孫 婷,張洪濤, ,楊 峰,柴文剛,薛皓陽,譚淑引
(1.江南大學 工業生物技術教育部重點實驗室,生物工程學院,江蘇 無錫 214122;2.海軍軍醫大學藥學系無機化學教研室,上海 200433;3.倫敦帝國理工學院醫學院,糖科學實驗室,英國 倫敦 HA13UJ;4.江南大學化工學院,江蘇 無錫 214122)
煙酰胺單核苷酸(nicotinamide mononucleotide,NMN)是一種自然存在的生物活性核苷酸[1],它廣泛分布在人體的所有細胞內,是細胞內完成生命活動必不可少的輔因子[2]。研究發現NMN在改善衰老血管的血流量[3]、減少腦出血后腦損傷[4]、提高胰島素敏感性、促進肌肉重塑[5]等方面發揮著重要作用,值得一提的是NMN可以通過減少DNA損傷防治新冠、加速新冠患者的康復[6-7]。2020年,日本厚生勞動省將NMN列入“非醫療清單”,允許其在食品生產中使用。NMN已成為食品、醫學、保健品領域的研究熱點[8]。
目前,NMN的合成方法主要有化學合成、酶法合成和生物合成3 種途徑[9]。化學合成NMN需要先合成煙酰胺核苷,通常從核糖衍生物和煙酸衍生物開始,成本高、環境污染嚴重[10];酶法合成效率較高,但存在操作復雜、成本高等缺陷[11];生物發酵法是利用細胞將底物轉化為特定產物的過程[12],由于減少了傳統酶催化細胞裂解和蛋白質濃縮等步驟[13],因此具有選擇性高、催化活性強、成本效益高等獨特優勢[14]。據2021年研究報道,以煙酰胺和葡萄糖為底物,發酵法生產NMN最高產量為6.79 g/L[15]。目前發酵液中NMN產品濃度較低,嚴重阻礙了發酵法合成NMN技術的產業化。因此,亟需開發一種更高效的NMN生物合成工藝。
細胞內NMN的合成路線主要有兩條途徑:1)以煙酰胺核糖(nicotinamide riboside,NR)為底物,ATP作為輔因子,通過煙酰胺核苷激酶(nicotinamide riboside kinase,NRK)催化直接實現NMN合成[16];2)以核糖和ATP為底物,先在核糖磷酸焦磷酸激酶(phosphoribosylpyro phosphate,PRPP)催化下生成5-磷酸核糖-1α-焦磷酸,后者在煙酰胺磷酸核糖轉移酶(nicotinamide phosphoribosyltransferase,NAMPT)催化下與煙酰胺合成NMN[17]。第2條途徑為多酶催化體系,需要酶的種類較多,中間產物多,總體收率低[18],而第1條途徑只需要一步酶催化即可完成,且能夠避免使用價格較高、來源受限的PRPP[19]。因此,本研究建立以NR和ATP為底物,通過NRK一步法直接轉化為NMN的全細胞合成體系。考慮到該反應需要由ATP提供一個磷酸基供體,而單純外源添加造成生產成本高[20-21],因此構建ATP再生系統是提高生物合成反應經濟性的一個有效措施[22]。由于多聚磷酸酶(polyphosphate kinase,PPK)可催化無機多聚磷酸鹽(inorganic polyphosphate,Poly-P)和ATP之間的磷酸鹽可逆轉化,實現ATP的循環再生[23],故將該系統引入NMN的合成體系,用以實現ADP到ATP再生。
