梁敏敏 張華麗 陳俊宇 戴冬青 杜成興 王惠梅 馬良勇
利用CRSPR/Cas9技術創制抗稻瘟病香型早秈溫敏核不育系
梁敏敏#張華麗#陳俊宇 戴冬青 杜成興 王惠梅 馬良勇*
(中國水稻研究所水稻生物學國家重點實驗室/國家水稻改良中心,杭州 310006,#共同第一作者;*通信聯系人, E-mail: maliangyong@caas.cn)
【目的】創制新型抗稻瘟病香型早秈溫敏核不育系,為高產優質雜交水稻選育提供資源。【方法】利用CRISPP/Cas9技術在水稻稻瘟病基因、溫敏不育基因和香味基因的第1外顯子處設計靶位點,構建多基因表達載體pC1300-2×35S::g-g-g,轉化優質常規秈稻品種中早70,測序鑒定分析獲得純合陽性穩定株系。利用稻瘟病噴霧接種和打孔接種方法對稻瘟病基因的純合突變株系進行稻瘟病抗性鑒定,利用GC-MS技術對純合突變株系的香味物質2-乙酰-1-吡咯啉(2-AP)含量進行測定。【結果】在T0轉基因株系中,、和突變頻率分別為87.5%、80.0%和87.5%,突變類型多為雙等位突變。從T1代中篩選不含載體骨架的純合突變株系,獲得兩種三突變純合株系。稻瘟病接種結果表明,與野生型相比,T2代純合變異株系的抗性顯著提高。同時,接種后純合突變體株系內相關防衛基因的表達量顯著上調,ROS積累量也顯著增加。純合變異株系表現出典型的溫敏不育特性,基因的表達水平與野生型相比顯著降低,高溫下Ub4基因的表達水平明顯高于野生型。與野生型相比,在純合突變體植株中的表達水平顯著下調,并且香味物質2-AP含量極顯著增加。【結論】利用CRISPR/Cas9技術成功對和基因同時進行定向編輯,獲得了具有高抗稻瘟病的香型溫敏不育系,為高抗、香型不育系材料的選育提供參考,加快高產優質雜交水稻的選育。
水稻;CRISPR/Cas9;;;
水稻是世界上最重要的糧食作物之一,其產量與糧食安全密切相關[1]。與常規稻相比,雜交稻增產10%~20%[2-4]。雜交水稻的育種方法主要包括兩系法和三系法,兩系法相比于三系法具有簡化育種和制種程序的優勢[5],利用兩系法育成的兩系雜交稻組合近幾年推廣面積快速增長。但目前已育成的水稻兩系不育系中優質香型仍然比較少,尤其是適應當前市場需求、品質優良、抗性好且具有香味的兩系早稻不育系尚未見報道。
水稻兩系不育系可分為光敏核不育系(photoperiod-sensitive genic male sterile line, PGMS)和溫敏核不育系(thermo-sensitive genic male sterile line, TGMS),目前已經有多個兩系不育系相關基因被克隆報道,如溫敏不育基因~和光周期敏感不育基因~{Zhou, 2016 #624;陳日榮, 2020 #626}[2, 6-10]。其中,溫敏雄性不育基因應用最為廣泛,在我國兩系育種中有著非常重要的地位[11, 12]。編碼一個保守的RNA酶ZS1,能在不同溫度下降解3個泛素核糖體L40融合蛋白基因(Ub)的mRNA,保持Ub轉錄水平的平衡[12]。近年來,利用CRSIPR/Cas9技術編輯基因獲得了多個溫敏雄性不育材料,大大加速了兩系不育系的選育進程[2, 11, 13, 14]。
水稻的香味性狀為衡量大米品質的一個重要指標,是水稻品質改良的重要內容。研究表明,稻米的香味主要來源于揮發性物質2-乙酰基-1-吡咯啉(2-AP)[15],受第8染色體的基因調控[16]。當發生突變時,香味物質2-AP大量積累,稻米產生香味[17]。利用CRSIPR/Cas9技術,對水稻香味基因進行編輯,能夠獲得具有香味的水稻材料。
稻瘟病是水稻生產上危害最為嚴重的病害之一,稻瘟病菌生理小種極易發生變異,培育具有持久抗性的水稻品種具有重要意義。目前,已有35個水稻稻瘟病抗性基因被克隆[18-21]。其中,是隱性的抗病基因位點,編碼一個富含脯氨酸的蛋白,其突變后表現出非小種特異性的持久型抗性[22]。基于CRISPR/Cas9技術對基因進行編輯,能夠增強水稻對稻瘟病菌的抗性,上調防御機制相關基因的表達[23-26][14]。
CRISPR/Cas9系統是繼轉錄激活樣效應因子核酸酶(TALEN)技術和鋅指核酸酶(ZFN)技術之后的新一代基因定點編輯技術,利用CRISPR/Cas9技術可對目標基因進行插入或者刪除式的基因敲除[27]。自2013年以來,CRISPR /Cas9編輯系統作為植物遺傳改良的有效途徑,在包括小麥、玉米、水稻等作物在內的植物研究領域中的應用越來越多,極大地提高了育種效率[28, 29]。
本研究以優質常規早秈稻品種中早70為研究材料,利用CRISPR/Cas9技術對水稻稻瘟病基因、溫敏不育基因和香味基因同時進行編輯,高效獲得高抗稻瘟病的香型優質早稻兩系不育系,為水稻育種提供了有利的中間材料,有望助力優質雜交稻的選育。
遺傳轉化受體材料中早70為中國水稻研究所早稻育種課題組選育的優質早秈常規稻品系,全生育期112 d左右,產量與對照中早35相當,米質達部頒優質米二級標準。
