張甜,宋萌萌,賈文文,喬元勛
1 山東中醫藥大學 山東濟南 250014
2 山東省泰安市中醫醫院 山東泰安 271000
癌性厭食(cancer-related anorexia,CA)是指與癌癥或抗癌治療相關的食欲減少甚至喪失,伴或不伴體重下降[1]。CA按照病因分為原發性和繼發性兩類。原發性厭食的具體臨床機制尚不清晰。繼發性厭食多由于抑郁、便秘、疼痛和接受抗腫瘤治療等導致[2]?,F代醫學治療,尚存在一定的不良反應[3-4],而CA是癌癥患者不容忽視的一大癥狀。
丹參性苦,微寒,歸心、肝二經,具有活血祛瘀、通經止痛、清心除煩、涼血消癰的作用。莪術辛苦溫,入肝、脾經,具有破血行氣、消積止痛之功。大量臨床研究表明丹參[5-7]、莪術[8-9]具有抗腫瘤的作用。同時丹參[10]、莪術[11-13]作為復方藥物的組成之一,具有改善進食情況的作用,但機制尚不明確。本研究旨在通過網絡藥理學和分子對接預測丹參與莪術治療CA的靶點,明確其作用機制,了解其作用原理,為進一步研究丹參—莪術治療CA提供具體的理論依據。
以“丹參、莪術”為關鍵詞,檢索中藥系統藥理學數據庫(TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php),按照ADME參數設置化合物分子的口服生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30%、類藥性(drug likeness,DL)≥0.18進行篩選,獲得丹參、莪術的化合物分子,結合文獻[14-17]對莪術的化學成分進行補充。
通過TCMSP數據庫對獲得的丹參、莪術的化合物進行靶點蛋白獲取,結合Uniprot數據庫(https://www.uniprot.org/)獲取對應的基因。文獻中獲取得到的莪術成分使用PharmMapper數據庫(http://lilab-ecust.cn/pharmmapper/index.html),設定條件為物種Human Protein、Norm Fit>0.9,篩選得出對應靶點基因。
去重后利用cytoscape3.8.2軟件實施網絡可視化分析。
以“cancer-related anorexia”為關鍵詞,分別在GeneCards數據庫(https: //www.genecards.org/)和OMIM數據庫(https: //omim.org/)中篩選,合并去重后得到CA相關的基因靶點。
將疾病基因與藥物交集基因輸入“微生信”(http://www.bioinformatics.com.cn/),獲取韋恩圖。
將疾病和藥物交集基因導出到String數據庫(https://cn.string-db.org/),并設定物種為“Homo spanies”,將最低相互作用評分(minimum required interaction score)設置為medium confidence(0.400),并勾選隱藏游離的蛋白質。將結果導出到cytoscape3.8.2軟件進行調整。
將潛在的基因靶點上傳至Metascape數據庫(https://metascape.org/)中,選擇物種為“H.sapiens”,進行custom analysis。分別得到GO富集分析及KEGG富集通路分析結果。KEGG富集通路分析按照P值進行升序排列;GO分析按logP值進行升序排列,結果利用“微生信”(http://www.bioinformatics.com.cn/)進行可視化展示。
利用PDB數據庫下載關鍵靶蛋白,從TCMSP數據庫中下載核心活性成分的mol2結構,利用Autodock Tools進行去水、加氫、設置旋轉鍵、盲對接等操作,再進行分子對接,最終結果通過pymol進行可視化處理。
通過TCMSP數據庫,經ADME篩選(OB≥30%,DL≥0.18)、文獻補充、篩選后共得到丹參58個有效成分,莪術8個有效成分。見表1。
通過Uniprot數據庫、PharmMaper數據庫檢索對應的基因,丹參58個化合物共有833個基因,莪術8個化合物共有90個基因,利用cytoscape3.8.2軟件建立基因靶點與化合物的網絡關系圖,見圖1。

圖1 丹參—莪術基因靶點—化合物
將丹參、莪術的基因靶點去重后得到丹參126個基因,莪術54個基因,并將疾病基因輸入微生信網站得到交集基因,丹參-莪術交集基因為25個,CA與丹參-莪術的交集基因為14個。見圖2。

圖2 藥物-疾病交集基因
基于String數據庫分析“丹參-莪術”與CA靶點之間的交互作用,使用cytoscape3.8.2軟件進行數據可視化分析,一個節點代表一個蛋白質,邊則代表蛋白相互之間的作用關系,其中1個游離的蛋白質被舍棄,共13個點,22條邊。利用Analyse network進行度的分析,度值越大則節點越大,顏色越紅,表示“丹參-莪術”通過此靶點治療CA的可能性越大。邊按照combined score進行顏色、粗細調節,顏色越紅,線條越粗,表示得分越高,蛋白互作關系越強。見圖3、圖4。

圖3 string原圖

圖4 可視化后的PPI網絡圖
GO分析中按logP值進行升序排列,結果顯示生物過程(BP)有83個條目,細胞組分(CC)有4個條目,分子功能(MF)有18個條目。其中BP、MF展示前10個條目,CC展示全部條目。BP主要涉及細胞對有機環狀化合物的反應、類固醇激素介導的信號通路、類固醇激素反應等;CC主要涉及膜小凹、膜微區、膜筏、質膜筏;MF主要涉及核受體活性、配體激活的轉錄因子活性、核類固醇受體活性、類固醇結合等。見圖5。

圖5 GO富集分析結果
KEGG富集通路分析結果共得到20條信號通路,包括化學致癌-受體激活通路、癌癥信號通路、雌激素信號通路、乳腺癌信號通路、催乳素信號通路、內分泌耐藥的信號通路、腫瘤壞死因子信號通路等,按照P值進行升序排列,并將該結果通過微生信網站進行可視化分析。見圖6。

