應用Illumina MiSeq測序技術比較風干肉中細菌多樣性和微生物安全性

田建軍，張開屏，楊明陽，景智波，李權威，趙麗華，靳 燁,*

（1.內蒙古農業大學食品科學與工程學院，內蒙古 呼和浩特 010018；2.內蒙古商貿職業學院食品工程系，內蒙古 呼和浩特 010070）

風干肉是新疆、西藏和內蒙古西北地區非常有特色的一種傳統中式肉制品，生產加工歷史悠久，肉經風干之后，肉質松脆、口味獨特、食用方便、保藏期長，產品深受當地游牧民族以及全國各地消費者的喜愛。傳統自然風干肉制品是以牛、羊、馬等反芻動物新鮮肉為主要原料，在冬季適宜的低溫和通風良好的環境條件下，將牛羊肉割成小條，掛在陰涼處，經90～120 d自然晾曬、風干，去除肉中部分水分而形成的風味獨特的肉制品，它屬于自然條件下，依靠內源酶和有益微生物的作用，發生一系列生化變化而制成的一類肉制品[1-2]。在自然晾曬的過程中，來源于原料本身和環境中的微生物，特別是一些耐低溫的乳酸菌和葡萄球菌仍然具有代謝活力，代謝產酸、產細菌素，抑菌的同時產生蛋白酶和脂肪酶，通過這些酶對蛋白質和脂肪進行適當降解和氧化，賦予產品獨特的感官和食用品質，所以傳統的風干肉是一種自然發酵的、風味獨特的發酵肉制品。

乳酸菌是最早從發酵肉制品中分離出的微生物，是傳統發酵肉制品中重要的優勢菌群，與產品品質密切相關[3-4]。潘曉倩等[5]從農家自然發酵的腌臘肉制品中分離獲得1 株植物乳桿菌（Lactobacillus plantarum）10M-7，該菌株能迅速降低腌臘肉制品發酵初期產品的pH值，可有效抑制發酵產品中大腸桿菌和葡萄球菌的數量，提高食品的安全性能。也有研究發現，乳酸菌在降低產品pH值的同時能夠賦予產品獨特的發酵風味、改善產品組織結構、促進產品色澤與風味的形成[6]。同時，某些乳酸菌能產細菌素，抑制腐敗菌和致病菌生長繁殖[7-9]，降低產品中某些特定生物胺的含量[10-11]。然而，絕大多數的微生物不能夠被培養或者很難被培養，導致傳統的分離、純化、鑒定檢測結果不準確[12]。想要全面反映自然發酵過程中微生物活動的真實狀況，必須運用相對更加精確的技術來研究細菌群落結構變化的情況。

Illumina MiSeq高通量測序技術可對數百萬個DNA分子同時測序，根據16S rRNA基因序列分析特定環境中微生物群體的構成情況或基因的組成以及功能特性[13]，具有較高準確性和靈敏度等優勢[14]，現已被廣泛用于對許多發酵食品微生物群體結構的分析，如奶酪、蝦醬、酸馬奶等[15-17]。目前發酵食品微生物多樣性的研究是眾多學者研究的熱點，但對于傳統自然發酵的風干肉的微生物結構研究少之又少。自然發酵的風干類肉制品通常會有來自原料以及與風干肉制品生產環境相關的微生物，而細菌是參與發酵肉制品發酵的主要微生物，對產品品質起決定性作用，所以對自然發酵風干肉制品的細菌多樣性進行研究很有必要，可為產品的安全生產提供依據。

本研究為探究傳統發酵風干肉中細菌群落結構，在內蒙古和新疆地區選取品質最有代表性的樣品進行采集。對細菌16S rRNA基因序列進行高通量測序以及序列分析，進而闡述傳統特色風干肉制品中細菌種群多樣性，分析結果將對傳統風干肉制品中微生物菌群特征的研究及產品質量監控具有參考意義。

1 材料與方法

1.1 材料與試劑

根據樣品發酵方式將14 個樣品劃分為group A、group B、group C、group D四組，其中group A和group B為不同地區的自然發酵組，group C和group D為不同方式的人工調控組，詳細分組情況如表1所示。

表 1 樣品來源及加工方式Table 1 Information about meat product samples investigated in this study

