廣東雷州雜草稻黑殼基因Bh4和紅皮基因Rc的基因型鑒定

夏啟玉 趙輝 賀萍萍 張麗麗 楊小亮 肖蘇生 張雨良 郭安平

摘? 要：為測定雷州雜草稻的黑色穎殼基因Bh4和紅色果皮基因Rc的基因型，本研究對雷州10個雜草稻群體的100個單株的種子的穎殼和果皮顏色進行表型觀察，同時通過PCR擴增及序列分析對Bh4和Rc的基因型進行鑒定。結果表明，雷州雜草稻中黑色穎殼和黃色穎殼的種子幾乎各占一半，果皮顏色則以紅色為主，有少量白色和淺紅色果皮的種子。雷州雜草稻的Bh4和Rc的基因型與表型鑒定結果一致。57份黑色穎殼雜草稻的Bh4基因型為39個野生型和18個雜合型，25份黃色穎殼和18份黃色帶黑斑穎殼雜草稻的Bh4基因型均為缺失22 bp的突變型;90份紅色果皮雜草稻的Rc基因型為73個野生型和17個雜合型，4份白色和6份淺紅色果皮雜草稻的Rc基因型均為缺失14 bp的突變型。本研究為分析雷州雜草稻的Bh4和Rc基因的來源提供了分子基礎。

關鍵詞：雜草稻;黑殼基因;紅皮基因;基因型鑒定

中圖分類號：S511? ? ? 文獻標識碼：A

Abstract： In order to determine the genotypes of the black hull gene Bh4 and red pericarp gene Rc of weedy rice （Oryza sativa f. spontanea） in Leizhou， the color of seed hull and pericarp of 100 individual plants from 10 weedy rice populations in Leizhou were observed， and the genotypes of Bh4 and Rc genes were identified by PCR amplification and sequence analysis. The seeds of black and yellow hull accounted for nearly half respectively in weedy rice of Leizhou， and the color of the pericarp was mainly red， with a small number of white and light red pericarp seeds. The genotypes of Bh4 and Rc in weedy rice of Leizhou were consistent with those of phenotype identification. The Bh4 genotypes of 57 black hull weedy rice were 39 wild type and 18 heterozygous type， and that of 25 yellow hull and 18 yellow with black spots hull weedy rice were all 22 bp deletion mutant. The Rc genotypes of 90 red pericarp weedy rice were 73 wild type and 17 heterozygous， and that of 4 white and 6 light red pericarp weedy rice were all 14 bp deletion mutant. This study provides a molecular basis for the analysis of the origin of Bh4 and Rc genes of weedy rice in Leizhou.

Keywords： weedy rice （Oryza sativa f. spontanea）; black hull gene; red pericarp gene; genotype identification

DOI： 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.12.005

雜草稻（Oryza sativa f. spontanea）廣泛分布于世界各地的稻作產(chǎn)區(qū)，是一種形態(tài)上介于野生稻（Oryza rufipogon）和栽培稻（Oryza sativa）之間的稻田伴生雜草，在一些稻區(qū)已成為僅次于稗草和千金子的第三大雜草。我國自古就有雜草稻的記載，如江蘇的“稆稻”“穞稻”，廣東的“落禾”“野禾”，海南的“鬼禾”等。研究表明，黑色穎殼、紅色果皮、易落粒等是普通野生稻的基本特征，而栽培稻主要為黃色穎殼和白色果皮，難落粒。我國雜草稻的表型豐富多樣，一些雜草稻與野生稻相似，具有紅色果皮、黑色穎殼等特征，部分雜草稻則具有栽培稻的黃色穎殼和白色果皮。因此，鑒定雜草稻的黑色穎殼和紅色果皮的基因型對探索我國雜草稻的來源有重要的意義。