圖6 KEGG富集通路分析結果
通過cytoscape3.8.2軟件進行degree篩選,將PPI得出的前2個核心靶點(MAPK1、ESR1)通過PDB數據庫轉換為受體(3SA0、1XPC),分別與前3個核心成分丹參新醌(dan-shexinkum d,MOL007093)、二氫丹參內酯(dihydrotanshinlactone,MOL007100)、2-異丙基-8-甲基菲-3,4-二酮(2-isopropyl-8-methylphenanthrene-3,4-dione,MOL007041)進行分子對接,對接次數設置為50次。通常認為當結合能<-5kcal/mol時,靶點與藥物成分結合較好,具體結合能見表2,其中MOL007100與3SA0、 MOL007093與1XPC、MOL007093與3SA0可見氫鍵連接。見圖7-圖9。

圖7 MOL007100-3SA0

圖8 MOL007093-1XPC

圖9 MOL007093-3SA0

表2 分子對接結合能(kcal/mol)
CA具有發病率高的特點,是癌癥患者常見的伴發癥狀。但其出現的機制尚不明了,影響因素較多。針對CA,現代醫學可采用糖皮質激素、大麻素、醋酸甲地孕酮等藥物[18]。而目前中醫治療上主要應用經方、驗方、中成藥注射劑及中醫外治法[19],但缺少指南統一標準。
本研究通過TCMSP數據庫及相關文獻補充,篩選得出丹參—莪術的活性成分,再由GeneCards、OMIM數據庫中得到CA的疾病靶點,后利用String數據庫進行蛋白互作分析,并通過cytoscape3.8.2軟件進行可視化分析,篩選得到核心靶點,最終進行富集分析及分子對接。結果表明丹參新醌、二氫丹參內酯、2-異丙基-8-甲基菲-3,4-二酮與MAPK1、ESR1有較強的結合能力,在丹參、莪術治療CA過程中具有重要作用。
MAPK是絲裂原活化蛋白激酶,也是CXC趨化因子的靶標之一[20],趨化因子可結合相應受體,參與腫瘤形成、免疫反應等過程[21],CXCL14作為趨化因子家族成員,參與了體重控制過程,并且可能在中樞神經系統調控攝食行為活動中起到重要作用[22]。胰高血糖素樣肽-1(glucagon-like peptide-1,GLP-1)是由腸道L細胞所產生的激素,具有刺激胰島素分泌、利尿、減少胃排空、減少炎癥和細胞凋亡等作用[23],研究表明GLP-1受體激活能夠增加MAPK磷酸化達到抑制食物攝入的目的[24]。同時MAPK1是GATA3轉錄因子的轉錄靶標,去泛素化酶USP21可以通過與GATA3結合來調節MAPK1的表達[25]。當血管緊張素Ⅱ1型受體與血管緊張素Ⅱ結合后可激活細胞內MAPK途徑以觸發鈉攝入[26]。另外,通過果蠅實驗證明Dop1R2/Raf/MAPK通路是多巴胺信號在食欲嗅覺記憶穩定過程中的關鍵下游效應子[27],能夠以此來穩定食欲和嗅覺的記憶。
ESR1作為編碼雌激素受體α(estrogen receptor,ERα)的基因,對于乳腺癌[28]、子宮內膜癌[29]、肝內膽管癌[30]等具有臨床意義。ERα作為重要的雌激素受體之一,是調節正常攝食行為、維持正常的能量消耗和脂肪分布必不可少的[31]。ESR1能夠調節SLC2A4基因的表達,改變組織胰島素敏感型葡萄糖轉運蛋白4(GLUT4)含量,最終調節血糖[32]。也有研究表明ESR1與限制性神經性厭食有關,但相關的單核苷酸多態性還沒有已知的功能,仍需要進一步實驗[33]。
KEGG通路富集分析表明丹參、莪術治療CA可能與雌激素信號通路(Estrogen signaling pathway)、腫瘤壞死因子信號通路(TNF signaling pathway)等有關。雌激素信號通路有助于對抗腫瘤免疫的異常調節,還可能逆轉出現免疫抑制的腫瘤微環境[34]。雌激素可以與GLP-1結合形成GLP-1-雌激素偶聯物,其存在可以將雌激素特異性遞送到表達胰高血糖素樣肽-1受體(GLP-1R)的區域[35],而SIM1神經元中的ERα可以部分介導GLP-1-雌激素偶聯物,從而發揮減重作用[36]。此外,在已被切除卵巢的大鼠中進行實驗,證實雌二醇(E2)具有抑制食物攝入的效力[37]。癌癥患者的免疫系統會釋放細胞因子,TNF-α作為其中之一,可通過血腦屏障,與大腦內皮細胞管腔表面相互作用,進而導致影響食欲下降的物質的釋放[13]。在腫瘤惡病質患者中,血液TNF-α水平也出現顯著增高,且與體重穩定組的腫瘤患者相比,腫瘤惡病質患者的皮下脂肪組織中TNF-αmRNA呈現高表達狀態[38]。
綜上所述,本研究針對丹參、莪術治療CA的機制、作用靶點、通路進行預測,并運用分子對接進行驗證,可知丹參、莪術的前3個核心成分為丹參新醌、二氫丹參內酯、2-異丙基-8-甲基菲-3,4-二酮并通過MAPK1、ESR1核心靶點入手,調節Estrogen signaling pathway、TNF signaling pathway等信號通路,達到改善患者食欲的目的。后續可繼續進行實驗驗證,為進一步研究丹參、莪術治療CA的臨床效果,提供一定的指導意義。