遺傳轉化所獲得的轉基因材料種植于中國水稻研究所富陽基地轉基因指定種植區和溫室中,栽插密度為20cm×20 cm,常規水肥管理。用于不育系鑒定的冷水池溫度為23℃。
利用CRISPR-GE網站(http://skl.scau.edu.cn/ targetdesign/)進行gRNA靶位點的設計,靶位點的特異性通過Cas-OFFinder(http://www.rgenome.net/ cas-offinder/)分析和水稻基因組BLAST分析驗證,分別在、和的第1外顯子上設計靶位點序列(附表1)。載體構建的方法參照沈蘭等[30],構建好的多基因表達載體經測序驗證后交由武漢伯遠生物科技有限公司通過農桿菌介導法進行遺傳轉化。表達載體pC1300-Cas9和SK-gRNA中間載體由中國水稻研究所王克劍研究員惠贈。
為檢測、和靶位點突變情況,在靶點的5′端和3′端分別設計測序引物(附表1)。利用TPS方法[31]提取T03葉期葉片DNA,用特異性引物分別擴增、和靶點及附近序列,PCR產物送尚亞公司測序。以中早70基因組序列作為參照,利用在線軟件DSDecode(http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/)分析測序結果[32]。
提取T1植株3葉期的葉片DNA,利用測序引物篩選出3個基因均純合的T1代突變植株,自交收種獲得T2代,用于性狀觀察及鑒定。
對T2代純合突變體抽穗期性狀進行觀察記錄,
并于成熟期分別考查純合突變體植株和野生型株高、有效分蘗數、穗長、每穗粒數、結實率和千粒重。數據利用Excel 2010進行統計分析。
稻瘟病菌培養及孢子液配制參考Yang等[24]的方法,選用稻瘟病生理小種RB22用于稻瘟病接種。
噴霧接種:將3~4葉齡幼苗用透明的PVC膜做成卷筒狀密封,取配制好的孢子溶液噴霧使每個葉片上形成霧化的小水滴,用保鮮膜密封。在22℃下黑暗培養24 h后恢復正常光照周期培養5~7 d,調查發病情況。
打孔接種:用10 μL的滅菌槍頭在水稻葉片的葉脈邊緣打孔,吸取10 μL孢子懸浮液滴到葉片的打孔部位,接種葉片密封置于培養箱內培養7 d左右,對接種葉片進行拍照并統計病斑面積。取相同葉面積的病斑葉片提取DNA進行生物量檢測,通過實時熒光定量PCR分析真菌生物量[33]。以水稻()作為內參基因,用2法計算基因的相對表達量。
在稻瘟菌接種36 h后剪取野生型和純合突變體植株的葉片,檢測稻瘟病菌防衛相關基因的相對表達量。
活性氧測定參考Park等[34],取野生型和純合突變體植株葉片,使用0.5 cm打孔器在主葉脈兩側打孔,將葉片放入ddH2O中黑暗過夜處理。隨機選取每個樣品的3片葉片置于含有100 μL魯米諾(1 mol/L)、1 μL辣根過氧化物酶(1 mol/L)和1 μL幾丁質(1 mol/L)的1.5 mL的試管中,快速放入Glomax 20/20 Luminometer儀器中,每隔10 s檢測一次熒光,共監測20 min。ddH2O作為空白對照。

藍色字母表示靶點序列,紅色字母表示PAM序列。線條表示內含子,黑盒子代表外顯子。
Fig.1.Schematic diagram of the targeted sites ofand.
T2代純合突變體于5月21日播種于中國水稻研究所轉基因指定種植區,7月6日?20日為突變體幼穗敏感期,期間平均氣溫為30℃。純合突變植株發育至幼穗分化4期時,移至人工冷灌池,23℃處理20 d。在即將開花的小穗的上、中、下部各取2朵穎花,用1%的I2-KI對花粉進行染色,用顯微鏡觀察花粉育性。
取純合突變體植株和野生型成熟種子30 g,去殼并將糙米碾磨成米粉后,利用氣相色譜-質譜聯用儀分析種子中的芳香化合物2-AP含量。方法參照Hui等[35],檢測數據使用Excel進行分析。
為獲得三基因純合突變體植株,利用CRISPR/ Cas9技術分別在、和基因的第1外顯子上選取20 bp特異性較好的靶位點序列(圖1),并將其構建到中間載體上后再連接到表達載體中,最終構建成pC1300-2×35S:: g- g-g多基因表達載體,用于開展轉基因實驗(圖2)。

Hyg?潮霉素磷酸轉移酶基因;LB?載體左邊界;RB?載體右邊界;Cas9蛋白的啟動子是35S;sgRNA的啟動子為U3。
Fig.2.Schematic diagram of the pC1300-2×35S::g-g-gvector.
用載體特異引物Cas9-F/Cas9-R檢測轉基因苗篩選轉基因陽性株系,共獲得40株陽性轉基因苗。利用測序引物-F/R、-F/R和-F/R檢測(附表1)。結果表明,其中有35株在靶位點處發生突變,純合突變率為34.3%,純合突變率為28.6%,純合突變率為11.4%,其中和雙突純合率為11.4%,三突純合率為2.9%(表1)。

藍色字母表示靶點序列;紅色字母表示堿基插入;紅色連字符表示堿基缺失;+表示插入;―表示缺失;WT表示野生型。
Fig.3.Two types of homozygous triple mutants.