QIAamp DNA Stool Mini Kit試劑盒 德國Qiagen公司；Phusion超保真DNA聚合酶 英國NEB公司；DNA Marker（DL9000、DL2000） 上海欣百諾生物科技有限公司；UltraSYBR Mixture 北京康為世紀生物科技有限公司；MiSeq Reagent Kit v3 美國Illumina公司。方式下的花青素-SPI共價聚合物與天然SPI的傅里葉紅外光譜圖進行比較。如圖3C所示，在添加同質量濃度（0.5 g/L）的花青素條件下，不同共價交聯方式處理花青素與SPI致使天然SPI酰胺I帶的紅外吸收峰發生藍移的程度也不同（生物酶法：1 634.38 cm-1藍移至1 631.97 cm-1；化學堿法：1 634.38 cm-1藍移至1 632.93 cm-1），這表明不同共價交聯方式可以不同程度地改變蛋白質的二級結構。

同時利用peakfit對蛋白的酰胺I帶進行去卷積，二階求導，采用Gauss面積法擬合曲線并計算得出蛋白質二級結構的種類與含量[29]，計算結果見表1。

表 1 花青素-SPI共價聚合物中蛋白的二級結構含量Table 1 Contents of protein secondary structures in the covalent conjugates of anthocyanin and SPI %

如表1所示，與天然SPI相比，所有添加花青素樣品的SPI的二級結構含量都發生了改變，其中α-螺旋和β-折疊含量降低，β-轉角和無規卷曲含量明顯升高（P＜0.05），這可能是由于蛋白質的α-螺旋和β-折疊逐漸轉換為β-轉角和無規卷曲。這與之前的研究[30]結果一致。在添加同質量濃度花青素條件下，生物酶法交聯得到的花青素-SPI共價聚合物比化學堿法交聯得到的聚合物增加β-轉角和無規卷曲含量的趨勢更加明顯（P＜0.05），這表明生物酶法共價交聯作用比化學堿法共價交聯作用解折疊蛋白質二級結構的能力更強，可以更大程度地使部分蛋白結構展開[15]。

2.4 紫外-可見光譜分析

圖 4 生物酶法和化學堿法條件下花青素與SPI共價聚合物的紫外-可見吸收光譜圖Fig. 4 UV-Vis absorption spectra of the covalent conjugates of anthocyanin and SPI under enzymatic and alkaline conditions

蛋白質的吸收光譜在290 nm左右處有一個主要的吸收峰，代表蛋白質的芳香族氨基酸π-π*躍遷[31]。如圖3所示，花青素的添加使SPI的紫外-可見吸收光譜峰值升高，且在同一種共價交聯方式條件下，SPI的吸收光譜峰值隨花青素的質量濃度升高而增加。但在同一質量濃度花青素條件下，生物酶法交聯的花青素-SPI共價聚合物比化學堿法交聯的聚合物峰值高。值得注意的是，花青素的添加不僅改變了SPI吸收光譜的峰值，而且使得SPI的紫外吸收光譜在290 nm波長處的峰位發生了藍移，尤其在花青素質量濃度為0.5 g/L，生物酶法交聯的聚合物峰位藍移最為明顯，由波長290 nm藍移至287 nm。

研究表明，蛋白質吸收峰峰值的大小主要反映了蛋白質分子與其他小分子的相互作用的強弱，而蛋白質吸收峰峰位的改變主要是由于蛋白質微環境的疏水性發生改變所引起的，并且蛋白質微環境疏水性的改變會引起蛋白質構象的變化[13]。根據圖4結果可知，花青素使SPI芳香族氨基酸處的微環境發生了改變，進而誘導SPI多肽鏈伸展，發生解折疊。同一共價交聯方式下，隨著花青素質量濃度升高，花青素與SPI的共價相互作用越強；而同一質量濃度花青素條件下，生物酶法交聯比化學堿法交聯更能促進花青素與SPI的共價相互作用。

2.5 熒光光譜分析

圖 5 生物酶法和化學堿法條件下花青素與SPI共價聚合物的熒光光譜圖Fig. 5 Emission fluorescence spectra of the covalent conjugates of anthocyanin and SPI under enzymatic and alkaline conditions

