食源性致病菌溯源分型技術研究進展

劉 耀，魏元苗，李 玲，易倫朝，趙維薇，商 穎, ，曹建新,

（1.昆明理工大學農業與食品學院，云南昆明 650500；2.大理大學公共衛生學院，云南大理 671003）

食源性致病菌的溯源分型是食品安全防控和現代公共衛生傳染病監測領域的重要組成部分[1]。因其引發的食品安全問題頻發，據統計美國每年約4800萬人感染食源性疾病，我國急性腸胃病每年約發生7.48億例[2]。細菌感染的發病機制涉及多個步驟，首先是病原體（細菌）向宿主的傳播，然后是宿主上的定殖、粘附、侵襲、宿主存活和組織損傷[3]。細菌感染生物體后，會對機體造成很大損傷，嚴重時會導致死亡。尤其抗生素的大量使用導致耐藥細菌的出現，極大地降低了有效治療細菌感染的可能性[4]。

細菌分型可將食源性致病菌精確區分，同一種內不同型別菌種之間生物學特性具有一定差異，這就導致其防治措施不同。通過對事件中食源性致病菌相似性的研究，可以確定引起感染的細菌菌株種類和來源，從而制定正確的治療及預防方案，以防止疾病的爆發[5]。最早的細菌溯源分型方法包括血清分型、噬菌體分型、脈沖場凝膠電泳分型（Pulsed field gel electrophoresis，PFGE）、細菌基因組重復序列PCR（Repetitive-element PCR，Rep-PCR）等，隨著分子生物學及測序技術的發展，食源性致病菌分型溯源技術獲得了很大進展。我國于2013年建立了全國食源性疾病分子追蹤網絡（TraNet），TraNet最初基于脈沖場凝膠電泳技術對食源性病原體進行分子亞型分析[2]。2019年，基于全基因組測序技術的食源性疾病分子溯源網絡建成并投入使用，該網絡提供了多位點序列分型（Multilocus sequence typing，MLST）和核心基因組多位點序列分型（Core-genome MLST，cgMLST）的標準化方法。此外諸如單核苷酸多態性（Single-nucleotide polymorphism，SNP）以及基質輔助激光解析電離飛行時間質譜法（Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry，MALDI-TOF-MS）等在細菌鑒定分型領域都已得到了廣泛應用。然而各種溯源分型方法原理具有一定差異，這就導致其應用環境不盡相同，因此本文從常用分型方法的原理入手，對不同分型方法的分型能力以及適用范圍進行比較分析，以期為食源性致病菌溯源分型方法的選擇提供依據。

1 基于生理生化反應的分型方法

1.1 傳統血清分型

血清分型作為最早發展的細菌分型方法，自20世紀40年代發現抗原血清型以來，該方法已經成為最廣泛的菌株分型方法[6]。以致病性大腸桿菌為例，可分為腸侵襲性大腸桿菌（EnteroinvasiveEscherichia coli，EIEC）、腸產毒性大腸桿菌（EnterotoxigenicEscherichia coli，ETEC）、腸致病性大腸桿菌（EnteropathogenicEscherichia coli，EPEC）、腸出血性大腸桿菌（EnterohemorrhagicEscherichia coli，EHEC），如表1所示，不同血清型其致病因子、易感人群也有所差異。傳統的血清分型通過將抗原與特異性抗體血清作用[7]，根據其血清凝集情況對照已有的血清表進行判別[8]，但少數細菌在血清凝集實驗時會發生自凝現象[9]，無法采用傳統血清學方法進行分類，因此該方法不適用于細菌的所有血清學分類[10-11]。而菌株在長期進化過程中，其抗原會發生突變現象，傳統血清學分型就會把原本親緣關系較近的菌株分為不同類型，不利于菌株的溯源分析。同時傳統的血清學方法操作繁瑣、耗時、費力且分辨力低，一般需要2～12 d才能完成[10,12]。雖然已經開發了許多全自動快速檢測儀器（如法國梅里埃公司的全自動免疫熒光酶標儀VIDAS）可在較大程度上替代人工，節省了檢測時間，但細菌的富集是整個過程最為耗時的部分，由于檢測靈敏度限制，使得該部分無法省略，這就導致整體檢測效率依舊較低[13]。然而由于血清分型所產生的結果直觀、準確并且有利于食源性疾病的治療，因此目前仍然被臨床實驗室廣泛使用[14]。