穎殼顏色是野生稻和栽培稻分化的重要表型鑒定指標之一。Maekawa[1]報道了水稻黑色穎殼性狀由3對互補基因Bh-a、Bh-b和Bh-c共同調(diào)控。Gu等[2]發(fā)現(xiàn)了控制水稻穎殼顏色的2個QTL，位于第4染色體上的qHC4是1個主效基因，而第7染色體上的qHC7則起修飾作用。譚祿賓等[3]和鄧偉等[4]以野生稻為研究材料，將黑色穎殼基因定位在第4染色體長臂端，為顯性單基因控制。黃大輝等[5]發(fā)現(xiàn)廣西普通野生稻的黑色穎殼性狀也受顯性單基因控制。Zhu 等[6]克隆了控制普通野生稻黑色穎殼的基因Bh4 ，栽培稻的Bh4 基因的第3外顯子上有1個22 bp的缺失，導致該蛋白功能的喪失，使得穎殼變?yōu)辄S色。另有研究認為水稻黑色穎殼性狀受2對互補基因Bh4 和Phr1控制，只有當這2個基因都為野生型時，穎殼才表現(xiàn)為黑色[7-9]。

紅色果皮也是普通野生稻和雜草稻的基本特征之一。水稻的紅色果皮受2對互補基因Rc和Rd控制[10]。Rc是水稻果皮原花色素積累途徑中的調(diào)節(jié)基因之一，是調(diào)控水稻紅色果皮最重要的基因，Rc全長約6.4 kb，位于第7染色體上，編碼1個具有bHLH結構域的調(diào)節(jié)蛋白[11-12]。絕大部分水稻白米品種中的Rc基因第7個外顯子存在14 bp缺失（rc型），小于3%的白米品種中的Rc等位基因不存在14 bp缺失，而是第7個外顯子存在1個單堿基突變（Rc-s型）。rc和Rc-s基因型的水稻因序列突變而提前終止翻譯，無法產(chǎn)生完整的蛋白，導致花青素無法合成，從而表現(xiàn)為白色果皮[12-13]。

本研究根據(jù)已知的Bh4和Rc基因序列設計了針對缺失位置的特異性引物，對雷州10個雜草稻群體的100株雜草稻種子的Bh4 和Rc的基因型進行了鑒定，探索雷州雜草稻Bh4和Rc基因的來源。

1? 材料與方法

1.1? 材料

1.1.1? 材料? 雜草稻種子來自廣東雷州市雜草稻發(fā)生嚴重的10塊稻田（1：調(diào)風鎮(zhèn);2：雷高鎮(zhèn);3：雷高鎮(zhèn);4：南興鎮(zhèn);5：南興鎮(zhèn);6：南興鎮(zhèn);7：唐家鎮(zhèn);8：唐家鎮(zhèn);9：松竹鎮(zhèn);10：北和鎮(zhèn)），每個稻田10個單株，每株1個單穗，共100份雜草稻種子[14]。

1.1.2? 試劑? 植物基因組DNA提取試劑盒和PCR產(chǎn)物回收試劑盒購自天根生化科技有限公司，PrimeSTAR? Max DNA Polymerase購自TaKaRa公司，引物合成及測序由上海英駿生物技術有限公司完成，其他試劑均為國產(chǎn)分析純。

