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中國(guó)沙棘HrNHX6 基因的生物信息學(xué)分析及其在鹽脅迫下的表達(dá)模式

2024-04-01 08:13:36肖莎莎費(fèi)凡董佳偉張丹馬玉花
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2024年1期

肖莎莎 費(fèi)凡 董佳偉 張丹 馬玉花

摘要:Na+ / H+逆向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(NHX)廣泛存在于多種生物中,可調(diào)節(jié)植物響應(yīng)鹽脅迫。 本研究對(duì)中國(guó)沙棘HrNHX6 進(jìn)行結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和分析,并采用qRT-PCR 技術(shù)分析不同濃度NaCl 脅迫下HrNHX6 基因的表達(dá)情況。結(jié)果如下:①HrNHX6 基因總長(zhǎng)為1 347 bp,與月季花等植物NHX6 基因具有較高的同源性。 ②HrNHX6 為穩(wěn)定的疏水性蛋白,定位于高爾基體膜中,不具有信號(hào)肽,含7 個(gè)跨膜螺旋結(jié)構(gòu),且α-螺旋和無(wú)規(guī)則卷曲為其二級(jí)結(jié)構(gòu)的主要構(gòu)成元件,具有多個(gè)修飾位點(diǎn)。 ③鹽脅迫下中國(guó)沙棘根、莖、葉中的HrNHX6 基因表達(dá)上調(diào),說(shuō)明HrNHX6 基因在中國(guó)沙棘響應(yīng)鹽脅迫的過(guò)程中可能發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。 本研究結(jié)果可為闡明中國(guó)沙棘應(yīng)對(duì)鹽脅迫的機(jī)制奠定基礎(chǔ)。

關(guān)鍵詞:中國(guó)沙棘;鹽脅迫;HrNHX6 基因;熒光定量PCR;基因表達(dá)

中圖分類(lèi)號(hào):S793.6;Q786文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)號(hào):A文章編號(hào):1001-4942(2024)01-0017-07

土壤鹽堿化是影響農(nóng)業(yè)發(fā)展的全球性問(wèn)題,由于工業(yè)污染、化肥過(guò)量使用和灌溉不合理等因素的影響,土壤鹽堿化的程度不斷上升[1] ,已成為影響植物生長(zhǎng)的重要問(wèn)題之一。 鹽脅迫不僅會(huì)抑制植物種子的萌發(fā),還會(huì)加速植物根系的木栓化[2] ,影響根系對(duì)水分和營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的攝入,從而抑制植物生長(zhǎng)發(fā)育。

植物耐鹽性可表現(xiàn)為Na+ 被Na+ / H+ 逆向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(NHX)外排或區(qū)隔化以維持細(xì)胞內(nèi)的低Na+水平[3] 。 研究表明,在鹽脅迫下,植物利用NHXs 將Na+分離到液泡,可以促使細(xì)胞從外界應(yīng)激環(huán)境中吸收水分以維持滲透平衡,調(diào)節(jié)細(xì)胞質(zhì)中的Na+濃度和pH,保護(hù)細(xì)胞器[4-5] 。 NHX 基因已在許多植物中被鑒定出來(lái),但不同植物其成員數(shù)量不同,例如,擬南芥中有8 個(gè)NHX 基因[6] ,葡萄中有6 個(gè)NHX 基因[7] ,棉花中有25 個(gè)NHX 基因[8] 。 擬南芥的8 個(gè)NHX 蛋白中,AtNHX1—At ̄NHX4 定位于液泡膜上,AtNHX5 和AtNHX6 定位于胞體內(nèi)膜,AtNHX7(AtSOS1) 和AtNHX8 定位于質(zhì)膜上;根據(jù)亞細(xì)胞定位,又可將它們分為液泡NHXs( vacuolar NHXs)、內(nèi)膜NHXs ( endosomalNHXs)、質(zhì)膜NHXs(plasma membrane NHXs)[6] 。AtNHX1—AtNHX4 通過(guò)形成的跨膜質(zhì)子梯度提供能量,介導(dǎo)Na+區(qū)隔化,以減少過(guò)量鹽離子對(duì)細(xì)胞的傷害,穩(wěn)定細(xì)胞滲透壓,使植物適應(yīng)鹽旱環(huán)境;AtNHX5 和AtNHX6 具體定位于跨高爾基體網(wǎng)絡(luò),可參與囊泡運(yùn)輸和細(xì)胞擴(kuò)增活性,特別是在液泡運(yùn)輸中具有重要作用,并調(diào)節(jié)pH 和K+;At ̄NHX7 通過(guò)鹽超敏感(salt overly sensitivity, SOS)信號(hào)傳導(dǎo)途徑賦予植物耐鹽性,SOS 途徑包括SOS1(質(zhì)膜Na+ / H+ 反向運(yùn)輸?shù)鞍祝?、SOS2(絲氨酸/ 蘇氨酸蛋白激酶)和SOS3(鈣結(jié)合蛋白),其中SOS2 與SOS3 的復(fù)合物可調(diào)節(jié)SOS1 以去除細(xì)胞內(nèi)的Na+ [9-10] ;AtNHX8 可以參與Li+ / H+ 反向轉(zhuǎn)運(yùn)[11-12] 。 但目前有關(guān)NHXs 在中國(guó)沙棘應(yīng)對(duì)鹽脅迫時(shí)的作用機(jī)制研究報(bào)道相對(duì)較少。