T1代植株3葉期時提取葉片DNA,利用、和的檢測引物進行PCR擴增,通過測序鑒定篩選出三基因純合突變植株。同時用Hyg-F/Hyg-R和Cas9-F/Cas9-R這兩對載體引物篩選剔除載體骨架的株系。最終獲得了兩種、和三基因純合突變植株(圖2),用于后續抗性鑒定和香味成分分析。
A?純合突變株系和野生型(WT)打孔接種;B?純合突變株系和野生型噴霧接種;C?野生型和純合突變株系的相對病斑面積;D?野生型和純合突變株系的真菌生物量;E?純合突變體及其野生型水稻相對表達量;F?野生型和純合突變株系防衛基因的相對表達量;G?野生型和純合突變株系ROS的積累量。數據為3次重復的平均數±標準誤;**表示差異達0.01顯著水平(檢驗)。
A, Punch inoculation of homozygous mutant lines and wild type.B, Spray inoculation of homozygous mutant lines and wild type.C, Lesion area of wild type and homozygous mutant lines.D, Relative fungal biomass of wild type and homozygous mutant lines.E.Relative expression levels ofin homozygous mutant lines and wild type; F, Relative expression levels of defense genesandin the wild type and the homozygous mutant lines.G, ROS accumulation in wild type and homozygous mutant lines.Data are shown as means ± SE of three biological replicates; **, Significant difference at 0.01 level(-test).
圖4 稻瘟病抗性鑒定
Fig.4.Identification of rice blast resistance.

表1 T0轉基因株突變情況統計
稻瘟病菌接種7 d后,對純合突變株系進行進行病情調查。打孔接種和噴霧接種結果均表明,與野生型相比,純合突變株的相對病斑面積顯著減小,并且稻瘟菌生物量顯著降低(圖4)。
利用qRT-PCR檢測純合突變株中的表達水平。結果顯示,與野生型相比純合突變株中的表達水平顯著降低(圖4-E)。另外,純合突變體植株中接種稻瘟病菌36 h后防衛基因和的表達量極顯著上調(圖4-F)。
為進一步研究純合突變體植株是否影響水稻基礎免疫水平,使用基于魯米諾的化學發光法檢測葉片ROS的積累情況。在幾丁質的誘導下,相較于空白對照,純合突變體植株的ROS積累量顯著高于野生型(圖4-G)。這些結果表明純合突變株系對稻瘟病的抗性增強。
在田間條件下,T2代純合突變株系與野生型相比,抽穗期延遲,有效分蘗明顯增加,但株高、穗長和每穗粒數明顯降低(表2,圖5);T2代純合突變株系花藥形態較細,花粉完全不育,表現出高溫不育的特性。
在冷水池條件下,對T2代純合突變株系的育性特征進行分析,發現純合突變體植株與野生型的花藥形態無差異(圖6-A),花粉育性基本正常,有少量的不育花粉存在,野生型結實率為81.9%,純合突變體#3和#20結實率分別為77.0%和75.1%,表現出低溫可育的特性(圖6-B~D)。與野生型相比,純合突變體植株葉片和幼穗中基因的表達水平顯著降低,并且高溫下Ub4基因的表達水平明顯高于野生型(圖6-E~F)。

表2 野生型和tms5純合突變體的農藝性狀
均值±標準差,=3.**表示差異達0.01顯著水平(檢驗)。
Means±SD,=3.**Significant difference at 0.01 level(-test).

A?野生型和純合突變體的株型,標尺為20 cm;B?野生型和純合突變體的花藥形態,標尺為0.5 cm;C?野生型和純合突變體的花粉育性,標尺為100 μm;D?野生型和純合突變體的穗,標尺為5 cm;E?野生型和純合突變體的結實率。數據為平均數±標準差,n=3;**差異達0.01顯著水平(t檢驗)。
Fig.5.Phenotype of the wild-type and homozygous mutant grown in field during the normal rice growing season.

A?野生型和純合突變體在冷灌處理條件下的花藥形態,標尺為0.5 cm;B?野生型和純合突變體在冷灌處理條件下的花粉育性,標尺為100 μm;C?野生型和純合突變體在冷灌處理條件下的穗子表型,標尺為5 m;D?野生型和純合突變體在冷灌處理條件下的結實率;E?在不同溫度下水稻葉片和幼穗TMS5基因的轉錄水平;F?野生型和純合突變體在不同溫度下UbL404的相對表達量。數據為平均數±標準差,n=3;*和**分別表示差異達0.05和0.01顯著水平(t檢驗)。
Fig.6.Phenotypes and expression ofandUb4 in wild type and homozygous mutant plants.

A―野生型(WT)和純合突變體Badh2基因的表達量;B―野生型和純合突變體的2-AP含量。平均數±標準差(n=3);**表示差異達0.01顯著水平(t檢驗)。
Fig.7.Expression ofand content determination of 2-AP.
