云南煙草產區辣椒脈斑駁病毒的調查及其遺傳多樣性分析

摘要

明確辣椒脈斑駁病毒（chilli"veinal"mottle"virus，"ChiVMV）在云南6個州（市）煙草生產區的分布、遺傳多樣性和群體遺傳結構，對病害的防控預警具有重要意義。本研究以2022年采集自云南6個州（市）不同煙草產區的96份疑似感染ChiVMV的煙草樣品為試驗材料，利用電子顯微鏡負染色觀察和分子生物學方法對病毒進行檢測和鑒定，獲得21個ChiVMV云南煙草分離物的cp基因序列。利用SDT、MEGA、RDP、DnaSP及Arlequin等生物學軟件對21個云南煙草分離物及NCBI上下載的38個來自不同國家、地區及寄主的ChiVMV分離物cp基因序列的系統進化、遺傳多樣性和群體遺傳結構特征進行分析。結果顯示，從云南6個州（市）煙草生產區采集的96份煙草樣品中，ChiVMV檢出率為51.04%;序列比對發現，本研究獲得的cp基因

與NCBI中38個ChiVMV分離物cp基因的核苷酸一致性在84.1%以上;系統發育分析發現，59個ChiVMV分離物按照地理位置的遠近被劃分為4個分支，聚類結果具有明顯的地理分布特征，而與寄主植物無關;遺傳多樣性和遺傳分化分析表明，4個地理種群的ChiVMV"cp基因遺傳多樣性水平均較高，中國種群與印度、泰國和其他國家種群間發生了很大的遺傳分化且差異顯著（Plt;0.05）;遺傳力分析顯示，基因交流、遺傳漂變和基因的負選擇壓力是ChiVMV分離物適應性進化的重要方式。

關鍵詞

辣椒脈斑駁病毒;"云南;"遺傳多樣性;"遺傳結構;"cp基因

中圖分類號：

S"432.1

文獻標識碼："A

DOI："10.16688/j.zwbh.2023095

Survey"and"genetic"diversity"analysis"of"chilli"veinal"mottle"virus"in"tobaccoproducing"areas"of"Yunnan"province

CHEN"Yue1，"HAN"Tianhua3，"MA"Wenguang3，"ZHONG"Jing1，"YIN"Yueyan2，"ZHAO"Liling1，LI"Tingting1*，"DING"Ming1*

（1."Yunnan"Provincial"Key"Laboratory"of"Agricultural"Biotechnology，"Key"Laboratory"of"the"Southwestern"Crop"

Gene"Resources"and"Germplasm"Innovation，"Ministry"of"Agriculture"and"Rural"Affairs，"Institute"of"Biotechnology"

and"Germplasm"Resources，"Yunnan"Academy"of"Agricultural"Sciences，"Kunming"650205，"China;"

2."Institute"of"Alpine"Economic"Plant，nbsp;Yunnan"Academy"of"Agricultural"Sciences，"Lijiang"674100，"China;"