1.2? 方法

1.2.1? 雜草稻種子穎殼和果皮顏色的表型鑒定? 取100份雜草稻的種子，手工剝殼，對種子的穎殼顏色和果皮顏色進行表型觀察。

1.2.2? DNA提取? 由于雜草稻有一定的異交率，種子的基因型可能與母本的基因型不一致，因此本研究取穎殼用于DNA提取。取6～10粒種子的穎殼，用液氮研磨，采用植物基因組提取試劑盒進行DNA提取，DNA的濃度與質(zhì)量采用NanoDrop 2000超微量紫外分光光度計測定，濃度為10 ng/μL以上，且OD260/OD280值在1.7～1.9之間的DNA樣品可作為后續(xù)PCR的模板，否則重新提取。并于–20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2.3? 引物設計、PCR擴增及序列分析? 從NCBI（national center for biotechnology information）數(shù)據(jù)庫中下載普通野生稻‘W1943的Bh4基因（GenBank：FQ377546）和普通野生稻‘IRGC105491的Rc基因（GenBank：DQ204737）的序列，分別選取Bh4和Rc基因的缺失突變位點兩側150～500 bp范圍內(nèi)的序列設計引物，PCR產(chǎn)物通過瓊脂糖凝膠電泳檢測條帶亮度和特異性，分別篩選出1對擴增效率高且特異性好的引物。引物名稱、序列及預期片段大小見表1。

PCR擴增使用PrimeSTAR? Max DNA Polymerase，反應體系包括：PrimeSTAR Max Premix 12.5 μL，引物（10 μmol/L）各1 μL，模板DNA 1 μL，加滅菌水至25 μL。反應條件為：95 ℃預變性5 min;98 ℃ 10 s，55 ℃ 15 s，72 ℃ 30 s，共35個循環(huán);72 ℃延伸7 min。PCR產(chǎn)物在2%的瓊脂糖凝膠上電泳檢測，產(chǎn)物回收后送上海英駿生物技術有限公司測序。Bh4基因的PCR產(chǎn)物用引物Bh4D-R7進行反向測序，Rc基因的PCR產(chǎn)物用引物RcD-F1進行正向測序，通過測序峰圖來判斷序列是否存在雙峰，并將測序結果與Bh4和Rc的序列進行BLAST比對分析，查看目標序列是否存在缺失，序列比對使用的軟件為DNAMAN。

2? 結果與分析

2.1? 種子穎殼和果皮顏色的表型鑒定

取雷州的100份雜草稻的種子，觀察記錄穎殼顏色，手工剝殼觀察果皮顏色。雷州雜草稻種子的表型豐富多樣，穎殼顏色可分為：黑色、黃色和黃色帶黑斑;果皮顏色可分為紅色、淺紅色和白色（圖1）。在這100份雜草稻中，黑色穎殼的有57份，黃色穎殼的有25份，黃色帶黑斑穎殼的有18份;紅色果皮的有90份，淺紅色果皮的有6份，白色果皮的有4份。而在57份黑色穎殼的種子中，有49份為紅色果皮，5份為淺紅色果皮，3份為白色果皮;在25份黃色穎殼的種子中，有23份為紅色果皮，淺紅色果皮和白色果皮各有1份;而18份黃色帶黑斑穎殼的種子均為紅色果皮。由此可見，雷州的黑色穎殼和黃色穎殼的雜草稻幾乎各占一半，以紅色果皮的雜草稻為主。

將雷州雜草稻的穎殼和果皮顏色的表型按群體來分類，發(fā)現(xiàn)雷州的10個雜草稻群體中，有7個群體以黑色穎殼表型為主，黑色穎殼的雜草稻數(shù)量>60%，分別是群體1～4和群體7～9;剩下3個群體則以黃色穎殼（含黃色帶黑斑）為主，黃色穎殼的雜草稻數(shù)量>80%。雷州的雜草稻群體都是以紅色果皮表型為主，每個群體的紅色果皮雜草稻數(shù)量均>60%。群體2和3中有白色果皮，群體2、6、7和9中有淺紅色果皮，其中群體2既有白色果皮也有淺紅色果皮。

2.2? Bh4基因型的鑒定

將Bh4基因的PCR產(chǎn)物通過瓊脂糖凝膠電泳進行檢測，由于PCR產(chǎn)物較小，通過條帶大小可初步判斷出目標基因為野生型（Bh4）或突變型（bh4：缺失22 bp），但雜合型（Bh4/bh4）的判斷有一定難度。將PCR產(chǎn)物回收，送上海英駿生物技術有限公司測序，得到約160 bp/140 bp左右的核苷酸片段序列。查看測序峰圖，發(fā)現(xiàn)部分序列約110 bp處存在后雙峰，說明存在雜合型Bh4/bh4。查看這100份雜草稻Bh4基因的測序峰圖，發(fā)現(xiàn)雜合型的有18個。將測序峰圖無雙峰的序列與野生稻‘W1943的Bh4序列進行比對，發(fā)現(xiàn)野生型Bh4有39個，突變型bh4有43個，與PCR產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠電泳的判斷結果一致。雷州的100份雜草稻中，野生型Bh4基因的比例為39%，突變型bh4基因的比例為43%，雜合型Bh4/bh4基因的比例為18%。