蛋白質被認為具有固有的發射熒光，主要是由于它們的色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸殘基。激發波長為280 nm時，苯丙氨酸可以忽略，當這些芳香族殘基暴露于不同的溶劑條件下時，熒光發射光譜特征會改變[13]。如圖5所示，花青素與SPI的共價交聯使得SPI的熒光強度發生了猝滅現象，并且花青素質量濃度越高，SPI的熒光強度猝滅現象越明顯。同一花青素質量濃度，生物酶法條件下花青素對SPI熒光強度的猝滅程度高于化學堿法條件。這說明生物酶法條件下和化學堿法條件下花青素與列鑒定聚類分析后，共得到466 975 條優化序列，每個樣品平均產生33 355 條優化序列。以抽到的序列條數（測序深度）與其所聚類得到OTU數（97%相似性）和Shannon指數繪制曲線，即可得到稀釋性曲線和Shannon指數曲線。

由圖1可知，OTU數隨著測序量的深入而增加，Shannon指數曲線也伴隨著持續上升。隨著逐漸增大測序量，OTU數沒有達到平衡仍有上升的趨勢，而Shannon指數曲線已經完全達到飽和狀態，這說明雖然隨著測序量的增加可能會有新的OTU和種系被發現，但是在此測序深度水平下，足以充分展現樣品中細菌的多樣性。對14 組發酵肉制品所含細菌進行高通量測序分析，當測序量低于10 000時，OTU數呈現顯著上升趨勢，說明此時的測序量仍有較多物種沒有被檢查到。當測序數量逐漸增加時，樣品的OTU數均增加，但趨勢趨于平緩，當測序深度達到40 000 條時，所有樣品OTU變化均已趨于平緩，隨著測序量的增加，細菌多樣性幾乎不再隨之發生變化，說明現有測序量已經可以反映出樣品中細菌豐度信息。

2.2 樣本OTU分布

圖 2 不同樣品OTU數與分布圖Fig. 2 Distribution of OTUs number in different samples

在97%相似水平下，對所有序列進行OTU劃分，OTU數可以反映出樣品中細菌的豐度[18]，由圖2可知，西藏山南市瓊結縣自然風干牛肉RQ_3的OTU數最多，說明所含有的細菌種類最豐富，共有OTU數為471，西藏林芝江達縣自然風干牛肉TR_1和TR_2的OTU數最為接近，分別為188和187。內蒙古烏拉特中期自然風干羊肉中細菌的種類相對豐富，BY_1、BY_2和BY_3的OTU數分布在361～265之間。內蒙古呼和浩特市采集的臘肉LR_2的OTU數為146，而在呼和浩特市采集的臘腸樣品L、LS_1和實驗室通過添加發酵劑進行工人調控的發酵香腸S_200和S_302的OTU分布在67～78 個之間。其中在同一環境條件下添加發酵劑的S_200和S_302較不添加發酵劑的對照組NS_1的OTU數要低。由此可見，通過添加發酵劑，可以減少發酵香腸中細菌的種類。這可能是發酵劑中乳酸菌快速產酸或產細菌素對其他微生物產生了抑制作用。美國的西式發酵香腸HT的OTU數相對較低，為60。新疆熏馬腸XMC的OTU數最低，僅為40，可能與生產工藝的煙熏有關。有研究表明，煙熏能夠選擇性地抑制腸膜明串珠菌（Leuconostoc mesenteroides）等腐敗微生物，延長保質期[19]。對以上14 個樣品細菌豐度進行比較，樣品中細菌豐度大致可歸為5 類，RQ_3樣品豐度值最高（471），樣品中細菌的多樣性程度明顯比其他樣品要高，BY_1次之（361），BY_2（265）和BY_3（286）、TR_1（188）和TR_2（187）基本相近，XMC（40）樣品豐度值最低，可見不同地區、相同地區不同的處理方法，樣品的細菌豐度分布差異較大。

Venn圖可用于統計多個樣本中共有和獨有的OTU數，本實驗選用相似度為97%的OTU，結果如圖3所示，可以直觀表現出樣本間OTU數組成的相似性及其重疊情況。

圖 3 樣品中細菌群落共享和獨有的OTU的Veen分析Fig. 3 Veen diagram representation of shared and exclusive OTUs from bacterial community in different samples

由圖3可知，西藏地區自然發酵樣品（group A）中OTU總數目為650，其中獨有的OTU數為322，內蒙古烏拉特中旗自然發酵樣品（group B）中OTU數為583，其中獨有的OTU數為245，group A和group B中共有的OTU數為291。人工調控實驗室自制樣品（group C）中OTU數為147，其中獨有的OTU數為1，人工調控市售樣品（group D）中OTU數為203，其中獨有的OTU數為30，group C和group D中共有的OTU數為91。group A、group B、group C、group D四組樣品中共有的OTU數為73。