表1 致病性大腸桿菌常見血清型及其流行病學特點[15]Table 1 Common serotypes and epidemiological characteristics of Enterohemorrhagic Escherichia coli[15]

1.2 噬菌體分型

噬菌體是一種在自然界中廣泛存在的病毒，可在細菌內感染并復制，最終使宿主菌裂解死亡。根據細菌裂解能力分為溫和性噬菌體（也叫溶源性噬菌體）和烈性噬菌體[16]。溫和性噬菌體僅感染細菌，將自身基因組整合到宿主染色體中成為原噬菌體，自身并不會發生裂解反應，而是隨著宿主細菌一起復制[17]。原噬菌體的基因代表了宿主細菌基因組中的大多數輔助基因[18]，可作為宿主細菌基因序列的高分辨標記[19]，根據原噬菌體基因的特異性序列對宿主菌在分子生物學方面進行篩選分型[20]。細菌噬菌體分型通常是根據烈性噬菌體對細菌的特異性裂解進行的，目前已有許多食源性致病菌的噬菌體分型方案。何曉青等[21]建立了一種針對鼠傷寒沙門氏菌的噬菌體分型方法，確定了引起醫院內感染爆發和食物中毒的主要噬菌體型。此外，噬菌體對于細菌的高度特異性機制也可作為分型依據。Sumrall等[22]基于李斯特菌噬菌體集合的重組親和蛋白（細胞壁結合域和受體結合蛋白）提出了一種新的李斯特菌分型方法，該方法能夠準確識別李斯特菌的血清型，并且相比血清分型具有更高的分辨率。噬菌體分型作為一種成本低廉、操作簡單、特異性高的分型技術，常被用于與其它分型方法的聯合使用。然而使用該方法的前提是具有一套用于分型所用的噬菌體，目前尚未有統一的噬菌體分型方案，因此各實驗室之間很難進行數據的比對交流，這也從一方面導致了該方法的應用受限。

2 基于酶切片段的分型方法

2.1 脈沖場凝膠電泳

脈沖場凝膠電泳（Pulsed field gel electrophoresis,PFGE）是Schwartz和Cantor于1984年發明的一種可分離大片段DNA分子的新型電泳技術[23]。通過一個或多個酶切位點少的限制性內切酶對細菌基因組DNA酶切，此類基于酶切片段的方法分型原理類似，因為不同大小的DNA片段在電場下的遷移率不同，片段越小遷移速率越快，以此將DNA片段分離開，根據凝膠圖譜判斷其菌種類型[24]。通過聚類分析軟件，如：GelCompar、Molecular Analyst Fingerprinting、BioImage、Phoretix和BioNumerics，可進一步分析不同亞種菌株之間的親緣關系，對其進行溯源分析[25-26]，其分型溯源原理見圖1所示。PFGE已被廣泛用于各類食源性致病菌的溯源分型，并且分型效果良好。Frazao等[27]將4種包括PFGE在內的分子分型方法對空腸彎曲菌進行分型能力比較時，發現PFGE對于空腸彎曲菌具有很好的適用性。PFGE具有一套標準化的流程，是一種穩定、準確的細菌分型方法，被認為是細菌性疾病爆發時菌株分型的“金標準”。但該方法較為耗時，并且對實驗人員工作素養要求較高，不適用于具有大量分離株的流行病學調查[28]。此外電泳條帶受外界條件的影響較大，結果不利于不同實驗室之間的比較分析[29]。

圖 1 PFGE溯源原理圖Fig.1 Schematic diagram of PFGE

圖 2 IRS-PCR溯源原理圖[47]Fig.2 Schematic diagram of IRS-PCR[47]

