康熙三十五年(1696),哈密維吾爾首領額貝都拉擺脫準噶爾統治歸順清廷,翌年又因生擒準噶爾頭目噶爾丹之子被封為“哈密回部札薩克一等達爾汗”(世襲親王),哈密按八旗編制定為鑲紅回旗。康熙三十七年(1698),額貝都拉進京朝拜,康熙賞賜蟒袍、貂帽、金帶等物。第二年返回時,特從北京請漢族工匠設計回王府。康熙四十年(1706),回城和王府正式落成。

經過幾代回王的修繕加工,到七世回王博錫爾時代(道光年間),回王府已成為一所宅院相連、宏偉美麗的園林建筑群。
光緒八年(1882),沙莫胡索特襲任哈密王位后,對回王府進行了擴建和翻新。擴建后的回王府占地數百畝,有房800間,共有大小門樓九道,喜慶之日,九道門樓彩旗高懸,煞是壯觀。
1930年,回王府毀于戰火。
哈密回王共傳九世,經時233年,歷代回王一直忠于清政府,反對民族分裂,被清廷回爵府王譽為“回疆八部之首”。
首世額貝都拉審時度勢,反對噶爾丹叛亂,始終堅定不移地站在維護祖國統一的一邊。
三世額敏親率200鐵騎,配合清政府軍隊,以少勝多,擊敗了噶爾丹長兄之子策妄阿拉布丹對哈密的進犯。康熙五十五年(1716),額敏又帶頭響應政府屯田號召,帶領人戶400名在哈密沁城屯田,收獲青稞608石,完全交公充作軍糧,被后世稱為“民屯第一犁”。
四世玉素卜,在鎮壓大小和卓叛亂時,被任為領隊大臣,率王府官員100名隨軍出征,勇敢沖殺,立下赫赫戰績,被恩賞郡王品級。玉素卜還完成了一項重要任務——喀什至京城萬里送香妃。
七世博錫爾在位長達54年,他經歷了張格爾、阿古柏之亂和妥明的清真國之亂,始終與分裂叛亂分子作斗爭,最后被俘,壯烈犧牲。戰亂平息后,由清政府撥款白銀2萬兩為博錫爾修建陵墓,追封他和碩親王銜。

九世回王沙莫胡素特,在位48年,除了在經濟上有所作為外,他最大的貢獻是成立了伊州書院,使維吾爾青少年開始系統地接受儒家文化,同時設維文、滿文課,書院畢業的學生大部分被清政府選派往南疆當地方官。伊州書院是全疆五大書院之一,沙莫胡索特在新疆的教育史上,留下了不可磨滅的功績。
哈密回王府在歷史上的作用和功績,是功垂千秋的。2003年,政府投資1 000萬元,重修回王府,占地200畝,完全按原貌建造,保持了古建筑的原有風格。回王府是民族大團結、大融合的一個象征,又是多元文化的延續和印證,具有深遠的歷史意義和現實意義。