2000 年廣東省九屆人大常委會十三次會議通過《關于加快自然保護區建設的決議》。議案實施 10年來,廣東新建自然保護區300 個,使全省自然保護區總數達到360 個,其中,國家級11 個、省級66 個、市縣級283 個;投入2.3 億元改善182 個自然保護區的基礎設施,建立了自然保護區管理體系,不斷完善自然保護區建設管理措施,廣泛開展宣傳交流,完成了議案確定的自然保護區建設目標任務。2011年3月30日,廣東省第十一屆人民代表大會常務委員會第二十五次會議同意予以結案。
目前,廣東已建立各級海洋保護區 63 個,其中,海洋自然保護區 56 個(國家級保護區 7 個,省級保護區7 個,市縣級保護區42 個),國家級海洋公園4 個,國家級水產種質資源保護區3 個。海洋保護區總面積49.57 萬公頃。
1983 年,廣東省人民政府批準建立雷州白蝶貝省級自然保護區;2003 年設立了保護區管理處,配備專職管理人員;2008 年,經國務院批準,保護區晉升為國家級;2012 年,經廣東省編辦批準更名為“廣東雷州珍稀海洋生物國家級自然保護區”。保護區位于雷州市西部的企水漁港至烏石漁港之間海域,面積 46864.67 公頃,主要保護對象為珍稀瀕危海洋生物及其棲息地,包括儒艮、中華白海豚、大珠母貝(白蝶貝)、文昌魚、綠海龜、棱皮龜、玳瑁、江豚、寬吻海豚、熱帶點斑原海豚、真海豚、灰海豚、斑海豹和布氏鯨等國家Ⅰ、Ⅱ級重點保護動物,以及珊瑚礁、海藻場與紅樹林等典型海洋生態系統。

廣東內伶仃島—福田自然保護區位于珠江口伶仃洋東側,總面積 921.64 公頃,由內伶仃島、福田兩個分區組成,屬森林與濕地類型自然保護區。據悉,內伶仃島保護區保存著較完整的南亞熱帶常綠闊葉林,有野生維管植物569 種,約占廣東維管植物種類的10.2%,其中,白桂木、野生荔枝、野生龍眼等為國家重點保護野生植物。內伶仃島保護區主要保護對象為國家二級保護動物獼猴等珍貴動物,獼猴總數達 1200 多只。此外還有水獺、穿山甲、黑耳鳶、蟒蛇、虎紋蛙等重點保護動物。核心區面積約 178公頃,坐落在南峰坳—尖峰山—東角山的山脊線以南和西南部,至環島公路為界,是獼猴集中分布區域。

1985年6月,廣東省漁業行政主管部門批準成立惠東海龜自然保護區;1986年12月,經廣東省人民政府批準晉升為省級自然保護區;1992年10月,經國務院批準晉升為國家級自然保護區。保護區管理機構始建于1987年7月,省編辦批準成立惠東港口海龜自然保護區管理站;2002年4月,省編辦批準成立惠東港口海龜國家級自然保護區管理局。
惠東港口海龜國家級自然保護區位于廣東惠東縣稔平半島南端的大星山南麓,大亞灣與紅海灣交界處,面積1 800 公頃,其中陸地約200 公頃,海域約1600 公頃,主要保護對象為海龜及其產卵繁殖地,是亞洲唯一的海龜自然保護區。保護區核心區沙灘的特有粗砂環境為海龜上岸產卵提供了條件,是海龜的傳統產卵場,也是南海北部大陸沿岸唯一的海龜產卵場。


徐聞珊瑚礁自然保護區位于廣東省湛江市徐聞縣西部角尾鄉和西連鎮沿海,面積約 109平方公里,是中國目前連片面積大、種類集中多、保存完好的珊瑚礁自然資源。1999年,徐聞縣人民政府成立了自然保護區,加強該區珊瑚礁自然資源的保護;2002年經湛江市人民政府批準提升為市級自然保護區。經科研調查,徐聞珊瑚礁自然保護區的珊瑚品種已鑒定辨認的有 2目 17科 49種,尚待鑒別的有 2種,其中不乏珍稀種類,有些品種甚至是國內首次發現。

湛江紅樹林自然保護區始建于1990 年。2005 年,廣東湛江紅樹林國家級自然保護區管理局成立,下轄徐聞、雷州、遂溪、廉江、東海和麻章6 個管理站。
保護區由分布在雷州半島沿岸的72 個保護小區組成,總面積20278.8 公頃(其中天然紅樹林面積9000 余公頃),約占廣東紅樹林總面積 79%,是我國大陸沿海紅樹林面積最大、種類最多的自然保護區,屬森林與濕地類型自然保護區,主要保護對象為熱帶紅樹林濕地生態系統及其生物多樣性,包括紅樹林資源以及鄰近灘涂、水面和棲息于林內的野生動物。2002年 1月,保護區被列入“拉姆薩公約”國際重要濕地名錄,成為我國生物多樣性保護的關鍵性地區和國際濕地生態系統就地保護的重要基地。2005年,保護區被確定為國家級野生動物(鳥類)疫源疫病監測點、國家級沿海防護林監測點。
南澎列島自然保護區位于廣東省汕頭市南澳縣,海域總面積 35679公頃,分布于保護區內的海洋生物多達1308種,其中海洋脊椎動物314種。區內有國家Ⅰ、Ⅱ級保護動物17種及廣東省重點保護動物8種。經調查,分布于南澎保護區海域的海洋生物達 1308種,不僅是龍蝦、石斑魚、大黃魚、紫菜、頭足類、鯛科魚類等海珍品和重要經濟魚類的繁殖和育肥場所,而且是中華白海豚、江豚、鸚鵡螺、海龜、黃唇魚、海馬等多種珍稀保護水生野生動物的洄游和棲息海域。

珠江口中華白海豚國家級自然保護區位于珠江口水域內伶仃島至牛頭島之間,面積約460平方公里。1999年 10月由廣東省政府批準建立珠江口中華白海豚自然保護區,2003年6月由國務院正式批準晉升為國家級自然保護區。2007年 11月保護區加入中國生物圈保護區網絡,成為中國人與生物圈大家族中的一員。該保護區的建立不但最大限度的減少了人為干擾,在挽救瀕危的中華白海豚種群同時,也保護了珠江口水域自然環境的生物多樣性,修復了海洋生態系統,增殖了漁業資源,為經濟可持續發展提供了保障。