純合突變體中基因的表達量相對野生型顯著下調(圖7-A)。進一步利用氣相色譜質譜聯用技術對野生型及純合突變體材料中的2-AP含量進行了測定分析(圖7-B)。結果發現,與野生型中早70相比,#3和#20純合突變體中的香味物質2-AP含量顯著提高,分別增加了0.092、0.132 mg/kg。該結果表明,利用基因編輯技術使基因突變,可造成表達水平降低,有效獲得具有香味性狀的新品種。
CRISPR/Cas9技術作為目前應用最為廣泛的基因編輯技術,為農作物的品種改良提供了更多的新路徑。Ma等[36]利用植物密碼子優化的基因構建出的CRISPR/Cas9載體系統,可以高效地對單子葉和雙子葉植物進行多基因編輯。Shen等[37]利用CRISPR/Cas9多基因編輯系統構建了一個針對水稻8個基因的載體,遺傳轉化發現這8個靶基因在T0代具有較高的突變效率,并出現與靶基因相關的多種表型。Li等[38]利用CRISPR/Cas9多基因編輯系統對水稻材料中的、和基因進行編輯,獲得的純合突變體表現出對稻瘟病和白葉枯病抗性增強的溫敏性核不育特性。Xu[25]利用CRISPR/Cas9基因編輯技術,對Pita、Pi21和ERF922基因進行突變獲得了能夠穩定遺傳和具有較高稻瘟病抗性的純合突變株系。Tao[39]利用CRISPR/Cas9介導的多重基因組編輯技術,獲得的、和三基因功能缺失的突變體顯著增強了稻瘟病和白葉枯的抗性。雖然并不影響稻米品質,但由于基因與一個稻米品質基因緊密連鎖,利用傳統育種將導入優良品種時難以避免連鎖累贅造成稻米品質的下降[40],而利用CRISPR/Cas9系統編輯稻瘟病基因創制的突變體,能夠在提高稻瘟病抗性的同時有效避免連鎖累贅所導致的米質下降。因此,CRISPR/Cas9介導的多基因編輯系統,可快速有效獲得多基因突變的純合突變體。
隨著生活質量的提高,人們對稻米品質的要求也越來越高,優質稻米成為選育品種追求的目標。香味是水稻品質的一項指標,香米由于具有獨特香味,深受消費者青睞,生產和市場價值較高[41]。優質不育系的選育作為優質雜交水稻選育的基礎,在生產上應用的帶有香味的優質不育系主要是三系的野香A、朝1A、渝香813A、廣泰A、粳香A等,但帶有香味的兩系不育系較少[42-46],育種目標多樣化,除了高產優質,還要考慮抗病性。
植物對抗病原菌侵入時,體內會激活免疫反應來抵御病原菌,進而增強植物的抗病性[47]。、、、、等防衛相關基因在防御稻瘟病中起重要作用[34, 48, 49],ROS是防御稻瘟病菌侵染的關鍵因素[46]。本研究所獲得的純合株系中和防衛基因表達極顯著上調同時ROS積累量也顯著增加,表明基因突變對稻瘟病的抗性顯著增強,在水稻的基礎免疫中也起著重要作用。
Barman[13]利用CRISPR/Cas9對中嘉早17的位點進行編輯,成功獲得了具有優良配合力的兩系不育系。陳日榮等[50]對6個粳稻和4個秈稻的基因進行敲除,獲得了相應的溫敏核不育系,并發現不同遺傳背景材料獲得的突變體的不育起點溫度不一樣。通過對Ub4mRNA的加工調控水稻在不同溫度下的雄性育性[12],本研究所獲得的純合突變體植株表現高溫不育、低溫可育的溫敏特性,并且的表達減少,高溫條件下Ub4的轉錄水平顯著增加,結果與前人一致。
前人研究表明,是控制稻米香味的一個重要基因,由15個外顯子和14個內含子組成,編碼甜菜堿醛脫氫酶,該酶抑制水稻香米主要成分2-乙酰基-1-吡咯啉(2-AP)的生物合成[51]。利用CRISPR/Cas9技術可成功地對基因進行編輯,并獲得香味顯著提高且無轉基因成分的純合突變體材料[52, 53]。因此,利用該技術對其進行編輯,可以創制出新的香型種質資源,我們通過參考邵高能等[54]的研究方法利用CRISPR/Cas9技術也成功地在早稻品種中早70中編輯了水稻香味基因,獲得了具有香味的純合突變體植株,所獲得的純合變異株系中2-AP含量雖然有所提高,但沒有其他研究人員[17, 54, 55]報道的2-AP含量高,這可能與受體材料的本身特性有關。
CRISPR/Cas9技術可以較容易地獲得多個基因定向改良的植株,在自交后代中獲得無選擇標記的株系,極大地加快育種的進程。利用CRISPR/Cas9 基因編輯技術敲除目標基因,編輯后的純合突變株系在主要農藝性狀上與野生型較相似。Nawaz等[26]利用CRISPR/Cas9基因編輯技術敲除,純合突變株系在主要農藝性狀如株高、穗長、每穗粒數、千粒重等與野生型都沒有明顯差異。孫慧宇等[53]利用CRISPR/Cas9技術編輯基因改良粳稻香味,對純合突變株系的主要農藝性狀進行考查,發現突變株系的穗數、每穗粒數、結實率及千粒重與野生型相比均沒有明顯差異。而對水稻溫敏不育基因進行編輯時,突變體均顯示出結實率和株高等均顯著降低的特性[13, 14]。
本研究利用CRISPR/Cas9多基因敲除系統對早秈稻品種中早70同時進行、和的定向編輯,通過對T2代純合突變體株系性狀考查發現目標性狀得到了改良,成功獲得高抗稻瘟病的香型優質早稻溫敏不育系純合突變株系,說明通過基因編輯技術定向改良水稻品種是完全可行的。但我們發現三基因純合突變株系的主要農藝性狀相比于野生型有顯著差異。與野生型相比,中早70的、和三基因純合突變株系除了目標性狀得到改良外,與不育系相關的性狀如分蘗數、株高及每穗粒數均有明顯的變化。由于本研究中獲取的純合突變基因型組合較少,因此無法詳細分析各種類型組合轉基因株系間差異,需要繼續篩選獲取、和各組合純合突變株系以便進一步的研究。
在線輔助性信息:附表1見《中國水稻科學》網站(http://www.ricesci.cn)。
[1] Song S, Wang T, Li Y, Hu J, Kan R F, Qiu M, Deng Y D, Liu P X, Zhang L C, Dong H, Li C X, Yu D, Li X L, Yuan D Y, Li L.A novel strategy for creating a new system of third-generation hybrid rice technology using a cytoplasmic sterility gene and a genic male-sterile gene[J]., 2021, 19(2): 251-260.