2.2 變性梯度凝膠電泳

變性梯度凝膠電泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, DGGE）可以對未分離出單一菌株的細菌群落直接鑒定分型[30]，省去了傳統培養分離的繁瑣步驟。DGGE通過對不同DNA片段的解鏈溫度不同進行分離。不同菌種16S rDNA區域的堿基組成具有一定差異[31]，當聚合酶鏈式反應（Polymerase Chain Reaction，PCR）產物在含有線性變性梯度變性劑（尿素和甲酰胺）的聚丙烯酰胺凝膠中電泳時，雙鏈DNA片段達到其變性濃度時，便開始部分解鏈，電泳遷移速度隨著解鏈程度的增大而減小，從而將大小相同但序列組成不同的DNA片段分離開，理論上其區分精度可精確到單個堿基，但在實際應用中受變性劑以及外界條件的影響，區分精度會有所下降。并且在對基因片段PCR擴增后，具有多個拷貝的基因僅顯示一個條帶，這也會導致物種鑒定的分辨率降低[32]。但與此同時，相同的擴增區域使得DGGE的分析標準化，提高了DGGE數據的可傳播能力，在涉及大量樣本的長時間分析中，這一點尤為重要[33]。該方法被廣泛應用于微生物的群落多樣性分析，近年來研究發現DGGE在細菌種內同樣具有很好的分型效果[34]，多被用于食品加工環節中微生物污染及生物多樣性的防控。Ndiaye等[35]對某種飲料生產加工過程中的微生物污染監控發現，DGGE可以清晰的反應出不同環節微生物群落（多為細菌）的變化。Baffoni等[36]使用DGGE對肉雞腸道微生物進行監控，確定了肉雞中空腸彎曲菌防治的最佳給藥時間，提出了保障禽肉安全性的有效策略。

2.3 細菌基因組重復序列PCR

細菌基因組重復序列PCR（Repetitive element PCR, Rep-PCR）技術1991年首次被James等[37]報道用于細菌分型，是一種依據細菌基因組間廣泛分布的短的重復序列進行分型的方法。這些基因間的重復序列主要有重復基因外回文序列（Repetitive extragenic palindromic, REP）、腸桿菌基因間重復一致序列（Enterobacterial repetitive intergenic consensus,ERIC）以及BOX插入因子等，根據這些序列設計PCR引物，進而對細菌內的重復序列進行擴增，針對不同菌，序列的選擇對于Rep-PCR的分型能力也有影響。Bilung等[38]對ERIC-PCR和BOX-PCR在李斯特菌鑒別中的應用進行了評價，結果顯示BOXPCR比ERIC-PCR具有更大的區分能力。而Hashemi等[39]在研究包括REP-PCR、BOX-PCR以及ERICPCR等4種方法對于沙門氏菌的分型能力時發現，REP-PCR的分辨力更高，并且使用兩種以上方法聯合檢測，能區分所有74株沙門氏菌。Cherif等[40]使用BOX-PCR分析蠟樣芽孢桿菌種群遺傳關系，發現與PFGE相比，BOX-PCR不僅快捷而且具有良好實驗室重復性。目前Rep-PCR已被廣泛應用于副溶血性弧菌、大腸桿菌、沙門氏菌以及其它一些具有超強毒力菌種的分型研究[41-43]。并且已經開發了商業化的DIVERSILAB微生物分型系統，用戶可以創建自己的Rep-PCR數據庫，適用于特定時間少量菌株的爆發調查，整個流程可在幾小時內完成[44]。

2.4 低頻限制性切割位點PCR

低頻限制性切割位點PCR（Infrequent restriction site PCR, IRS-PCR）是Mazurek等[45]于1996年報道的一種細菌分型技術。其溯源原理如圖2所示，主要通過兩種頻率不同的限制性內切酶（RE1和RE2）對細菌DNA進行酶切，產生大小不同的非互補DNA片段，在連接酶（ad1和ad2）的作用下在DNA片段兩端各加一段連接體，以帶有連接體的DNA雙鏈為模板進行目的基因的擴增。常用的高頻率限制性內切酶有HhaI、TaqI等，低頻率限制性內切酶有XbaI、SmaI等，酶切后的DNA粘性末端與連接體互補。反應前構建五條寡核苷酸鏈（AH1、AH2、AX1、AX2、PX），連接體由兩條寡核苷酸鏈退火形成。例如經HhaI酶切端的連接體由AH1-AH2退火形成，AH1與PX互補同時作為模板DNA擴增的引物，在PX的3'端加一個額外的堿基合成PX-A、PX-T、PX-C、PX-G，以此防止引物二聚體的出現[46]，根據XbaI相鄰位點的下一個堿基選擇對應的引物進行擴增。IRS-PCR的主要優勢在于在保持相同實驗條件（酶、引物、接頭和擴增條件）的情況下，可以應用于多種細菌微生物，并且僅需少量DNA樣本[47]。此外IRS-PCR還具有良好的可重復性。Garaizar等[48]應用IRS-PCR與PFGE對腸炎沙門氏菌進行分型對比，發現IRS-PCR技術的可重復性達到了100%，但分辨率較低。Su等[49]得到的研究結果與其相似，當將兩種分型方法結合在一起時，可以獲得更好的分型效果。盡管IRS-PCR分辨率略低，但其操作簡單、耗時少，可作為食源性致病菌大規模流行病學調查的方法之一。

