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基于微衛星標記的五壘島灣綠鰭馬面鲀增殖放流效果評估

2024-01-04 00:00:00任中杰徐鑫呂廷晉張曉明于文松婁方瑞唐永政
關鍵詞:研究

摘要: 利用已開發的5對微衛星引物,基于親子鑒定技術對五壘島灣綠鰭馬面鲀(Thamnaconus septentrionalis)的增殖放流效果進行評估。研究結果顯示:200尾繁殖親本群體和498尾回捕綠鰭馬面鲀群體的平均等位基因數(Na)、平均觀測雜合度(Ho)、平均期望雜合度(He)和平均多態信息含量(PIC)分別為30.2、0.764、0.819、0.8。親緣關系結果表明:在父母本性別未知的情況下,5個微衛星位點的非親權排除率(NEP)和累積非親權排除率(CEP)分別為0.124~0.405、0.997 242 80。在回捕的498尾綠鰭馬面鲀個體中,27尾回捕個體在模擬分析中被確認為本次增殖放流的子代,因此可以計算出本次增殖放流綠鰭馬面鲀對野生群體的貢獻率為5.42%。綜合分析表明,本研究為后續開展增殖放流效果評估提供科學依據,對綠鰭馬面鲀的資源保護以及后續發展科學增殖放流具有重要意義。

關鍵詞:

綠鰭馬面鲀;分子標記;增殖放流;效果評價;五壘島灣

中圖分類號: S932

文獻標志碼: A

綠鰭馬面鲀(Thamnaconus septentrionalis)隸屬于鲀形目(Tetraodontiformes)、單角鲀科(Monacanthidae)、馬面鲀屬(Thamnaconus)1,因食用前需將魚皮剝掉以及獨特長相在各地又稱其為扒皮狼、剝皮魚、老鼠魚、馬面魚等2。綠鰭馬面鲀屬于溫水性魚類,在國內四大海域和臺灣島以東海域均有分布3。綠鰭馬面鲀具有較高的藥用價值并且食用口感極佳,因此在銷售市場上深受沿海地區消費者的青睞4。市場需求的增加導致野生綠鰭馬面鲀的捕撈規??焖偕仙鲜兰o六七十年代綠鰭馬面鲀一度成為國內年產量僅次于帶魚的主要經濟魚類,對自然環境中綠鰭馬面鲀資源產生極大影響5。

增殖放流是經過人工挑選優良親體并繁育苗種,將繁育出的苗種投入到適宜海區或者海洋牧場,達到補充放流水域資源的目的[6-7。當前,增殖放流工作已經在國內各大海域及內陸水體發展為大規模、全國性的資源養護行動。早期的增殖放流項目通過對放流數量或者放流后捕獲漁獲量進行簡單的衡量放流工作效果,但是評估的結果往往會受到自然環境的影響而且對效果評估缺乏具有科學手段的檢測8-9。標志放流方法最初被DAVIS等(1968)用于魚類種群的研究,現在已經被廣泛運用到漁業資源增殖放流效果評價中[10。起初的傳統標志方法包括掛牌標志法、體外標志法、生物遙測法等[11-12,但是這些標志方法不但會對放流個體的生長及生理活動產生負面影響,而且隨著放流數量增多以及放流規格減小,對放流個體進行逐個標志相對困難13。近年來分子生物學不斷發展,將分子標記運用到魚類遺傳學的研究越來越多,且分子標記不受放流個體、自然環境以及標志數量的影響,已經成為標志放流的有效標記方法14。常用的分子標記包括隨機擴增多態DNA、線粒體DNA、微衛星DNA等標記方法[15。其中微衛星DNA標記因檢測方便、含量豐富及多態性高等優點,現已發展成為準確評估漁業資源增殖放流效果的重要手段。

目前,有關綠鰭馬面鲀的研究主要集中在人工繁育[16、生理生化17、全基因組微衛星引物開發18等方面,使用微衛星標記評估綠鰭馬面鲀增殖放流效果的研究較少。因此,本研究利用已經開發的微衛星引物對綠鰭馬面鲀親本和回捕綠鰭馬面鲀個體進行親權關系鑒定,運用模擬分析鑒別出屬于增殖放流的綠鰭馬面鲀個體,對五壘島灣海域綠鰭馬面鲀增殖放流工作進行效果評估。