結合圖2和圖3分析可知，自然發酵風干肉制品中細菌的種類比人工調控發酵肉制品豐富，人工調控過程中不添加發酵劑比添加發酵劑的細菌豐富。不經過煙熏比經過煙熏的細菌種類豐富。聚類出的OTU數表現出一定的地區差異性，在數量上基本表現為傳統自然風干肉＞人工調控風干肉、中式發酵肉制品＞西式發酵香腸、非煙熏發酵肉制品＞煙熏發酵肉制品。

Venn圖中多個樣本中共有和獨有的OTU數目，所包含的微生物序列數和所占比例如表2所示。由表2可知，樣本中OTU總數為975，包含的序列總數為466 975。其中4 組樣品（group A、group B、group C、group D）共有的OTU數為73，所包含的序列數為362 630，占比78%，所占比例最高，其中豐度值大于1%且豐度值由高到低的OTU分別為：OTU 1、OTU 5、OTU 2、OTU 3、OTU 7、OTU 12、OTU 9、OTU 6、OTU 8、OTU 13、OTU 10、OTU 11（表2）。

表 2 樣品中OTU數、序列數及其占比Table 2 OTU number, sequence number and their proportions in samples

表 3 主要OTU分布及物種信息Table 3 Main OTU distribution and species information

由表3可知，group A、group B、group C、group D四組樣品中，豐度值最高的為OTU 1，序列數占比為37%，物種信息為厚壁菌門（Firmicutes）乳桿菌屬（Lactobacillus）的清酒乳桿菌（Lactobacillus sakei），OTU 5和OTU 2所包含的序列數占比均為6%，物種信息分別為Firmicutes的葡萄球菌屬（Staphylococcus）和乳酸乳球菌屬（Lactococcus）的乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）。OTU 3包含序列占比為3%，物種信息為變形菌門（Proteobacteria）假單胞菌屬（Pseudomonas）的莓實假單胞菌（Pseudomonas fragi）。OTU 7包含序列占比為3%，屬于藍細菌門（Cyanobacteria）生物。OTU 4、OTU 12、OTU 9、OTU 6各自包含的序列數占比均為2%，其中OTU 4、OTU 12分別為Firmicutes的魏斯氏菌屬（Weissella）和腸球菌屬（Enterococcus），OTU 9、OTU 6分別為Proteobacteria不動桿菌屬（Acinetobacter）的約氏不動桿菌（Acinetobacter johnsonii）和Anaplasma屬的Anaplasma ovis。OTU 8、OTU 13、OTU 10、OTU 11序列數占比均為1%，其中OTU 13為Proteobacteria，其余OTU 8、OTU 10、OTU 11均為Firmicutes。由以上分析可知，樣品中微生物豐度高的物種主要集中在Firmicutes和Proteobacteria。Firmicutes中以Lactobacillus sakei為最高，其次為Staphylococcus和Lactococcus lactis。

2.3 Alpha多樣性指數分析

圖 4 微生物多樣性指數分析Fig. 4 Microbial diversity indexes

樣品的ACE指數和Chao1指數可以反映出樣品微生物群落分布豐度，由圖4可以看出，4 組樣品中group B的ACE指數和Chao1指數是最大的，這說明內蒙古烏拉特中期采集的風干肉中細菌物種豐度最高，且明顯高于group C和group D（P＜0.05）。樣品的Simpson和Shannon指數可以反映出樣品中微生物群落分布的多樣性，其中Shannon指數越大，表明微生物群落多樣性越高，而Simpson指數越大，表明微生物群落多樣性越低。由圖4分析發現，人工調控組的微生物結構明顯區別于自然發酵組，通過進一步對group A和group B的微生物多樣性進行Alpha多樣性分析，Anova分析說明4 組之間差異顯著（P＜0.01），兩兩分析結果顯示只有group B和group C、group B和group D之間差異顯著（P＜0.05），其他兩兩組間差異不顯著。

