG Yongzhi1*

（1. Jilin Academy of Agricultural Sciences， Gongzhuling136100， China; 2. Jilin Agricultural University，

Changchun130118， China; 3. Changchun Normal University， Changchun130032， China）

Abstract

In this study， the Peanut mottle virus （PeMoV） from soybean leaves was detected by small RNA deep sequencing. Primers were designed according to results of sRNA deep sequencing and the published genome sequences of PeMoV on GenBank， and the segments of genome of PeMoV Gongzhuling isolate （PeMoVGongzhuling） was amplified by RTPCR. The assembled genome of PeMoVGongzhuling was 9 709 nucleotides （GenBank accession no. MT790744）. A large open reading frame （ORF） was found located between the 123th and the 9422th nucleotides， which encoded a polypeptide of 351.28 kD. By comparing it with other isolates of PeMoV， the nucleotide identity was 95.88% 99.53%， and the amino acid identity was 97.39% 99.84%， and it shared the highest identity with the South Korea isolate GYBU92 （MT603819）.

Key words

Peanut mottle virus（PeMoV）;genome;soybean

花生斑駁病毒Peanut mottle virus （PeMoV）是馬鈴薯Y病毒屬Potyvirus成員，主要靠汁液接觸、種子或由蚜蟲以非持久方式傳播。PeMoV除嚴重危害花生外，其寄主范圍僅局限于豆科植物，例如菜豆、大豆、豌豆、豇豆等[1]。 1972年Kuhn等[2]首次在美國佐治亞州發(fā)現(xiàn)PeMoV侵染大豆;之后陸續(xù)在美國的弗吉尼亞州、南卡羅萊納州，澳大利亞，東非等地發(fā)現(xiàn)PeMoV侵染大豆[3 4];1984年薛寶娣等[5]首次報道了PeMoV 在我國大豆上的侵染情況，并進行了PeMoV對不同品種大豆的侵染試驗;2014年Lim等[6]在韓國首次發(fā)現(xiàn)PeMoV侵染大豆并獲得了全基因組序列。PeMoV侵染大豆后葉片表現(xiàn)為明脈、花葉、黃脈、壞死等癥狀，一般可導致大豆減產(chǎn)12%～28%[4]，一些感病品種可達到41%，還會導致大豆含油量降低，品質(zhì)下降[3]。

本研究利用小RNA深度測序方法在感病大豆葉片上檢測到1株花生斑駁病毒，分段克隆測序獲得了全基因組序列并進行了同源性分析，為大豆花生斑駁病毒病的防控提供依據(jù)。……