3."Lijiang"Branch"Company"of"Yunnan"Tobacco"Company，"Lijiang"674100，"China）

Abstract

The"objective"of"this"study"is"to"clarify"the"distribution，"genetic"diversity，"and"population"genetic"structure"of"chilli"veinal"mottle"virus"（ChiVMV）"in"tobacco"production"areas"across"six"prefectures"（cities）"in"Yunnan"province."It"holds"great"significance"for"disease"prevention，"control，"and"early"warning"measures."In"2022，"96"tobacco"samples"suspected"of"ChiVMV"infection"were"collected"from"different"tobacco"production"areas"in"these"prefectures"（cities）."The"tobacco"samples"were"detected"by"electron"microscope"negative"staining"observation"and"molecular"biological"methods."The"cp"gene"sequences"were"obtained"from"21"ChiVMV"Yunnan"tobacco"isolates."The"phylogenetic"evolution，"genetic"diversity"and"population"genetic"structure"characteristics"of"the"cp"gene"sequences"from"the"21"Yunnan"tobacco"isolates"and"38"ChiVMV"isolates"reported"on"NCBI，"originating"from"different"countries，"regions，"and"hosts，"were"analyzed"using"biological"software"such"as"SDT，"MEGA，"RDP，"DnaSP，"and"Arlequin."The"results"showed"that"the"positive"rate"of"ChiVMV"was"51.04%"among"the"96"tobacco"samples"collected"from"the"six"prefectures"（cities）"in"Yunnan."Sequence"alignment"revealed"nucleotide"consistency"of"the"cp"gene"above"84.1%，"with"38"ChiVMV"isolates"reported"on"NCBI."Phylogenetic"analysis"showed"that"59"ChiVMV"isolates"from"different"sources"were"categorized"into"four"branches."The"clustering"results"exhibited"obvious"geographical"distribution"characteristics"unrelated"to"host"plants."Genetic"diversity"and"genetic"differentiation"analysis"revealed"high"genetic"diversity"among"the"four"geographical"populations"of"ChiVMV"cp"gene."Evident"genetic"differentiation"had"occurred"between"the"Chinese"population"and"populations"from"India，"Thailand"and"other"countries，"with"statistically"significant"differences（Plt;0.05）."Heritability"analysis"suggested"that"gene"exchange，"genetic"drift，"and"negative"selection"of"genes"were"important"adaptive"evolution"mechanisms"for"ChiVMV"isolates.

Key"words

chilli"veinal"mottle"virus;"Yunnan;"genetic"diversity;"genetic"structure;"cp"gene

煙草病毒病是煙草上普遍發生且危害嚴重的一類病害，影響煙葉的產量和品質，嚴重時導致整塊煙田絕收，給煙葉生產造成毀滅性的損失，目前我國已報道可侵染煙草的病毒有近25種［12］。辣椒脈斑駁病毒（chilli"veinal"mottle"virus，"ChiVMV），屬馬鈴薯Y病毒科Potyviridae馬鈴薯Y病毒屬Potyvirus確定種，是近年來我國煙草上的一種新發病毒，該病毒蔓延速度快、危害嚴重且隨著農產品貿易的全球化逐漸呈現出高度變異發展的趨勢，給辣椒和煙草等茄科作物的健康生產帶來了巨大的威脅［34］。

ChiVMV對寄主的破壞性強，在不同寄主上的癥狀表現有較大差異，侵染煙草后會誘發系統性葉片枯斑并表現出葉片斑駁、黃化和皺縮等癥狀，隨著病毒的積累，最終導致煙草葉片自下而上干枯脫落甚至整株死亡［5］。ChiVMV于1979年首次在馬來西亞的辣椒上發生并被報道，此后相繼在全球多個國家和地區發生為害［69］。在我國，該病毒已在陜西［10］、海南［3，11］、云南［4］、廣西［12］、四川［13］、重慶［5，14］、廣東［15］、貴州［1617］、湖南［18］和福建［19］等多個省份的辣椒和煙草生產區快速傳播，已成為危害我國茄科作物的優勢病毒，嚴重制約著我國茄科作物的生產。因此，要控制ChiVMV的發生和流行，實現病毒的科學精準防控，需要對ChiVMV的發生情況、遺傳多樣性和群體遺傳結構進行分析。

煙草是云南省最重要的經濟作物之一，近年來，雖然關于ChiVMV在我國其他省份和地區的報道較多，但在云南不同煙草產區ChiVMV基因組信息、遺傳變異、系統進化及遺傳多樣性等均有待研究，且云南的煙草種植區域廣泛，全省生態環境復雜多樣，目前ChiVMV在云南不同州（市）煙草產區發生的動態及其群體遺傳結構尚不明確。本研究采集云南6個煙草生產區（昆明市、大理州、麗江市、瑞麗市、玉溪市和普洱市）疑似感染ChiVMV的煙草病樣，采用電子顯微鏡負染色觀察及分子生物學方法對其進行檢測和鑒定，以檢測為陽性的煙草樣品和GenBank中來自不同國家、地區及寄主的ChiVMV分離物cp基因為研究對象，應用群體遺傳學理論，明確地理來源及寄主對ChiVMV遺傳多樣性形成的影響，分析基因重組、基因流、自然選擇、突變等遺傳力在ChiVMV進化中的作用，旨在探明ChiVMV在云南煙草上的分布、流行、基因變異的動態情況及種群遺傳多樣性特征，研究結果將豐富ChiVMV分離物的種群遺傳信息，為將來科學、有效防控該病毒病害提供理論依據。