中國(guó)沙棘(Hippophae rhamnoides subsp. sinen ̄sis)是一種胡頹子科(Elaeagnaceae)沙棘屬(Hipp ̄ophae)植物,具有耐旱、抗寒、抗風(fēng)沙等特性,在我國(guó)西北被廣泛用于水土保持。 研究表明,在鹽脅迫條件下,沙棘滲透壓降低,體內(nèi)脯氨酸、可溶性糖等滲透介質(zhì)的含量增加,滲透調(diào)節(jié)能力增強(qiáng),以使植株適應(yīng)外界環(huán)境[13] ;另一方面,沙棘體內(nèi)抗氧化酶(POD、CAT、SOD 等)活性增強(qiáng),可減輕活性氧對(duì)植株的傷害[14] ,從而提高沙棘的耐鹽性。本研究以中國(guó)沙棘的抗鹽分子調(diào)節(jié)機(jī)制為切入點(diǎn),對(duì)耐鹽相關(guān)基因HrNHX6 及其編碼蛋白進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析和亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè),同時(shí)分析其在不同濃度NaCl 脅迫下的表達(dá)模式,旨在為中國(guó)沙棘應(yīng)對(duì)鹽脅迫的機(jī)制闡明奠定基礎(chǔ),同時(shí)為高效耐鹽基因的發(fā)掘提供依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 試驗(yàn)材料

供試植物材料為長(zhǎng)勢(shì)一致的中國(guó)沙棘兩年生扦插苗,由青海省西寧市大通縣城關(guān)苗圃(37°14′45″ N,101°30′15″ E,海拔2 920 m)提供。 2019 年7 月28 日開(kāi)始鹽脅迫試驗(yàn),將18 盆中國(guó)沙棘扦插苗隨機(jī)分為6 組,分別用500 mL 濃度為0、200、400、600、800、1 000 mmol/ L 的NaCl 溶液澆灌, 3天后再澆灌一次。 每組處理的3 盆作為3 個(gè)重復(fù),試驗(yàn)時(shí)在花盆底放置一個(gè)托盤(pán),及時(shí)將漏出的溶液倒回花盆中,以防止水分和鹽分的流失。 8月2 日采集根、莖、葉,用超純水沖洗后用濾紙吸干水分,裝入凍存管,置于液氮中速凍,隨后放入-80 ℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2 試驗(yàn)方法