本研究構建基于大腸桿菌(Escherichia coli)BL21(DE3)-pET28a-NRK、E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的全細胞雙菌耦合發酵體系(圖1),實現基于工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的ATP再生系統在E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK合成NMN中的應用。構建的雙菌耦合發酵系統可以通過ATP再生實現ATP持續供給,降低整個發酵體系的生產成本,實現NR到NMN的連續化合成。
1.1.1 菌株與質粒
E.coliBL21(DE3)天根生化科技(北京)有限公司;表達載體pET28a質粒由本實驗室保藏。
1.1.2 培養基
LB培養基:胰蛋白胨10.0 g/L,酵母粉5.0 g/L,氯化鈉10.0 g/L,調節pH 7.0,121 ℃滅菌20 min;固體培養基添加瓊脂粉2%。將工程菌接種到LB瓊脂平板上,37 ℃培養12 h。
1.1.3 試劑
卡那霉素(kanamycin,Kan)、DNA Marker及蛋白Marker 翌圣生物科技(上海)股份有限公司;質粒提取試劑盒、限制性內切酶、Taq酶、T4 DNA連接酶 生工生物工程(上海)股份有限公司;NMN標準品 海軍軍醫大學趙慶杰教授贈送;NR、ADP、ATP標準品 杭州鎧朋生物技術有限公司;異丙基-β-D-硫代半乳糖吡喃糖苷(isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside,IPTG)北京伊諾凱科技有限公司;4-羥乙基哌嗪乙磺酸(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonicaci,HEPES)北京百靈威科技有限公司。
C1000 TouchTM聚合酶鏈式反應(polymerase chain reaction,PCR)儀、Mini-PROTEAN Tetra蛋白電泳儀美國Bio-Rad公司;高效液相色譜儀 日本島津公司;高速冷凍離心機 美國Sigma公司;三重四極桿液相色譜-質譜聯用儀 賽默飛科技有限公司;超聲波破碎機寧波新芝生物科技有限公司。
1.3.1 工程菌株的構建
將編碼NRK1基因序列(Gene ID:54981)、NRK2基因序列(Gene ID:6787)、PPK基因序列(Gene ID:VLKR01000001.1)進行大腸桿菌偏好性密碼子優化,由天霖生物公司合成,獲得重組質粒pET28a-NRK1(圖2a)、pET28a-NRK2(圖2b)和pET28a-PPK(圖2c),然后分別轉化到E.coliBL21(DE3)感受態細胞中,并利用Kan選擇性培養基,37 ℃培養12 h,篩選出陽性克隆。設計引物NRK1-F、NRK1-R,NRK2-F、NRK2-R和PPK-F、PPK-R(表1),挑取單菌落進行菌落PCR驗證,由天霖生物公司對條帶大小正確的轉化子進行測序驗證。