1"材料與方法

1.1"材料

2022年4月-9月分別在云南省昆明市、大理州、麗江市、瑞麗市、玉溪市和普洱市等6個州（市）的煙草產區采集表現為葉緣皺縮、花葉、葉片黃化、向下卷曲和煙葉枯斑等疑似ChiVMV侵染引起典型癥狀的煙草葉片96份，其中昆明市4份、大理州24份、麗江市44份、瑞麗市5份、玉溪市14份、普洱市5份。

1.2"電子顯微鏡負染色觀察

參照張仲凱等［20］的方法對96份疑似被ChiVMV侵染的煙草樣品進行負染色制樣，在TecnaiG2"Spirit型透射電子顯微鏡下觀察煙草樣品內病毒粒體的形態特征并拍照。

1.3"煙草葉片總RNA提取及RTPCR檢測

使用EastepTM"Total"RNA"Super"Extraction"Kit（普洛麥格北京生物技術有限公司）提取煙草葉片的總RNA，用1%瓊脂糖凝膠電泳及核酸蛋白濃度測定儀（上海金鵬分析儀器有限公司）檢測所提取煙草葉片樣品總RNA的質量、純度及濃度。采用北京全式金生物技術有限公司的OneStep"gDNA"Removal"and"cDNA"Synthesis"SuperMix（AT301）反轉錄試劑盒合成煙草葉片樣品的cDNA，-20℃保存。以反轉錄獲得的cDNA為模板，根據NCBI中公布的辣椒脈斑駁病毒中國云南煙草分離物YNtobacco（JX088636）的外殼蛋白基因序列設計特異性引物ChiVMVCPF：5′TATCTGAAGGCACTCATTGA3′和ChiVMVCPR：5′GGAACCACACTGAGGAATA3′（擴增產物的預期片段為1"030"bp，引物由生工生物工程昆明分公司合成），對電子顯微鏡負染色觀察下具有典型的馬鈴薯Y病毒屬Potyvirus病毒粒體形態特征（線狀病毒粒子）的煙草樣品進行PCR擴增，以健康的煙草葉片作為陰性對照，以本實驗室保存的ChiVMV陽性煙草樣品作為陽性對照。PCR擴增體系和程序參考楊潔等［21］的方法，擴增產物用2%瓊脂糖凝膠電泳檢測。

1.4"ChiVMV"cp基因的克隆和序列測定

用Axygen"DNA膠回收試劑盒將PCR產物回收純化并與pEASYT5"Zero載體（北京全式金生物技術有限公司）連接，轉化到大腸桿菌Escherichia"coli"Trans1感受態細胞（北京全式金生物技術有限公司）中，利用菌落PCR檢測，鑒定為陽性的克隆委托生工生物工程（上海）股份有限公司測序。

1.5"序列分析

用DNAStar軟件中的SeqMan程序對測序得到的序列進行拼接，序列拼接后通過NCBI網站的BLAST"（https：∥blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast）程序進行比對，并從GenBank中下載38個來自不同國家、地區和寄主的ChiVMV分離物cp基因序列用于后續的比對分析，分離物的具體信息見表1。