[2] Zhou H, He M, Li J, Chen L, Huang Z F, Zheng S Y, Zhu L Y, Ni E D, Jiang D G, Zhao B R, Zhuang C X.Development of commercial thermo-sensitive genic male sterile rice accelerates hybrid rice breeding using the CRISPR/Cas9-mediatedediting system[J]., 2016, 6(1): 1-12.
[3] 陳家彬, 林綱, 趙德明, 江青山, 賀兵, 張杰, 姜方洪.我國雜交秈稻選育進展[J].中國稻米, 2017, 23(1): 1-4.
Chen J B, Lin G, Zhao D M, Jiang Q S, He B, Zhang J, Jiang F H.[J].2017, 23(1): 1-4.(in Chinese with English abstract)
[4] Huang M.The decreasing area of hybrid rice production in China: Causes and potential effects on Chinese rice self-sufficiency[J]., 2022, 14: 267-272.
[5] Ashraf M F, Peng G, Liu Z, Noman A, Alamri S, Hashem M, Qari S H, Zoubi O M.Molecular control and application of male fertility for two-line hybrid rice breeding[J]., 2020, 21(21): 1-29.
[6] 陳鎮, 馬雪麗, 曾漢來.水稻光溫敏核不育調控基因及作用機理研究進展[J].世界科技研究與發展, 2015, 37(1): 97-104.
Chen Z, Ma X L, Zeng H L.Research progress on photoperiod-thermo-sensitive genic male sterile regulatory genes and their functional mechanism[J]., 2015, 37(1): 97-104.(in Chinese with English abstract)
[7] Zhou H, Liu Q, Li J, Jiang D, Zhou L, Wu P, Lu S, Li F, Zhu L, Liu Z, Chen L, Liu Y G, Zhuang C X.Photoperiod- and thermo-sensitive genic male sterility in rice are caused by a point mutation in a novel noncoding RNA that produces a small RNA[J]., 2012, 22(4): 649-660.
[8] Yu J, Han J, Kim Y J, Song M, Yang Z, He Y, Fu R, Luo Z, Hu J, Liang W, Zhang D.Two rice receptor-like kinases maintain male fertility under changing temperatures[J]., 2017, 114(46): 12327-12332.
[9] Fan Y, Yang J, Mathioni S M, Shen J, Yang X, Wang L, Zhang Q, Cai Z, Xu C, Li X, Xiao J, Meyers B C, Zhang Q., producing phased small-interfering RNAs, regulates photoperiod-sensitive male sterility in rice[J]., 2016, 113(52): 15144-15149.
[10] Ding J H, Lu Q, Ouyang Y D, Mao H L, Zhang P B, Yao J L, Xu C G, Li X H, Xiao J H, Zhang Q F.A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice[J]., 2012, 109(7): 2654-2659.
[11] 吳明基, 林艷, 劉華清, 陳建民, 付艷萍, 楊紹華, 王鋒.利用CRISPR/Cas9技術創制水稻溫敏核不育系[J].福建農業學報, 2018, 33(10): 1011-1015.
Wu J M, Lin Y, Liu Q H, Chen J M, Fu Y P, Yang S H, Wang F.Development of thermo-sensitive male sterile rice with CRISPR/Cas9 technology[J]., 2018, 33(10): 1011-1015.(in Chinese with English abstract)
[12] Zhou H, Zhou M, Yang Y Z, Li J, Zhu L Y, Jiang D G, Dong J F, Liu Q J, Gu L F, Zhou L Y, Feng M J, Qin P, Hu X C, Song C L, Shi J F, Song X W, Ni E D, Wu X J, Deng Q Y, Liu Z L, Chen M S, Liu Y G, Cao X F, Zhuang C X.RNase ZS1processes UbmRNAs and controls thermosensitive genic male sterility in rice[J]., 2014, 5: 4884.
[13] Barman H N, Sheng Z H, Fiaz S, Zhong M, Wu Y W, Cai Y C, Wang W, Jiao G A, Tang S Q, Wei X J, Hu P S.Generation of a new thermo-sensitive genic male sterile rice line by targeted mutagenesis ofgene through CRISPR/Cas9 system[J]., 2019, 19(1): 1-9.
[14] 黃忠明, 周延彪, 唐曉丹, 趙新輝, 周在為, 符星, 王凱,史江偉, 李艷鋒,符辰建, 楊遠柱.基于CRISPR/Cas9 技術的水稻溫敏不育基因突變體的構建[J].作物學報, 2018, 44(6): 844-851.
Huang Z M, Zhou Y B, Tang X D, Zhao X H, Zhou Z W, Fu X, Wang K, Shi J W, Li Y F, Fu C J, Yang Y Z.Construction ofmutants in rice based on CRISPR/Cas9 technology[J]., 2018, 44(6): 844-851.(in Chinese with English abstract)
[15] Shanthinie A, Dilip K R, Raveendran M.Comparative profiling of volatile compounds in the grains of rice varieties differing in their aroma[J]., 2019, 10(2): 614-619.
[16] Li W B, Zeng X H, Li S L, Chen F B, Gao J.Development and application of two novel functional molecular markers of BADH2 in rice[J]., 2020, 46: 1-7.