表1 PCR引物序列Table 1 Primer sequences used for PCR in this study

圖2 重組質粒構建Fig.2 Recombinant plasmid construction
1.3.2 重組蛋白的表達
分別挑取工程菌株E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2和E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的單菌落接入10 mL含有20 μg/mL Kan的LB液體培養基中,37 ℃、200 r/min搖瓶培養12 h。再以2%接種量轉接到150 mL LB液體培養基中,37 ℃、200 r/min搖瓶培養至OD600nm約為0.7后加入終濃度0.1 mmol/L的IPTG,16 ℃、200 r/min條件下過夜誘導培養后,8 000 r/min離心5 min,收集菌體備用,并進行十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)檢測蛋白表達情況。
1.3.3 NMN的生物合成及結構鑒定
NMN合成體系:20 mmol/L HEPES(pH 7.2)、5 mmol/Lβ-巰基乙醇、5 mmol/L MgCl2、100 mmol/L NaCl、20 mmol/L NR、40 mmol/L ATP、NRK菌體質量濃度100 g/L,18 ℃、100 r/min反應12 h。
薄層色譜(thin-layer chromatography,TLC)檢測:展開劑1,4-二氧環烷∶水∶氨水∶異丙醇=4∶2.5∶3∶2(V/V),254 nm波長紫外照射顯色。
液相色譜-質譜檢測條件:大氣壓電噴霧電離源H-ESI II probe;色譜柱Waters ACQUITY UPLC HSS T3(100 mm×2.1 mm,1.8 μm);液相流速0.2 mL/min;柱溫35 ℃;吸收波長254 nm。流動相A為甲醇,流動相B為0.1%甲酸,程序:0~2 min,0% A、100% B;2~6 min,0%~90% A、100%~10% B;6~7.5 mim,90% A、10% B;7.5~8 min,9 0%~0% A、10%~100% B;8~11 min,0% A、100% B。
1.3.4 NMN的定量分析
配制6 組NMN標準溶液1、2、3、4、5、6 mg/mL,通過高效液相色譜對NMN標準溶液進行定量分析,以NMN標準品的濃度為橫軸,色譜中相應的峰面積為縱軸,對液相色譜結果進行線性回歸分析,繪制NMN的標準曲線,根據標準曲線計算得到相應樣品質量濃度。
高效液相色譜條件:色譜柱為Unitary C18(4.6 mm×250 mm,5 μm);流動相為0.1%高氯酸溶液;流速0.6 mL/min;進樣量10 μL;紫外檢測波長257 nm;柱溫30 ℃;洗脫時間20 min。
1.3.5 ATP的生物合成及鑒定
ATP的合成體系:20 mmol/L HEPES(pH 7.2)、5 mmol/Lβ-巰基乙醇、5 mmol/L MgCl2、100 mmol/L NaCl、20 mmol/L ADP、20 mmol/L Poly-P、PPK菌體質量濃度100 g/L,18 ℃、100 r/min反應12 h。
基質輔助激光解析電離飛行時間質譜儀對合成的ATP進行鑒定:采用反射陰離子模式,2,5-二羥基苯甲酸作為輔助基質,掃描分子質量范圍為470~600 Da。
1.3.6 單菌合成體系的優化
1.3.6.1E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的誘導表達條件優化
在搖瓶發酵培養過程中,設置不同接種量(1%、2%、3%、4%、5%、6%)、誘導時長(8、10、12、14、16、18、20、22、24 h)、誘導溫度(16、20、25、28、30、37 ℃)和誘導劑IPTG終濃度(0.1、0.3、0.5、0.7、0.9、1 mmol/L)依次進行梯度實驗,以期獲得更多的目的蛋白。
1.3.6.2E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1生物合成NMN的條件優化
對單一工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1生物合成NMN過程中的菌體質量濃度(25、50、75、100、125、150 g/L)、時長(8、10、12、14、16、18、20 h)、溫度(18、30、37 ℃)、底物ATP(20 mmol/L)與NR濃度比(1∶0.5、1∶0.75、1∶1、1∶1.25、1∶1.5、1∶2)進行優化。
1.3.7 雙菌耦合發酵體系的建立及優化
構建工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1及工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的全細胞雙菌耦合發酵體系:20 mmol/L HEPES(pH 7.2)、5 mmol/Lβ-巰基乙醇、5 mmol/L MgCl2、100 mmol/L NaCl、30 mmol/L NR、20 mmol/L ATP、40 mmol/L Poly-P、100 g/LE.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、100 g/LE.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK,18 ℃、100 r/min反應12 h。
對雙菌耦合發酵體系從ATP與NR濃度比(1∶1.5、1∶2.5、1∶3.5、1∶4.5、1∶5.5)、菌體質量濃度比(1∶0、1∶2、1∶1、1∶0.67、1∶0.5)及發酵時長(6、8、10、12、14、16、18、20、22、24 h)進行優化,獲得耦合發酵的最適條件。
重組表達質粒pET28a-NRK1經過PCR驗證結果見圖3a泳道1,得到的片段長度與目的基因NRK1(610 bp)大小一致;重組質粒pET28a-NRK2的PCR驗證結果見圖3a泳道2,得到的片段長度與目的基因NRK2(703 bp)大小相同;對重組質粒pET28a-PPK進行PCR驗證,結果如見圖3a泳道3,得到的片段長度與目的基因PPK(801 bp)大小一致。經測序驗證正確,得到重組質粒pET28a-NRK1、pET28a-NRK2和pET28a-PPK。將重組質粒分別導入E.coliBL21(DE3)中,對得到的工程菌株E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2、E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK進行SDS-PAGE分析,結果如圖3b所示,誘導20 h的全細胞在25~35 kDa均有明顯的表達條帶,與NRK1目標蛋白(26 kDa)[24]、NRK2目標蛋白(26 kDa)[24]、PPK目標蛋白(29.7 kDa)[25]大小一致,成功構建工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2和E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK。