利用BioEdit"5.0.6軟件對ChiVMV分離物cp基因序列進行多序列聯配，并根據氨基酸序列進行人工校對調整［22］;利用SDT軟件進行ChiVMV"cp基因核苷酸序列的一致性分析［23］;以同屬于Potyvirus的蕪菁花葉病毒（turnip"mosaic"virus，"TuMV）的cp基因作為外組對照，選用MEGA"6.0軟件的最大似然法（maximumlikelihood，"ML）構建基于ChiVMV"cp核苷酸序列的系統發育樹，支持率的評估采用1"000次重復抽樣的靴帶分析，并用在線繪圖軟件iTOL對系統發育樹進行美化［2425］;利用RDP"4.0軟件對ChiVMV"cp基因序列進行重組分析［26］;采用DnaSP"5.0軟件進行ChiVMV不同種群分離物cp基因的遺傳多樣性、種群動態分析、遺傳差異、選擇壓力、序列突變位點和保守性的分析計算［27］;用Arlequin"3.0"軟件對ChiVMV不同種群分離物cp基因序列進行錯配分析（mismatch"distribution）、遺傳分化系數Fst（重復1"000次抽樣檢驗顯著性程度）和種群間基因流的分析計算［2829］。

2"結果與分析

2.1"云南田間煙草樣品中病毒的形態學觀察及ChiVMV檢測

對從云南6個州（市）煙草生產區采集的96份疑似感染病毒病（圖1a）的煙草樣品進行電子顯微鏡負染色觀察，其中49份煙草葉片組織的汁液中可觀察到長約780"nm、寬約14"nm的線狀病毒粒子（圖1b），具有典型的馬鈴薯Y病毒屬病毒的粒體形

態特征。進一步用ChiVMVCPF/R引物對這49份煙草樣品進行檢測，經克隆測序發現這49份煙草樣品均擴增出了與預期大小（1"030"bp）一致的特異性條帶（圖2），云南煙草樣品的ChiVMV陽性檢出

率為51.04%。6個州（市）的陽性檢測結果見表2，由表2可見ChiVMV在這6個州（市）中均有發生，6個州（市）的陽性檢出率為40.00%～59.09%，其中麗江市的陽性檢出率最高，為59.09%，瑞麗市和普洱市的陽性檢出率最低，為40.00%。

2.2"云南煙草ChiVMV"cp基因序列的一致性分析

將測序得到的云南煙草ChiVMV序列在NCBI中進行比對，去掉部分NIb基因和3′UTR序列得到完整的ChiVMV"cp基因核苷酸序列（861"bp，編碼287個氨基酸）。通過比對發現，49個ChiVMV云南煙草分離物cp基因中存在核苷酸或氨基酸序列一致性為100%的重復序列，最終選擇YN459（OP785058）、YN460（OP785059）、YN506（OP830475）、YN649（OP830477）、YN650（OP830478）、YN651（OP830479）、YN652（OP830480）、YN653（OP830481）、YN715（OP785056）、YN716（OP785057）、YN936（OP785044）、YN1189（OP830483）、YN1192（OP830485）、YN1209（OP830486）、YN1210（OP830487）、YN1211（OP830488）、YNBA3（OP785045）、YNBA8（OP785046）、YNTD6（OP785049）、YNWX5（OP785053）及YNWX6（OP785054）共21個ChiVMV云南煙草分離物提交到GenBank中并作為代表序列進行分析。利用SDT軟件對ChiVMV"cp基因核苷酸序列進行一致性分析（圖3a），發現本研究獲得的21個ChiVMV云南煙草分離

2.3"云南煙草ChiVMV"cp基因的重組分析

對ChiVMV云南煙草分離物cp基因的重組分析發現YN459、YN460、YN506、YN653、YN716、YN1189、YN1192、YN1211、YN936、YNWX5和YNWX6等11個分離物僅有Chimaera（P=4.760×10-3）和SiScan（P=7.657×10-6）2種算法檢測到重組的發生。利用RDP軟件進行重組分析時，為避免假陽性結果，至少有4種算法檢測到的重組事件且Plt;10-6才認為發生了重組事件［30］，因此本研究獲得的ChiVMV云南煙草分離物在病毒外殼蛋白基因區域未發生重組事件。

