滕思瑩,范琳華,張新民
(吉林大學,吉林長春130000)
人參是一種具有極高藥用價值和經濟價值的傳統中藥材,4000年前的醫學論著《神農本草經》中已有記載,目前在世界各地,作為滋補的食品添加劑或輔助治療的藥品使用。動物和細胞實驗結果表明,其活性成分人參皂苷的生物學和藥學功能包括神經保護、抗氧化、抗炎、抗腫瘤等。
人參皂苷是一種由30個碳原子組成四環三萜主環的固醇類化合物,人參或人參皂苷口服進入人體后,在消化系統以及腸道微生物的共同作用下,大部分最終降解掉苷元上所有的糖鏈,最終形成原人參二醇和原人參三醇。研究表明:二醇組比三醇組具有更強的抗腫瘤作用,此外,皂苷的糖鏈越少,抗腫瘤活性越強,因此,深入研究原人參二醇功能機制具有更高的藥用價值。
目前,對原人參二醇抗癌機制的報道,一般都是分析了幾個,或者是某個通路基因表達的變化,集中在某一方面,而從整體上來講,這些基因的相互作用關系與種類,主要集中在生物過程,尚未研究和總結。因此,在本研究計劃通過原人參搜索Pubmed、中國知網、萬方等數據庫中抗腫瘤相關報道,對上調和下調的基因進行查找,然后使用生物信息分析工具進行聚類富集,蛋白相互作用網,關鍵節點基因分析,對其抗癌機制進行揭示。
數據收集:在pubmed和中國知網中以“原人參二醇”為關鍵詞進行檢索,收集其與腫瘤相關基因。
生物信息學分析:使用Metascape進行富集聚類,string計算蛋白質相互作用網,結果導出后,使用cytoscape進行關鍵節點基因分析并作圖。
三大數據庫結果表明,原人參二醇在乳腺癌、結直腸癌、肺癌及多種腫瘤細胞中,表現為抑制腫瘤細胞生長,使多種細胞周期停滯在G1/S期,誘發細胞凋亡。匯總涉及基因表達變化的文獻,原人參二醇能夠上調Bax,BTG1,KLF4……下調bcl-2,cdk2,CDC25b……超過80個基因,這些基因屬于多個基因家族,不同的信號通路,功能復雜多樣。
將這些基因使用網站metascape的工具進行富集聚類分析,從結果可以看出,這些基因除了與細胞凋亡、細胞周期、衰老通路相關外,還與絲氨酸肽修飾、氧化應激、調節P53蛋白降解、氨基酸饑餓、肌肉細胞增殖、病毒感染等多方面密切相關。
將收集到的基因使用biostring對這些蛋白之間相互作用的網絡進行分析,并使用cytoscape作圖并找出最為重要的10個關鍵基因,發現引起變化的絕大部分基因,相互之間存在聯系,組成了一個網絡,只有幾個基因處于網絡之外,而相互聯系最緊密的關鍵基因能調控超過20多個信號通路。
據統計,當前的腫瘤發病率正逐年上升,目前治療方法主要是手術結合放化療治療,而中藥毒副作用小,是良好的輔助治療藥物,但是作用機制研究還需深入研究,這對于選擇敏感腫瘤類型,發現潛在的副作用,合理用藥具有重要意義。據所收集文獻報道表明:傳統中藥人參代謝產物原人參二醇,通過調控超過80多種基因的表達,表現出廣譜的特點。
通過生物信息學工具分析發現,這些基因形成了一個相互影響,精細調節的網絡,尤其是處于網絡中最為關鍵的10個基因,能夠調控多個信號通路,在腫瘤的發生發展過程中扮演著重要角色。例如,Akt1能夠原人參二醇引起變化的MTOR,BCL2,CDK1等28種基因發生相互作用,而這28種基因又可以與其他基因進一步相互作用,衍生出一個巨大的網絡,此外,AKT1 還參與到 PI3K-AKT,mTOR,Ras,凋亡,Rap1等多種信號通路中,這些與腫瘤密切相關。