將中國(guó)沙棘根、莖和葉在液氮中研磨成細(xì)粉,依照植物RNA 試劑盒說(shuō)明書(shū)快速提取總RNA,使用PrimeScript Ⅱ 1st Strand cDNA SynthesisKit 反轉(zhuǎn)錄質(zhì)量檢測(cè)合格的優(yōu)質(zhì)RNA,并通過(guò)熒光定量PCR 法分析表達(dá)模式,引物(HrNHX6-F:CAATGGATATGTTGCTCCTTCGT, HrNHX6 - R:CTAATGCTGTAAATGATGCTGTGCT)由寶生物工程(大連)有限公司合成。 使用2-ΔΔCt法對(duì)基因的相對(duì)表達(dá)量進(jìn)行分析,使用Microsoft Excel 2010和SPSS 22 軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)整理與統(tǒng)計(jì)分析。

HrNHX6 基因的全長(zhǎng)序列通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得。 用DNASTAR 進(jìn)行核苷酸序列分析和同源比對(duì);用MEME 進(jìn)行保守基序分析;用ExPASy Prot ̄Param 進(jìn)行蛋白理化性質(zhì)分析;用PredictProtein進(jìn)行亞細(xì)胞定位;用NetOGlyc 4.0 Server 進(jìn)行信號(hào)肽和跨膜螺旋區(qū)分析;I-TASSER 用于預(yù)測(cè)蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu),SWISS-MODEL 用于預(yù)測(cè)三級(jí)結(jié)構(gòu);PredictProtein 用于蛋白功能位點(diǎn)的預(yù)測(cè)。

2 結(jié)果與分析

2.1 HrNHX6 基因序列分析

2.1.1 HrNHX6 基因的核苷酸序列分析 HrN ̄HX6 基因序列長(zhǎng)度為1 347 bp,含343 個(gè)A、288?jìng)€(gè)G、470 個(gè)T、246 個(gè)C,A+T 的含量(60.36%)高于G+C 的含量(39.64%)。

2.1.2 HrNHX6 蛋白的氨基酸序列分析 HrN ̄HX6 基因編碼448 個(gè)氨基酸,其中,酸性氨基酸(D、E)36 個(gè),堿性氨基酸(K、R)22 個(gè),極性氨基酸(N、C、Q、S、T、Y)119 個(gè),疏水性氨基酸(A、I、L、F、W、V)190 個(gè),分別占氨基酸總量的8.0%、5.0%、26.6%、42.4%。 在該蛋白中Leu (L)和Ser(S)含量較高,所占比例分別為12.3%和9.8%。

2.1.3 HrNHX6 基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分析 將HrNHX6 與10 種植物NHX6 基因的核苷酸和氨基酸序列進(jìn)行同源比對(duì)分析,結(jié)果(圖1、圖2)表明,HrNHX6 與其他植物NHX6 基因核苷酸序列的同源性為82.9%~85.7%,氨基酸序列的同源性則達(dá)到84.9%~89.7%,其中中國(guó)沙棘與月季花的序列同源性最高。

2.1.4 HrNHX6 基因保守基序分析 通過(guò)MEME軟件對(duì)HrNHX6 的保守基序進(jìn)行分析,共得到15個(gè)保守結(jié)構(gòu)域,每個(gè)結(jié)構(gòu)域的長(zhǎng)度為50 個(gè)保守氨基酸,具有11 個(gè)位點(diǎn),且E 值都顯著。 HrNHX6保守基序與橡膠樹(shù)、山谷白櫟、歐洲野蘋(píng)果等植物NHX6 基因保守基序完全一致(圖3)。

2.2 HrNHX6 蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

2.2.1 HrNHX6 蛋白理化性質(zhì)及亞細(xì)胞定位 HrNHX6 蛋白分子式為C2260 H3436 N552 O636 S20,分子量為49 156.84 Da,理論等電點(diǎn)為5.475,脂肪系2.2.2 信號(hào)肽預(yù)測(cè) NetOGlyc 4.0 Server 分析表明,切割位點(diǎn)C 的最大值為0.243,位于第33 位氨基酸;信號(hào)肽分?jǐn)?shù)S 的最大值為0.179,位于第44位氨基酸;合并切割位點(diǎn)Y 的最大值為0.164,位于第33 位氨基酸(圖5)。 S 的平均值為0.117,預(yù)測(cè)剪切點(diǎn)在1~28 位氨基酸。 S 的平均值遠(yuǎn)低于0.5,表明HrNHX6 蛋白是一種沒(méi)有潛在信號(hào)肽位點(diǎn)的非分泌蛋白。

