OLR1 基因多態性及其與硒都黑豬產仔數性狀的關聯分析

喬 木，李康馳，吳俊靜，武華玉，周佳偉，梅書棋，彭先文

（湖北省農業科學院畜牧獸醫研究所∕動物胚胎工程及分子育種湖北省重點實驗室，武漢 430064）

產仔數性狀是影響豬繁殖性能的重要經濟性狀之一，對養豬業的經濟效益有著直接的影響。影響豬產仔數的因素有很多，如遺傳、環境以及品種等，遺傳是主要的影響因素。而豬產仔數性狀受多基因控制，并且其遺傳力較低，依靠傳統的育種方法周期長，進展緩慢。隨著分子生物學技術的發展，將分子標記輔助選擇育種與傳統育種相結合，可以有效加快豬繁殖性狀的選擇進程。因此，尋找影響母豬產仔數性狀的候選基因及關鍵分子遺傳標記，并將其用于標記輔助選擇育種，對提高母豬的繁殖性能具有重要意義。

氧化型低密度脂蛋白受體1 基因（Oxidized low-density lipoprotein receptor1，OLR1）具有結合和氧化低密度脂蛋白的作用［1］，有關該基因的研究主要集中于人類心腦血管系統的疾病［2-4］，在小鼠中主要影響甘油三酯的形成和脂肪細胞的分化［5-7］，在牛中有研究表明與牛乳脂率和牛肉品質相關，該基因在豬脂肪組織高表達并且與胴體和脂肪形狀相關［8，9］，但是未見與母豬產仔數性狀相關的報道。

本研究篩選鑒定了豬OLR1基因遺傳多態位點，并在硒都黑豬中進行了基因型分布檢測，將不同基因型與產仔數性狀進行了相關性分析，為豬的繁殖性狀標記輔助選擇育種提供新的分子標記。

1 材料與方法

1.1 試驗材料

采集355 頭硒都黑豬血樣（湖北省農業科學院畜牧獸醫研究所原種豬場），并收集其總產仔數（Total number born，TNB）和產活仔數（Number born alive，NBA）性狀記錄。

1.2 PCR 擴增、測序及SNP 篩選

采用Invitrogen 公司的DNA 提取試劑盒（PureLinkTMPro 96 Genomic DNA Purification Kit，K182104A）提取基因組DNA，按照說明書進行操作。

根據NCBI 中豬OLR1基因序列（GenBank 登錄號：NC_010447.5），采用primer 5 設計引物。上游引物：5"-AGCCGGGAGAACTGCTTG-3"，下游引物：5"-AGACCCACCATACCCTGT-3"，由北京奧科生物科技有限公司合成。

PCR 總反應體系（20 μL）：基因組DNA 1 μL，2×TaqPCR Mix 10 μL，上、下游引物（10 μmol∕L）各1 μL，滅菌ddH2O 7 μL。PCR 反應程序：94 ℃預變性3 min；94 ℃變性30 s，58 ℃退火40 s，72 ℃延伸20 s，34 個循環；72 ℃延伸10 min。PCR 產物以1.5% 瓊脂糖凝膠電泳檢測，將目的條帶利用生工生物工程（上海）有限公司的Gel Extraction Kit 試劑盒進行純化，純化產物送至北京奧科生物技術有限公司測序，序列比對篩選SNP。

1.3 多態性分布規律檢測

采用PCR 直接測序法在355 頭硒都黑豬群體中進行SNP 不同基因型的分布規律檢測。

1.4 統計分析

用SAS 9.1 統計軟件GLM 程序分析此多態位點的不同基因型與硒都黑豬總產仔數和產活仔數性狀的相關性。進行不同SNP 基因型組合的方差分析，并進行顯著性檢驗，所采用模型為：

式中，Yij為性狀表型值，μ為平均值，Gi為基因型效應（包括基因加性效應和顯性效應；加性效應用1、0 和-1 分別代表TT、TC 和CC 基因型，顯性效應用1、-1 和1 分別代表TT、TC 和CC 基因型）；Fj為豬場綜合效應；eij為殘差效應。

2 結果與分析

2.1 豬OLR1 基因多態性檢測結果

選取10 頭硒都黑豬基因組DNA 為模板，進行PCR 擴增，獲得片段長度238 bp（圖1）。

圖1 豬OLR1 基因部分序列PCR 產物

測序發現在此段序列的第70 bp 處存在T∕C 突變，與NCBI 中豬的基因組序列進行比對，發現位于基因組g.61808176 bp 處，存在TT、TC 和CC 3 種基因型（圖2）。

圖2 豬OLR1 基因g.61808176 處T/C 突變位點測序

2.2 豬OLR1 基因SNP 位點在硒都黑豬群體中的分布規律

在硒都黑豬群體中檢測OLR1基因g.61808176 T∕C 位點等位基因頻率和基因型分布規律如表1 所示。從表1 可以看出，存在TT、TC 和CC 3 種基因型，TT 基因型個體最多，T 等位基因占95.9%。

表1 OLR1 基因g.61808176 T/C 位點多態性分布規律

2.3 性狀關聯分析

在355 頭硒都黑豬群體中進行不同基因型與總產仔數和產活仔數性狀間的關聯分析，統計分析結果如表2 所示。由表2 可以看出，在硒都黑豬中，g.61808176 T∕C 位點的TT 基因型個體的總產仔數和產活仔數都極顯著高于TC 和CC 基因型個體（P<0.01），且加性效應達到極顯著水平（P<0.01），因此T 等位基因是優勢等位基因。

表2 豬OLR1 基因g.61808176 T/C 突變位點與繁殖性狀關聯分析

3 小結與討論

目前已報道的豬產仔數性狀相關基因有ESR、FSHβ、RBP4和PRLR等［10-12］；豬產仔數性狀相關的SNPs 如OPN基因第6 136 bp 處C∕A 突變［13］，BM?PR1B基因第6 外顯子595 bp 處的G∕C 和643 bp處的C∕T 突變等。隨著高通量測序技術的發展，越來越多與產仔數性狀相關的基因被發現［14］，但主效基因以及主效基因相關SNPs 研究較少［15］。

本研究鑒定獲得了豬OLR1基因g.61808176 處T∕C 突變位點，位于OLR1基因第四內含子的7 bp，在355 頭硒都黑豬中對不同基因型分布規律進行了檢測，發現T 等位基因占比最高。首次將不同基因型與產仔性狀進行了關聯分析，TT 基因型個體的總產仔數和產活仔數最高，其次為TC 基因型個體，CC基因型個體總產仔數和產活仔數都顯著低于TT 型個體，T 等位基因為提高豬產仔性能有利等位基因，在育種中選留TT 基因型和TC 基因型個體，有利于提高豬的繁殖性能，該分子標記可用于豬繁殖性狀標記輔助選擇。