2.4 優勢菌在門水平上的群落結構與微生物安全性分析

圖 5 門水平物種分布柱狀圖Fig. 5 Phylum distribution statistics

不同樣品中細菌在細菌分類門水平上的分布情況如圖5所示。在自然發酵的6 個樣品中（TR_1、TR_2、RQ_3和BY_1、BY_2、BY_3）共鑒定出21 個細菌門，平均豐度值大于1%的有5 個門，分別為：Firmicutes 39%、Proteobacteria 40%、Bacteroidetes 14%、Actinobacteria 4%、Cyanobacteria 1%，這5 個菌門細菌含量占到測序序列總數的97%，另外在RQ_3、BY_1、BY_2和BY_3樣品中發現沒有劃分門（unclassified）的細菌，其平均豐度值為0.2%。在人工調控的8 個樣品中（NS_1、S_200、S_302、LS_1、LR_2、L、XMC、HT）共鑒定出14 個細菌門，平均豐度值大于1%的僅有3 個門，Firmicutes 92%、Proteobacteria 4%和Cyanobacteria 4%。從自然發酵和人工調控樣品細菌的分布情況來看，自然發酵樣品中Firmicutes、Proteobacteria、Bacteroidetes為優勢菌門，所占比例均超過了10%，人工調控樣品中僅Firmicutes為優勢菌群，所占比例高達92%。

革蘭氏染色反應陽性的Firmicutes和革蘭氏染色陰性的Bacteroidetes是人類腸道內的優勢有益菌。Haberman等[20]對359 名炎性腸病（inflammatory bowel disease，IBD）患者進行腸道菌群分析，發現IBD患者回腸中Firmicutes豐度降低，Proteobacteria豐度增加。這可能提示Firmicutes豐度降低與具有抗炎潛力的優勢菌豐度減少相關，Proteobacteria豐度增加與致病菌豐度增加相關。近些年來研究顯示，短鏈脂肪酸（short-chain fatty acids，SCFAs）主要包括乙酸、丙酸、丁酸，約占SCFAs總量的90%以上，對人體的健康有重要作用[21-22]。丙酸為是Bacteroidetes發酵的主要產物，丁酸主要由Firmicutes代謝產生[23-24]。由此推斷，菌群結構不同的發酵肉制品，乙酸、丙酸、丁酸等短鏈脂肪酸代謝產物有所差異，進而對維持機體健康影響產生不同影響。而Proteobacteria包括大腸桿菌、沙門氏菌、霍亂弧菌很多病原菌[25]，在某種程度上對風干肉具有潛在的危害性。因此，為控制這些安全隱患，可以從原料肉的處理、發酵環境、發酵溫度等生產工藝進行改進，將生產標準化、規范化以此降低有害微生物污染的風險。這對于保證風干肉的質量與安全，提高風干肉的品質和營養價值具有重要意義。

2.5 優勢菌在屬水平上的群落結構與微生物安全性分析

圖 6 屬水平物種分布柱狀圖Fig. 6 Genus distribution statistics

不同樣品中細菌在屬水平上的分布情況如圖6所示。自然發酵的6 個樣品（TR_1、TR_2、RQ_3和BY_1、BY_2、BY_3）共鑒定出241 個細菌屬，相對含量大于1.0%的屬有16 個，其中屬于Firmicutes和Proteobacteria的各為8 個。另外，unclassified的細菌總量占細菌菌群總量的37.99%。屬于Firmicutes的細菌屬分別為：Lactobacillus 4%、Staphylococcus 2%、動性球菌屬（Planococcus）2%、Jeotgalicoccus 2%、環絲菌屬（Brochothrix）1%、乳球菌屬（Lactococcus）1%、Atopostipes 1%、鏈球菌屬（Streptococcus）1%。屬于Proteobacteria的細菌屬分別為： Pseudomonas 9%、Acinetobacter 4%、紅孢子蟲屬（Anaplasma）3%、馬賽菌屬（Massilia）3%、嗜冷桿菌屬（Psychrobacter）2%、玫瑰色半光合菌屬（Roseateles）2%、鞘脂單胞菌屬（Sphingomonas）2%、食單胞菌屬（Stenotrophomonas）1%。人工調控的8 個樣品（NS_1、S_200、S_302、LS_1、LR_2、L、XMC、HT）共鑒定出102 個細菌屬，相對含量大于1.0%的屬有8 個，都屬于Firmicutes。另外，unclassified的細菌總量占到細菌菌群總量的6%。屬于Firmicutes的各菌屬分別為：Lactobacillus 62%、Lactococcus 9%、Staphylococcus 8%、Weissella 5%、Enterococcus 3%、環絲菌屬（Brochothrix）2%、球菌屬（Macrococcus）1%、明串珠菌屬（Leuconostoc）1%。