2.5 擴增片段長度多態性

擴增片段長度多態性（Amplified fragment length polymorphism，AFLP）與IRS-PCR原理類似（如圖3所示），都是通過兩種不同頻率的限制性內切酶對待測樣本DNA進行酶切，隨后在酶切片段兩端加上人工接頭，構成PCR反應中的模板DNA，在特異性引物的作用下對DNA進行擴增。然而與IRS-PCR方法不同的是，AFLP接頭由核心序列與酶特異性識別序列組成，接頭與限制性內切酶酶切過程中產生的5′或3′端同源，因為接頭序列中的堿基發生改變，使得當接頭與DNA片段連接后，酶切位點不會恢復原有雙鏈[50]。引物根據核心序列、酶特異性序列和選擇性延伸序列進行設計，并且在3′端增加選擇性核苷酸，使得在嚴格的退火條件下，選擇性引物只擴增酶切位點以外的互補核苷酸片段，從而降低了混合物的復雜性[51]。

AFLP最早被用于植物學方面的研究，經過發展，目前已廣泛應用于微生物學領域[52]。AFLP是一種經濟、操作簡單并且結果可靠的方法，對于實驗儀器的要求較低，適用于中小型實驗室。其改良方法對于特定菌株（例如彎曲桿菌、單核細胞增生李斯特菌）的分型效果很好[53-54]。Alter等[55]使用AFLP實現了對火雞屠宰過程中空腸彎曲菌的有效監測。AFLP的缺點是對于DNA的純度、酶的選擇以及接頭的設計要求較高，并且有時無法直觀地通過電泳圖對細菌進行分類鑒定，需要通過數據分析軟件進一步分析。另外AFLP對于菌株的分辨力與其它分子分型方法相比較低，但能滿足實驗室對于菌種的一般分型要求[56-57]。

圖 3 AFLP溯源原理圖[47]Fig.3 Schematic diagram of AFLP[47]

圖 4 MALDI-TOF-MS分型流程圖[78]Fig.4 Typing flow chart of MALDI-TOF-MS[78]

2.6 限制性片段長度多態性

限制性片段長度多態性（Restriction fragment length polymorphism，RFLP）是一種DNA分子標記技術，使用限制性內切酶對DNA的特定限制性位點切割，獲得分型所需要的不同長度的DNA片段，與PCR反應結合可對食源性致病菌進行快速、準確分型。該方法關鍵點在于限制性內切酶的選擇，不同內切酶識別位點不同，其鑒定效果也會有所影響[58]。這也是該方法所存在的弊端，對引物的正確選擇、設計以及酶的要求較高[59]，同時對于相同種類的細菌目前還沒有統一的實驗方案，因此結果不利于不同實驗室之間的比較。但該方法具有快速、高效等優點，已被廣泛應用于微生物群落多樣性的分析[60]。Tabar等[61]使用RFLP分型技術比較從不同宿主（火雞和肉雞）中分離出的空腸彎曲桿菌的遺傳多樣性和差異，結果清晰地顯示，在RFLP分型模式下，空腸彎曲菌的分布隨宿主物種的不同而不同，使用該方法可以幫助我們有效的尋找空腸彎曲菌局部爆發感染源的線索。此外RFLP-PCR還具有準確性高的特點。Conesa等[62]確定了RFLP對于金黃色葡萄球菌分型的適用性，并且發現不同引物對于RFLP-PCR分型效果具有一定影響。

3 基于測序技術的分型方法

3.1 多位點序列分型

多位點序列分型（Multilocus sequence typing，MLST）是由多位點酶電泳技術發展而來的一種基于DNA序列分析的分型技術。通過對細菌管家基因（一般為5～7個）的特定核苷酸片段進行擴增與測序，將測序結果與MLST數據庫中已發表的等位基因序列進行比對，得到每個菌株的序列型（Sequence type，ST）。進行eBURST（Enhanced analysis based on related sequence types）分析可對菌株間的親緣關系進行清晰解讀。