1 材料與方法

1.1" 樣品采集

2021年9月,在威海好慧淦海洋生物科技有限公司苗種場內選取200尾綠鰭馬面鲀親體,將200尾親體按照“QT-n”格式依次進行編號,并剪取鰭條用無水乙醇保存至-20 ℃低溫冰箱內備用。親體繁育子代后,將子代綠鰭馬面鲀移至育苗池內單獨飼養。2021年11月,將繁育出的45萬尾子代綠鰭馬面鲀進行放流,放流地點為五壘島灣海域,放流后,于2022年3月至4月在五壘島灣海域及漁港碼頭進行采集調查,回捕收集綠鰭馬面鲀樣品,4次調查采樣共收集498尾綠鰭馬面鲀(表1)。將收集到綠鰭馬面鲀樣本第一時間進行傳統生物學測定,然后將回捕綠鰭馬面鲀個體按照“HB-n”格式依次進行編號,并剪取兩塊背部肌肉組織分別裝存到添加有無水乙醇的離心管中并保存至-20 ℃低溫冰箱,為后續實驗做好準備。

1.2 基因組DNA 提取

使用海洋動物組織基因組DNA提取試劑盒(DP324,北京天根生化科技有限公司)提取200尾綠鰭馬面鲀親體鰭條以及498尾回捕綠鰭馬面鲀肌肉組織的DNA(根據親體和回捕個體編號單獨提取每個個體的DNA),具體操作步驟參照試劑盒內說明書,將提取到DNA保存到 -20 ℃低溫冰箱中,為后續實驗做好準備。

1.3 微衛星序列PCR擴增和測序

選取已經開發的5對微衛星引物[19-20,分別在F正向引物末端標記上FAM、HEX和TAMRA三種熒光引物(表2)。PCR反應總體積為15 μL,其中包括10×PCR Buffer 1.5 μL、DNA稀釋液1 μL、MgCL2(25 mmol)1.5 μL、DNTP(10 mmol)0.3 μL、引物(10 μmol)0.3 μL、Taq DNA聚合酶(5 U/μL)0.3 μL、ddH2O 補齊至15 μL。PCR反應程序為:94 ℃預變性3 min;94 ℃變性15 s、55 ℃退火15 s、72 ℃延伸30 s,進行35個循環;72 ℃再延伸3 min。將PCR產物保存至4 ℃,制取瓊脂糖凝膠對PCR產物進行電泳檢測,選擇擴增成功的產物稀釋10倍后,與LIZ500內標混勻,置于ABI3730測序儀樣本架上進行毛細管電泳檢測(ABI3730測序儀由上海吉真生物科技有限公司提供)。利用軟件GeneMarker V2.6.3 將各位點等位基因數據導出,并按照微衛星位點堿基重復對數對數據進行人工校正。

1.4 數據分析

5個微衛星位點的等位基因數(Na)、期望雜合度(He)、觀測雜合度(Ho)、多態信息含量(PIC)等參數使用Cervus 3.0軟件進行統計;同時對5個微衛星位點的非親權排除概率(NEP)以及累計非親權排除概率(CEP)進行計算比較[21。通過Genepop 在線檢測軟件對5個微衛星位點是否符合Hardy-Weinberg平衡進行檢測[22。親緣關系鑒定的依據是孟德爾遺傳定律,即父本和母本與其子代在相同的一個微衛星位點上的兩個等位基因保持一致。本研究使用Cervus 3.0 軟件中的Simulation(模擬)分析和Parentage Analysis(親緣關系鑒定)分析功能基于最大似然法(ML)進行綠鰭馬面鲀親魚與回捕綠鰭馬面鲀的親緣鑒定[23,在Simulation分析中使用親本性別未知模擬10 000次,獲取LOD(最大似然率的自然對數)值、數據置信度和Delta值進行候選父母本鑒別。

2" 結 果

2.1 回捕綠鰭馬面鲀生物學特性

2022年3月至4月進行了4次采樣調查,4次調查采樣共收集到498尾綠鰭馬面鲀個體,對收集到的綠鰭馬面鲀進行傳統生物形態學測量。將收集到的數據進行統計分析,結果以均數±標準差(x±s)表示(表3)。

2.2 微衛星位點的多態性

本研究使用的5對微衛星標記引物對綠鰭馬面鲀親魚與綠鰭馬面鲀回捕個體進行檢測,均能獲得穩定的PCR擴增產物。在軟件GeneMarker中對綠鰭馬面鲀樣品的5個微衛星位點的數據進行讀取并人工校正,統計其分型結果(圖1)。結果顯示,5個微衛星位點在綠鰭馬面鲀親本以及回捕樣品中共檢測到151個等位基因,其中位點Namo90檢測到的等位基因數是5個微衛星位點中最少的,僅檢測到20個等位基因;位點Namo125-1、Namo125-2、Namo77均檢測出36個等位基因,5個微衛星位點的平均等位基因數為30.2。5個微衛星位點的Ho為0.591~0.954,平均Ho為0.764,He為0.781~0.938,平均He為0.819,PIC為0.761~0.935,平均PIC為0.8。Hardy-Weinberg平衡檢驗結果顯示5個位點全部顯著偏離Hardy-Weinberg平衡。5對微衛星引物的主要多態性參數見表4。

