1980年7月25日,
高檢院、鐵道部聯合下發《關于籌建各級鐵路運輸檢察院有關編制問題的通知》,規定在鐵道部設立全國鐵路運輸檢察院,在鐵路局所在地設立鐵路運輸檢察分院,在鐵路分局所在地設立基層鐵路運輸檢察院。之后,20個鐵路局和62個鐵路分局相繼成立了籌備組,著手籌建工作。
1982年4月14日,
全國鐵路檢察院黨組成立,藺子安任黨組書記。1982年5月1日,各級鐵路檢察院正式開始辦公。
1987年4月15日,
“兩高”聯合下發了《關于撤銷鐵路運輸高級法院和全國鐵路運輸檢察院有關問題的通知》。5月31日,全國鐵路運輸檢察院正式撤銷。6月1日,最高人民檢察院鐵路運輸檢察廳成立。
2001年3月,
中共中央辦公廳印發的《地方各級人民檢察院機構改革意見》提出,逐步理順設在鐵路、林區、農墾等派出檢察機構的管理體制,合理調整機構布局,清理整頓現有人員,將人員編制納入國家司法體系統一管理。
2009年7月8日,
中央編制委員會辦公室《關于鐵路公檢法管理體制改革和核定政法專項編制的通知》提出, 鐵路運輸檢察分院和鐵路運輸檢察院與鐵路運輸企業全部分離。現有鐵路檢察院一次性移交給駐在地省、自治區、直轄市黨委和省級人民檢察院,實行屬地管理。
2010年12月8日,
最高法、高檢院、中央編辦、財政部、人力資源部、鐵道部聯合印發《關于鐵路法院檢察院管理體制改革若干問題的意見》,對鐵路檢察院管理體制改革后的干部管理、法律職務任免、業務管轄、資產移交、經費保障等作出了具體規定。
2012年1月12日,
太原鐵路運輸檢察院與山西省檢察院率先完成移交協議簽字。至2012年6月底,全國兩級76個鐵路檢察院所在鐵路局與所在地共計29個省、自治區、直轄市黨委和29個省級人民檢察院全部完成移交協議簽字,實行屬地管理。