2.3? Rc基因型的鑒定

將Rc基因的PCR產(chǎn)物通過瓊脂糖凝膠電泳進行檢測，通過條帶大小難以判斷出目標基因為野生型（Rc）或突變型（rc：缺失14 bp）。將PCR產(chǎn)物回收，送上海英駿生物技術有限公司測序，得到約260 bp/245 bp左右的核苷酸片段序列。查看測序峰圖，也發(fā)現(xiàn)部分序列約180 bp處存在后雙峰，說明存在雜合型Rc/rc。查看這100份雜草稻Rc基因的測序峰圖，發(fā)現(xiàn)雜合型的有17個。將測序峰圖無雙峰的序列與普通野生稻‘IRGC105491的Rc序列進行比對，發(fā)現(xiàn)野生型Rc有73個，突變型rc有10個。雷州的100份雜草稻中，野生型Rc基因的比例為73%，突變型rc基因的比例為10%，雜合型Rc/rc基因的比例為17%。

2.4? 雜草稻種子表型與Bh4和Rc基因型的比對分析

將雷州雜草稻群體的穎殼和果皮顏色與其基因型進行比對分析（表2），發(fā)現(xiàn)Bh4和Rc基因的雜合型分別表現(xiàn)為黑色穎殼和紅色果皮，說明這2個基因均為顯性基因，且18個Bh4雜合型的雜草稻和17個Rc雜合型的雜草稻中有9個相同。

從穎殼和果皮顏色的表型與基因型的比對可知，雷州10個雜草稻群體的穎殼顏色和果皮顏色的表型與基因型是一致的。黑色穎殼雜草稻的Bh4為野生型和雜合型，黃色和黃色帶黑斑穎殼雜草稻的Bh4均為突變型，說明黑斑可能為病斑或其它因素造成的。紅色果皮雜草稻的Rc為野生型和雜合型，白色和淺紅色果皮雜草稻的Rc均為缺失14 bp的突變型，且測序的序列中無其他堿基突變。前人研究報道了1個淺紅色果皮的Aus栽培稻，為Rc-S基因型[13]，本研究中的淺紅色果皮的雜草稻卻為rc基因型，推測可能是因為其Rc基因有其他的堿基突變，或者存在另外的控制果皮顏色的基因在起作用。

3? 討論

3.1? 水稻黑色穎殼基因Bh4

黑色穎殼是野生稻普遍的性狀之一，現(xiàn)在種植的栽培稻主要為黃色穎殼。控制水稻黑色穎殼的基因已經(jīng)定位到第4染色體上的Bh4，絕大部分黃色穎殼栽培稻的Bh4基因含有22 bp的缺失，此外，Bh4還有2種突變型也表現(xiàn)為黃色穎殼，Bh4基因的多種突變方式說明黃色穎殼可能存在多種起源[6]。研究還發(fā)現(xiàn)非洲黃色穎殼水稻的Bh4基因有3種不同于亞洲水稻的突變型[16]。

