豬圓環病毒3型在瑞典豬群中的檢測和遺傳特征分析

張愛瓊，梁海英，曾智勇（編譯）

（貴州大學動物科學學院，貴州 貴陽 550025）

圓環病毒（PCV）是圓環病毒科圓環病毒屬無包膜單股環狀DNA病毒。從全球范圍來看，目前在豬群中鑒定出的有3種不同類型：PCV1、PCV2和PCV3，PCV1被廣泛認為是非致病性的，而PCV2與一系列豬圓環病毒疾病相關，導致廣泛的臨床癥狀，給全球豬生產造成嚴重經濟損失。豬圓環病毒3型（PCV3）是一種新型圓環病毒，首次在美國發現，隨后在中國、韓國、波蘭和意大利等國家檢出，其基因組大小為2 000 bp，主要編碼Rep和Cap蛋白。基于PCV3在許多國家和地區的廣泛流行，為了解瑞典是否有PCV3的存在以及其基因組特性，Ye等應用PCR技術對瑞典豬群進行檢測分析。

其 根 據 PCV3-US/SD2016（KX966193） 毒 株 設計2對 引 物（Rep-F 5'-TTTACGATAAACAACTGGA CCC-3'，Rep-R 5'-CATCTTCTCCGCAACTTCAG-3'，Cap-F 5'-CGTAGAAGTCTGTCATTCCA-3'和Cap-R 5'-AAGACGACCCTTATGCGG-3'）， 分 別 靶向PCV3的Rep基因和Cap基因，對1993年至2007年收集的49個存檔的淋巴結樣本的DNA[樣本之前已經針對PCV2、Torque teno sus病 毒（TTSuV） 和 豬 博 卡 病毒（P BoV）進行了研究]進行檢測，PCR反應體系如下 ：1×PCR 緩 沖 液，1.5 mM MgCl2，0.2 mM dNTP，0.2 mM每種引物和0.625 U AmpliTaq God DNA聚合酶。 反 應 程 序 為：95 ℃ 10 min；95 ℃ 15 s，55 ℃ 30 s，72 ℃ 35 s，35個 循 環 ；72 ℃ 5 min。 并 設 計 4條 引 物（Rep-F1 5'-CGAGAATTCCGAGATTGGCGAAGATTCC-3'Rep-R1 5'-CGAGAATTCTCTCGAGGTAATCCCCCT CT-3'，Cap-F1 5'-CGAGAATTCGCATAAGGGTCGTCT TGGAG-3'，Cap-R1 5'-CGAGAATTCTATGCGGAAAGT TCCACTCG-3'）擴增PCV3全基因組，將純化的PCR產物插入pJET載體（Thermo Fisher）中送到Macrogen公司進行測序，并運用生物信息學軟件DNAStar對PCV3測序序列進行編輯和拼接，運用MEGA 5.0軟件進行遺傳進化樹的構建與分析。

研究結果顯示，在49份樣品中檢測出有10份PCV3呈陽性，其中有1份不確定（只有Rep PCR呈陽性）；從2004年收集的樣品獲得一個PCV3基因組序列（PCV3/SWE84/2004）和一個微型PCV3樣病毒（MPCLV/SWE84/2004）基因組序列，GenBank登錄號分別為MG765473和MG765474。與先前報道的PCV3序列一樣，PCV3/SWE84/2004的長度為2 000 bp，包括編碼296個氨基酸 Rep蛋白和214個氨基酸 Cap蛋白的兩個開放閱讀框（ORF）。而MPCLV/SWE84/2004的長度只有839 bp，編碼假定的Rep蛋白和兩個未知功能的假定蛋白的ORF，但未鑒定到Cap蛋白，推測可能與PCV2樣截短和重新排列的基因組相似，當PCV3以高感染復數傳代時可能產生MPCLV，這可能導致有缺陷的干擾性病毒顆粒僅保留基因組復制所需的基本順式元件。蛋白質同源性分析發現，PCV3/SWE84/2004和MPCLV/SWE84/2004與中國的PCV3 Guangdong-HY1/2016株（MF589102）同源性最高為100%，與其他國家的PCV3同源性在99%～100%之間，與PCV1和PCV2同源性在24%～44%之間。遺傳進化樹分析顯示PCV3/SWE84/2004和MPCLV/SWE84/2004與PCV3/CN/Guangdong-HY1/2016（MF589102）和PCV3-US/MN2016（KX898030）遺傳關系最近，與PCV1和PCV2遺傳關系相距較遠。此外，在10份PCV3陽 性 樣 品 中 有 70% 的 PCV3 陽 性 豬 分 別 與TTSuV1 和 TTSuV2 共感染，50% 與 PBoV 共感染。

總之，其首次在瑞典豬群中檢測到PCV3的存在，并且使用的樣品是在1993年至2007年期間的，表明該病毒已經在瑞典流傳了很長一段時間，最近才被發現。由于豬中鑒定出其他“新”病毒如PBoV，PCV3和MPCLV，因此了解這些共同感染可能對豬的潛在作用，建立體外和體內實驗系統結合臨床病理至關重要。

編譯自：Ye等. Virus Genes (2018) 54：466-469