根據中國科學技術信息研究所情報方法研究中心與北京萬方數據股份有限公司聯合編制出版的2013年《中國科技期刊引證報告》,2012年《上海醫藥》雜志影響因子為0.794,較2011年增長10.3%,全國被收錄統計的66本藥學期刊平均影響因子為0.692,《上海醫藥》排名第21位。
中國科學技術信息研究所是科技部直屬的國家級公益類科技信息研究機構。每年發布的年度《中國科技期刊引證報告》,選擇總被引頻次、影響因子、即年指標、被引半衰期、論文地區分布、基金論文數和自引總引比作為期刊評價指標,按期刊所屬學科、影響因子、總被引頻次和期刊字順分別排序,是我國最權威的期刊質量評價報告之一。影響因子是一個國際上通行的期刊評價指標,由于它是一個相對統計量,所以可較科學公平地評價各類期刊。通常,期刊影響因子越大,它的學術影響力和作用也越大。具體算法為:影響因子=該刊前兩年發表論文在統計當年被引用的總次數/該刊前兩年發表論文總數