圖3 重組質粒電泳圖Fig.3 Electrophoretograms of recombinant plasmids
2.2.1E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK生物合成產物NMN的分析鑒定
人體細胞內的NRK1和NRK2均具有催化NR和ATP合成NMN能力,構建了E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1和E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2工程菌株,進行NMN的全細胞合成。用TLC法對發酵液進行檢測,結果見圖4a,發現樣品中有與NMN標準品相同Rf值的產物生成,初步判斷有產物NMN生成。

圖4 NRK合成NMN的產物分析Fig.4 Product identification of NMN synthesis by NRK
為進一步驗證產物,對產物進行刮板回收,進行液相色譜-質譜分析,從圖4c總離子流圖可以看出樣品只有一個離子化峰,出峰時間為1.95 min,進一步分析該峰顯示m/z334.95,均與NMN標準品相同。通過液相色譜-質譜分析可以判斷生成的產物為NMN,因此認為E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK具有合成NMN的活性。
2.2.2E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK再生產物ATP的分析鑒定
以ADP、Poly-P為底物,在E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的作用下合成ATP,TLC檢測結果如圖5a所示,樣品的Rf值與ATP標準品相同。對產物進行刮板回收,進行基質輔助激光解析電離飛行時間質譜檢測,結果如圖5b、c所示,生成的ATP樣品與ATP標準品分子質量相同,說明E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK可以實現ATP的再生。

圖5 PPK合成ATP的產物分析Fig.5 Product identification of ATP synthesis by PPK
2.3.1 NMN標準曲線的建立
NMN標準品溶液經高效液相色譜檢測(圖6),以NMN濃度為橫坐標,液相色譜圖中對應的峰面積為縱坐標,繪制NMN的標準曲線,經線性回歸后得到標準曲線方程的R2=0.995 4,說明NMN濃度和液相色譜圖中的峰面積有良好線性關系。

圖6 NMN標準品液相出峰時間Fig.6 Chromatographic peak time of NMN standard
2.3.2E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK高活性工程菌株的篩選
在哺乳動物體內存在兩種NRK酶NRK1和NRK2,分別由Nmrk1和Nmrk2兩種基因編碼。NRK亞型的表達分析表明NRK1無所不在,而NRK2主要存在于骨骼肌中,兩種酶均具有催化NR反應生成NMN的能力。為從兩者中篩選出高產NMN的工程菌株,進行3 組NMN的全細胞合成。對產物進行高效液相色譜定量分析,如圖7所示,3 組均可以合成NMN,其中E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1反應液中NMN產量最高為5.17 g/L,產率77.4%,E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2反應液中僅為1.12 g/L,E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1與E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2菌株混合反應液中產量為4.09 g/L。因此選取工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1為最優合成NMN的工程菌株,用于后續雙菌耦合發酵系統的構建與優化探索。

圖7 不同工程菌對NMN產量的影響Fig.7 Effects of different engineered bacteria on NMN yield
2.3.3E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1誘導表達NRK1條件優化
相同細胞濃度下工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的生物轉化效果明顯優于E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2,但蛋白電泳圖比較發現(圖3),在同等誘導表達條件下,E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的蛋白表達量明顯少于E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK2。因此為提高工程菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1誘導表達NRK1酶的蛋白表達量,從接種量、誘導時間、誘導溫度和誘導劑濃度等角度進行NRK1誘導表達條件的優化。
接種量過大易產生代謝副產物,影響產物合成;接種量過小則會使細胞濃度增殖減緩,進而造成目標產物產量降低。因此,首先從接種量對蛋白表達的影響進行探索,當接種量為3%時,NRK1的蛋白表達量明顯高于其他條件(圖8a)。為了選擇最佳誘導時間,研究了8 個不同誘導時間對蛋白表達的影響,隨著誘導時間的延長,蛋白的表達量逐漸增加,誘導時間22 h與誘導時間24 h的蛋白表達量相當,因此選擇22 h作為最佳的誘導表達時間(圖8b);由于溫度較高時會使表達蛋白形成包涵體,導致酶活性降低,當誘導溫度為16 ℃時,NRK1蛋白表達量最高(圖8c);誘導劑IPTG有細胞毒性,過高會造成細胞死亡導致酶表達終止,而IPTG過低則又會導致酶的誘導表達受阻,因此探索了IPTG對NRK1表達的影響,當IPTG終濃度為0.7 mmol/L時,NRK1的蛋白表達量最高(圖8d)。因此,確定E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的最優誘導表達條件為:接種量3%、誘導時間22 h、誘導溫度16 ℃、IPTG 0.7 mmol/L。