2.4"云南煙草ChiVMV"cp基因的系統發育分析

用最大似然法對本研究獲得的及GenBank上公布的來自不同國家、地區和寄主的ChiVMV分離物cp基因核苷酸序列構建系統進化樹（圖4）。59個ChiVMV分離物可劃分為4個分支，其中分支Ⅰ包括本研究獲得除瑞麗以外的19個分離

物、2個來自云南的分離物（YNtobacco和YN75）

及來自貴州的分離物（GZ66）等22個親緣關系較近的ChiVMV煙草分離物;分支Ⅱ由10個來自中國不同省份、寄主的分離物和2個印度的分離物（Jorhat和Teok）組成，10個中國分離物包括5個來自云南不同寄主（煙草和辣椒）的分離物YN459、YN460、YN、LJ和ChiVMVDh、3個來自四川不同寄主（煙草和辣椒）

的分離物Sichuanluzhou、sp和Pp4、1個安徽煙草分離物DzhQyg和1個沈陽龍葵分離物LNSYLKA;

來自印度、泰國、

中國（臺灣、廣東和海南）、韓國及巴基斯坦的23個不同寄主（煙草、辣椒和番茄）的

分離物聚為分支Ⅲ;分支Ⅳ由2個來自巴基斯坦不同寄主的分離物AABC2PK（辣椒）和AABTPK（番茄）組成。系統進化樹顯示，地理位置相近的分離物優先聚集在一起，表現出明顯的地理特異性。4個分支中除分支Ⅰ的分離物寄主全部為煙草以外，分支Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的ChiVMV分離物并沒有按照寄主種類進行聚類，辣椒、煙草、龍葵、番茄等寄主交叉分布于分支Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ間。以上結果表明ChiVMV種群的分化具有明顯的地理分布特征但與寄主植物的種類無關。

2.5"ChiVMV中國種群cp基因的遺傳多樣性及種群歷史動態分析

59個ChiVMV"cp基因序列中包括中國（37條）、印度（12條）、泰國（5條）和其他國家（5條），其中來自中國的序列最多，以其為研究對象進行遺傳多樣性分析（表3）。37個中國分離物的核苷酸序列多樣性為0.088"3，大于臨界值（0.005），且單倍型多樣性為1.000，大于臨界值0.5，說明中國種群內不存在2條完全一致的序列，單倍型多樣性水平較高。

由ChiVMV中國種群cp基因的中性檢驗分析可知，在Fu"’s"Fst檢驗中，中國種群的檢驗值為顯著的負值（Plt;0.01），說明中國種群可能經歷了近期的種群擴張事件。為驗證這個結果，進一步用核苷酸的錯配分析對其cp基因的歷史動態進行檢驗，由錯配曲線分布圖（圖5）可知中國種群的實際觀測值背離期望值，呈多峰分布。結合中性檢驗和錯配分析結果，說明中國種群處于動態平衡狀態，近期未發生過種群擴張事件。

2.6"ChiVMV"cp基因種群遺傳分化及基因流分析

將59個ChiVMV"cp基因序列按照地理來源分為中國、印度、泰國和其他國家（韓國和巴基斯坦）等4個地理種群，對其進行遺傳分化和基因流分析。結果（表4）顯示，中國和其他3個種群、印度和泰國種群分離物的Ks、Kst、Z值和Snn的P值均小于0.05，說明這幾個種群之間存在顯著的遺傳差異。除印度和其他國家種群的Fst值最低，為0.131"9（Pgt;0.05），其他種群分離物間的Fst"值均大于0.15（發生高度遺傳分化的臨界值）且差異顯著（Plt;0.05），說明除印度和其他國家種群外，其他各種群間均存在較大的遺傳分化，其中中國種群和其他3個種群分離物的Fst值均大于0.25，說明這幾個ChiVMV"cp基因種群嚴重分化且差異顯著（Plt;0.05）。基因流的結果表明，中國和其他3個種群的Nmlt;1.000，說明造成這幾個種群間遺傳分化的主要原因是遺傳漂變;而泰國和其他國家種群、印度與泰國和其他國家種群的Nmgt;1.000，表明這幾個種群間存在較頻繁的基因交流。

