一種河口沉積物總DNA的高效提取方法

王東升，黃江麗，譚胤靜，田曉娟，張志紅，丁建南

(江西省科學院生物資源研究所，330096，南昌)

0 引言

近些年來，分子生物學技術在環境工程學、微生物生態學和環境生物學的研究中應用越來越廣泛。例如，環境中土壤微生物功能基因的發掘和種群的分析與檢測等就主要是應用分子生物學手段來研究，而提取高質量的DNA是分子生物學實驗的前提和基礎。已知土壤、特別是湖泊河流的沉積物中含有大量的腐殖質，主要包括能溶于酸也溶于堿的富里酸(Fulvic Acids，FA)，溶于堿但不溶于酸的胡敏酸(Humic Acids，HA)和不溶于酸堿的胡敏素(Humin，HM)[1]，其中腐質酸在沉積物DNA提取過程中不容易被去除，這些物質可對后續的PCR擴增、內切酶消化、DNA雜交等實驗產生不利影響[2－3]，因而在沉積物微生物總DNA提取過程中去除腐質酸尤為重要。然而，在現有土壤和沉積物總DNA提取的方法中，腐質酸很難被完全去除，目前普遍采用并相對較好的方法主要是DNA提取試劑盒法和CTAB－SDS－凍融法[4－5]。本文以3種不同河口沉積物為研究對象，采用改進的CTAB－SDS－凍融法和DNA提取試劑盒法提取DNA并加以分析比較，旨在建立一種適用于高含腐殖質沉積物總DNA的提取方法，以期為后續的分子生物學研究奠定基礎。

1 材料和方法

1.1 實驗材料

實驗材料1取自修河與贛江交匯處修河上游200 m處，沉積物呈黑色，腐殖質含量非常高;實驗材料2取自修河與贛江交匯處贛江上游150 m處，沉積物為黃色粘土，黃色色素含量高;實驗材料3取自饒河進入鄱陽湖的河口，沉積物主要以沙子為主?！?br>