2.2.3 HrNHX6 蛋白結(jié)構(gòu)及功能位點(diǎn)預(yù)測(cè) HrN ̄HX6 蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)中α-螺旋、無(wú)規(guī)則卷曲、延伸鏈、β - 折疊分別占49. 33%、33. 26%、13. 62%、3.79%,α-螺旋和無(wú)規(guī)則卷曲是其主要構(gòu)成成分(圖6)。 蛋白三維構(gòu)象如圖7 所示。 跨膜區(qū)預(yù)測(cè)結(jié)果(圖8)顯示,HrNHX6 含7 個(gè)跨膜螺旋結(jié)構(gòu),屬于跨膜蛋白。

HrNHX6 蛋白功能位點(diǎn)的預(yù)測(cè)結(jié)果顯示該蛋白包含多個(gè)修飾位點(diǎn):2 個(gè)N-糖基化位點(diǎn),即始于215 位氨基酸的NLSE 和始于375 位的NESF;2 個(gè)蛋白激酶C 磷酸化位點(diǎn),分別為始于22 位的SPK 和始于220 位的SQR;5 個(gè)酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位點(diǎn),分別為始于77 位的SATD,始于233 位的SLAE,始于317 位的SIHD,始于350 位的TM ̄LE,始于414 位的TALD;9 個(gè)N-豆寇酰基化位點(diǎn),分別為始于31 位的GAIVTF,始于40 位的GTFIAS,始于73 位的GSLISA,始于92 位的GSD ̄VNL,始于145 位的GSLSAG,始于152 位的GVG ̄FTS,始于192 位的GLGLSG,始于304 位的GLR ̄GAM,始于345 位的GGSTGT。

2.3 不同濃度NaCl 脅迫下HrNHX6 基因的表達(dá)模式分析

NaCl 脅迫下,中國(guó)沙棘根、莖、葉中的HrNHX6基因均上調(diào)表達(dá)(圖9)。 在中國(guó)沙棘葉中,其表達(dá)量隨著NaCl 濃度的增加逐漸升高,當(dāng)NaCl 濃度超過(guò)600 mmo/ L 后,表達(dá)量顯著升高;在莖中,其表達(dá)量呈現(xiàn)先升高后降低的趨勢(shì),在400 mmol/ L NaCl 處理下最高,NaCl 濃度繼續(xù)升高,其表達(dá)量略有下降且變化趨于平緩,但均顯著高于0~200 mmol/ L NaCl處理;在根中,其表達(dá)量則表現(xiàn)為波動(dòng)上升趨勢(shì),在1 000 mmol/ L NaCl 處理下達(dá)到最高,除與600mmol/ L NaCl 處理差異不顯著外,顯著高于其他處理。

3 討論與結(jié)論

本研究結(jié)果表明,中國(guó)沙棘HrNHX6 基因序列全長(zhǎng)為1 347 bp,有15 個(gè)保守結(jié)構(gòu)域;HrNHX6為穩(wěn)定蛋白,定位于高爾基體膜中,這與擬南芥中AtNHX6 定位于胞體如高爾基體內(nèi)膜[15] 的結(jié)論一致。 高爾基體網(wǎng)絡(luò)被認(rèn)為是細(xì)胞成分運(yùn)輸?shù)闹行模B接到內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、液泡和質(zhì)膜[16] 。 在鹽脅迫下,植物產(chǎn)生大量的次生代謝物并分離破壞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的鹽離子,這都取決于高爾基體網(wǎng)絡(luò)的作用。 因此推測(cè)HrNHX6 的耐鹽作用機(jī)制可能依賴(lài)于高爾基體網(wǎng)絡(luò)的功能。 HrNHX6 蛋白的疏水性較強(qiáng),具有多個(gè)疏水區(qū),且含有7 個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域。 此外,HrNHX6 蛋白為非分泌蛋白,沒(méi)有潛在的信號(hào)肽位點(diǎn),這與楊平等[17] 的研究結(jié)果一致,符合植物NHX 的基本特征。