[17] Usman B, Nawaz G, Zhao N, Liu Y G, Li R B.Generation of high yielding and fragrant rice (L.) lines by CRISPR/Cas9 targeted mutagenesis of three homoeologs of cytochrome P450 gene family andand transcriptome and proteome profiling of revealed changes triggered by mutations[J]., 2020, 9(6): 788.
[18] Ballini E, Morel J B, Droc G, Price A, Courtois B, Notteghem J L, Tharreau D.A genome-wide meta-analysis of rice blast resistance genes and quantitative trait loci provides new insights into partial and complete resistance[J]., 2008, 21(7): 859-868.
[19] Wang B H, Ebbole D J, Wang Z H.The arms race betweenand rice: Diversity and interaction of Avr and R genes[J]., 2017, 16(12): 2746-2760.
[20] 趙夏夏, 王旭明, 許飄, 趙麗娜, 胡燕, 陳景陽, 黃永相, 李偉, 郭建夫.水稻稻瘟病抗性研究與展望[J].湖北農業科學, 2019, 58(11): 5-9.
Zhao X X, Wang X M, Xu P, Zhao L N, Hu Y, Chen J Y, Huang Y X, Li W, Guo J F.Research and prospect of rice blast resistance[J]., 2019, 58(11): 5-9.(in Chinese with English abstract)
[21] 高清, 張亞玲, 葛欣, 李雨馨, 馬宇欣, 斬學慧.水稻抗稻瘟病基因研究進展[J].分子植物育種, 2021(1): 1-11.
Gao Q, Zhang Y L, Ge X, Li Y X, Ma Y X, Zhan X H.Advances in gene research on rice blast resistance[J]., 2021(1): 1-11.(in Chinese with English abstract)
[22] Li W, Zhu Z, Chern M, Yin J J, Yang C, Ran L, Cheng M P, He M, Wang K, Zhou X G, Zhu X B, Chen Z X, Wang J X, Zhao W, Ma B T, Qin P, Chen W L, Wang Y P, Liu J L, Wang W M, Wu X J, Li P, Wang J R, Zhu L H, Li S G, Chen X W.A natural allele of a transcription factor in rice confers broad-spectrum blast resistance[J]., 2017, 170(1): 114-126.
[23] 王芳權, 范方軍, 李文奇, 朱金燕, 王軍, 仲維功, 楊杰.利用CRISPR/Cas9技術敲除水稻基因的效率分析[J].中國水稻科學, 2016, 30(5): 469-478.
Wang Q F, Fan F J, Li W Q, Zhu J Y, Wang J, Zhong W G, Yang J.Knock-out efficiency analysis ofgene using CRISPR/Cas9 in rice[J]., 2016, 30(5): 469-478.(in Chinese with English abstract)
[24] 楊海河, 畢冬玲, 張玉, 鄒小維, 高曉慶, 袁正杰, 曲海艷, 何海燕, 翟紹洪.基于CRISPR/Cas9 技術的水稻基因編輯材料的創制及稻瘟病抗性鑒定[J].分子植物育種, 2017, 15(11): 4451-4465.
Yang H H, Bi D L, Zhang Y, Zou X W, Gao X Q, Yuan Z J, Qu H Y, He H Y, Zhai S H.Generation of ricegene editing lines based on CRISPR/Cas9 technology and evaluation of their blast resistance[J]., 2017, 15(11): 4451-4465.(in Chinese with English abstract)
[25] 徐鵬, 王宏, 涂燃冉, 劉群恩, 吳瑋勛, 傅秀民, 曹立勇, 沈希宏.利用CRISPR/Cas9系統定向改良水稻稻瘟病抗性[J].中國水稻科學, 2019, 33(4): 313-322.
[J]., 2019, 33(4): 313-322.(in Chinese with English abstract)
[26] Nawaz G, Usman B, Peng H W, Zhao N, Yuan R Z, Liu Y G, Li R B.Knockout ofby CRISPR/Cas9 and iTRAQ-based proteomic analysis of mutants revealed new insights intoresistance in elite rice line[J]., 2020, 11(7): 735.
[27] Gaj T, Gersbach C A, Barbas C F.ZFN, TALEN, and CRISPR/Cas-based methods for genome engineering[J]., 2013, 31(7): 397-405.
[28] Shan Q W, Wang Y P, Li J, Gao G X.Genome editing in rice and wheat using the CRISPR/Cas system[J]., 2014, 9(10): 2395-2410.
[29] Li J, Zhang H W, Si X M, Tian Y H, Chen K L.Generation of thermosensitive male-sterile maize by targeted knockout of thegene[J]., 2017, 44(9): 465-468.
[30] 沈蘭, 華宇峰, 付亞萍, 李健, 劉慶, 焦曉真, 辛高偉, 王俊杰, 王興春, 嚴長杰, 王克劍.利用CRISPR/Cas9多基因編輯系統在水稻中快速引入遺傳多樣性[J].中國科學, 2017, 47(11): 1186-1195.
Shen L, Hua Y J, Fu Y P, Li J, Liu Q, Jiao X Z, Xin G W, Wang J J, Wang X C, Yan C J, Wang K J.Rapid generation of genetic diversity by multiplex CRISPR/Cas9 genome editing in rice[J]., 2017, 47(11): 1186-1195.(in Chinese with English abstract)
[31] 張向前, 鄒金松, 朱海濤, 李曉燕, 曾瑞珍.水稻早熟多子房突變體的遺傳分析和基因定位[J].遺傳, 2008, 30(10): 1349-1355.