MLST主要優點在于其出色的重復性以及數據的可傳播性，可以在全球范圍內進行比較分析，對于食源性疾病的溯源分析具有重大意義，已被廣泛應用于食源性疾病的爆發調查。Tchatchouang等[63]使用MLST方法對2017年南非爆發的李斯特菌病進行了流行病學調查，確定了流行菌株的主要ST型，并對爆發源頭成功追蹤。Li等[64]在北京爆發的一起急性胃腸炎事件中，使用MLST與PFGE確定了爆發源自一組高度克隆的大腸桿菌。隨著測序技術的發展，測序時間與成本不斷降低，MLST技術越來越多地被應用。但該方法仍然存在一些弊端，例如對不同菌株之間的分辨率較低[65]，適合長期的大范圍的流行病學調查，對于疾病爆發初期，MLST并不適用[66]。另外，由于該方法是根據管家基因的特定核苷酸序列進行分析，隨著菌株的遺傳進化，堿基會發生突變，可能會導致不同菌株之間的分辨率下降[67]。

3.2 核心基因組多位點序列分型

核心基因組多位點序列分型（Core-genome MLST，cgMLST）是在MLST基礎上發展而來的一種細菌分型技術，保留了傳統MLST方法的直觀特性，同時又具有更高的分辨力。cgMLST通過分析細菌全基因組序列中的所有核心基因位點，比較不同細菌基因組間各等位基因的差異，以基因為單元進行分型[68]。這就使得在分析過程中，更不容易受到基因組中堿基的缺失和其它突變的影響，通過對耐藥基因分析，可進一步預測目的菌株的耐藥情況，為臨床決策提供依據[69]。當用戶準備對目的菌株進行鑒定分型時，首先需要對其DNA進行全基因組測序，這就導致其費用相比于MLST要略高，但隨著測序技術的快速發展，該方法具有很好的應用前景。因為其具有一套自身獨特的標準命名方法，可以進行實驗室之間的數據交換，在食源性致病菌的流行病學分析上應用廣泛。

Hsu等[70]開發了一種包含1343個基因的空腸彎曲菌cgMLST分型方案，結果與傳統的MLST有很強的相關性，對其中的耐藥基因分析，不僅提供了更高的分辨率，同時還揭示了不同宿主之間的抗生素耐藥趨勢，對空腸彎曲菌的預防具有重要意義。Cody等[71]建立的cgMLST分型方案，除了可以對不同菌株進行快速有效的鑒定外，還能識別出同一來源親緣關系接近的菌株。目前在世界范圍內對沙門氏菌、李斯特菌、金黃色葡萄球菌等食源性致病菌都已建立了cgMLST分型方案，相信隨著技術的發展，該方法有望成為細菌流行病學研究的主流分析方案。

3.3 單核苷酸多態性

單核苷酸多態性（Single-nucleotide polymorphism，SNP）在基因組中分布廣泛，根據其所在區域的不同分為兩類：一類分布在基因編碼區（Coding region），也叫cSNP，位于該區域的SNP可能導致編碼的蛋白質發生改變；另一類則是分布在基因的非編碼區。SNP是指基因組中單個堿基發生突變，所導致的基因位點多樣性。理論上這種突變可以是堿基的轉換、顛換、缺失或插入，但在實際情況中發生的只有堿基的轉換或顛換，因此一般將SNP作為二等位基因多態。雖然SNP在單個基因位點的多樣性較少，但由于其在基因組中的廣泛存在，通過對細菌全基因組序列中的SNP進行分析，可以對細菌進行準確的分型，并且分辨率很高[72]。與所有流行病學分析一樣，要實現基于全基因組測序方法的全部潛力，需要理解并處理與數據生成和分析的基本步驟有關的問題[73]。在實際應用中，并不需要對細菌基因組的全部SNP分析，一般選取部分特殊位點進行分析即可對待測細菌進行準確分型，適用于不同地理來源的菌株的遺傳多樣性及進化關系分析[74]。

作為全基因組序列分型的一種，SNP分型方法具有很高的分辨率。Guo等[75]使用SNP方法對經過MLST鑒定為同一ST型的不同菌株之間的親緣關系進行分析，32個菌株又形成了五個簇和五個單個分離株。Kuroda等[76]建立了一種基于80個SNP位點分型方法，可對蠟樣芽孢桿菌群中的炭疽芽孢桿菌進行有效分型，其中4個之前使用多位點酶電泳方法無法區分的分離株，顯示出了明顯差異。使用SNP與分離時間和地理位置相結合的方法可對食源性致病菌更好的分型，因為它所具有的可追溯性，大大提高了對食源性病原體監視的成功率，這一點對于公共衛生的保護十分重要。Liu等[74]根據不同地區菌株的SNP信息建立了一種大腸桿菌溯源分型方法，可用于調查食品中大腸桿菌的地理來源，揭示了菌株之間的親緣關系。