發酵肉制品在發酵和成熟過程中，乳酸菌和凝固酶陰性葡萄球菌（coagulase-negative staphylococcus，CNS）被認為是2 個主要的微生物，對發酵肉制品品質特性至關重要[26-27]。乳酸菌如清酒乳桿菌（L. sakei）和植物乳桿菌（L. plantarum）可以使發酵肉制品酸化，有些菌株可能也有蛋白酶和脂肪酶活性；CNS如木糖葡萄球菌（Staphylococcus xylosus）和肉葡萄球菌（Staphylococcus carnosus）具有較強的蛋白酶和脂肪酶活性，可以分解蛋白質和脂肪產生多肽、游離氨基酸和游離脂肪酸，對發酵肉制品的質地和風味起主要作用[28]。Tabanelli等[27]研究發現，S. xylosus和S. carnosus具有硝酸鹽還原酶活性，可以促進發酵肉制品的發色作用。Wang Xinhui等[29]研究發現S. xylosus具有胺氧化酶活性而可以有效地降低組胺和其他生物胺的含量。

自然發酵與人工調控樣品細菌多樣性在屬水平上差異顯著（P＜0.05）。作為許多食品自然發酵過程中的優勢菌群，乳酸菌被認為是安全的[30]，其他菌屬可能存在安全隱患。Proteobacteria的銅綠假單胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是一種常見的條件致病菌，屬于非發酵革蘭氏陰性桿菌[31]。Proteobacteria的靜止嗜冷桿菌（Psychrobacter immobilis）屬于革蘭氏陰性低溫貯存條件下的腐敗菌[32]。Acinetobacter屬鮑曼不動桿菌是條件致病菌，當機體抵抗力降低時易引起機體感染的革蘭氏陰性球桿菌。

3 結 論

本研究利用Illumina MiSeq第二代測序技術，從基因組的水平上解析風干肉制品微生物群落結構，突破了很多微生物尚不能利用培養基進行分離、純化培養的技術瓶頸，證實風干肉制品中確實存在一定豐度的細菌，屬于微生物參與發酵的發酵肉制品，顯示出高通量技術在風干肉制品微生物研究中的可行性及明顯優勢，通過探討風干肉中的細菌群落組成，可以把握風干肉中優勢菌群的分布情況，了解優勢菌群會對風干肉的質量與安全以及品質產生的影響，可為其他研究者開展同類研究提供參考。

本研究共獲得466 975 條優化序列，每個樣品平均產生33 355 條優化序列。OTU數最多的為471，最少的為40，平均為170。對風干肉進行微生物多樣性分析后在自然發酵的6 個樣品中（group A和group B）共鑒定出21 個細菌門，平均豐度值大于1%的有5 個門，分別為Firmicutes（39%）、Proteobacteria（40%）、Bacteroidetes（14%）、Actinobacteria（4%）和Cyanobacteria（1%），這5 個菌門的含量共占到測序序列總數的97%。在人工調控的8 個樣品中（group C和group D）共鑒定出14 個細菌門，平均豐度值大于1%的僅有3 個門，分別為 Firmicutes（92%）、Proteobacteria（4%）和Cyanobacteria（4%）。其中Firmicutes為自然發酵和人工調控樣品共同的優勢菌群。自然發酵與人工調控樣品分別鑒定出241 個和102 個細菌屬，細菌多樣性在屬水平上差異顯著（P＜0.05）。人工調控的8 個樣品（NS_1、S_200、S_302、LS_1、LR_2、L、XMC、HT）相對含量大于1.0%的屬有8 個，都屬于Firmicutes。自然發酵的6 個樣品（TR_1、TR_2、RQ_3和BY_1、BY_2、BY_3）相對含量大于1.0%的屬有16 個，其中屬于Firmicutes和Proteobacteria的各為8 個。Proteobacteria中的Pseudomonas、Acinetobacter、Psychrobacter中革蘭氏陰性菌多為致病菌或腐敗菌，對發酵制品存在安全隱患。

我國傳統的風干肉是大眾化的即食肉制品。但是多數地區風干肉在生產過程中對原料肉不做殺菌處理，衛生質量主要依靠原料肉自身和周邊的環境條件，原料肉容易被致病菌或腐敗菌的污染。因此，發酵肉制品因被致病菌或腐敗菌污染而引起的風險應該被廣泛關注。