2.3 親緣關系鑒定結果

對五壘島灣海域收集到的498尾綠鰭馬面鲀與200尾候選綠鰭馬面鲀親本進行親權關系分析,并計算綠鰭馬面鲀5對微衛星引物的非親權排除率和累計非親權排除率(表5)。結果表明,在父母雙親基因型未知的情況下非親權排除率的范圍為0.124~0.405;在第2個微衛星位點的累計非親權排除率達到0.954 224 39,并且累計非親權排除率隨著微衛星位點數目的增多逐漸變大,5個微衛星位點的累計非親權排除率為0.997 242 8。

基于95%置信度以及LOD值大于0的計算要求進行親緣關系鑒定,在海捕綠鰭馬面鲀樣本中經過確認篩選出51尾個體匹配到候選親本,其中27尾個體與結果文件中的第一位候選親本均沒有錯誤匹配的微衛星座位(表6),23尾個體有1個微衛星座位與第一位候選親本不匹配,剩余1尾個體有2個微衛星座位與第一候選親本不匹配(數據結果未展示)。根據此數據確定,有27尾綠鰭馬面鲀個體為本次增殖放流個體,其余24尾個體有可能為本次增殖放流個體。因此,可以計算出本次增殖放流綠鰭馬面鲀對海洋漁業資源的貢獻率為5.42%。

3 討 論

在進行綠鰭馬面鲀親子鑒定前首先對其生長趨勢進行分析,初步鑒別回捕綠鰭馬面鲀個體是否和本次增殖放流個體生長趨勢匹配。根據陳丕茂等[24推算出的各齡綠鰭馬面鲀全長與本研究中回捕綠鰭馬面鲀生物學進行比較,本研究進行的4次采樣調查收集到的498尾綠鰭馬面鲀的全長范圍為154~217 mm,均符合推算出的1齡綠鰭馬面鲀生長趨勢。因此可以確定本研究使用的回捕綠鰭馬面鲀樣本與本次放流個體屬于同一生長年齡段,提高了回捕個體匹配候選親本的準確率。

衡量微衛星位點多態性的關鍵指標包括Na、He和PIC等參數,同時微衛星位點的多態性對匹配候選親本的可信度以及準確性至關重要。一般而言,微衛星位點的多態性和微衛星位點各項參數(Na、He、PIC等)呈正相關。BOTSTEIN等[25的研究結果顯示PIC<0.25為低度多態,0.25<PIC<0.5為中度多態,當PIC>0.5時微衛星位點具有高度多態性。本研究結果顯示:5個微衛星位點的PIC為0.761~0.935,平均PIC為0.8,并且平均He 為0.819,平均Ho為0.764,研究結果與王九龍等[26利用20個微衛星標記對綠鰭馬面鲀野生和養殖群體遺傳多樣性分析結果(平均He為 0.819、平均Ho為 0.663、平均PIC為 0.780)相似。說明本研究使用的5個微衛星位點均具有高度多態性和豐富的遺傳信息,可以用于綠鰭馬面鲀的親子鑒定分析。Hardy-Weinberg平衡是指在足夠大的種群中個體間隨機交配并且在沒有發生突變、選擇、遷移和遺傳漂變的情況下,各等位基因頻率在遺傳過程中保持不變。根據Hardy-Weinberg平衡檢驗的結果進行分析,5個微衛星位點均顯著偏離Hardy-Weinberg平衡(P<0.001)。偏離Hardy-Weinberg平衡表明在這5個微衛星位點上發生了遺傳變異的缺失[27。其推測可能的原因包括放流綠鰭馬面鲀群體數量較少或者微衛星引物在擴增過程中出現無效等位基因等。

非親權排除概率和累計非親權排除概率是判斷親子鑒定準確性的重要指標。通常情況下,非親權排除率基于微衛星位點的多態性。本研究中使用的5對微衛星位點的非親權排除率隨著多態信息含量的降低而升高,與成為為等的研究結果一致[28。累計非親權排除率與微衛星位點數量、各位點非親權排除率以及親子鑒定樣品總數量有關。各位點非親權排除率、微衛星位點數量以及樣品總數量越多,累計非親權排除率越高[29。雙親未知時,累計非親權排除率≥95%為最低標準,結果匹配出的子代可能為候選父母本的后代,當累計非親權排除率>99%時可以認為匹配的子代為候選親本的后代,親子鑒定的結果基本可信[30。郭愛環等31在黃尾鲴(Xenocypris davidi)增殖放流效果評估中選用了11對微衛星位點,累計非親排除率達到0.999 9以上。在本實驗中只選用了5對微衛星位點,在父母親本未知的情況下累計非親權排除率為0.997 242 8,對比其他學者的研究,當增加微衛星位點的數量時累計非親排除率會逐漸增大并無限趨近于1。因此本研究中得到的親子鑒定結果可信度非常高。