本研究中，雷州雜草稻的穎殼顏色的表型與Bh4基因型完全一致。黑色穎殼的雜草稻有57份，對應的Bh4為39份野生型和18份雜合型，對其中的1份黑色穎殼雜草稻的Bh4全基因進行了測序（數(shù)據(jù)未顯示），發(fā)現(xiàn)其與野生稻‘W1943的Bh4基因序列完全一致，說明雷州雜草稻的野生型Bh4基因很可能來源于野生稻。黃色穎殼（含黃色帶黑斑）表型的雜草稻有43份，對應的Bh4的基因型均為缺失22 bp的突變型，不存在其他2種突變型，說明雷州雜草稻的Bh4突變型基因可能有相同的栽培稻來源。雷州的Bh4基因的野生型和突變型雜草稻幾乎各占一半，但突變型Bh4基因的雜草稻主要集中在3個群體中，說明雷州10個群體的雜草稻的來源可能并不完全相同。

一些研究認為水稻的落粒性狀與黑色穎殼性狀是連鎖遺傳的[6， 17]。Bh4基因與水稻落粒主效基因sh4均位于第4染色體上，結合雷州雜草稻的sh4基因型[14]發(fā)現(xiàn)，雷州雜草稻中，除了Bh4和sh4都為野生型或都為突變型的雜草稻外，既有Bh4野生型和sh4突變型的雜草稻，也有Bh4突變型和sh4野生型的雜草稻，因此，推測Bh4和sh4基因是不完全連鎖遺傳的。

3.2? 水稻紅色果皮基因Rc

紅色果皮也是野生稻顯著的特征之一。rc和Rc-s為目前亞洲栽培稻種的馴化等位基因類型，絕大部分亞洲水稻白米品種為rc型[13]，非洲白色果皮栽培稻的Rc基因為rc-g1型[18]。還有2種rc基因的回復突變類型Rc-g和Rcr，恢復了紅色果皮表型[19-20]。此外，楊行海等[21]發(fā)現(xiàn)2個紅米稻的Rc為不同于以上類型的自然回復突變型。

國內(nèi)外學者對雜草稻的Rc的基因型進行了研究。Gross等[22]對Rc基因測序發(fā)現(xiàn)，美國雜草稻為Rc野生型，與Aus水稻和普通野生稻親緣關系更近。Cui 等[23]研究發(fā)現(xiàn)，馬來西亞雜草稻的Rc單倍型可能至少有3個不同的來源：紅色果皮野生稻、紅色和白色果皮栽培稻。李瀟艷[15]研究發(fā)現(xiàn)，江蘇省紅色果皮雜草稻Rc均為野生型，系統(tǒng)進化樹分析表明江蘇雜草稻最接近普通野生稻，其次是紅色果皮栽培稻;而我國白色果皮雜草稻則來源于當?shù)卦耘嗟九c雜草稻的基因交流。張樹林等[24]對Rc基因研究發(fā)現(xiàn)，紅色果皮雜草稻的Rc均為野生型，在粳稻區(qū)，白色果皮雜草稻可能由栽培稻退化返祖形成;在秈稻區(qū)，紅色果皮雜草稻可能由栽培稻之間或與野生稻雜交演化而來。

本研究中，雷州雜草稻的果皮顏色的表型與Rc基因型基本一致。紅色果皮雜草稻有90份，對應的Rc為73份野生型和17份雜合型，說明雷州雜草稻中Rc基因主要為野生型，可能來源于野生稻或紅色果皮栽培稻。白色/淺紅色果皮雜草稻有10份，對應的Rc基因型均為缺失14 bp的突變型（rc），無其他Rc基因型，說明雷州雜草稻中的突變型rc基因可能有相同的栽培稻來源。

3.3? 雷州雜草稻的來源分析

雜草稻的許多性狀均介于栽培稻和野生稻之間，這3個物種在進化上有密切的關聯(lián)。不同地區(qū)的雜草稻很可能有著不同的來源，一些研究表明我國雜草稻可能起源于秈梗雜交或栽培稻的去馴化[25-29]，而Sun等[30]研究發(fā)現(xiàn)亞洲高緯度地區(qū)的雜草稻起源于栽培稻的遺傳改良階段，即處于半馴化狀態(tài)。研究認為美國南部雜草稻有2種起源，一種為亞洲起源，起源于野生稻和栽培稻的雜交或Aus稻的去馴化;另一種為美國起源，來源于美國雜草稻之間或與栽培稻之間的雜交[31]。