Zhang X Q, Zou J S, Zhu H T, Li X Y, Zeng R Z.Genetic analysis and gene mapping of an early flowering and multi-ovary mutant in rice[J]., 2008, 30(10): 1349-1355.(in Chinese with English abstract)
[32] Liu W, Xie X, Ma X, Li J, Chen J, Liu Y G.DSDecode: A web-based tool for decoding of sequencing chromatograms for genotyping of targeted mutations[J]., 2015, 8(9): 1431-1433.
[33] Park C H, Chen S, Shirsekar G, Zhou B, Khang C H, Songkunmarn P, Afzal A J, Ning Y, Wang R, Bellizzi M, Valent B, Wang G L.Theffector AvrPiz-t targets the RING E3 ubiquitin ligase APIP6 to suppress pathogen-associated molecular pattern-triggered immunity in rice[J]., 2012, 24(11): 4748-4762.
[34] Park C H, Shirsekar G, Bellizzi M, Chen S, Songkumarn P, Xie X, Shi X, Ning Y, Zhou B, Suttiviriya P, Wang M, Umemura K, Wang G L.The E3 ligase APIP10 connects the effector AvrPiz-t to the NLR receptor Piz-t in rice[J]., 2016, 12(3): 1-23.
[35] Hui S Z, Li H J, Mawia A M, Zhou L, Cai J Y, Ahmad S, Lai C K, Wang J X, Jiao G A, Xie L H, Shao G N, Sheng Z H, Tang S Q, Wang J L, Wei X J, Hu S K, Hu P S.Production of aromatic three-line hybrid rice using novel alleles of[J]., 2022,20(1): 59-74.
[36] Ma X L, Zhang Q Y, Zhu Q L, Liu W, Chen Y, Qiu Rong, Wang B, Yang Z F, Li H Y, Lin Y R, Xie Y Y, Shen R X, Chen S F, Wang Z, Chen Y L, Guo J X, Chen L, Zhao Z C, Liu Y G.A robust CRISPR/Cas9 system for convenient, high-efficiency multiplex genome editing in monocot and dicot plants[J]., 2015, 8(8): 1274-1284.
[37] Shen L, Hua Y F, Fu Y P, Li Jian, Liu Q, Jiao X Z, Xin G W, Wang J J, Wang X C, Yan C J, Wang K J.Rapid generation of genetic diversity by multiplex CRISPR/Cas9 genome editing in rice[J]., 2017, 60(5): 506-515.
[38] Li S F, Shen L, Hu P, Liu Q, Zhu X D, Qian Q, Wang K J, Wang Y X.Developing disease-resistant thermosensitive male sterile rice by multiplex gene editing[J]., 2019, 61(12): 1201-1205.
[39] Tao H, Shi X, He F, , Wang D, Xiao N, Fang H, Wang R , Zhang F, Wang M, Li A , Liu X , Wang G L, Ning Y.Engineering broad-spectrum disease-resistant rice by editing multiple susceptibility genes[J]., 2021, 63(9): 1639-1648.
[40] Fukuoka S, Saka N, Koga H, Ono K, Shimizu T, Ebana K, Hayashi N, Takahashi A, Hirochika H, Okuno K,, Yano M.Loss of Function of a Proline-Containing Protein Confers Durable Disease Resistance in Rice[J]., 2009, 325(5943): 998-1001.
[41] Okpala N E, Mo Z W, Duan M Y, Tang X R.The genetics and biosynthesis of 2-acetyl-1-pyrroline in fragrant rice[J]., 2019, 135: 272-276.
[42] 孟慶彬, 黃健文, 馮國輝, 鐘升, 韋鴻若.優質三系香稻不育系耕香A的選育[J].雜交水稻, 2021, 36(5): 14-16.
Meng Q B, Huang J W, Feng G H, Zhong S, Wei H R.Breeding of high-quality aromatic CMS line Gengxiang A in rice[J]., 2021, 36(5): 14-16.(in Chinese with English abstract)
[43] 柳武革, 王豐, 李金華, 劉振榮, 朱滿山, 廖亦龍, 付崇允, 劉迪林, 曾學勤, 馬曉智.秈型優質三系香稻不育系廣泰A的選育及應用[J].雜交水稻, 2021, 36(2): 22-24.
Liu W G, Wang F, Li J H, Liu Z R, Zhu M S, Liao Y L, Fu C Y, Liu D L, Zeng X Q, Ma X Z.Breeding and application of aromaticCMS line Guangtai A with good grain quality in rice[J]., 2021, 36(2): 22-24.(in Chinese with English abstract)
[44] 張現偉, 唐永群, 肖人鵬, 劉強明, 文明, 李經勇.優質香稻不育系渝香813A的選育[J].雜交水稻, 2020, 35(6): 18-20.
Zhang X W, Tang Y Q, Xiao R P, Liu Q M, Wen M, Li J Y.Breeding of aromatic CMS line Yuxiang 813A with good quality in rice[J]., 2020, 35(6): 18-20.(in Chinese with English abstract)
[45] 劉三雄, 李用朝, 劉利成, 閔軍, 李小湘, 胡敏, 黃海明.優質三系香稻不育系朝1A的選育[J].雜交水稻, 2020, 35(5): 22-24.
Liu S X, Li Y C, Liu L C, Min J, Li X X, Hu M, Huang H M.Breeding of CMS line Chao 1A with aroma and good quality in rice[J]., 2020, 35(5): 22-24.(in Chinese with English abstract)
[46] 莫海玲, 唐梅, 孫富, 羅敬昭, 鄧晶.優質香稻三系不育系野香A的選育與應用[J].雜交水稻, 2015, 30(4): 11-12.
