基于轉錄組測序技術篩選影響蛋雞產暗斑蛋候選基因的研究

杜元軍 韓海霞 劉瑋 李大鵬 雷秋霞 周艷 劉杰 王杰 李福偉 陳甫

摘要：本研究旨在利用轉錄組測序技術（RNA-seq）篩選雞十二指腸中與暗斑蛋形成相關的功能基因和信號通路。選取連續產暗斑蛋率低和連續產暗斑蛋率高的濟寧百日母雞各10只分別作為對照組和暗斑組，采集十二指腸組織，測定鈣代謝相關基因mRNA表達量，利用RNA-seq技術對差異表達基因（differentially expressed genes，DECs）進行GO（gene ontology）功能注釋和KECC（ kyoto encyclopediaof genes and genomes）信號通路富集。結果表明，轉錄組獲得高質量數據108.75 Cb且所有樣本Q30>97%;共篩選得到471個DECs，其中327個上調，144個下調，隨機選取7個DECs進行實時熒光定量PCR（qRT-PCR）驗證，表達趨勢與轉錄組測序結果基本一致；co功能注釋分析篩選到SLC8A3、SLC24A4、SLC9A2等DECs主要富集到線粒體鈣離子穩態、鈉離子跨膜轉運和鈣離子結合的過程；KECC通路富集結果顯示，CSTTI、CST02、CSTA3、CIDN2、CIDN10等DECs主要富集到細胞色素P450介導的外源物代謝通路、藥物代謝一細胞色素P450、鈣信號通路等；與對照組相比，暗斑組十二指腸鈣結合蛋白（CALB1）的mRNA表達量顯著下降（P<0.05）。綜上，蛋雞十二指腸中CSTTI、CST02、CSTA3基因的上調和SLC8A3、SLC24A4等基因的下調是影響暗斑蛋形成的關鍵因素，鈣信號通路在暗斑形成中發揮了重要作用。本研究為暗斑蛋的機理研究提供了基礎材料。

關鍵詞：蛋雞；蛋殼暗斑；十二指腸；差異表達基因；轉錄組測序

中圖分類號：S831.2：Q78 文獻標識號：A 文章編號：1001-4942（2023）12-0143-07