圖8 不同誘導條件對誘導效果的影響Fig.8 Influence of different induction conditions on protein expression
2.3.4E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1生物轉化NMN的條件優化
由于E.coli底盤細胞壁上沒有NMN由細胞內向細胞外分泌的外排蛋白,為使細胞內合成的NMN可以高效外排到細胞外,探索了細胞壁通透性處理對促進NMN外排的影響。菌體細胞在反復凍融過程中細胞內部會形成冰晶,導致剩余液體中鹽濃度的增高造成細胞被膜結構的破壞,從而提高細胞膜通透性[12]。因此,在反應前對細胞進行反復凍融處理,NMN細胞外排結果如圖9所示,可以看出,未凍融細胞NMN產量僅為0.79 g/L,與未凍融細胞相比,經反復凍融的細胞NMN產量為5.33 g/L,產率80.19%。因此,在后續合成反應中需要對細胞進行反復凍融處理,使細胞膜通透性增加。

圖9 通透性處理對NMN產量的影響Fig.9 Effect of permeability treatment on NMN yield
為進一步探索單菌E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1合成NMN的最優體系,從單細胞菌體質量濃度、反應時長、反應溫度和底物ATP與NR比例進行探索。由圖10a可知,當菌體質量濃度為100 g/L時,NMN產量明顯高于其他菌體質量濃度,因此選取菌體質量濃度100 g/L為后續實驗的最適菌體質量濃度;圖10b說明,當時長為10 h時,NMN產量最高,選取10 h為合成體系的最適時長;溫度對產物得率的影響如圖10c所示,溫度越高,產量明顯減少,當溫度為18 ℃時,NMN產量最高,因此選取18 ℃為最佳的反應溫度;在確定最佳菌體質量濃度、時間、溫度的基礎上,研究ATP與NR比例對產物合成的影響,如圖10d所示,ATP與NR比例為1∶1.5時(20 mmol/L ATP、30 mmol/L NR),NMN產量最高為5.73 g/L,轉化率為85.78%。因此,單菌合成NMN的最優體系為菌體質量濃度100 g/L、反應時長10 h、反應溫度18 ℃、ATP與NR比例1∶1.5。