Mo H L, Tang M, Sun F, Luo J Z, Deng J.Breeding and application of aromatic CMS line Yexiang A with fine grain quality in rice[J]., 2015, 30(4): 11-12.(in Chinese with English abstract)
[47] Wang J, Wang R, Fang H, Zhang C, Zhang F, Hao Z, You X, Shi X, Park C H, Hua K, He F, Bellizzi M, Xuan K T, Jeon J S, Ning Y, Wang G L.Two VOZ transcription factors link an E3 ligase and an NLR immune receptor to modulate immunity in rice [J]., 2020, 14(2): 253-266.
[48] Liu W, Liu J, Ning Y, Ding B, Wang Z, Wang G L.Recent progress in understanding PAMP-and effector- triggered immunity against the rice blast fungus[J]., 2013, 6(3): 605-620.
[49] Liu X, Inoue H, Tang X, Tan Y, Xu X, Wang C, Jiang C J.Riceis induced during blast infection in a salicylic acid-dependent manner, and promotes blast fungus resistance[J]., 2020, 21(4): 1443
[50] 陳日榮, 周延彪, 王黛君, 趙新輝, 唐曉丹, 許世沖, 唐倩瑩, 符星學, 王凱, 劉選明, 楊遠柱.利用CRISPR/Cas9技術編輯水稻溫敏不育基因[J].作物學報, 2020, 46(8): 1157-1165.
Chen R Z, Zhou Y B, Wang D J, Zhao X H, Tang X D, Xu S C, Tang Q Y, Fu X X, Wang K, Liu X M, Yang Y Z.CRISPR/Cas9-mediated editing of the thermo- sensitive genic male-sterile genein rice [J]., 2020, 46(8): 1157-1165.(in Chinese with English abstract)
[51] Chen S H, Yang Y, Shi W W, Ji Q, He Fei, Zhang Z D, Cheng Z K, Liu X N, Xu M L., encoding betaine aldehyde dehydrogenase, inhibits the biosynthesis of 2-acetyl-1-pyrroline, a major component in rice fragrance[J]., 2008, 20(7): 1850-1861.
[52] Ashokkumar S H, Jaganathan D, Ramanathan V, Rahman H, Palaniswamy P, Kambale R, Muthurajan.Creation of novel alleles of fragrance genein rice through CRISPR/Cas9 mediated gene editing[J]., 2020, 15(8): e0237018.
[53] 孫慧宇, 宋佳, 王敬國, 劉化龍, 孫健, 莫天宇, 徐善斌, 鄭洪亮, 鄒德堂.利用CRISPR/Cas9技術編輯基因改良粳稻香味[J].華北農學報, 2019, 34(4): 1-8.
[J], 2019, 34(4): 1-8.(in Chinese with English abstract)
[54] 邵高能, 謝黎虹, 焦桂愛, 魏祥進, 圣忠華, 唐紹清, 胡培松.利用CRISPR/CAS9技術編輯水稻香味基因[J].中國水稻科學, 2017, 31(2): 216-222.
Shao G N, Xie L H, Jiao G A, Wei X J, Sheng Z H, Tang S Q, Hu P S.CRISPR/CAS9-mediated editing of the fragrant genein rice[J]., 2017, 31(2): 216-222.(in Chinese with English abstract)
[55] Shan Q W, Zhang Y, Chen K L, Zhang K, Gao C X.Creation of fragrant rice by targeted knockout of thegene using talen technology[J]., 2015(1): 1-10.
Developing Fragrant EarlyTGMS Line with Blast Resistance by Using CRISPR/Cas9 Technology
LIANG Minmin#, ZHANG Huali#, CHEN Junyu, DAI Dongqing, DU Chengxing, WANG Huimei, MA Liangyong*
(State Key Laboratory of Rice Biology and Chinese National Center for Rice Improvement, China National Rice Research Institute, Hangzhou 310006, China;#These authors contributed equally to this work;*Corresponding author, E-mail: maliangyong@caas.cn)
【Objective】New thermosensitive genic male sterile lines with high resistance and fragrance quality will provide resources for hybrid rice breeding.【Method】The target genes,andwere selected to construct the pC1300-2×35S::g-g-gexpression vector by CRISPR/Cas9 technology for transformation of earlyrice Zhongzao 70.The positive transgenic plants were obtained through sequencing analysis.spraying inoculation and punching inoculation assays were conducted to identify the resistance to rice blast, and the content of 2-acetyl-1-pyrrolinewas measured by GC-MS.【Result】In T0transgenic lines, the mutation rates of,andwere 87.5%, 80.0% and 87.5%, respectively, and most of the mutant lines are biallelic mutations.Two types of the homozygous triple mutants without the vector were obtained in T1transgenic lines.Evaluation analysis of resistance to rice blast suggested that T2generation of thehomozygous mutant lines showed significantly higher resistance tocompared with the wild type.The expression levels of defense-related genes were up-regulated and the ROS accumulation increased in the homozygous mutant lines compared to the wild type after inoculation of.homozygous mutant lines displayed thermo-sensitive male sterility.Compared with the wild type, the expression level ofwas significantly decreased and the transcription ofUb4was increased in thehomozygous mutants at high temperature.The expression level ofwas down-regulated and the content of 2-AP increased dramatically in thehomozygous mutant lines.【Conclusion】Thehomozygous triple mutant linesof,andwere obtained by CRISPR/Cas9-mediated technology, which would provide materials for high-resistant and fragrant rice breeding.
rice; CRISPR/Cas9;;;
10.16819/j.1001-7216.2022.211007
2021-10-25;
2021-12-20。
中央級公益性科研院所基本科研業務費專項(CPSIBRF-CNRRI-202105); 水稻生物學國家重點實驗室開放課題(20210207; 20190110); 中國農業科學院科技創新工程資助項目。