4 基于細菌代謝產物的分型方法

基質輔助激光解析電離飛行時間質譜法（Matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry，MALDI-TOF-MS）通過比較細菌本身特有蛋白質及其分子量的大小進行鑒定，在微生物鑒定方面被認為是一項具有革新微生物鑒定能力的技術[77]。其分型原理如圖4所示。盡管細菌核糖體蛋白的氨基酸序列是高度保守的，但即使在亞種水平也會發生微量變化，在電場作用下不同質量的離子形成可用于細菌分類和鑒定的特定指紋圖譜，與數據庫中的已知參考圖譜進行比對，實現菌株的快速鑒定[78]。常用的數據庫有MALDI Biotyper、SARAMIS以及VITEK MS等。目前MALDI-TOF-MS已被用于許多細菌病原體的分型，如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、鮑曼不動桿菌、肺炎克雷伯氏菌、腦膜炎奈瑟氏菌、單增李斯特菌、流感嗜血桿菌等[79]。此外MALDI-TOF-MS對于耐藥性細菌的鑒定也有很好的敏感性。Steensels等[80]使用MALDITOF-MS與PFGE對從醫院分離出的15株耐甲氧西林金黃色葡萄球菌進行分析，結果發現兩種方法具有很好的一致性（93%）。但MALDI-TOF-MS沒有通用的培養條件和樣品制備方案，數據庫中的參考細菌圖譜受這些條件的影響而改變，這就導致其可重復性略顯不足，不適用于對食源性致病菌的長期監測[81]。另外，數據庫內容的豐度是影響分型結果的重要因素。Bizzini等[82]在分析MALDI-TOF-MS與常規鑒定結果不一致的原因中發現，大部分錯誤鑒定是由于對應菌種的參考圖譜過少導致。

對于某種方法分型溯源能力的判斷一般從該方法的分辨率、可重復性、耗時長短等幾方面評估，上述幾種方法的分型能力比較及適用范圍見表2。

表2 不同分型方法的技術特點Table 2 Technical characteristics of different typing methods

5 總結與展望

本文對幾種常用食源性致病菌溯源分型方法進行比較分析。基于生理生化反應的表型分型結果直觀準確，并且血清分型結果與食源性疾病關系密切，血清型的確定有利于臨床疾病的治療，雖然此類方法操作繁瑣并且分辨率較低，但目前開發的全自動儀器已經在一定程度上彌補了這方面的不足，隨著儀器分析靈敏度的提高，分型效率會大大增強。以酶切片段為依據的分子分型方法具有快速、準確及較高分辨率的特點，在食源性致病菌流行病學分析方面應用廣泛，但此類技術結果受人員操作及實驗參數的影響較大，并且部分分型方法沒有標準化的分型方案，使得各實驗室之間很難進行交流分析，而解決這一問題的關鍵要對各個環節（酶的選擇、時間控制、引物的篩選、電泳條件等）進行優化分析，尋找最佳方案。隨著測序技術的發展以及生物信息學知識的普及，基于全基因組序列的分型方法表現出的高分辨力及數據的可傳播能力，在食源性致病菌溯源分析及流行病學監控方面有著不可比擬的優勢。但與此同時，全基因組數據的分析與處理成為了溯源分型的關鍵，其中包括原始數據的處理、全基因組信息的挖掘、數據庫的完善等，這就要求具有完備的生物信息學相關軟件及標準的分析流程。而隨著數據庫的不斷完善，MALDITOF-MS作為一種新興的分型方法可配合其它分型方法實現對食源性致病菌的快速診斷。食源性致病菌的監控包括預防、爆發和流行病學分析三個階段，每個階段對于分型方法的要求不同，各實驗室可根據自身條件及應用情況選擇最佳分型方案，從而對食源性致病菌進行更加合理有效的監管。目前食源性疾病的爆發已經呈全球化趨勢，未來食源性致病菌的溯源分析一定會趨于標準化、規范化，在具有合適分型依據的基礎上，實驗流程的可標準化以及數據的可視化程度和可傳播性對于溯源分型技術極其重要。