2.7"ChiVMV"cp基因的選擇壓力分析

選擇壓力是種群遺傳分化的主要驅動力之一，對ChiVMV"cp基因選擇壓力顯示（表5），中國、印度、泰國和其他國家等4個種群的非同義突變率（dN）均遠小于同義突變率（dS），即dN/dS均小于1，表明ChiVMV中國、印度、泰國和其他國家種群cp基因分離物在進化過程中比較穩定，發生的突變大多為不改變氨基酸編碼的同義突變。4個種群中ChiVMV其他國家種群cp基因的dN/dS值最大，為0.900"2，而泰國種群的dN/dS值最小，為0.039nbsp;7。選擇壓力分析表明ChiVMV"4個種群cp基因均處于負向選擇壓力作用下，且4個種群中泰國種群的負選擇壓力最大。

2.8"ChiVMV"cp基因突變位點和保守區域分析

突變位點分析發現，ChiVMV"cp基因有544個保守位點，317個可變位點，在這些可變位點中包括61個單突變位點（2個單突變位點型56個，3個單突變位點型5個）及256個簡約信息位點（2個變異位點型205個、3個變異位點型40個和4個變異位點型11個）。

對ChiVMV"cp基因保守區域的分析（表6），發現ChiVMV"cp基因含有3個保守區域，3個區域的保守性分別為0.743、0.781和0.731，說明ChiVMV"cp基因的保守性高，序列的遺傳結構比較穩定。

3"結論與討論

遺傳多樣性是病毒生存和進化的基礎，是決定病毒對新寄主和環境適應能力的關鍵因素［31］。本研究利用分子生物學方法，從來自云南6個州（市）煙草生產區表現為葉緣皺縮、花葉、葉片黃化、向下卷曲、葉面斑駁等癥狀的煙草葉片中分離到ChiVMV，并對其和GenBank上已公布的來自不同國家、地區和寄主的ChiVMV"cp基因序列進行了一致性、系統發育、遺傳多樣性和群體遺傳結構分析，研究結果有助于掌握云南地區ChiVMV的發生、流行規律及變異趨勢，為ChiVMV的有效監測、防控提供參考。ChiVMV是正義單鏈RNA病毒，其病毒粒體形態為彎曲線狀，大小約為12～16"nm（直徑）×700～800"nm（長度），在自然條件下不能通過種子傳播，但可借助各種蚜蟲、病株的汁液及機械接觸等多種方式在茄科作物上進行傳播［3233］。ChiVMV蔓延速度快且危害嚴重，

對我國辣椒和煙草等茄科作物的健康生產造成了嚴重的影響［34］。本研究同時采用電子顯微鏡負染色觀察和RTPCR方法對云南6個州（市）煙草產區疑似感染ChiVMV病毒病的96份煙草樣品進行檢測，結果發現ChiVMV在云南6個州（市）的煙草中均有發生，其中麗江市的陽性檢出率最高，為59.09%，瑞麗市和普洱市的陽性檢出率最低，為40.00%。以上結果表明，ChiVMV在云南省煙草主產區中的發生危害已十分普遍。