HrNHX6 蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)的主要構(gòu)成元件為α-螺旋與無(wú)規(guī)則卷曲,分別占49.33%和33.26%。α-螺旋靠鏈內(nèi)氫鍵維持,兩側(cè)分別由疏水性和親水性氨基酸組成。 疏水側(cè)通過(guò)疏水鍵與磷脂雙分子層相互作用將蛋白固定在膜上使得HrNHX6 蛋白具有穩(wěn)定跨膜結(jié)構(gòu)域,親水側(cè)則形成空桶狀結(jié)構(gòu)使得HrNHX6 蛋白可進(jìn)行水分跨膜運(yùn)輸。 這些結(jié)構(gòu)特征賦予了HrNHX6 蛋白高效轉(zhuǎn)運(yùn)水分的功能,與該蛋白具有7 個(gè)跨膜螺旋結(jié)構(gòu)的分析結(jié)果一致。 此外,功能位點(diǎn)預(yù)測(cè)表明,中國(guó)沙棘HrN ̄HX6 具有2 個(gè)N-糖基化位點(diǎn)、2 個(gè)蛋白激酶C 磷酸化位點(diǎn)、5 個(gè)酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位點(diǎn)、9 個(gè)N-豆寇酰基化位點(diǎn),說(shuō)明HrNHX6 蛋白可通過(guò)糖基化、磷酸化、豆蔻?;刃揎椪{(diào)節(jié)該蛋白的功能和構(gòu)造進(jìn)而完成Na+的轉(zhuǎn)運(yùn)。

植物NHX 在耐鹽、調(diào)節(jié)pH、保持K+ 穩(wěn)態(tài)以及細(xì)胞擴(kuò)張、細(xì)胞囊泡的轉(zhuǎn)運(yùn)等方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用,可增強(qiáng)石榴[18] 、玉米[19] 、桃[20] 等的耐鹽性。鹽脅迫下,苜蓿MtNHX6 基因在不同組織中的表達(dá)水平不同,且在葉片和根部的表達(dá)量較高[21] ;玉米ZmNHX6 基因在根中顯著表達(dá)[19] ;而在擬南芥幼苗中幾乎檢測(cè)不到AtNHX6 基因的表達(dá)[22] 。 這些結(jié)果表明不同植物的NHX6 基因在鹽脅迫下行使功能的主要組織部位不同。 本研究結(jié)果表明,NaCl 脅迫下HrNHX6 基因在中國(guó)沙棘根、莖、葉中均上調(diào)表達(dá),這與在石榴[18] 和擬南芥[23] 等植物中的研究結(jié)果一致;但不同NaCl 濃度下其表達(dá)量差異較大,且同一脅迫濃度下其在不同組織中的表達(dá)也不同。 此外,中國(guó)沙棘HrN ̄HX6 基因受鹽脅迫顯著誘導(dǎo),表明中國(guó)沙棘HrN ̄HX6 基因在鹽脅迫中行使重要的生物學(xué)功能。Sandhu 等[21] 研究發(fā)現(xiàn),鹽脅迫下MtNHX6 基因在苜蓿根部上調(diào)表達(dá)的幅度顯著高于其他組織。 本研究亦得到相似結(jié)果,這可能是由于根組織最先接觸到鹽脅迫的緣故。 另外,根中HrNHX6 基因表達(dá)顯著上升有助于根中細(xì)胞的Na+ 外排或區(qū)隔化,以維持細(xì)胞內(nèi)低Na+水平,從而減輕鹽脅迫對(duì)植物地上部分的傷害,同時(shí)通過(guò)滲透調(diào)節(jié)促進(jìn)根系吸水。

本研究結(jié)果可為中國(guó)沙棘HrNHX6 基因功能研究提供一定的理論參考,并為中國(guó)沙棘耐鹽育種基因的挖掘奠定基礎(chǔ)。

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