圖10 不同因素對NMN產量的影響Fig.10 Influence of culture conditions on NMN yield from E.coli BL21 (DE3)-pET28a-NRK1
2.4.1 雙菌耦合發酵體系的建立
為降低合成NMN的成本,在以NR和ATP為底物,E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1單菌合成NMN優化體系的基礎上,引入ADP到ATP的循環再生菌株E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK,用于實現以NR、ATP和Poly-P為底物,通過雙工程菌株耦合發酵來合成NMN,結果如圖11所示。雙菌株耦合發酵體系中當ATP添加量為12 mmol/L(單菌體系的60%),NMN產量與單菌體系持平為5.7 g/L。隨著ATP的繼續添加,NMN的產量也逐漸增加,最終NMN產量為6.45 g/L。這表明,在發酵體系中添加E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK菌株可以實現ATP的循環再生,不僅減少了外源供應ATP的需求,而且使NMN的產量增加。
2.4.2 雙菌耦合發酵體系的優化
為進一步提高雙菌耦合發酵生成NMN的產量,從最適ATP與NR濃度比、菌體質量濃度比及發酵時間角度對發酵條件進行優化。在耦合發酵體系中,底物ATP與NR初始濃度比對NMN合成影響較大,由圖12a可知,在ATP與NR濃度比為1∶3.5時,NMN的產量最高,因此,選取1∶3.5為耦合發酵的最佳底物濃度比;在此濃度比的基礎上,研究了菌體質量濃度比對產物合成的影響,控制菌株E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1的菌體質量濃度為100 g/L,改變E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的菌體質量濃度,由圖12b發現,當菌體質量濃度比為1∶2時,NMN的產量最高;在最佳底物濃度比與菌體質量濃度比的基礎上,又進一步研究耦合發酵時間對反應體系的影響,從圖12c可以看出,隨著發酵時間的延長,NMN產量逐漸上升,發酵時間為16 h,NMN產量最高為11.81 g/L,隨著時間的繼續增加,NMN產量逐漸趨于平緩下降,因此選取16 h為最佳發酵時間。綜上可得,雙菌株耦合發酵合成NMN最佳生產工藝為ATP與NR濃度比1∶3.5、菌體質量濃度比1∶2、耦合發酵時長16 h。

圖12 不同因素對耦合發酵產NMN的影響Fig.12 Influence of culture conditions on NMN production by coupled fermentation
近年來,不僅NMN的生理活性及功能受到了廣泛的研究和關注,NMN的合成工藝也成為了合成生物學領域的研究熱點。目前,NMN雖然可以通過不同途徑、不同原料轉化而成,但其產率和生產成本仍有改善的空間。在生物法合成NMN方面,廖一波等[26]經過同源建模和底物煙酰胺(nicotinamide,NAM)分子對接等方式評估后,選擇在E.coli中過表達紅色稍棲熱菌(Meiothermus ruber)來源的Nampt,以PRPP和NAM為底物進行酶催化反應10 min,NMN產量可達34 mg/L,生產效率約為3 mg/(L·min);吳旻暉等[27]建立了細胞外酶法合成技術體系:在E.coli系統成功實現了NMN合成途徑酶的分泌表達,但表達所得酶量較低,NMN產量為5.50 μmol/L,且合成NMN所需要的ATP完全依賴于外源ATP添加量,使得成本較高。在本研究中,通過引入基于PPK的ATP再生系統,構建了全細胞雙菌耦合發酵體系,不僅減少了傳統酶催化過程破碎、提取、純化等步驟所需要的成本,而且用更便宜的材料Poly-P將ADP磷酸化為ATP,實現ATP的循環,減少了對外源ATP的需求量,使生產成本大大降低,且雙菌株優化后的NMN發酵產量達11.81 g/L,這是目前耦合發酵法合成NMN的最高產量報道。與2021年日本報道的6.79 g/L高出了73.93%[15]。
本研究構建了基于E.coliBL21(DE3)-pET28a-NRK1、E.coliBL21(DE3)-pET28a-PPK的全細胞雙菌耦合發酵體系,不僅具有即插即用的優點,而且可以根據每個批次全細胞的酶活性不同,針對性地對細胞添加量進行調整,從而實現整個發酵體系的最優,對NMN的高效、低成本合成具有重要意義。目前雙菌耦合發酵體系屬于高密度發酵,與酶法相比,產量仍相對較低,這可能與產物在細胞壁的分泌受阻相關。另外,細胞內NMN的一小部分將被消耗以合成NAD+用于細菌生長,這對NMN的積累不利[28]。Shoji等[15]發現pnuC轉運蛋白可以有效地將NMN從細胞內轉移到細胞外。因此,在后續完善NMN合成時將從以下3 個方面進行優化:1)從菌株構建角度進行,通過引入產物NMN外排出細胞的“膜蛋白(pnuC)”,構建出產物可以快速外排的“細胞門通道蛋白”工程菌;2)阻斷NMN生成NAD+的合成通路,實現NMN的積累[29];3)從發酵工藝優化角度,探索分批發酵和連續流加模式對NMN產量的影響。