本研究中，根據(jù)Bh4和Rc基因型來推測，雷州雜草稻的野生型Bh4來源于野生稻，野生型Rc來源于野生稻或紅色果皮栽培稻，突變型Bh4和Rc則來源于栽培稻。因此，雷州雜草稻中具有野生型基因（Bh4、Rc和sh4）的雜草稻可能來源于野生稻，可能是野生稻入侵農(nóng)田，或野生稻的基因漸滲入當?shù)仉s草稻，或野生稻與栽培稻的雜交后代。而具有突變型基因（Bh4、Rc和sh4）的雜草稻可能是栽培稻的去馴化或秈梗雜交后代，或者是栽培稻馴化基因漸滲入野生型基因雜草稻的后代。此外，雷州雜草稻中雜合型的Bh4、Rc和sh4的比例分別為18%、17%和15%[14]，說明雷州雜草稻之間或雜草稻與栽培稻之間有一定程度的基因交流，從而導致各種雜合性狀的雜草稻的產(chǎn)生，使得雷州雜草稻的表型豐富多樣。

參考文獻

Maekawa M. Geographical distribution of the genes for black hull coloration[J]. Rice Genetics Newsletter， 1984（1） ： 104-106.

Gu X Y， Kianian S F， Hareland G A， et al. Genetic analysis of adaptive syndromes interrelated with seed dormancy in weedy rice （Oryza sativa）[J]. Theoretical and Applied Genetics， 2005， 110（6）： 1108-1118.

譚祿賓. 云南元江普通野生稻滲入系的構建及野栽分化性狀的基因定位[D]. 北京： 中國農(nóng)業(yè)大學， 2004.

鄧? 偉， 周家武， 李? 靜， 等. 長雄野生稻黑殼基因的分子定位及遺傳研究[J]. 西南師范大學學報（自然科學版）， 2010， 35（3）： 186-190.

黃大輝， 劉? 馳， 馬增風， 等. 普通野生稻黑穎殼遺傳分析及育種利用初探[J]. 西南農(nóng)業(yè)學報， 2013， 26（3）： 839-842.

Zhu B F， Si L Z， Wang Z X， et al. Genetic control of a transition from black to straw-white seed hull in rice domestica tion[J]. Plant Physiology， 2011， 155（3）： 1301 -1311.

Kuriyama H， Kudo M. Complementary genes Ph and Bh controlling ripening black coloration of rice hulls and their geographical distribution[J]. Japanese Journal of Breeding， 1967， 17（1）： 13-19.

Yu Y C， Tang T， Qian Q， et al. Independent losses of function in a polyphenol oxidase in rice： Differentiation in grain discoloration between subspecies and the role of positive selection under domestication[J]. The Plant Cell， 2008， 20（11）： 2946-2959.

Fukuda A， Shimizu H， Shiratsuchi H， et al. Complementary genes that cause black ripening hulls in F1 plants of crosses between Indica and Japonica rice cultivars[J]. Plant Production Science， 2012， 15（4）： 270-273.

Nagao S， Takahashi M. Genetieal studies on rice plant， XXVII： Trial construction of twelve linkage groups in Japanese rice[J]. Journal of the Faculty of Agriculture， Hokkaido University， 1963， 53（1）： 72-130.

Furukawa T， Maekawa M， Oki T， et al. The Rc and Rd genes are involved in proanthocyanidin synthesis in rice pericarp[J]. Plant Journal， 2007， 49（1）： 91-102.

Sweeney M T， Thomson M J， Pfeil B E， et al. Caught red-handed： Rc encodes a basic helix-loop-helix protein conditioning red pericarp in rice[J]. Plant Cell， 2006， 18（2）： 283-294.