對本研究獲得的，及GenBank中公布的來自不同國家、地區和寄主的ChiVMV"cp基因的序列一致性分析表明，ChiVMV分離物cp基因在進化過程中高度保守，變異性較低，其核苷酸序列的一致性在84.1%以上。賈樹丹等［13］在對ChiVMV四川辣椒分離物（Pp3）的研究中發現，不同來源分離物cp基因間的一致性存在明顯的地理差異，且一致性的高低和地理位置的遠近呈正比，本研究與賈樹丹等得到的結果一致。本研究獲得的來自云南6個州（市）的ChiVMV分離物cp基因核苷酸序列與同樣來自云南的YNtabacco（JX088636）的一致性最高，為99.3%，說明本研究獲得的分離物與同樣來自云南的分離物具有更近的親緣關系。系統發育分析的結果發現，來自不同國家、地區和寄主的ChiVMV分離物可分為4個分支，各分離物并沒有按照寄主種類進行劃分而是按照地理位置的遠近進行聚類，具有明顯的地理分布差異，來自中國西南部省份（云南、貴州、四川）的分離物聚集為分支Ⅰ;來自中國云南、四川、遼寧和安徽及2個印度分離物聚為分支Ⅱ;中國東南部地區（廣東、海南和臺灣）及國外（泰國、印度和韓國）的分離物聚為分支Ⅲ;巴基斯坦的分離物單獨聚為分支Ⅳ。這與許多關于ChiVMV的報道結果一致，如湯亞飛等［15］對廣東辣椒分離物ChiVMVGD和GenBank中公布的來自不同國家和地區的12個ChiVMV分離物基因組全長的研究發現，在所有分離物中ChiVMVGD與地理位置最近的海南辣椒分離物Wenchang的親緣關系最近;王莉爽等［16］對貴州省4個辣椒主產區的ChiVMV辣椒分離物進行株系分化研究時發現，即使是同樣來自貴州的辣椒分離物在系統發育分析時也表現出明顯的地理分布特征，同一辣椒主產區的分離物優先聚集在一起。以上研究結果再次證明ChiVMV不同分離物的進化與地理分布密切相關。

單倍型多樣性和核苷酸多樣性是衡量種群遺傳多樣性水平的2個重要評價標準，當單倍型多樣性和核苷酸多樣性分別大于其臨界值0.5和0.005時，這2個值的大小與種群的遺傳多樣性水平和遺傳資源的豐富程度呈正比［29］。本研究對37個來自中國不同地區的ChiVMV分離物的遺傳多樣性進行分析發現，中國種群的單倍型多樣性和核苷酸多樣性的數值均處于臨界值之上，表明其ChiVMV分離物的遺傳多樣性水平較高。Gao等［35］對來自亞洲6個國家的87個ChiVMV分離物的cp基因的遺傳多樣性分析時發現，地理分布是決定ChiVMV"cp基因遺傳多樣性的關鍵因素。Grant等［36］認為同時具有高單倍型多樣性和核苷酸多樣性的種群在長期的進化過程中都處于未經歷擴張的穩定狀態。這表明本研究中37個來自中國不同地區的ChiVMV分離物遺傳多樣性水平較高，且在近期未發生過種群擴張事件，進一步的中性檢驗和核苷酸錯配分析證明了Grant的結論，發現中國種群的ChiVMV分離物處于動態平衡狀態并未發生過種群擴張事件。

基因重組、基因交流、隨機遺傳漂變、選擇壓力和突變是驅動病毒進化的主要動力。譚汝晴等［18］對ChiVMV湖南辣椒分離物全基因組序列的重組分析發現，其與韓國、印度及中國其他地區的9個ChiVMV分離物全基因組序列均不存在重組事件。

本研究對21個ChiVMV云南煙草分離物cp基因的遺傳重組時也得到了與譚汝晴等基本一致的研究結果，ChiVMV云南煙草分離物在病毒外殼蛋白基因區域未發生基因重組事件。本研究對來自不同國家的ChiVMV分離物cp基因進行遺傳分化研究，結果顯示，中國種群與其他3個種群間可能受到遺傳漂變的影響，其Fst值均大于0.25，Nmlt;1，說明種群間的遺傳分化極大且統計檢驗差異顯著，基因交流不頻繁;而其他國家種群和泰國、印度與泰國和其他國家種群間的遺傳分化Fst值相對較小，Nmgt;1，說明這幾個種群ChiVMV分離物間存在著頻繁的基因交流。這與楊菲等［37］對大麥黃條點花葉病毒遺傳多樣性分析中得到的結論一致，認為較低的基因流是促使種群發生遺傳分化的主要原因。選擇壓力和突變分析表明，負選擇壓力在ChiVMV的進化過程中發揮著重要的作用，ChiVMV"cp基因遺傳結構穩定，突變率很低。以上研究結果表明，基因交流、遺傳漂變和基因選擇是ChiVMV分離物適應性進化的重要方式。

參考文獻

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