胃癌相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析及蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

羅遠衛(wèi) 梁 敏 石波云 牛秋玲 劉兆宇 周新科

胃癌相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析及蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

羅遠衛(wèi) 梁 敏 石波云 牛秋玲 劉兆宇 周新科

目的 分析胃癌和癌旁組織間差異表達基因的功能及其編碼蛋白的相互作用,篩選出胃癌相關(guān)的關(guān)鍵基因。方法 從NCBI(美國國立生物技術(shù)信息中心)公共數(shù)據(jù)平臺GEO(Gene Expression Omnibus)下載胃癌基因芯片數(shù)據(jù)GSE79973，采用R Bioconductor3.2.4軟件對數(shù)據(jù)進行處理和分析，輸出差異表達基因，并通過生物信息學(xué)工具DAVID、String、Cytoscape對差異表達基因進行生物學(xué)功能及其編碼蛋白的互作分析。結(jié)果 通過分析GSE79973芯片數(shù)據(jù)，一共獲得567個表達差異明顯的基因，其中表達上調(diào)的有384個，表達下調(diào)的有183個，這些基因主要富集于細胞外區(qū)、細胞外基質(zhì)、膠原蛋白、基底膜等，主要參與細胞增殖、周期以及粘附等生物學(xué)過程，并且在細胞外基質(zhì)受體、局部粘附以及細胞色素P450代謝等腫瘤相關(guān)通路明顯富集。初步鑒定了COL4A1、IL6、IL8、COL1A2、ITGA2、THBS1、COL5A1、COL3A1、ITGA1、COL2A1、COL4A2、BIRC5為胃癌相關(guān)的關(guān)鍵基因。結(jié)論 基因芯片結(jié)合生物信息學(xué)方法能夠有效分析胃癌和癌旁組織間差異表達基因，并篩選出胃癌相關(guān)的關(guān)鍵基因，為進一步研究胃癌發(fā)病的分子機制提供指導(dǎo)。

胃癌; 基因芯片; 差異表達基因; 生物信息學(xué)

【Author′s address】 The Fifth Affiliated Hospital, Guangzhou Medical University, Guangzhou, 510700, China

胃癌是常見的惡性腫瘤之一，發(fā)病率和致死率居各種惡性腫瘤前列[1]。胃癌的發(fā)病是個復(fù)雜的生物學(xué)過程，包含多個基因共同作用、各種腫瘤相關(guān)通路的激活，并伴隨著復(fù)雜的分子機制[2]。傳統(tǒng)的針對單個或數(shù)個基因與腫瘤相關(guān)性及生物學(xué)功能的研究雖然能夠發(fā)現(xiàn)某些基因在腫瘤形成過程中發(fā)揮作用，但效率低且不能較全面的探究胃癌形成過程中各種基因和通路的變化?！?br>