基于最大似然法的親子鑒定主要是通過建立似然函數,使用模擬檢驗的方法在全部候選親本中找到與子代的最似親本。以LOD值作為是否存在親子關系的依據,在95%置信水平內,子代與候選親本之間的LOD值越大,候選親本的可能性越大。將所有使用到的微衛星位點計算配對LOD值,計算出的LOD值存在三種情況:LOD值小于0,則認為候選親本不是子代的真實親本;LOD值等于0,則認為候選親本可能是子代的真實親本;LOD值大于0,則認為候選親本是子代的真實親本,且鑒定結果的可靠性與LOD值存在正相關[30。本研究中,滿足LOD值大于0、無微衛星座位錯誤匹配并且在95 %置信度顯著的情況下,498尾回捕綠鰭馬面鲀樣品中有27尾子代匹配到候選親本,占回捕樣本總數的5.42%,據此可以推算出放流綠鰭馬面鲀對威海市五壘島灣海域綠鰭馬面鲀的貢獻率為5.42%。

本研究運用微衛星標記技術推算綠鰭馬面鲀對放流海域綠鰭馬面鲀群體的貢獻率(5.42%)高于部分學者已發表的魚類增殖放流工作中的貢獻率:如SEKINO等[32對日本沿海牙鲆(Paralichthys olivaceus)的增殖放流進行研究,研究結果表明牙鲆的貢獻率為2.21%;郭愛環等[31開展錢塘江上游黃尾鲴增殖放流研究,結果表明貢獻率為4.73%。分析本研究中綠鰭馬面鲀增殖放流工作貢獻率相對較高的原因如下:首先,本次放流海域相比其他研究中的放流區域具有一定的優勢,本研究中主要放流區域為威海市五壘島灣內,放流綠鰭馬面鲀個體因其生活特性主要活動區域相對較固定,因此在放流海域內拖網捕撈到的概率相對較高;其次,本研究的4次采樣調查中除了2次出海拖網調查外,其余2次采集樣品均為前往漁貨物相對集中的碼頭收集綠鰭馬面鲀,采集到放流個體的概率更高。考慮以上兩點在一定程度上降低了回捕樣品數量過少以及采樣區域過大對評估增殖放流貢獻率的影響。綜上說明本次增殖放流綠鰭馬面鲀個體在五壘島灣海域存在一定數量,并且本次增殖放流活動增加了五壘島灣海域綠鰭馬面鲀的資源量,從提高綠鰭馬面鲀資源量的層面為漁業資源保護作出貢獻。

4 小 結

本研究利用5對微衛星標記對五壘島灣綠鰭馬面鲀增殖放流效果進行評估,結果顯示增殖放流的綠鰭馬面鲀對五壘島灣野生綠鰭馬面鲀群體的貢獻率為5.42%。本研究的結果為后續開展增殖放流效果評估提供科學依據和數據支持,對綠鰭馬面鲀的資源保護及發展科學增殖放流具有重要意義。

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Evaluation on Stock Enhancement Effect of Thamnaconus septentrionalis in Wuleidao Bay Using Molecular Markers

REN Zhongjie1, XU Xin2, LYU Tingjin2, ZHANG Xiaoming3, YU Wensong2, LOU Fangrui1, TANG Yongzheng1

(1. School of Ocean, Yantai University, Yantai 264005, China; 2. Yantai Marine Economy Research Institute, Yantai 264003, Chi-na; 3. Yantai Muping District Natural Resources Bureau, Yantai 264100, China)

Abstract:

Using five polymorphic microsatellite loci based on parentage identificationng technology, the effect of stock enhancement of Thamnaconus septentrionalis in Wuleidao Bay was evaluated. The study results revealed that the average allele number (Na), average observed heterozygosity (Ho), average expected heterozygosity (He), average polymorphic informationcontent (PIC) for the samples (including 200 broodstocks and 498 recaptured individuals) were 30.2, 0.764, 0.819, 0.8, respectively. With the assumption that the gender of the broodstocks is unknown, parentage testing showed that the non-exclusion probability(NEP)and non-exclusion probability(CEP)for five microsatellite loci were 0.124-0.405 and 0.997 242 80, respectively. Among the 498 captured T. septentrionalis, 27 individuals were identified as offsprings in the simulation analysis. Hence, the contribution rate of the stock enhancement to the wild T. septentrionalis resource was 5.42%. In conclusion, the content of this study provided a scientific basis for the subsequent stock enhancement evaluation. Meanwhile, these results are valuable for the subsequent protection and rational exploitation of T. septentrionalis resource.

Keywords:

Thamnaconus septentrionalis; molecular marker; stock enhancement; effect evaluation; Wuleidao Bay

(責任編輯 周雪瑩)

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