Sweeney M T， Thomson M J， Cho Y G， et al. Global dissemination of a single mutation conferring white pericarp in rice[J]. Plos Genetics， 2007， 3（8）： 121-133.

夏啟玉， 曹? 揚， 孔? 華， 等. 廣東雷州雜草稻sh4和qSH1基因的功能SNP位點序列分析[J]. 熱帶作物學報， 2020， 41（1）： 104-109.

李瀟艷. 中國雜草稻果皮色Rc基因位點的等位基因類型分析[D]. 南京： 南京農(nóng)業(yè)大學， 2013.

Vigueira C C， Li W， Olsen K M. The role of Bh4 in parallel evolution of hull colour in domesticated and weedy rice[J]. Journal of Evolutionary Biology， 2013， 26 （8）： 1738-1749.

張? 玲. 水稻紫黑色穎殼Pbh基因的遺傳分析與克隆[D]. 北京： 中國農(nóng)業(yè)科學院， 2011.

Gross B L， Steffen F T， Olsen K M. The molecular basis of white pericarps in African domesticated rice： Novel muta tions at the Rc gene[J]. Journal of Evolutionary Biology， 2010， 23（12）： 2747-2753.

Brooks S A， Yan W， Jackson A K， et al. A natural mutation in rc reverts white-rice-pericarp to red and results in a new，dominant， wild-type allele： Rc-g[J]. Theoretical and Applied Genetics， 2008， 117（4）： 575-580.

Lee D， Lupotto E， Powell W. G-string slippage turns white rice red[J]. Genome， 2009， 52（5）： 490-495.

楊行海， 農(nóng)保選， 夏秀忠， 等. 廣西地方稻種資源核心種質(zhì)紅色種皮全基因組關聯(lián)分析及鑒定兩個新的Rc等位基因[J]. 分子植物育種， 2017， 15（1）： 1-6.

Cui Y X， Song B K， Li L F， et al. Little white lies： Pericarp color provides insights into the origins and evolution of southeast Asian weedy rice[J]. G3-Genes Genomes Genetics， 2016， 6（12）： 4105-4114.

Gross B L， Reagon M， Hsu S C， et al. Seeing red： The origin of grain pigmentation in US weedy rice[J]. Molecular Ecology，2010， 19（16）： 3380-3393.

張樹林， 李? 娟， 董陳文華， 等. 亞洲雜草稻紅色果皮分子鑒定及其Rc-bHLH序列多態(tài)性分析[J]. 分子植物育種， 2015， 13（16）： 51-60.

Qiu J， Zhu J W， Fu F， et al. Genome re-sequencing suggested a weedy rice origin from domesticated indica-japonica hybridization： A case study from southern China[J]. Planta， 2014， 240（6）： 1353-1363.

邵? 菁， 戴偉民， 張連舉， 等. 江蘇省中部地區(qū)雜草稻遺傳多樣性及其起源分析[J]. 作物學報， 2011， 37（8）： 1324- 1332.

馬殿榮， 馬? 巍， 唐? 亮， 等. 吉林省雜草稻遺傳多樣性及起源的研究[J]. 沈陽農(nóng)業(yè)大學學報， 2012， 43（3）： 265-272.

Qiu J， Zhou Y J， Mao L F， et al. Genomic variation associated with local adaptation of weedy rice during de-domesti cation[J]. Nature Communications， 2017， 8： 15 323.

Liu P， Cai X X， Lu B R. Single-seeded InDel fingerprints in rice： An effective tool for indica-japonica rice classification and evolutionary studies[J]. Journal of Systematics and Evolution， 2012， 50（1）： 1-11.

Sun J， Ma D R， Tang L， et al. Population genomic analysis and de novo assembly reveal the origin of weedy rice as an evolutionary game[J]. Molecular Plant， 2019， 12（5）： 632- 647.

Londo J P， Schaal B A. Origins and population genetics of weedy red rice in the USA[J]. Molecular Ecology， 2007， 16（21）： 4523-4535.